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DELL VOSTRO 3590 高速化計画 スペックデバイス名 DESKTOP-0SC57L2プロセッサ Intel(R) Core(TM) i5-10210U CPU @ 1.60GHz 2.11 GHz実装 RAM 8.00 GB (7.85 GB 使用可能)デバイス ID 013261E8-F539-4E1F-8EB0-3553EA3BDA55プロダクト ID 00325-96631-71685-AAOEMシステムの種類 64 ビット オペレーティング システム、x64 ベース プロセッサペンとタッチ このディスプレイでは、ペン入力とタッチ入力は利用できません自宅で主に家族がネット閲覧やDVD閲覧やSkypeなどに使用しているPCが、遅くて重くて使いにくいというクレームが再三あがってきていて、長らく原因が不明だったので、ともかくできそうなことは全部やることにした。そこに朗報というかなんというか、仕事用に使っていたデータバックアップ用SSDが、卒業生のデータを取り込むだけの容量が残っていないことがまず判明した。そこで、もうしばらく継続利用することも含めてポータブルの2TBのHDDを購入することにして発注。そうすると、現在データ用に使用しているSSDが余るが、これは512GBある品なので、自宅用PCのシステムには十分使えそうである。ということで、玉突きでシステム移行ができるようになったのである。なおそれ以外にもWindowsとIMEの設定を大幅に見直すことで、動作は軽量化できた。・Winボタン→歯車アイコン→システム→システムの詳細情報→システムの詳細設定→詳細設定→視覚効果ここまで下りて、一度「視覚効果」を「パフォーマンスを優先」にする。そうするとチェックが全部はずれるので、次にカスタムのメニューをあけて、●アイコンのかわりに縮小版を表示●スクリーンフォントを滑らかに●プレビューを有効にこれだけチェックを入れて「適用」 これでwindowsの反応のもたつきがかなり改善した。それからIMEの設定●予測入力 → OFF に●学習 → 一旦OFF、入力履歴を消去、ONに。(おそらく履歴がたまりすぎて遅くなっていた可能性が高い)それからC: ディスクのお掃除Winボタン→Windows管理ツール→ディスククリーンアップ→システムファイルのクリーンアップさて、それではいよいよHDD→SSDの換装作業を始める。C: ドライブはHDDで1TBあるが700GB以上未使用なので、このままの使用ペースならば当面512GBのSSDでも困らないはずである。そこで、まず、その他のリカバリー領域などのWindowsのシステムからは見えない領域も含めてtotalが512GBに収まるように、あらかじめWinが入っているパーティションのサイズを縮小する。・Winボタン→歯車アイコン→検索窓に「ディスクの管理」と入れると「ハードディスクパーティションの作成とフォーマット」という選択肢が出てくるのでクリックすると、ディスクの管理という小さいウィンドウが立ち上がる。意味がわからない。ここに飛ぶショートカットはないものか。ともかくこれをつかうとシステムパーティションであっても、サイズが変更できるのである。このメニューでHDDのdisk 0の帯図のOS C: のパーティション領域を右クリックして、「ボリュームの縮小」で400GBくらいにしておいてやる。なお、このHDD、回復パーティションが2つ、あわせて12GBくらい隠れているのだけれども、どちらかはWindows7にリカバリーするときのパーティションだと思う。消したいのだけれども今回は未着手。・SSDのほうはコマンドラインから完全フォーマットを行う。たぶん4時間くらいかかった。・Windows + R → cmd → プロンプト立ち上がる。> diskpart> list disk> select disk 1> list disk ※印を確認> list partition> clean> list partitionこれでヘッダは消去されているのだが実はデータは残っている。> clean all ※数時間かかる。すべてのセクタに00を書き込むらしい。※※参考完全データ消去で廃棄ディスクからの情報漏えいを防ぐ(Windows diskpart編) https://atmarkit.itmedia.co.jp/ait/articles/1004/16/news101.html#:~:text=diskpartコマンドのcleanは,その痕跡も削除できる。・Macrium ReflectこれのReflect 8 trialをダウンロードして1月限定で使用させてもらう。使い方は下の画像参照このディスクのクローンを作成、で3時間くらい?でクローン作製を完了してくれた。さて、HDD→SSDへの換装は、明日、筐体をあけて差し替えて行うことにする。すんなり立ち上がればよいのだけれども。なおこれまでお世話になってきたEaseUS、システムディスクコピーは、最近は完全無料ではできなくなったらしい。Macrium Reflectである。
2022.03.05
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諸事情あり自宅で使用しているPCのうち一台を割と高性能かつ高モバイル性能のものに差し替えることとなり、トラブルの末、直販でLenovo Yoga Carbon Slimにした。レノボジャパン Lenovo ノートパソコン YogaSlim750iCarbon ムーンホワイト 82EV003AJP [13.3型 /intel Core i7 /SSD:512GB /メモリ:8GB /2020年12月モデル]スペックはこんな感じ Lenovo Yoga Slim 750i Carbon - ムーンホワイト製品番号: 82EV003CJP *プロセッサー インテル Core i7-1165G7 プロセッサー ( 2.80GHz 12MB ) *初期導入OS Windows 10 Home 64 bit *ディスプレイ 13.3"2.5K, IPS, 光沢なし, LEDバックライト 2560x1600(16:10液晶)ちょっと縦長で面白い*メモリー 16.0GB LPDDR4X-4266 SDRAM オンボード 4266MHz*ストレージ1 1TB SSD, M.2 PCIe-NVMe*電源アダプター 65W*グラフィックス CPU内蔵 (インテル Iris Xe グラフィックス)*バッテリー 4セル リチウムイオンポリマーバッテリー*Bluetooth (バージョンは製品出荷時のOSのバージョンに依ります。)*内蔵カメラ IR&720p HDカメラ*キーボード フルサイズ (バックライト付) 日本語*ポインティングデバイス タッチパッド*ワイヤレス Wi-Fi 6対応 (IEEE802.11ax/ac/a/b/g/n準拠) *重量 966g画面めっちゃきれい。日曜日に発注して水曜日には届く爆速っぷり。ただし日曜日の日中、e-commerceのサイトが落ちたせいで同じ発注が二本いってしまったり、そのキャンセルに途惑ったりと、いろいろ発注が確定するまでトラブルがなかったとは言えない。初期チェックした範囲内では初期不良ではない商品にあたったようで、現状、性能には満足といえる。ちょうどキャンペーンだったこともあり、価格も安かった。(それでもこれまで購入したノートPCのなかでは一番高価)。
2021.07.21
