マザーボードが不具合を警告しているハード面の異常か、ウイルスなどのソフト面があります。

音が鳴るウイルスとしてはODESSA.Bがありますが、発生条件として「毎月13日と30秒以下の場合6日にもビープ音を発生」とありますので、可能性としては低いと考えます。

いきなりウイルスチェックをかけると、内部排熱の場合、さらに悪化させる可能性があるので、搭載HDDを外し、ほかのPCでチェックをかけることも考慮して分解に入ります。