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原田遺伝子の重複:複製の誤りによって重複した遺伝子はもとの遺伝子が機能している限り機能的制約から解放される。重複遺伝子族の例としてヘモグロビン遺伝子やアルドラーゼ遺伝子がある。遺伝子は重複することによって機能が変化し、異なる環境条件への対応の幅を広げてゆくことができる。機能の変化によりコード領域内にストップコドンが生じることもあり、これをナンセンス突然変異という。フレームシフトではまったく別のアミノ酸に読み替えられるため、場合によってはまったく別の機能を持つ遺伝子に変化する可能性がある。新しい遺伝子になりそこなった遺伝子は偽遺伝子としてゲノム内に取り残される。トランスポゾン:ゲノム中に散在して反復する配列の多くは転移因子(トランスポゾン)である。トランスポゾンのうち、RNA転写産物を介して転移するものをレトロエレメントと呼んでおり、真核生物にのみ見られる。核ゲノム上のレトロエレメントはいったんRNAに転写されるが、これが核外で逆転写酵素によりcDNAに逆転写される。このcDNAが再びゲノムDNAのもととは異なる場所に挿入されるためにコピー数を増加させることになる。このような因子にはレトロトランスポゾンとレトロポゾンがある。レトロポゾンはLTR配列をもたない。よく知られているのはLINEで、ヒトのLINEはLI因子である。逆転写によらない転移因子はDNAトランスポゾンと呼ばれる。Ac/Ds因子が知られており、AcおよびDs遺伝子はともに転移因子としてクローニングされその構造が決定されている。ジデオキシ法:鋳型となる1本鎖DNAとプライマー、ヌクレオチド三リン酸とDNAポリメラーゼを材料として行う。ヌクレオチド三リン酸にジデオキシヌクレオチド三リン酸を特定の割合で混ぜると、ジデオキシヌクレオチド三リン酸が相補対として取り込まれる。ポリメラーゼ反応が停止し、様々な位置で停止したDNA断片ができることになる。これを変性し、1本鎖にした後、ポリアクリルアミドゲル上で電気泳動を行う。このとき変性剤として尿素を加えておく。ジデオキシヌクレオチドを利用したポリメラーゼ反応はA,G,C,Tの四通り行う。ラダーを検出するためにプライマーをアイソトープもしくは蛍光色素でラベルする。ヒトゲノムプロジェクト:ヒトゲノムの地図作製、ゲノムDNAの全塩基配列決定、ゲノム情報解読を目標とする計画で、日、米、仏、英、独、中の6ヶ国によって開始された。 遺伝病やガンなどの病気の診断と治療、製薬作り・脳神経系や免疫機構などの高次元機能の解明・人類の進化の過程の解明に役立つとされる真核生物と原核生物の遺伝子の構造の違い:真核生物の遺伝子にはコード領域であるエキソンと非コード領域であるイントロンからなっている。プロモーター部位によって転写が開始され、まもなく5’部位を保護するcapが付加されてmRNAの「頭」ができる。エンドヌクレアーゼによってmRNAはリボソーム複合体から切り離され、3’末端にpolyAが付加され「尾」できる。その後プロセシングによりGT-AG則に従ってイントロンが取り除かれ、成熟したmRNAができる。 原核細胞の遺伝子にはイントロンが無く、プロモーター領域に特殊な配列がある。またオペロンと呼ばれる遺伝子の単位があり、連続的に発現する遺伝子がスペーサーを挟んだように並んでいる。倍数性:ゲノムのセットが倍化するような変異を倍数性といい、キンギョやコイなどでは4倍体が知られている。性染色体による雌雄の二型の分化が進み、倍数化による進化機構が発達していないので動物ではきわめて限られているが、植物では倍数性はごく一般的で、高等植物の進化に倍数性を伴う例が多くみられる。 性染色体:常染色体とは別に雌雄を決定し、雌雄によって組み合わせが異なる染色体。 ヒストン:DNA結合タンパク質で、DNA分子とともに染色体の基本的な構成要素である。 多重遺伝子族:同一または類似の遺伝子が重複もしくは複合的に存在する遺伝子ファミリーのこと。例として免疫グロブリン遺伝子や血液グロビン遺伝子などが挙げられる。 葉緑体ゲノム:環状2本鎖DNAで、1対の逆方向反復配列により長短2つの領域に分断されている。また構造遺伝子には、光合成に関係する遺伝子の他、リボソームタンパク質の遺伝子、RNAポリメラーゼの遺伝子を含んでいる。 物理地図:染色体を大きなブロックに分断し、さらにコンティグにする。このコンティグについて制限酵素の切断部位を目印に作った地図。 コドンの偏り:1つのアミノ酸に対して複数のコドンが対応していることを縮退といい、縮退しているコドン同士を同義コドンという。生物がどの同義コドンを選ぶかには偏りがあるのでコドンの偏りという。 ドットマトリクス法:アライメントする方法のひとつである。ギャップとミスマッチが同時に起こると信頼性が低下する。野並植物体の水ポテンシャルが低下すると、まず細胞の伸長が阻害され、次に細胞壁、タンパク質の合成が影響を受ける。さらに低下すると光合成の炭酸同化に関与する酵素系が阻害される。このとき、植物体は糖やアミノ酸を蓄積することにより細胞内の浸透ポテンシャルを降下させて細胞膨圧を一定に保ち、細胞内からの脱水を防いでいる。この浸透圧調節機能を利用したのがマルチ栽培であり、例として温室ミカン等が挙げられる。極端な水ストレスは必ずしも糖集積に貢献せず、収量の減収になるので大きくて糖度の高い果実を得るには水ストレスをゆっくりかけながら、ストレス状態とそうでない状態を交互にかける必要がある。また、水ストレスにより気孔閉鎖が起こり始めたときに炭酸ガス富化を行うと光合成を有効に回復することができる。MALDI TOF-MSでは、波長が337nmの窒素レーザーを用いる。マトリックス有機化合物にレーザーを照射すると、レーザーのエネルギーによりマトリックス物質の電子軌道が励起され、分析するために混合した高分子にプロトン(H+)が付加するか取り去られるかしてマイナスまたはプラスの電荷を帯びてイオン化する。このとき、マトリックス有機化合物として用いられるβ―カルボリンはインドールNH基とピリジンN基が合わさったものであり、これらによってプロトン供与体としてもプロトン受容体としても働くことができる。また、インドールNH基とピリジンN基の位置関係が重要であり、比較的近傍にないとレーザーイオン化マトリックスとして機能しない。Rubiscoを構成する小サブユニットは核のDNAに由来しており、核孔から細胞質中に出たmRNAがリボソームのrRNAによって翻訳され小サブユニットが合成される。小サブユニットのmRNAはトランジットペプチドがコードされていて、小サブユニットとトランジットペプチドが合わさって前駆体となる。トランジットペプチドから葉緑体に入るよう信号が出され、前駆体が葉緑体の二重膜を通り抜けるとき輸送を行うのが分子シャペロンである。葉緑体中には葉緑体DNAに由来する大サブユニットがあり、輸送が終了しトランジットペプチドが切り離され完成した小サブユニットと結合することによってRubiscoが完成し、活性化された酵素として発現する。光合成のとき、Rubiscoは通常RuBPとCO2を反応させる。植物は光を十分受けるとRuBpが多量に合成されるのでRubiscoはCO2の固定と同時に光呼吸を行い、O2を取り込みRuBPを分解する。Rubiscoの活性状態は、外界のCO2濃度とO2濃度の条件と、葉の内部でのRuBPの合成条件に依存する。また、Rubiscoは核DNAに由来する小サブユニットがトランジットペプチドによってコードされ、分子シャペロンによって葉緑体内に取り込まれ、葉緑体DNAから合成された大サブユニットと結合してできた酵素である。マルチ栽培は植物の順化を利用した栽培法で、タイベックシートで植物体の根圏を覆う等マルチ処理を行った果実では、栽培土壌の水分含量が減少するにつれて果実に糖を集積させ、果実細胞の膨圧を維持している。そのときの糖の集積は光合成産物が転流されたショ糖ではなく、それが分解されたブドウ糖と果糖である。糖代謝が変更されることから浸透圧調節機能を働かせ順化していることがわかる。また水ストレスを利用して糖含量を高めるような処理をすることを「水切り」という。極端な水ストレスは必ずしも糖集積に貢献せず、収量の減収になるので、果実を大きくして糖度を上げるためには、水ストレスをゆっくりかけながらストレス状態とそうでない状態を交互にかける必要がある。πV=nRT V=0.001 n=モル濃度水ポテンシャルはπの値に-をつけ、単位はMPaで表す。水ポテンシャル=浸透ポテンシャル+膨圧 単位はMPa
2006.07.18
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同じ虫ばかり大量にかかるのでやめた。