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CentOS 8.3をインストールした業務用(研究用)のLinuxマシンにPymolを導入する必要があったのでそれを成し遂げたので、その際のメモ。まずは最重要の一次情報源に当たることをお勧めする。Pymol wikiこのなかの Linux Install をよく読む。ただし、十分なライブラリ環境設定が整っていないので、いきなりははじめないのがよい。CentOS では、基本、yum コマンドでインストールをする。基本構文はyum install パッケージ名ないときは探すと別名でパッケージが見つかるときがあるので試すといいのがyum search パッケージ名なのだけれども、通常のリポジトリにパッケージが置いていないけれども、少し工夫すると用意されている場合がある。それがEPELとPower Toolでした。1. EPEL /Extra Packages for Enterprise Linux を有効化する。参考yum install epel-releaseこれを一度やっておくとepelリポジトリの追加パッケージもインストールできるようになる(はず)設定により常時epelが使える状態と指定したときにしか使えないモードがあるようだ。後者の場合、yumにオプションをつけるとよいらしい。yum --enablerepo=epel install パッケージ名 似たような使い方にyum --enablerepo=epel extras パッケージ名 がある。ここまで理解して確かにいくつかのライブラリがスコスコインストールできたので万能感になっていたのだけれども何かでハマった。でPowerToolというものを学んだ。2. CentOS PowerToolsを有効化しておく。参考(PowerTools有効化)PowerToolsCentOS で利用できるリポジトリの1つです。 PowerTools リポジトリには、多くの EPEL パッケージに必要な開発ツールが含まれています。vi /etc/yum.repos.d/CentOS-Linux-PowerTools.repo..enabled=1 <---- 0から変更にすると有効化できるこれをするとEPELも無敵になる。3. ここまできてPymol wiki linux install のtar ball からのコンパイルに挑みます。ソースファイル入手の準備yum install gitgit clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source.gitgit clone https://github.com/rcsb/mmtf-cpp.gitmv mmtf-cpp/include/mmtf* pymol-open-source/include/cd pymol-open-source4. 必要なライブラリの準備yum install gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel \ freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel glm-devel \ msgpack-devel netcdf-develたぶんすんなり通らないはず。 python-devel, tkinter, python-pmw が多分通らない。python-devel とtkinterはCentOs8.3ではパッケージ名が変更があったようである。python3-devel, python3-tkinter がそれらしい。あとリストにはないけれどもnumpy とQtが欲しい。python3-numpy, python3-qt5だそうだ。検索したらわかった、よかった。そして最後までpython-pmwはcentos8用のバイナリは見つからなかった。7用を無理して入れたら怒られたのであきらめる。5. コンパイルpython3 setup.py build install \ --home=$prefix $prefixの設定がいいかげんだったのだけれども何とか無事動かすことができた。誰かの助けになればと思い、備忘録かわりに記しておきます。おまけのおまけですがImageMagickとImageMagick-develも入れておきました。これまでVine Linuxで楽させてもらっていたので、CentOSの素人お断りの硬派な感じは新鮮・・・なわけない。なれたら使いやすいのかもしれないが、苦労ばかり多くてあまり好きになれない。
2021.06.25
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1. amazonのプライムデーという特選タイムセールでFire HD 10 タブレット ブルー (10インチHDディスプレイ) 32GBを購入した。シリアル番号:G0012B0602XXXXXXとんでもない値段だった。定価:割引:¥15,980-¥ 6,000 -----ご請求額:¥ 9,9802. amazon Kindle HD はほぼ基本はAndoroidタブレットであるが、基本的にはamazon アプリストアが提供するアプリしか使えない。そのため、他の電子書籍ベンダーが提供する電子書籍を読むことはできない。piyota的には特に・honto (ライトノベル)・booklive (コミックス)が読むのに必要である。あとは実はあまり必要なかったりする。そこで3. FireタブレットにGoogle Playをインストールする方法【2020年版】 https://ygkb.jp/6312のサイトを参考に4つのAPKをDLして、その順番にインストールしたところ、無事何の問題もなく、hontoとbookliveアプリがインストールできた。コストパフォーマンスは最高と思われます。ディスプレイ 10.1インチHD、IPSディスプレイ、解像度1920 x 1200、224ppi、フルHDビデオ再生、反射防止技術採用 サイズ 262 x 159 x 9.8mm 重量 504 g(サイズや重量は機器構成や製造工程によって異なる場合があります) カラー ブラック、ホワイト、ブルー CPU/RAM 2.0GHzオクタコアプロセッサ、2GB RAM オーディオ 3.5 mm ステレオ ジャック、内蔵スピーカー カメラ 2メガピクセルフロントカメラ +2メガピクセルリアカメラ +720pHDビデオレコーディング 入出力 USB-C(2.0)ケーブル。充電には同梱の9W充電アダプタを接続。512GBまでのmicro SDカード対応(別売)
2020.10.19
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テレワークで本格的に利活用する必要性に迫られて、4Gメモリしかなくてトラブルが起きがちな自宅デスクトップの改良高速化に着手することにした。