トロイ スパルタ の間に和平が結ばれた日、トロイ王子 パリス はスパルタの王妃 ヘレン と禁じられた恋に落ち、駆け落ち同然にトロイへと彼女を連れ帰ってしまう。パリスの兄 ヘクトル は激怒するが弟可愛さに彼を守ることを決意し、トロイ王にして彼らの父である プリアモス もヘレンを受け入れる。
ヘレンの夫であるスパルタ王 メネラオス はこれに激怒し、ギリシアの諸王国の盟主にしてメネラオスの兄である ミュケナイ 王 アガメムノン を頼る。アガメムノンはこれを口実にトロイを征服しようと、ギリシア連合軍によるトロイ侵攻を決定する。
ギリシアの勇者 アキレス は自分や兵士たちを駒としか見ていないアガメムノンに対して不満を抱いていたが、親友 オデュッセウス の頼みを受け、歴史に名前を残すため参戦を決意。家臣の ミュルミドン 達を率い、自分を尊敬する従弟の パトロクロス を伴ってトロイへと赴く。
最初の戦いはギリシア軍有利に進められた。先陣を切って飛び込んだアキレスとミュルミドンは瞬く間に浜辺を守るトロイ軍を蹴散らし、アポロンの神殿へと攻め込む。パリスの従妹である巫女 ブリセイス はアキレスに捕らわれてしまい、アキレスは救援に駆けつけたヘクトルに再戦を約束して引き上げる。
アキレスは自分の物になることを拒むブリセイスに興味を抱き、徐々に彼女へ惹かれていく。ブリセイスもまた自分を丁重に扱うアキレスに心を許すようになる。しかしアキレスが自分の指示を無視した事に腹を立てたアガメムノンはアキレスからブリセイスを取り上げ、兵卒達へ慰みものとして与えてしまう。怒り狂ったアキレスは強引にブリセイスを取り戻すが、これによってアガメムノンとの敵対関係は決定的なものとなり、アキレスは戦闘を放棄する。
パリスは戦争を終わらせて故郷を救うため、メネラオスとの一騎討ちに挑むことを決意する。両軍が息を呑んで見守る中で二人は対決するが、パリスは防戦一方に追い込まれ、ついに窮地に陥る。足元に縋って助けを求めるパリスの姿にたまりかね、ヘクトルは約定を破って助太刀し、メネラオスを殺してしまう。激怒したアガメムノンは一斉攻撃の命令を下すが、アキレスとミュルミドンを欠いたギリシア軍はヘクトル率いるトロイ軍に打ち負かされる。
自軍の窮状にも関わらず戦わないアキレスが批判され、さらに帰郷まで決意したことに耐えかねたパトロクロスは、アキレスの鎧兜を身に纏い、影武者としてミュルミドンを率いて戦場に赴く。その見事な戦いはギリシア軍の士気を取り戻し、ついにはトロイ軍もヘクトルが出撃して迎え撃つ。パトロクロスはヘクトルへと挑むが敵わずに討たれ、ヘクトル、トロイ軍、ギリシア軍は、アキレスと思っていた人物の正体がパトロクロスであったことに衝撃を受け、戦いを止める。
パトロクロスが殺されたことを知ったアキレスは激怒し、たった一人でトロイ城門の前まで戦車を走らせる。幾度も自分を呼ばわる声を聞いたヘクトルは死を覚悟し、父と妻、弟に別れを告げて決闘に挑む。激戦の末にヘクトルを討ったアキレスだが、怒りが収まらぬ余りヘクトルの死体を戦車で引きずり回して自軍へと持ち去ってしまう。
その夜、危険を冒して単身でギリシア軍の陣地までプリアモス王が訪ねてくる。息子の遺体を返して欲しいという彼の涙ながらの懇願に心を打たれたアキレスはヘクトルの遺体と共にブリセイスをトロイへと送り返す。ヘクトルの遺体は荼毘に付され、両軍は彼を弔うため一時の休戦を約束する。
度重なる敗戦にギリシア軍は勝算なしと見て撤退の準備を進めていた。しかしオデュッセウスは兵士が子供の土産にと作っていた木彫りの馬を見て、起死回生の作戦を思いつく。トロイへの供物として巨大な木馬を造って撤退したと見せかけ、木馬がトロイに運び込まれたら中に隠れた兵士が門を開け、待機していた軍勢で攻め込もうというのだ。アキレスはミュルミドンたちを帰還させ、ブリセイスを助けるため木馬の中に乗り込む。
木馬の策略に騙されたトロイは、瞬く間に炎上する。パリスは アイネイアス にトロイの宝剣とブリセウス、ヘレンを託して脱出させる。ギリシア兵による一方的な破壊と略奪が市民を襲う中、アガメムノンはプリアモス王を殺し、ブリセウスを捕えるが逆に刺殺される。プリセウスを探し求めるアキレスはとうとう彼女を助け出すが、そこに兄ヘクトルの復讐に燃えるパリスが現れ、アキレスに矢を放つ。踵を射抜かれて崩れ落ちるアキレスはさらに胸に矢を受け、プリセウスに逃げるよう伝えて息絶える。
生き延びたオデュッセウスは、やがてこの戦いは伝説となり、男たちの名が英雄として語り継がれていくだろうことを確信する。
