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ちぇブラとはロシアの大人気人形アニメ「チェブラーシカ」のことです。映画チェブラーシカを見て、彼の無垢さと無力さに感動しました。ちぇブラで行こうっていうのは、つまりチェブラーシカみたいに「手ぶら」で行ってみようっていう感じです。
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2010.07.21
カテゴリ： 生命科学
そしてCNSにチャレンジするのであった
Yale大学謹製の 立体構造計算refinementソフトウェア のことなのである。
あ～この記事の下書き中にCNS ver 1.3がリリースされた～。まあいいや。refinementは1.2で行った。
とりあえず、論文は99%書き終わっていてあとはrefinementを完了してPDB登録をするだけ、というタンパク質の構造計算について、最後の仕上げを行う。
手順は、ちょっと事情があってCYANAによるCNS形式コンストレインファイルへの変換がうまくいかないので二段階で。※CYANA ver 2.1以上であれば、普通にデフォルトで変換できます、念のため。好みの問題とか互換性の問題とかライセンスの問題とかあるので、CYANA 2.0系を使い続けていたのが、ここにきて裏目に出ました。
１．final.uplをまずCYANAに読み込ませてtranslate xplorを指定（原子名互換性の問題）
２．uplを吐く
３．吐いたuplファイルはupl2table.awkというスクリプトで変換
４．aco fileは、NMRで実験的に求まったものだけを、tabファイルに変換
でもって、計算。rmsd 0.45 AはCNS前後でほとんどかわらず、ということで、over fittingをしすぎていないことを確認する。論文に記載すべきパラメータを抜書して、stdev / averageなどを計算して、できあがり、である。
ひさしぶりに動かしたのであるが思いのほかさくさく動いたのでちょっとうれしい。
大学院入試に関する会議
今年度、大学院生修士の夏の志願者が伸びなやんでいるので、ちょっと悲しいのである。会議では、いろいろ意見が出るものの、やはり、説明会を開いて全国行脚ということになるのであろうか？
しかし、修士の学生をひきつけるウリというのはなんなのであろう。やはり就職こそが修士の学生へのメリットなのだろうか？博士号は日本の社会では必要ないのだろうか？そして今後ますますグローバル社会において、将来においても博士号は不要なのだろうか？
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最終更新日
2010.07.29 09:30:36 コメントを書く
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