Epson Endeavor TY1100S (2012購入)Windows 8 64bitPCリサイクルマーク付(家庭向けパソコン用)インテル(R) Core(TM) i5-3470 プロセッサー (3.2GHz)インテル(R) H77 Express チップセット(標準搭載)4.0GB(2.0GB×2) PC3-12800 DDR3 SDRAM1TB シリアルATA 600MB/s対応 7200rpmスーパーマルチドライブ(DVD±R 2層書込) シリアルATA 対応インテル(R) ハイ・デフィニション・オーディオ (標準搭載)1000Base-T/100Base-TX/10Base-T対応ネットワーク機能 (標準搭載)マルチカードリーダー (標準搭載)IEEE1394 (400Mbps) (標準搭載)セキュリティー対策ソフトウェアなし1年間無償 お預かり修理(PC本体)(標準)109 USBキーボード&ホイール付きUSBオプティカルマウス(M-Uシリーズ)パックCPU内蔵3Dグラフィックス200522Core i5 3470 3.2GHzwith 4G memory system disk = 1TB HDD 7200rpmPCMark 10PCMARK 10 1358 Essentials 2938App Start-up Score 1599Video Conferencing Score 4404Web Browsing Score 3603Productivity 2805Spreadsheets Score 3366Writing Score 2339Digital Content Creation 826Photo Editing Score 564Rendering and Visualization Score 735Video Editing Score 1363200522Core i5 3470 3.2GHzwith 12G memorysystem disk = 1TB HDD 7200rpmPCMark 10PCMARK 10 1541 Essentials 3678App Start-up Score 2541Video Conferencing Score 4730Web Browsing Score 4140Productivity 3202Spreadsheets Score 3471Writing Score 2954Digital Content Creation 844Photo Editing Score 568Rendering and Visualization Score 740Video Editing Score 1434200530Core i5 3470 3.2GHzwith 12M memorysystem disk = 120GB Transcend SSD SATA3 (TS120GSSD220S)PCMARK 10PCMARK 10 1624 Essentials 4766App Start-up Score 5977Video Conferencing Score 4369Web Browsing Score 4146Productivity 2826Spreadsheets Score 2233Writing Score 3579Digital Content Creation 864Photo Editing Score 586Rendering and Visualization Score 742Video Editing Score 1486200531Core i7 3770 3.4GHzwith 12G memorysystem disk = 120GB Transcend SSD SATA3 (TS120GSSD220S)PCMARK 10PCMARK 10 1872 Essentials 5449App Start-up Score 6300Video Conferencing Score 5444Web Browsing Score 4719Productivity 3654Spreadsheets Score 3814Writing Score 3501Digital Content Creation 895Photo Editing Score 485Rendering and Visualization Score 1066Video Editing Score 1388SUMMARYPCMARK 10 1358 -> 1872 Essentials 2938 -> 5449App Start-up Score 1599 -> 6300COST Transcend SSD 120GB 2.5インチ SATA3 6Gb/s 3D TLC NAND採用 3年保証 TS120GSSD220S¥ 2,945CFD販売 デスクトップPC用 メモリ PC3-12800(DDR3-1600) 4GB×2枚 240pin DIMM (無期限保証)(Panram) W3U1600PS-4G¥ 5,539オウルテック 2.5インチHDD/SSD用→3.5インチサイズ変換ブラケット ネジセット付き ブラック OWL-BRKT04(B)¥ 398Core i7 3770 3.4GHzYahoo Auction\ 7,700SSDはアプリの起動速度が違う
2020.05.31
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本日はテレワークをしました。デスクトップPCとラボで使用しているノートPCの二台体制で、午後ずっとZOOM会議。椅子が簡易パイプいすなので、足とか痛くなります。腰を痛めないよう要注意。やはりオフィスのように集中して長時間の書類作成みたいな仕事はできません。
2020.04.27
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残念ながら21日経過しても孵化がはじまらない・・・失敗か?問題があるとしたら(1)孵化開始後数時間で、孵卵器の制御のプログラムの不具合で一度、温度が28度まで下がってしまってしばらく(数時間?)放置されていたこと(2)湿度が十分ではないことの二点。ラズパイで機器制御をする際、装置にはキーボードもディスプレイも取り外すので、稼働状態を確認しようとするとsshなどで遠隔アクセスするしか方法がない。しかし、niku.pyというスクリプトの改良版を動かすときに、そのまま動かすと、端末がタイムアウトしてssh接続が自動切断された際に、動かしていたjobが停まってしまうのであった・・・これが盲点であった。これを回避するためには、linux コマンドのnohupを使用する。nohupを使ってログアウト後もコマンド実行するようにするラボでは、linux端末から常時使用していたので、いままでこういう状況にならなかったという、不明を恥じたい。さて、それでも、Nちゃんが転卵・検卵する際に、リアルタイムで温度がわからないのは不便だ。というわけで、なるべく安くLCDディスプレイを付けて、温度と時刻が確認できるように、追加装備をつけることとした。購入したのはこちら青色 LCD1602 IIC I2C TWI 1602 シリアル LCD ディスプレイモジュール Arduino対応 [並行輸入品] 650円 amazon で1602 LCDと検索するとどんどん出てくる。最安値は単品で370円くらいか?これにI2C用のシリアル変換基盤があらかじめついているのが上記である。別々に買ってももちろんよい。いわゆる日立が大元を開発した製品 SC1602 16x2 LCDディスプレイの互換品に、no-brandのシリアル変換基盤が組み込まれているものである。この製品、Arduino用なので、5Vで駆動するので本来ならば3.3V 5V レベル変換器を通さなければならないのだが、直結でも動くようだ。結線などの参考サイトはこちら。1602 I2C Serial LCD Moduleをラズベリーパイ3(Raspberry Pi 3)で使う(あることないこと日記)スクリプトのオリジナルの公開もとはこちら。Using I2C Enabled LCD Screens with the Raspberry Pi手順はラズパイのI2Cを有効化する。基本的には/etc/modules にi2c-devが書きこまれていればよい。現在のマシンでは、そのほかにw1-gpiow1-thermが書きこまれている。後者は1-wire温度センサーのためのものである。それから正しく結線してスクリプトをダウンロードして動かせば動くはず。動いた。このあとスクリプトを改変していく。(1)温度を読む pythonスクリプトの該当部分をniku.pyから抽出して挿入 温度の値は文字列に変更。(2)現在日時・時間を読む datetimeをimportする。 datetime.datetime.now() 型式を文字列に変更。(3)それらをディスプレイに表示する(4)バックライト明るすぎるので、ときどき付く、普段は消えるようにする。具体的には温度を2秒表示・時間を2秒表示、26秒消灯、というプログラム。バックライト消し方がわからず、やや難儀した。詳細は後日。
