This is a pen. はSVCなのでisが「です、である」という=(イコール)の意味になって There is a pen. は実はSはa penで M(副詞)VSという倒置の文です。 SVMではisは「ある、いる」という存在を表す意味になるので、こんな意味になるんです。
じゃあThe pen is in the box. 「ペンは箱の中にあります」と、 There is a pen in the box. 「箱の中にペンがあります」はおんなじじゃないのか?という
これを理解するには、英語は結論を先にいいたい!言葉だ。 とにかく文型はなにかを早く聞いている人や 読んでいる人に伝えたい言葉だ。このことが分かっていると納得ができます。 The pen is in the box.は、主役のペンがまずわかって、そこから場所に話が進む、つまり 「どこにあるのか」を知らせたいだけの文です。 There is ~のほうはとにかく「ある、いる」を伝えたい気持ちが強いんです。 それを先に行ってしまいたい、だから「場所よりも、とにかくペンがある!」ということに 焦点がある文になっているというわけです。