ATmega328Pのデータシートは支障がない限り、下記(日本語)を参照します。
https://avr.jp/user/DS/PDF/mega328P.pdf
Arduino開発環境については支障がない限り、下記(日本語)を参照します。
http://www.musashinodenpa.com/arduino/ref/
この部分で行っているのは、入力信号のAD変換とUARTでPCへの送信、UARTでPCからのコマンドの受信となります。
Arduino のソースコードの形式はC言語に従いますが、setup()に初期設定を書き、loop()に通常処理を書きます。setup()は文字通り1回だけ実行されます。loop()も文字通りで、これは無限ループになります。setup()とloop()を置く順番は、特に無いようです。大文字で記載されている変数は、CPU(AtMega)のレジスターとなります。レジスターはAtMegaの仕様書に記載されている名称そのままで、変数宣言しないで使用します。cli()の関数もArdino環境固有のもので、全ての割り込みを禁止にする関数です。
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