2018.07.28
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孵卵器の様子 検卵孵卵器のなかはこんな感じ。割と狭い。タオルのすき間に卵が10個。すみっこにちいさなジャムびんがおいてあり、そのなかに濡れペーパータオルが入れてある(湿度維持用)。卵から少しだけ離して、むき出しの温度センサー。この部分は華奢なので、触って断線したりすると、温度制御ができないので、Nちゃんにも取り扱い要注意でおねがいする。そういうのがちゃんと出来るまでには成長していて、安心安心。で、5日目となったので検卵である。懐中電灯に透かすと、透明に見えるのは「失敗」。不透明に見えて光がぜんぜん透過しないのが、どうやら発生しているものだとのこと。現時点で、透明→5個。不透明→3個。ちょっとあやしい→2個。順調のようだ。透明な五個については、近日中に臭くなる前に廃棄する予定。
2018.07.13
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孵卵器の実装と試運転孵卵器の実装と試運転にあたって、家の中でこどもがぶつからない場所を確保すると、そこには、ラズパイ用のディスプレーやキーボードを設置したりできない、コンセントも足りない、などの問題が生じた。なので、まずはラズパイをキーボードなし、ディスプレイ無しで制御できるようにしなければならない。具体的に何をしたのかというと・無線LANをアクティベートして自宅の無線LANにつなぐ・その時に設定を工夫して、必ず一定のIPアドレスになるようにシステムに書きこんでおく・SSHDをアクティベートして、他の端末からsshでログインできるようにしておく・アンドロイドのタブレットにsshのクライアントを入れる・sshターミナルから温度制御のプログラムを起動すると、通常の設定ではsshターミナルを閉じると、ジョブも終了してしまう。これに気付くのにしばらく時間がかかり、これを回避するためのnohap http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1708/24/news022.html コマンドにたどりつくのにしばらく時間がかかった。こんなことをしたのちに、実装開始。・家の中であまっているキャンプ用の保温バッグにコイズミのソフト電気あんかをいれる。これはスイッチしかなくサーモもパワー調節もついていない単純なもの。・電気あんかのうえにタオルをしく。・電気あんかをSSR回路に、SSR回路からラズパイGPIOに。・ラズパイから1-wire温度計を保温バッグのなかに。そして試運転して温度を監視。PID制御用のパラメータ(python スクリプトの中のパラメータ)を微調整して、なんとかそれっぽく37~38度で安定するようになった。そこで、うずら卵を投入して、Nちゃんに、卵をひっくり返す「転卵」の手順、スケジュールを伝授。ログブックをつけるように言い含める。うずら卵は、近所のスーパーで購入した10個入り一パック、特に有精卵の記載もない通常価格のものである。基本、一日4回の転卵でいくことにした。 1. 起床時 2. 登校直前 3. 下校後すぐ 4. 就寝前である。うまくいくかな?
2018.07.09
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フォトカプラ使用SSR(AC電源制御部分)の実装前回の続きとして、今日は、秋月電子のソリッド・ステート・リレー(SSR)キット 25A(20A)タイプ 通販コード K-00203を組み立てる。大須のパーツ屋で購入した黒いプラスチックケースに、6mmのドリル穴を3個、9mmのドリル穴を1個あけて、9mm穴をカッターで大きくして、0.5Aのミニfuseが入っているfuseケースをねじ止めする。一個100円のACコンセントのインレット・アウトレットに電源コードをねじ止めして、そこからのケーブルをfuseを経由して、SSRキットの基盤(AC)に半田付け。ケースの穴を通した電源ケーブル(in/out)は、強度の心配があるので、グルーガンで固めた。SSRキット基盤の制御端子側には、ラズパイに入れるブレッドボード用ジャンパ線メス端子付き、を半田付け。このときぼおっとしていて赤線と黒線を間違えて半田付けしてしまったので、GPIOに接続するときに色が逆なのでややこしくなるのだが、まあ、そういうこともあるさ、とほほ。というわけでできあがり。AC電源につないで、適当な電気機器を接続して、echoコマンドでGPIOに1や0を書きこむ指令を送って、動作を確認。できあがりです。
2018.07.08
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ラズパイを使って温度センサーから温度を読みこみ、それを利用してサーモスタットを作成する。この時に一番参考になったサイトがこちらである。Raspberry Piでつくる! 柔らかローストビーフ♪こちらのサイトでは、温度センサーの温度を検知して、AC100Vのソリッドステートリレーを適宜on-offすることで、電気ポットを60度に固定して、その60度でローストビーフ低温調理を行うというそういうプロジェクトの記録であった。なんと、PID制御により温度コントロールを行うためpythonスクリプトで高度な制御を実現している。すばらしい。温度センサーにはいろいろな部品があるが、素子1つとプルアップ抵抗だけでデジタル検知できる、1-wire接続の温度センサー DS18B20というのが定番のようである。そこで、これを入手して実装してみることにした(写真参照)。まずはブレッドボードにつないで、温度を検知するかどうかを調べる。・ラズパイで1-wire interfaceをアクティベートする → linux上でのコマンド操作・検知した温度を読みだす → linux上でのコマンド操作ただし、今回、自宅にあまっていた孵卵器用の熱源を探したところ、ここ数年だれもつかっていない、コイズミのソフトあんか 30Wというのが出てきた。上記サイト制御しなければならない電気ポットとは流さなければならない電流も全然少ない。上記サイトの記事では、なので、絶縁性も安全性も高いソリッド・ステート・リレー(大容量) を使っているが、これが、ラズパイの3.3VのGPIOでスイッチオンオフできなかったせいで、5Vに昇圧する回路まで自作している・・・これはめんどくさい。そこで、リレー部分については、もっと簡単な、素子2個と他部品3個だけで、ラズパイから直接制御できる、こちらの記事のキット(秋月電子)を参考につくることにした。Raspberry Piで制御できるACコンセント。ポンプを自動制御。大須のアメ横ビルのパーツ屋さんを注意深くみていると、なんと、この秋月電子のフォトカプラキットもDS18B20温度センサーもばっちり入手できたではないか。すばらしい!なお、上記柔らかローストビーフのサイトと、水耕栽培のサイトでは、DS18B20の接続の向きが違う。接続向きを間違えると、温度は読めないし、センサーがすぐ発熱して熱くなるのですぐわかる。水耕栽培のサイトのほうが正しくて、平べったい面が無効向きになるようにブレッドボードに刺したところ正常動作した。写真からおわかりになるであろうか?
