伝統的に、アルパカもリャマも原種はグアナコであり、 ビクーニャは家畜化されたことがないと考えられていた[1]。 アルパカの学名も、リャマ属の Lama pacos だった。 ITIS(統合分類学情報システム)データベースもその学名を採っている。
しかし分子系統では、Kadwell et al. (2001)[2]などにより、アルパカは混血が激しいもののビクーニャが原種とされた。 この立場では、学名もビクーニャ属の Vicugna pacos となる。 しかしのちの Capo et al. (2009)[3]などでは、アルパカの原種はやはりグアナコだという結果になった。