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2024.02.13

Fortran標準ライブラリstdlibのインストールにはまる

カテゴリ： linux

Fortranで巨大なファイルをソートする必要があり、いい方法がないかと探したら、Fortran標準ライブラリというものがあるらしい。
その中のsort_indexというコマンドが使えそうだ。
やったことは以下の通り。
まずstdlibのインストール

#cd stdlib

#cmake -B build

ここで、エラーが出る。gccのバージョンは９以上必要とのこと。
centos7の場合、devtoolsetを使えば、バージョンを上げられるが、
結局、これでも同じエラーが出るので、諦める。

almallinux9のマシンで再度挑戦。
このマシンでは、gcc-11である。
#cmake -B build
再びエラー。
今回は、fyppがないとのこと。
#pip install fypp
ここでもエラー。
いろいろ試したところ、どうもpythonが古いようだ。
pythonをpyenvで管理しているのだが、pyenvも古くてpythonの更新ができない。
そこで、pyenvの更新。
#cd .pyenv/plugins

#git clone https://github.com/pyenv/pyenv-update.git
#pyenv update
この後、python(anaconda)の更新

# pyenv install anaconda3-2023.09-0
# pyenv global anaconda3-2023.09-0

これで、fyppのインストールができる。
# pip install fypp
ここから、stdlibのインストールに戻る。

#cmake -B build

#cmake -build build
#su

#cmake -install build

標準では、

/usr/local/lib64/にlibfortran_stdlib.a

/usr/local/include/fortran_stdlib/GNU-11.4.1/にstdlib_sorting.mod

がインストールされるようだ。
GNU-11.4.1は、gccのバージョンだと思う。

次に、fortranのプログラムに関して。
行頭に以下の文を入れておく。

use :: stdlib_sorting, only: sort_index,int_size

それと、index用の配列を定義しておく。

INTEGER(int_size), allocatable :: index(:)

例えば、integerのarrayをsortの対象とすると、

　　INTEGER, allocatable :: array(:)

...
allocate (array(num))

allocate (index(num))
arrayとindexは、同じ大きさの配列であるということ。
...

call sort_index(array, index)
オプションなしだと、call後に、arrayは小さい順に並ぶ。
index配列にcall前に何か数字を入れておく必要はない。
call前、arrayの一番小さな数値がn番目にあったとすると、call後、index(n)=1となる。

makefileは、以下のようになると思う。

TARGET = a.out

OBJECTS = main.o

FC = gfortran

FFLAGS = -O2 -mcmodel=medium

INCLUDE=-I /usr/local/include/fortran_stdlib/GNU-11.4.1/

LFLAGS=-L /usr/local/lib64 -l fortran_stdlib

.SUFFIXES : .o .f90

.f90.o:

${FC} ${FFLAGS} ${INCLUDE} -c $<

${TARGET} : ${OBJECTS}

${FC} ${FFLAGS} -o $@ ${OBJECTS} ${LFLAGS}

.PHONY: clean