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ちぇブラとはロシアの大人気人形アニメ「チェブラーシカ」のことです。映画チェブラーシカを見て、彼の無垢さと無力さに感動しました。ちぇブラで行こうっていうのは、つまりチェブラーシカみたいに「手ぶら」で行ってみようっていう感じです。
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2010.08.05
カテゴリ： 生命科学
共同研究会議
NMR 「タンパク質・低分子複合体構造決定パイプライン」構想
さて、某社との共同研究についてもそうであるが、ターゲットタンパクプログラムについてもケミカルバイオロジー研究に大きく舵をきり、また他の蛋白質についても単体での帰属・構造決定が順調に進行しつつある現在、次なる問題解決の糸口は、
「タンパク質、低分子リガンド複合体」の構造決定をいかに効率化するか、である。
これに関して、Piyotaが知らないだけなのかもしれないが、「パイプライン」というものをあまり聞かないので、この際、ちゃんと使えるものを開発しようという欲求がもりあがってきた。
・どんな測定が必要か
・どんな測定による情報収集が効率がよいか
・どんな測定が不可能か ＜＝＝＝ここは結構大事
・どんな安定同位体標識が必要か
・試料は何種類必要か
・どの構造計算ソフトをどの順序で使うか（例、CYANA -> CNS）
・低分子化合物の取扱いはどうするか？
これらの問題をひとつひとつ整理すればよい
13C constant time HSQCが軽水中で測定可能か？
上記の問題解決に挑むときに、途中の理路は省略するが、ともかく薬物によるタンパク質の滴定実験の比重が高まることはまちがいない。13C HSQCをきれいに測定するためにはC-C decouplingの問題と、adiabatic pulseの問題の両者を解決する必要がある。
試料の数を増やさないためには軽水中の測定がよい。B社Topspinには標準で水消しができる13C-CT-HSQCが入っていない。しかたないので作ることにするのだが、、、、
はまった。
原因不明のエラーでとらぶること３時間。ようやく出口が見えた。やれやれ。
sofast HMQC
９月には講師も頼まれているし、ついでだし、というわけで、sofast HMQCについても設定する。こちらは測定はできたものの、IPAPタイプにしていないのでduty cycleは低めで設定せざるをえない。つまり感度的には御利益はない。
ブログ村で13C constant time HSQC/sofast-HMQCの最新情報を探してみる
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最終更新日
2010.08.19 13:49:10 コメントを書く
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