発売日：1997年8月1日
対応機種：PS1/SS/PC
※現在PS Storeにて配信中!!
エックス編
ある日、 シグマ は レプリフォース の最高司令官 ジェネラル の元を訪れ、人間に従ってレプリロイドを破壊する イレギュラーハンター の危険性を説き、ジェネラルにクーデターを起こすよう提案する。しかし、ジェネラルは人間に反抗することを断るとシグマを追い返した。
イレギュラーハンター の エックス は、イレギュラーハンター司令部から イレギュラー が ポイント5567で発生し、レプリフォースによって 空中都市スカイラグーンが占拠されたという報告を受けて直ちに出撃する。スカイラグーンに到着したエックスは数々の敵を倒し、奥へと進む。
そして、イレギュラーハンターの ドラグーン と遭遇すると、彼からイレギュラーが動力炉を破壊したため、スカイラグーンが地上に激突するということを聞く。エックスはこの危機に対処するため、ひとまずその場から脱出し、 地上にある街へと急行する。
街に着いたエックスは、イレギュラーによって 荒廃した街の姿を目の当たりにする。その後、エックスは敵を排除しながら、街を進み、 大型のメカニロイド を撃破した。そこに、レプリフォース陸軍士官の カーネル がやってくると、エックスはカーネルから、これらの所業はレプリフォースの仕業ではないということを聞かされるのだった・・・。
今作からキャラクターに 音声 が付きました。そして、従来通りステージ内に設置してある カプセル に入ることで 特殊パーツ を手に入れることができますが、エックスの バスターパーツ は 2種類 あり、異なる効果を持つバスターパーツをどちらか一つ取ることができます。（わたすはプラズマ派
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