機動戦士ガンダム逆襲のシャア から30年後の世界を描く。この時代には、1年戦争から続いたジオンの存在はすでに衰退しており、戦争を知らない世代の子供達が再び戦渦に巻き込まれて、そうせざるを得ないという環境に追い込まれたとき、再び、ニュータイプの覚醒が新しい時代の幕開けとなる始まりを描いている。

宇宙世紀０１２３年。コスモ・バビロニア建国を目指すクロスボーン・バンガードのモビルスーツ群が、新興コロニー、フロンティアIVを奇襲した。高校生のシーブック・アノーたちは、攻撃をかわしつつ脱出する。その最中、級友のセシリー・フェアチャイルドはロナ家に後継者として迎えられ、鉄仮面に変わり果てた父カロッゾと再会する。一方、フロンティアIへと逃げ込んだシーブックは、母のつくった新型ＭＳガンダムＦ９１に乗り込んでいた！