機動戦士Ζガンダム の続編として放送延長の形で始まった本作は、前作の暗いイメージを一新する設定が随所に設けられた。しかし、ゼータの支持されていた部分を極端な路線変更で継続出来なかったところもいざめない為、後半の路線変更は作品の世界観を中途半端にしてしまったのかも知れない。ネオジオン軍のモビルスーツは、 ファーストガンダム のMSVなども多く登場しているので、MSファンには必見の作品ではある。また、ファーストガンダムからのキャラクターが本作で戦死するなど、一連のシリーズとして考えたときには、はずせない作品となっている。

グリプス戦役で傷つき、メインパイロットの大半を失ったアーガマは、サイド１へ寄港した。そこでジャンク屋の少年ジュドー・アーシタは生活のためにゼータガンダムを盗もうとするが、再起不能となったカミーユと接触したとき、ニュータイプの共感を受ける。ジャンク屋仲間とアーガマに関わりながらゼータでネオジオンと戦う羽目になるジュドー。ネオジオンとの戦闘を繰り返し、ニュータイプとして覚醒していく中、アーガマに送られた新型機ダブルゼータガンダムのパイロットとして、成長をしていく。