2018.07.07
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もううじき9歳になる小学校3年生のNちゃんの夏休みの自由観察に、「うずらの孵化」と「雛飼育日記」というのはどうか、と思い立ったのでいろいろとネットで情報を集めてみた。・ニワトリとちがってうずらはメスだけでは産卵しにくいらしい・そのため市販・食用のうずらの卵も、それなりの割合で有精卵らしい・37~38度で孵卵すると、17~18日で孵るらしいそこで家族4人で役割分担を決めたPiyota→孵卵器を作成するYokota→うずら卵を調達するN→毎日の転卵、孵化までの観察、孵化後の観察と飼育J→雛が育ってからの鳥小屋の整備そこで、Piyotaは孵卵器を制作することにして、さらに情報収集を開始した。構想としてはざっくりこんなかんじ[ラズパイ]---->[AC電源制御]---->[電気あんか] ↑ ---------------------------[温度センサー]だとするとまずラズパイを入手しなければならない。大須まで買いに行ってもよいのだが、ここはAmazonでケースと電源もセットの安直なキットを導入することにした。Raspberry Pi 3 本体+5V/2.5A USB電源アダプター+ケース+スイッチ付きケーブル+ヒートシンク 5点セット Raspberry Pi 3 Model B \6,469本体だけならばもうちょっと安いかとも思っていたけれども、3 Model Bになってから熱暴走による停止や電源トラブルがあるとも聞く。 孵化前17日、孵化後も10日くらいは温調が必要で連続運転となるので、必要経費ということで。
2018.06.23
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NECの10.1インチタブレット導入LAVIE Tab E TE510/BAL PC-TE510BALDolby Atmos対応の10.1型Androidタブレットhttp://kakaku.com/item/K0000796332/spec/#tab【経緯】最近のシステム変更により、初代iPadがいよいよ使用できなくなってきた。1.電子書籍販売サイト マガストア アプリ内からの雑誌購入ができない2.電子書籍アプリ BookLive アプリを立ち上げると、アプリのバージョンをアップデートするように再三要求してくる。「いいえ」が選択できず、アプリストアに強制移動される。しかし最新バージョンはiOS 5.5以上が必要なため、アプリをインストールもできず、起動もできず。既に購入した数十冊の電子書籍が読めない(ウェブブラウザ経由ならば読めるが)3.Twitter数日前からTwitterのサーバでの認証ができなくなり、つぶやくこともつぶやきを見ることもできなくなった。こちらもウェブブラウザを使う分には利用できる。もちろん、それ以外にも、すでに、導入不可のアプリ多数。というわけで、いよいよ初代iPadは使用不可となってきたため残念ではあるがこの際フェードアウトさせることとした。今後は、「電子写真立て」として余生を送らせようと思う。そこで、代替機の登場である。iPad Pro 9.7インチ!も魅力的だが、昨今、いろいろ物要りのため、6万2千円も支出できないことが判明。そこで、ほぼ半額以下で、1920x1200の液晶表示が堪能できる本機を購入することとした。結果、Androidはいろいろよくわからないが、とりあえず・BookLive・Honto・EbookJapanあたりを利用している限りでは、文句なく快適である。今後、・AmazonPrime Music・AmazonPrime video・YouTube・マガストアあたりを開拓して堪能する予定。なお子供にいたずらされるのもあれなのでゲームは基本的には入れない予定。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2016.07.19
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備忘録~物欲番長~オーディオ編 居間の常用のオーディオを更新したいかも!http://kakaku.com/item/K0000777209/DENONRCD-M40-K [ブラック]最安価格(税込):¥24,800主な仕様は、オーディオ部の実用最大出力が30W+30W。インターフェイスは、入力端子がアナログ音声入力×1、光デジタル入力×2、出力端子がサブウーハー出力×1、ヘッドホン出力×1。このほかの入出力端子はUSB×1、FMアンテナ入力×1、AMアンテナ入力×1。本体サイズは210(幅)×115(高さ)×309(奥行)mm、重量は4kg。ボディカラーはプレミアムシルバー、ブラックの2色http://www.yodobashi.com/%E3%83%A4%E3%83%9E%E3%83%8F-YAMAHA-CRX-N560%EF%BC%88B%EF%BC%89-%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AFCD%E3%83%AC%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC-%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%83%AC%E3%82%BE%E9%9F%B3%E6%BA%90%E5%AF%BE%E5%BF%9C-%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%83%E3%82%AF/pd/100000001001883858/ヤマハ YAMAHACRX-N560(B) [ネットワークCDレシーバー ハイレゾ音源対応 ブラック]参考価格: ¥64,800 価格: ¥38,010(税込)(参考価格より¥26,790の値引き)音楽CD・FMラジオ・USB音楽データを楽しめるオーディオ機能に加え、パソコン・NAS等に保存している音楽ファイルのネットワーク再生や、iPod・iPhone・iPadからのAirPlay再生、専用アプリケーション「NETWORK PLAYER CONTROLLER」によるスマートフォン・タブレット内の音楽コンテンツのワイヤレス再生など、多くの機能を搭載。また、インターネットからラジオ放送へ手軽にアクセスできるインターネットラジオに対応している他、テレビやブルーレイプレーヤーからのデジタル音声入力も可能です。デジタルはいらんなブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2016.05.31
