2006年08月の記事
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NMR とかそのほか
日記に書きそびれたけれども、昨日は夕方から集中講義の打ち合わせということでC大学の大学院理工学研究科のC先生のところに会いに行ってきました。後楽園の近くの高層キャンパスは、それなりにいいかんじでした。で、今日は早朝からともかく忙しい。名古屋工大のT先生からの依頼サンプル、測定。測定はうまくいったようだが、忙しくって処理する暇なし。その後、午後５時頃、急に強いふり飛ばされるような短い横揺れの地震が!実際には震度3ということだったけれども、かなり不安なかんじ。慌てて装置を観に行ったけれども測定には異常はなさそうだった。その後7時から飲み会。S君の歓迎会。あとは大変だった、みたい。
2006.08.31
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Endeavor Linux machine 起動せず
があああああっLILO画面。Lだけ出て、意味不明の文字が表示されて、LILO起動せず。この忙しいのになんてこったぃ!!明日以降自力解決を試みるも、長引いたらドオシヨウ?? (@_@OB-foldの論文がらみで、配列情報解析を行いたいのに!のに!昨日、産総研のT先生に電話で相談したところ、素晴しいアイデアをいただいたので、ぜひ確認して、おもしろいディスカッションをひとつ書き足したい、のに。そういえば、OB-foldの論文、英文校正から、文字どおり真っ赤になって帰って来た。俺って英語才能ないなあ(涙
2006.08.30
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chemical biologyの時代がやってきた!
今日は京大桂キャンパスで会議がありました。S先生主催の「戦略」の会議。S先生、このプロジェクトには、それはそれは労力をつぎこんで、新しいアイデアをためすために議論や吟味を重ね、共同研究者を募り、月1会の進捗状況報告会も欠かさず、なのに・・・御自分のラボの学生さんには、どのようなプロジェクトなのか構想のブループリントすらお話になってなかったんだそうです。ん～S先生らしい。T先生は相変わらずクールでひょうひょうと超然としてるし。#A先生は不在だったので、共同研究についての伝言できず。phytic acidわすれないようにつたえなきゃ。その後、阪大工学部のK先生のセミナー。先生の御業績の内容に加えて、その着想にいたった経緯と時代背景、それに加えてchemical biologyの誕生の歴史みたいなものをとてもわかりやすく解説していただいた、非常にexcitingなセミナーで、わざわざ京都に出張した甲斐がありました。晩の懇親会は隠れ家的居酒屋の「きちじ」(四条烏丸下がる)でした。
2006.08.29
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ピクニック
今日はYokotaがお弁当(彼女は「とう」を省略してオベンと呼んでいる。なぜオベンなのかは不明)を作ったので、北山から賀茂川べりを歩きにピクニックにでかけた。賀茂川べりには、野性のカメや大きな鯉や鮎やヤマベや、ザリガニやカエルなどがいて、川をみていると飽きることがない。おべんはJの分しか用意していないので、大人は進々堂でサンドウィッチを購入して、北山通りをウィンドウショッピィングしたあと、河原におりて、北大路まであるきます。そこから、さらに下賀茂本通りを下がってひいきにしている喫茶ヴェルディさんでお茶をすることに。いつもひいきにしているのではありますが、お店に入って中で喫茶をするのはひさしぶりです。Jはヴェルディが気に入ったらしく、マスターやママや店員さんに愛想ふりまきまくり。よかったね、J。
2006.08.27
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国際学会
PiyotaはNMR屋ですが、国際学会をさぼりました!!だって(雑用だけど)忙しいんだもん。うちの大学からはK教授とNa先生が参加のようです。沖縄にむけてがんばるぞぉ。なお、タンパクの一生の班会議は蔵王らしい。10月末にある、北海道の構造生物学関連シンポジウムもどうもスケジュール的にやめたほうがよさそうな雰囲気。
2006.08.24
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サトームセン
そろそろC大学で行うための集中講義の準備をはじめなければならないが、憂鬱。というか、前任者のS大先生がすばらしいテキストを作られておられたので、それを前に萎縮中。なんとかせねば。日中は、長らく封印されていた(というか手をつけられていなかった)OさんのVHSドメインの論文を手がけることにする。それなりに、手直しをしつつ、バイオインフォマティクス解析をすすめるためにPerlプログラムなどを書くが・・・CLUSTALXでマルチプルアラインメントを書ける前に、立体構造の二次構造を入力してGAP-penaltyを入れなければならない。まだできていないので、これは忘れないように。ラボのPCを再生しようと思い、IDEの3.5" HDDとOEM版WinXP-SP2を求めてさまよう。鶴見のサトームセンにいってはみたものの、自作PCパーツのコーナーが廃止縮小の憂き目にあっていた。しかたないので、イトーヨーカドーによってゴーヤを購入(夕食の食材である)。あまり脈絡はない。
