東京の渋谷で感染者が発生し、感染域は世界中に広まった。 それから4年後、渋谷の地下にある アンブレラ社東京本部 は地上に部隊を派遣するが、部隊は全滅してしまう。そして、地下の施設に侵入者が入り込むとアンブレラ社の部隊は施設の防御を固め始める。
施設に侵入したアリスは 刀や 飛び道具、 サイコキネシスを使って大勢の部隊を倒していく。しかし、次々と部隊が現れるとアリスは射殺されてしまうのだった。だが、彼女はアリスの クローン の一人に過ぎず、施設内には次々とクローンのアリスが現れた。
指揮を執っている ウェスカー は部下に施設内に神経ガスを充満させるよう命じるが、すでに施設は複数のアリスによって制圧されていた。そして、2人のアリスがウィスカーの元に辿りつくとアリスたちはウェスカーに撃たれてしまう。その時、1人のアリスが死に際に 自爆 した。
負傷しながらも生き残ったウェスカーは、 ティルトローター機 でアンブレラの地下施設を脱出する。上空に出たウェスカーは、地下施設の自爆装置を作動させるとその爆発は渋谷の街に大きな穴を残した。すると、機内に乗り込んでいたオリジナルの アリス は、ウェスカーの頭に銃を突き付ける。しかし、一瞬の隙を突かれて彼に 注射 を打たれてしまうのだった・・・。
『バイオハザード4・5』に出てきた新しい種類の プラーガ・タイプ の敵や斧男が登場します。その他にも、 ウェスカー や クリス も登場する作品です。ストーリーは、東京の渋谷を舞台に始まってそのシーンでは中島美嘉が第一感染者の役で出演しています。（Wow!!）