2006.05.09
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昨日の雨のせいで水浸し・・・かなり死んでた。
2006.05.08
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いい加減しんどい。
2006.05.07
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ひたすら作る。
2006.05.06
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リアフェン取り外し 久々にベイトトラップしかけてみた
2006.05.05
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三日目。
2006.05.04
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二日目。
2006.05.03
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バイクで。
2006.05.02
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寝袋とテント買った
2006.05.01
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標本作り(最近まったく虫採ってない
2006.04.30
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100均 クワガタ屋
2006.04.29
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東予で虫採り
2006.04.28
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チャリはしいどい
2006.04.27
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つばささんがフロントベントくれるらしい。
2006.04.23
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いろいろ買った。
2006.04.21
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ゼミ カブト菌
2006.04.20
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ベジと昼飯
2006.04.19
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フライパンのふた
2006.04.18
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ジャスコ・エフコ・ガソスタ・すし
2006.04.17
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アリサとマックで
2006.04.16
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虫採り中止
2006.04.15
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夜しんじんち。久々の学食
2006.04.14
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OCR訂正 ハヤシライス 肉じゃが丼
2006.04.13
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英語たいへんそう。
2006.04.12
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部屋の片付け
2006.04.11
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ベーコンがいかれて映画館に閉じ込められた。
2006.04.10
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ジャスコ行った キングオブハーレー ゴールドマイン
2006.04.09
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沈黙の標的
2006.04.08
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パーカー先生に抗議 農ガイダンス
2006.04.07
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健康診断
2006.04.06
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さっちと神社へ。 再度OCR
2006.04.05
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久々に何もしてない・・・
2006.04.04
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OCRシート取りに行った。 ハムナプトラ1・2
2006.04.03
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オリターした。 飲み→はないち コモド見た
2006.04.02
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インセクタ見た マツオシゲ
2006.04.01
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エアクリ注文
2006.03.31
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ウォッカ飲みまくり
2006.03.30
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疲れてたので寝まくった。
2006.03.29
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昼過ぎごろ
2006.03.28
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大島で民宿に泊まった
2006.03.27
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採集禁止令
2006.03.26
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鳥取砂丘で採集。
2006.03.25
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風邪が治らず採集行けなかった
2006.03.24
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採集行かず。
2006.03.23
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かぜひいた
2006.03.22
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なかうで昼食
2006.03.21
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一川さん(ロードキングクラシック)とツーリング
2006.03.20
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三次会まで。
2006.03.19
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家族で庄屋
2006.03.18
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