放送期間（第8〜9シーズン）：2000年11月5日〜2002年5月19日
モルダー が 行方不明 になってから数日後・・・ スカリー は悪夢で目を覚ます。FBIのXファイル科に出勤すると、多数の局員がモルダーの机をあさっていた。さらに、 長官 の命令でスカリーは スキナー と共に証人として特捜班リーダー： ドケット の元で調書をとることになった。
二人の去り際に長官は 異星人 に関する供述を控えるように圧力をかけた。調書を待つスカリーは隣に座っていたドケットに苛立ちをぶつけて立ち去る。その夜、ドケットを調べるスカリーは 妊娠 による兆候に襲われる。そこには、何者かによる監視の目があった。
そうして、長官にモルダー捜索の指揮を申し出たドケットはモルダーの行方不明前の行動を調べ始める。そんな中でモルダーのパスによる ファイル盗難事件が起きる。彼の近い存在であったスカリーとスキナーはこの件で疑いの目がかけられてしまう。
その後、スカリーは二日前にモルダーのカードが使われた ノースカロライナから取り寄せた、 フォックス の名前が刻まれたモルダー家の墓石を目にする。さらに、医療記録からモルダーは 脳 の重病で治療していたことが判明。スカリーはスキナーと共に UFO の足取りから手がかりを探しに アリゾナへと向かった・・・。
このシーズン8から新たにドケッドと レイエス 、2人の捜査官が加わります。軍出身で 肉体派のドゲッド、モルダーには無い体力と魅力がありますね。（T-1000だし
） 霊的直感があるレイエスの方がモルダーに近いかもしれません。そして、妊娠の身であるスカリーと行方不明のモルダーの 旧コンビ
はあらたな局面を迎えます。ドゲット＆レイエスが メインコンビ
となってストーリーが展開されていきます。
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