2006.08.22
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延長15回
この日、炎天下。甲子園では決勝戦が延長15回引き分けで再試合となった。駒大苫小牧 対 早稲田実業熱闘。
2006.08.20
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新幹線で京都へ
Piyo実家をあとにして、昼すぎの新幹線でJともども京都へ。さて、新幹線のグリーン車で、芸能人のかたとご一緒になってしまいました ♪ わーい☆そもそもPiyotaはあまりTV番組も見ず、あまり芸能人も知らず、したがってこのてのニアミス機会も滅多にないか、あっても記憶にのこらないタイプの人なのですが・・・今回はこういうのに詳しいYokotaがしっかり気づいてくれたので。というわけで「さんまのからくりTV(TBS)」の人気コーナー「ご長寿早押しクイズ」司会でおなじみ鈴木史郎アナウンサーとおなじ車両になりました。でも鈴木氏はスタッフかマネージャーと思しき人と、ずっと車中で打ち合わせしていたみたいだけどね。
2006.08.19
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里帰り二日目
今日も実家の両親にJを見せて、Jのことをかまってもらう。Jはまあまあお利口にしている。だがときどきは散歩とかに連れて行かないと、退屈して機嫌がわるくなったりするようだ。というわけで、まず午前中は、徒歩で円覚寺に向かう。暑くなる前に、とおもったが9時を過ぎたあたりで気温は徐々に上昇。それでも境内の中は巨木も多く、日陰は涼しい感じ。日中のお昼ねタイムをはさんで、午後は今度は近所の常楽寺に向かう。常楽寺は、建長寺の由緒寺院で、建長寺初代住職が開山するまでの間寄宿していた寺であるとのこと。地味だがそれなりに歴史のある寺ということか。あと、自宅にPiyoが幼少時より使っていたPianoが置きっぱなしになっているので、その鍵盤のまえに、Jを抱えて向かわせてみる。いや、もう喜ぶこと喜ぶこと。喜んで鍵盤に両手をたたきつけて、ひとしきり遊ぶ。将来はパンクか前衛音楽か。
2006.08.18
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里帰り
京都よりYokotaがJを連れて上京。今日より二泊の予定でPiyo実家にJを見せにいく。Jはお利口にしていてくれるかな?Piyo実家ではとくに何をすることもなく、だらだらする。今年の夏は、実に暑い。
2006.08.17
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ProFTPDの立ち上げに成功
ひさしぶりにLinuxネタを。これまで、Local serverとして機能させていた自宅PCですが、httpdはstand alone, sshdは無事inetd経由、でそれぞれちゃんと立ち上がっていたのですが、ProFTPDがデフォルトにもかかわらず立ち上がらずに難儀しておりました。でついに、原因を発見、fixにいたりました。それはProFTPDがinetd起動時に、/etc/hostsを見に行ってlocalhostのIPを参照しにいくためにおきていたのでした。自宅PCは途中でnetwork設定を変えたりしていたので、/etc/sysconfig/network に設定してある自分自身のhost nameが/etc/hosts にかかれていないという状況になっていたのでした。NETWORKING=yesHOSTNAME=piyota-vl.xxxxxx.ne.jpと127.0.0.1 localhost.localdomain localhost192.168.1.2 piyota-vl.xxxxxx.ne.jp piyota-vlこの、192.168.1.2のエントリーがpiyota-vlになっていなかったのがProFTPDが起動しなかった原因でした。あとの設定は基本中の基本です。たとえば/etc/inetd.confにお約束の一行ftp stream tcp nowait root /usr/sbin/tcpd in.proftpdをくわえるとか、/etc/proftpd.confにServerType inetdをただしく入れるとか、ともかくそんなかんじで成立しました!
2006.08.15
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論文受理通知
S先生、およびT先生よりそれぞれメールあり。カエル論文、reviseと同時に受理された網様。すばらしいです。大学院生Sさん、おめでとう＾ー＾だが・・・本当の戦いはいまはじまったばかりなのだ!!
