Office 365のアカウントが対応しているのは、OneDrive for Businessであり、個人のMicrosoftアカウントが対応しているのはOneDriveです。
Flowの動作の中で対象となるドライブも、サインインしたアカウントに対応したものが基本になります。
OneDrive for Businessを利用するFlowは、Office 365のアカウントでサインインして作成するのが基本ですが、個人のMicrosoftアカウントでサインインしている場合でも、Flowの設定画面の中でOneDrive for BusinessのところにOffice 365のアカウントを登録することで使えるようになったりします。
なお、「OneDriveに追加されたファイルをOneDrive for Businessにコピーする」という2つのドライブにまたがる操作のFlowもあります。
この場合も、Flowの設定画面で、OneDriveとOneDrive for Businessへのサインイン情報をそれぞれ登録することになります。その後、それぞれのドライブにアクセスできるようになるので、それぞれのドライブでFlowの対象にするフォルダを選んで、フォルダを登録します。
このFlowによって、OneDriveのAというフォルダにファイルが追加されたら、OneDrive for BusinessのBフォルダにコピーするというような運用が可能になります。