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予定の作業手順 Microsoft Powerpoint強化既定では、PowerPoint スライドを図として保存する PowerPoint スライドのエクスポート解像度は 96 ドット/インチ (dpi) です。エクスポート解像度を変更するには、以下の手順を実行します。1 すべての Windows ベースのプログラムを終了します。2 [スタート] をクリックし、[ファイル名を指定して実行] をクリックします。3 [名前] ボックスに regedit と入力し、[OK] をクリックします。4 使用している PowerPoint のバージョンに応じて、以下のいずれかのレジストリ サブキーを見つけます。 PowerPoint 2013 の場合 HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office\15.0\PowerPoint\Options5 Options サブキーをクリックして、[編集] メニューの [新規作成] をポイントし、[DWORD 値] をクリックします。6 ExportBitmapResolution と入力し、Enter キーを押します。7 ExportBitmapResolution が選択されていることを確認し、[編集] メニューの [変更] をクリックします。 [DWORD 値の編集] ダイアログ ボックスで、 [10 進] をクリックします。 10 進数の値 全画面表示のピクセル (幅 x 高さ) ワイド スクリーンのピクセル (幅 x 高さ) ドット/インチ (幅 x 高さ) 200 2000 × 1500 2667 × 1500 200 dpi 300 3000 × 2250 4000 × 2250 300 dpiブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2016.03.29
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ヘッドホン難聴に注意タバコの煙が嫌いな人が喫煙者に「肺がんになりやすい」とか、ヘッドホンの音漏れが嫌いな人が「(ヘッドホン性)難聴になりやすい」とか、そういうつぶやきが目立つ。そういう表現もある種の呪詛だと思う。恐らく医学的には全く正しいのだ。キーンという耳鳴り…その原因は「ヘッドホン難聴」かも!?音楽を聴く若者に多い!聞こえづらくなるヘッドホン難聴とは?自分が好き嫌いという感情と同期させたらだめなんだと思う。例えば愛煙家は、たばこ税という形で税金を納めているし、たばこ農家の維持に役立っているし、喫煙具の文化の維持の担い手でもある。音漏れをさせて音楽を聴いている人も、音楽愛好家の一人には違いない。音漏れに眉を顰める人も、音漏れそのものが不快な場合と、漏れてきた音楽の趣味が合わない場合と、どちらもあるだろう。もちろん、個々の人が、タバコの煙や臭いで他人を不快にさせないとか、イヤホンの音漏れで他人を不快にさせないとか、そういうマナーを守るのは当たり前といえば当たり前。でも、「マナーを守ろう」でもなければ「私はメタル系ロックの音漏れが嫌い」でもなく、なぜ「難聴になる」みたいなことを(しかも本人ではないところで)言いたくなるのか。自分の好き嫌いの感情とカップルさせた瞬間に、それはある種の呪詛になるのではないか?そして、呪詛は、いずれ自分に跳ね返ってくるのだ。ちなみにヘッドホン難聴は、目安80デシベル以下で音楽を聴くように心がけることで予防できるとか。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2016.03.15
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仕事用ノートPC不調現在使用中の東芝DynabookR732の液晶表示がまた、怪しい。ヒンジ部分の接触不良。液晶を開けた途端、画面がホワイトアウトして、何も 映らなくなった。角度を少しずつ変えたり、軽くたたいたりしたら、無事映ったので一安心。ログインして、負荷をかけないよう、角度を変えないよう に、本体を揺らさないようにして使っているが、非常にストレスフルである。実はこのマシン、昨年も同時期に修理している。(参照)同型機の前世代のマシンも、じつは液晶ディスプレイのブラックアウトが原因で買い替えいて、その後修理して自宅用で使っている。今回のR732は購入して2年10カ月、ほぼ毎日使っていることから、そろそろ寿命かとも思い、今週中に代替機がこないとまずいようなので、Room1048(東芝ダイレクト)で後継機を急きょ発注。残念ながらRoom1048会員価格が適応されるWeb限定オリジナルモデルでは、条件があうのがなかった。しかし、価格.com限定モデルのほ うで、まあまあ安くてよいのが見つかった。RZ83/TB 型番:PRZ83TB-SNA-KCore i7 6500U 2.5GHz/2コア ディスプレイ:13,3インチワイド ストレージ:1TBハイブリッドドライブ(HDD+NAND型フラッシュメモリ) 5400 rpm メモリ容量4GB オフィス無し/光学ドライブ:DVDスーパーマルチhttp://kakaku.com モデル今回はPCプレミアム3年保証をつけたので、¥139,240それにしてもDynabookのモバイルは液晶ヒンジに何か問題でもあるのでしょうか。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2016.03.07
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COSMIC EXPLORER予約注文をした。【早期購入特典あり】COSMIC EXPLORER(初回限定盤A)(2CD+Blu-ray)【特典:未定】Perfume; CD 販売:Amazon.com Int'l Sales, Inc. ¥ 4,644 お届け予定日:水曜日, 04/06ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2016.03.03
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Windows8/言語バーの規則的点滅状態を解消しばらく前からWindows8で勝手に言語バーのIMEがオフになり、そのたびにactive windowが点滅するという不具合に悩まされていた。原因は不明であった。しかし、検索窓に日本語を打ち込むときに途中で日本語変換が途切れたりとか、あまりに不具合が癪にさわったので、検索して解決したのでここに記します。コントロールパネル→時計、言語、および地域→言語→詳細設定コントロール パネル\時計、言語、および地域\言語\詳細設定ここで、2つあるプルダウンメニューを「日本語(日本)」「日本語(MicrosoftIME)」にそれぞれ切り替える。ここがいつのまにか「言語リストを使用する(推奨)」になっていると、件の症状が出るようだ。この症状がでるようになるきっかけが、あのしつこいWindows10へのアップグレード推奨に関する対応と、関係しているようだが、詳細はわからない。ともかく、上記に設定しなおして、システムの再起動を行ったところ、無事、上手く行った。システム不具合のフィックス確認!よかった!ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2015.12.28