2006.08.14
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福知山合宿二日目
今日はヒロトとY田姉妹(4歳と5歳?)とkanapiと愛犬二匹と川で魚取りしました。川のちいさな流れ込みの溜まりに、ヤマベがたくさん集っています。それをとるためにちょっと細工を。まず、流れ込みの下流に石をつんで、即席のダムをつくって水かさをまします。そこにヒロトが乱入すると魚が浅瀬に逃げてきます。それを手掴み。三匹くらいとったかな?それからイッチャンの愛犬カルアがやんちゃくれで子供大好きで、こどもがおかしをたべているとそれをぺろぺろしにいっては、こども達がこわくて泣き叫んでいました。うむ。かわいそうに。Y田姉妹が泣き叫ぶ。それにしても女の子って繊細なのね。と実感。逆説的に、Jはあんまり繊細じゃないらしいということです。たとえばJはカルアにぺろぺろされて、けらけらわらってました。yokotaの観測では、「おそらくなにもわかっていないんで恐がらないんだろう」と。さもありなん。ともあれ、しんちゃん、kanapi、素敵な休日をありがとう!!Jはお父さん登りをしながら脚力を鍛え中で、掴まり立ちまであとわずかかもしれません。
2006.08.13
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福知山合宿
Yokotaの高校時代からの友人kanapi夫妻に誘われて、恒例の福知山テニス合宿にいきました。鯖街道をぬけたところで午前11時30分なのですが、そこから国道27号線が原因不明の自然渋滞で、およそ10kmをぬけるのに1時間あまり。海水浴場についたころには全員引き上げ態勢で海にはいれずちょっと残念。0歳児でも入浴可能な日帰り温泉でJくん、温泉初デビューです。シャワーざぶざぶあててけらけらしているので、本当にお風呂が大好きなんだなあ、と実感。Jくん、ずっと車で揺られていてごくろうさま＾ー＾おりこうにしててくれてありがとう!
2006.08.12
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論文再投稿第二段(準備中その２)
それにしてもここのところの暑さは思考力と冷静さと体力をじゃんじゃかうばっていってしまいまする．つらいなぁ．というわけで，鶴見に戻ってきてからSさんと対策会議を開きました．で，その対策会議の席上あきらかになったのは，これまでの再現性の低さを本質的な原因から解決できる糸口がどうやら示されたと感じたことです．それはおそらくタンパク質の濃度（の測定誤差）とか，マイクロインジェクターの操作上の手のぶれや注入量の誤差とか，カエルの卵の個体差とかばらつきとか，そのあたりのパラメータだけの問題ではないか，ということが判明してきたのでありました．ここだけのハナシ，この発見はPiyotaにはどう本質的に思えます．うまくまとめればもう一本論文はかけるだろう，という感じです．【本日の教訓】「解決のヒントは現場にあり」
2006.08.08
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論文再投稿第二段(準備中)
こんどは大学院生Sさんのいわゆる「カエル」論文再投稿です．こちらは本当にタイムトライアルとなっていて，論文再投稿と受理の時期次第によっては，Sさんの卒業予定が大きく狂ってしまうというかなり深刻な状況ではあります．そのため朝一で京都大学の桂キャンパスまで召集がかかり，そこで対策会議となりました．しかし，データの再現性についていろいろと悩ましいことが．暗雲がたちこめています．また，こういうことをしている間に，ライバルに論文を出されてしまいました．ある意味，これは痛いです（実は別の理由があって痛くないんだけど）ともあれ，予断を許さない状況．
2006.08.07
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新幹線の延着
まずは記事の引用から４日午後８時１０分ごろ、静岡県浜松市砂山町の浜松駅を通過した東京発新大阪行き東海道新幹線「のぞみ１４９号」の非常ブレーキが作動し、緊急停止した。けが人はなかった。ＪＲ東海は１４９号を浜松駅に戻し、運転を打ち切った。この影響で、小田原－浜松間で一時、下りの運転を見合わせるなど、上下計２５本が最大で１時間１０分遅れ、計約２万７０００人に影響が出た。この，上下計25本のうちの1本にPiyotaはのっておりました．新富士の駅を徐行で通過したときにアナウンスが入り，ここから浜松までの間に13本電車が糞づまっているというお知らせが入りました．京都での地下鉄の終電がはやいので，それに間に合えばいいな，と思いながら，しかたないので身体と頭を休めておりました．やれやれ閑話休題 一応備忘録ですので日中の話題を．午前中，大学院生ニューカマーのA君の作戦会議を召集．スーパーバイザーに博士課程のIさんに，情報提供をお願いして，みっちりとブレインストーミングをおこないました．新しいドメインを切出すことにしました．斬って斬って切りまくります．ところで配列情報検索をすると，FORTEが挙動不審を示します．参ったなあ．．．
2006.08.04
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論文再投稿完了（第一弾）
論文再投稿完了，第一弾．大学院生Ｉさんの力作？苦労作？これから僕たちの伝説に残る奇跡の大逆襲がはじまるのです，きっと．ながくかかっているけれどもこれはいつかは絶対に通す．不退転の決意．でも目がしょぼしょぼですね．さすがに疲れました．疲れたときは５Ｆに行ってカエルをながめるにかぎります．カエルはいつもぼよぼよふよふよほのぼのしてます．
2006.08.03
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かなぐすく
またもや「かなぐすく」で飲み会しました．京都大のA先生とポスドクのKA君の懇親会．沖縄料理を二人に堪能してもらえてハピーハピーです．
2006.08.01
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