アムロとシャアの物語の完結編として、 ダブルゼータガンダム の５年後、新生ネオジオン軍の総帥となったシャア・アズナブルとアムロ・レイを中心として、一年戦争から続いた一連の物語の最終章となっている。

宇宙世紀００９３ネオジオン軍は、地球に対し５ｔｈルナを地表に落下させる作戦を敢行した。この戦いで、シャアは再びネオジオン軍の総帥として地球に住む人類を粛正しようと動き出した。対する連邦軍のロンド・ベル隊は、ブライト艦長の指揮の下、ネオジオン軍の侵攻を阻止するために艦隊を展開した。そして、シャアに対抗するため、アムロは、νガンダムを実践に投入し再びシャアと対峙する。しかし、シャアは、目的のためにアクシズを政治取引で連邦軍から接収し、地球に対し、アクシズ落下作戦を開始した。