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故障したPCがようやく直ってきた点先日、ディスプレイがホワイトアウトしたDynabook R732が治ってきた。連休中にも関わらず、修理を進めてもらえたというのは非常にありがたい。それはそうなのであるが、結局のところ、故障してから修理依頼→発送→見積もり→見積もり確認→修理開始→到着、と、二週間かかってしまったので、業務上のダメージはでかい。そもそもPiyotaは、Thunderbirdのメールボックス上のlocal folderを利用して、処理済み案件と未処理案件をフォルダー整理により分けている。そんなPiyotaにとって、代替機上のThundebirdのlocal folderにメールを保存せず、受信箱上に保持したままでいるというのは、重要な案件を忘れそうで非常にこわいことなのだった。そんなこんなで、この二週間、あまりデスクワークははかどらない。それでも、エラい人から依頼された書類作成案件が無事こなせたのと、一昨日の製薬会社のこわい人のまえで行ったプレゼンが無事終了したのと、昨日の大学院説明会でちゃんと職務が果たせたのは、とてもよかった。ほんまに。で、無事マシンが返ってきたのであるが、一つだけ不平を。https://toshibadirect.jp/customer/menu.aspx 東芝ダイレクトの会員サイトの仕様 についてである。このサイトを通じて購入したマシンを、マイページに機種登録するのであるが、その機種登録してあるマシンの修理依頼をしようとリンクURLをオープンすると、オンラインで引き取り修理を申し込むためのサイトに飛ぶ。飛ぶ。「飛ぶだけ」。どうして一度登録してあるマシンの情報やら個人情報やら支払情報やらを、もう一度、打ち込まなければならないのか?というより、いったい何のために東芝ダイレクトの会員サイトでは購入した機種を登録させているのか?ひょっとしたら、「オンラインを通じて購入した機械類を登録したページのリンクから、ワンクリックで修理依頼のサイトに移動し、修理に必要な情報は自動入力される」という機能は、どこかほかのメーカーが特許を出願しているので、他社はまねできないのか? (ちなみにいわゆるアマゾンのワンクリック購入は、ビジネスモデル特許が成立しているそうな)ガラパゴスのような仕様である。誰か意見してあげる人はいないのか?ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2015.05.10
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R732 ホワイトアウトなんということだ!仕事で使用しているメインマシンである東芝Dynabook R732が壊れた。ディスプレイがホワイトアウトした。よくよく調べてみると、外部RGB出力にディスプレイをつなぐと正常に動いているので、この問題は純粋にディスプレイの故障、端的に言えば、ディスプレイケーブル周りの接触不良であると考えられた。なので、急遽、ここ1~2週間の仕事に必要なデータのみSDカードに落として、ついでにThunderbirdのローカルディレクトリもSDにコピーして、予備のマシンを活用して業務をこなすことにする。予備のマシンというのは現在利用しているマシンの14か月前に購入したR731のSSDモデルである。SSDが128GBしかなくて、これ以上拡張の方法がないので困っていたところ、やはり二年前のGW前後に、ディスプレイの異常で修理することになり、そのまま本機を購入し、旧機は自宅用になったのであった。つまり、ディスプレイの故障は今回でなんと二回目なのである。何ということだ!Dynabook R731/732/73シリーズは、ディスプレイ液晶の接続部分に難ありの設計なのではないか?要注意である。断言は危険だが、これまで2/2なのである。ブログ村でDynabook R731/732/73シリーズの口コミ情報を探してみる
2015.04.27
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Dynabook R732のHDDをSSDに換装Transcend社のSSDを入手 (SSD370 512GB、アマゾンで破格の22,000円)※※ ↓Groovy社2.5" HDD case "SARA2-CASE2.5 BK"を入手 アマゾンで1,200円くらい ↓Transcend社よりSSD scope ver 10をダウンロード、Win8.1上に展開 ↓USBにてSSDを接続 ↓SSD scopeが認識して、DesitinationにSSDが現れるのでこれを選択 ↓このときに、自動的にチェックボックスに"clone OS partition only"が付いてしまい、このオプションがオフにできない※ ↓そのままHDDクローン作製を続行。 ↓時間がかかりそうなのと、その間他の作業が出来ないので、オーバーナイトでそのまま帰宅 ↓翌日 ↓HDD caseを開けて、R732本体にSSDを装着。隙間は、「玄人志向 7mm → 9.5mm厚に変換 2.5インチHDD/SSDスペーサー」KRSP-795 アマゾンで800円くらい、を附属の両面テープシールでSSDに固定、ちょうどよく本体内に収まる ↓起動スイッチ、オン!(わくわくどきどき) ↓起動せず ( ̄д ̄)※HDD←→SSDをそれぞれもとに戻していったん再起動、Win環境に戻る。EaseUs Todo Backup(フリーソフト)がいい、という情報をブログから仕入れる ↓EaseUs Todo Backup Free 8.2 をダウンロード、インストールして起動(使用法は上記リンクのブログを参照) ↓すでに何か入っている外付けSSDに対しては操作できないことが判明 ↓以前使ったEaseUS Partition Masterを起動 ↓外付けSSDに作成された2つのpartitionを消去! ↓EaseUs Todo Backup Free 8.2起動 ↓C:ドライブの全てのパーティションを外付けSSDにクローン、この時「SSD向けに最適化」オプションをつける ↓(たぶん5時間くらいかかる) ↓終夜作業にして、そのまま帰宅 ↓月曜日の朝 ↓R732本体にSSDを装着。 ↓起動スイッチオン!(わくわくどきどき) ↓無事、本体のSSDから起動完了 ↓性能向上を確認(Windows Experience)CPU 7.4→7.4D3D 5.1→5.2Diskscan 5.2→8.1Graphic 5.8→5.9中略WinSPR 5.1→5.2ということで当然ながらdisk性能が高速化され、それに伴い一部のパラメータが0.1ポイントだけ上昇した。