機動戦士ガンダムシリーズの記念すべき第１作で全てのガンダムシリーズ作品の原点である本作は、宇宙移民者達と地球に住む人達の対立を描き、兵器としてのロボットであるモビルスーツの存在が、アニメーションにリアルロボット路線という新たなるジャンルを確立した。

宇宙移民を開始して半世紀。人は、宇宙進出により、新たな覚醒を始める。独立戦争という舞台背景に戦争という過酷な環境の中で、いくつもの数奇な運命に出逢いながら、少年たちは、人類の覚醒ニュータイプへと目覚めていく物語。

レーダーを無力にするミノフスキー粒子により有視界戦闘を余儀なくされたと言う設定で人型の兵器モビルスーツが有効な兵器として活躍する。

地球連邦に対し、独立を宣言したジオン公国は、人型の機動兵器モビルスーツを投入し、独立戦争を勃発させた。レーダーを無効にするミノフスキー粒子の中で、戦果をあげるジオンのＭＳ ザクII は、３０分の１といわれるジオンの国力を補って、戦争は膠着状態となる。開戦から、８ヶ月後、連邦は、遅れてザクに対抗する為、試作型ＭＳ ガンダム の開発に成功したが、ジオン公国の精鋭赤い彗星のシャアに発見され、正規の軍人たちは、壊滅的な状況となる。ガンダムを開発した技術士官テム・レイの子、アムロ・レイは、戦火の中で偶然にもの操縦マニュアルを拾い、ガンダムを操縦。ジオンのザクを撃退した。戦果を逃れた避難民の少年少女たちは、自分たちの意志と関わりなく、待避した連邦軍の新鋭戦艦ホワイトベースで戦争に身を投じていった。生き延びるために…