現在、CDリッピングする際、EACでFLACにしていましたが、
EACで直接ALAC(Apple Lossless)にするようにしました。

■EACで直接ALAC(Apple Lossless)にする方法
1.gaacのダウンロードファイルを解凍すると32bit用と64bit用のフォルダが
　できるので、32bit用フォルダを任意の場所に移動。（EACが32bitなので）
　※gaacのダウンロードファイルにrefalac.exeが含まれています。
2.EACのエンコードオプションの外部エンコーダのタブを選択し下記の様に設定。
・「エンコードに外部エンコーダを使用する」にチェック
・「エンコーダ別パラメータ」を「ユーザー定義のエンコーダ」を選択し
「使用する拡張子」を「.m4a」と入力。
・「エンコードに使用する～」にrefalac.exeの場所を参照。
・追加のコマンドラインオプションに下記を入力。

--artist "%artist%" --title "%title%" --album "%albumtitle%" --date "%year%" --track "%tracknr%" --genre "%genre%" %source% -o %dest%

・「エンコードが終了したらWAVを削除」にチェック。
・「CRCチェックを～」にチェック。
・「ID3タグを追加する」のチェックを外す。（これ大事）
・「外部プログラムのリターンコードをチェックする」のチェックを外す。
・「高品質」にチェック。

PS.
今回、実際にALACエンコードできる方法を確立するのに3時間かかりました。
特にコマンドラインオプションが難問でした。
参考になったサイトはありましたが、いずれのオプションもエラーになりました。
（原因は不明です。）
仕方なくオプションをいろいろ書き換えてエンコードテストして
やっと正しいオプションに辿り着けました。

－追記－

20枚ほどCDリッピングした時点で分かったのですが、EAC+refalacでCDリッピング
したALACをNP-S2000で再生できません。

・EACにてFLACでCDリッピング→XLDでALACにエンコード→NP-S2000でALAC再生OK
・EAC（refalac）にてALACでCDリッピング→NP-S2000でALAC再生NG

となったので、refalacでエンコードしたALACをNP-S2000では再生できないようです。

YAMAHAサポートに上記の不具合を問い合わせたので、その回答を待ちながら
別のリッピングソフトでも試してみます。