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ちぇブラとはロシアの大人気人形アニメ「チェブラーシカ」のことです。映画チェブラーシカを見て、彼の無垢さと無力さに感動しました。ちぇブラで行こうっていうのは、つまりチェブラーシカみたいに「手ぶら」で行ってみようっていう感じです。
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2010.09.01
カテゴリ： 生命科学
Cyana 2.1 計算中
ただし、なんとなくコツがわかってきた。結局、キモは13C-edited-NOESYと13C-HSQCのピークから、化学シフトのずれがいかに少なく、正確にピークを拾えてそれが化学シフト表になっているか、13C-edited-NOESYのピークをいかに上手に拾うか、にかかっているようなのである。少なくとも、13C-edited-NOESYと13C-HSQCは、同日に測定して、同じパラメータで化学シフトカリブレーションをすることが、絶対条件である。当り前なんだけれども、これがなかなかできない。
計算時のマシンスペック比較
ラボのメインマシンの-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:23 final.pdb
-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:22 cycle7.pdb
-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:20 cycle6.pdb
-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:19 cycle5.pdb
-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:17 cycle4.pdb
-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:16 cycle3.pdb
-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:14 cycle2.pdb
-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:12 cycle1.pdb
計算時間をls -ltで結果ファイルのタイムスタンプで評価
Intel(R) Core(TM) i7 CPU 860 @ 2.80GHz
100aa の構造計算をおよそ12分くらい。
これを同じことをnotepc lenovo IdeaPad U350で行うと、こんな感じ。やはり4倍も遅い、というべきか。
-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:45 final.pdb
-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:38 cycle7.pdb
-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:31 cycle6.pdb
-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:24 cycle5.pdb
-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:17 cycle4.pdb
-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:09 cycle3.pdb
-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:02 cycle2.pdb
-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 18:55 cycle1.pdb
100aa の構造計算をおよそ50分くらい。
Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU U9400 @ 1.40GHz
コア数が半分で、各コアのクロックがちょうど半分で、コア設計もCore i7のほうが新しくてメモリもキャッシュも多い、という状況ならば、4.2倍の性能差は非常に妥当というところであろう。IdeaPadで一応計算ができるということもわかった。1時間弱、か。新幹線の移動時間を無駄にしなくて住むということか。
悪くない。
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最終更新日
2010.09.17 02:32:31 コメントを書く
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