はるか彼方の宇宙にある人類の12コロニー惑星（コロニアル連合）。あるとき、人間が開発したロボット・知能であるサイロンが突如反乱を起こした。激戦の末、双方で休戦が宣言され休戦ラインを策定、戦争は終結した。人類は、サイロンのウィルスなどに対抗するため、コンピューターなどの最先端機器の大半を捨てた。両者は毎年休戦ライン上にある宇宙ステーションで会合を開くことになっていたが40年以上後の第二次サイロン戦争開始直前までサイロン側が現れたことはなかった。

第二次サイロン戦争（12コロニーの滅亡）

だが、サイロンは人間と見分けのつかない人型サイロンを開発し、12コロニーに潜伏させていた。そのうちの一体であるナンバー6は、天才科学者ガイアス・バルターを誘惑し、コロニアル艦隊の防衛ネットワークへの秘密工作に成功する。そして休戦ステーションに人類側の使節が到着したその日、サイロン軍による12コロニーへの大規模核攻撃を含めた総攻撃が行われた。バルター博士開発の新型ネットワークを導入していたコロニアル艦隊は、ナンバー6によってうがたれたセキュリティ・ホールから送り込まれたウィルスによって無力化され、なすすべもなく壊滅した。12コロニー惑星は無差別核攻撃によって滅び去り、何十億人もの人々が犠牲となった。こうして、第二次サイロン戦争はサイロンの一方的な勝利と人類世界の壊滅によって、わずかな時間で事実上終結した。

宇宙空母ギャラクティカ

コロニアル艦隊の主力である宇宙空母（バトルスター）のうち、この奇襲を生きのびることができたのは、第一次サイロン戦争の英雄であり、当時の戦訓にしたがって艦のネットワーク化をかたくななまでに拒んできたウィリアム・アダマ艦長率いる老朽艦ギャラクティカ号だけであった。開戦当時、惑星カプリカ近傍で博物館に改装される途中であったギャラクティカは、右舷が売店に改装済みである上、主力戦闘機群をサイロンのウィルス攻撃により失ってしまったが、展示用に収納されていた旧式戦闘機バイパーII型を使って、辛くも敵の襲来を生きのびた。

船団の逃走

一方、奇襲当時に宇宙空間にいて難を逃れた民間船は、唯一生き残ったコロニー政府閣僚であるローラ・ロズリン教育庁長官（大統領に昇格）の指示によって集結した。しかしそこにもサイロンの攻撃が迫り、ロズリン大統領はやむなく超光速ジャンプ能力を持たない数多くの民間船を置き去りにし、ギャラクティカと合流するに至った。そして、ロズリンは抗戦を主張するアダマを説得し、新天地をめざして未踏の宇宙空間への逃走を始めたのである。この人類最後の船団の構成人口はわずか五万人弱。

地球への長い旅

アダマは人々に希望を持たせるため、太古の伝説に語られる13番目のコロニー「地球」を最終目的地とすることを宣言した。だが、地球に至る道筋は誰も知らなかったのである。また、サイロンも人類壊滅をあきらめてはいなかった。人型サイロンは船団の中にも潜み、こうして長く絶望的なギャラクティカと人類船団の旅が始まったのである。