La clémentine doit son nom au Frère Clément1 (Vital Rodier, 1839-1904) de l'Institut des Frères de Notre-Dame de l'Annonciation, qui était chef de culture de l'orphelinat de Misserghin (près d'Oran, en Algérie).
il s'agissait en réalité d'un hybride entre le mandarinier et l'orange douce (Citrus sinensis). Quoi qu'il en soit, Louis Charles Trabut voulant rendre hommage à l'homme d'église, décida de le nommer « clémentine » en son honneur.
La clémentine n'a pas de pépins contrairement à la mandarine. C'est un fruit vert à maturité, qui ne devient orange que sous l'effet de la baisse de température hivernale.
Les premières descriptions du clémentinier sont dues au docteur Louis Charles Trabut (1853-1929) qui les publia en 1902 dans la Revue horticole française no 10 et, en 1926, dans le Bulletin agricole de l'Algérie, Tunisie et Maroc2. À noter que le Traité pratique d'agriculture pour le nord de l'Afrique, paru en 1929, ne parle pas de clémentine mais seulement de « mandarine sans pépin ».
Avec la tangerine, elle a servi dans l'hybridation qui a donné la clemenvilla.