操作感は、静かで快適という印象。特になにもせず、もともとの1GB HDDが、空き領域をスキップして、512GB SSDにクローンできた。再登録なしで、WordもPowerpointも無事使えることが確認できた。つまり、本当の意味で(ダウンサイズしつつ)HDDのクローンが出来たということである。!(^^)!ヤッタネこれであと1年はこのマシンが使える、と思った。EaseUSについてリンクを張っておきます。とてもよいです。EaseUS Todo Backup Free http://jp.easeus.com/backup-software/free.html EaseUS Partition Master Free http://jp.easeus.com/partition-manager-software/free.html あと、職場を確認したら、EaseUS Partition Manager Pro8というののパッケージがありましたので、少なくとも1ライセンスは購入して、職場のPCの環境維持には役立てています。※※ 今回の買物リストはこちら。※なぜTranscend SSD Scopeではクローンが出来なかったのか?EaseUS Partition Masterを起動したときにC:ドライブを見ると、システムが入っているpartitionよりも前に空の?ダミーパーティションが2つ、目的不明のまま切ってある。それ以外にシステムバックアップ用パーティションも切ってある。SSD Scopeで、clone OS partition onlyのフラグが付いてしまったのが切れなかったが、そのせいで、C:ドライブ全てのpartitionがクローンされていなかった。そのため、起動時に起動partitionが見つけられず、初回起動失敗したものと思われる。ということで、当初はSSD Scopeというclone作成ユーティリティが無料で純正で使えるというので、Transcendを選択したというのも、価格の他の理由ではあったのだが、そちらについては考慮不要ということがわかった。OS併せて総データ量が300GBくらいのノートPCは、22,000円以下で512GBのSSDが入手できるこの時期は、とてもお得であると言える。ブログ村でEaseUS TODO BackUpのブログを探してみる
2015.03.23
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PC強化週間最近、仕事専用機のDynabook R731のバッテリーが3時間ちょっとしか持たなくなってきた。新幹線内で作業して、出張先でプレゼンすると、もう残りがいくばくもない、帰りの新幹線でもう一度作業するのが心もとない、そんな状況である。で、通常ならば、あと2カ月我慢して、PCごと買い直すのが常なのである。だが、現在、Piyotaは個人的に緊縮財政なので、今年度はPC購入を1年見送ることに決めた。ただし、あと一年、快適に仕事ができる環境は確保したい。そこで、バッテリー(非正規品)新調とともに、HDDのSSD化のみを行うこととしたのであった。・玄人志向 7mm → 9.5mm厚に変換 2.5インチHDD/SSDスペーサー KRSP-795・東芝 dynabook R730 R731 R732 R741 R742 RX3用 Li-ion バッテリー PABAS235 PABAS249/PABAS265対応・Transcend SSD 512GB 2.5インチ SATA3 6Gb/s MLC採用 3年保証 TS512GSSD370これで総額 ¥30,282。12万円近く出費してPCを新調するのにくらべたらささやかな出費といえよう。だがそれでもこれくらいはするのね。で、さて、HDDをクローン化しようと思って手持ちのポータブルHDDケースを触ったところ・・・なんとIDE接続のHDDが刺さっていた。これではUSB経由で現在使用中のHDDのクローンが作れないではないか!!ということで、急遽更に、↓を注文。・ タイムリー GROOVY 2.5"HDD CASE SATA接続2.5"HDD専用/ブラック SATA2-CASE2.5 BK送料込み1240円、を注文する。作業は金曜日になる予定。やれやれである。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2015.03.16
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ノートPCの高速化に挑戦!!~~dell studio1558 高速化昨日、Piyotaの自宅用メイン機のEpson ENDEAVOE TY1100S 価格ドットコム専用モデルが故障した際に、HDD換装を決意してパーツ屋めぐりをしたときに、ついでにかねてからの構想に着手した。ここしばらく、TOSHIBA Dynabook R731(仕事用が事情により自宅暫定メイン機に降りてきた)に主役の座を奪われ、潜在的には高スペックながら、放置されていた前メイン機を、高速化するのである。スペックはこんな感じ~ 【物欲番長顛末記】ようやくDell Studio稼働Dell Studio 1558DELL Studio 15 オンラインスペシャルパッケージOS Windows(R) 7 Home Premium 正規版 (日本語版) 64ビットCPU インテル(R) Core(TM) i5-540M プロセッサー (2.53GHz, 3MB L3キャッシュ)HDD 2.5'' SATA 500MB ドライブはBD-ROM / DVD-RAM2010年4月に当時の価格で129,553円で買ったマシン。ところが、Win7ということもあってか、それとも使用しているうちに通信関係の設定をどこかいじってしまったのか、立ち上がりが異常に遅いということでスペックの割には長らく不評を買っていたマシンなのでありました。その後、ライフスタイルの変化(リビングではウェブやメールは主にタブレットが活躍)もあり、動画編集とデジカメ画像の集積以外にはほとんど使われないマシンと化していました。そこに追い打ちをかけるように、Piyotaの旧仕事用メインマシンが、購入後わずか一年という短寿命で、自宅におさがり。それを高速化して、復活して、教育用端末として再生しようというのが、今回のプロジェクトっす。コムロード・アプライド大須店さんで、240GB SSD 2.5'' 9mm を14,000円でメモリ4GB x 2 を 9,000円でDSP版Win8,1 homeを、やっぱり14,000円で(注:価格はうろおぼえだったり)購入して、組み込んで、Win8.1をインストール。やった!体感できる高速感。電源を投入して30秒以内に起動する、Win8.1の「待たせない起動プロセス」とSSD高速アクセスと大容量メモリ。もともとCPUが旧世代 Corei5とはいえ、2.53GHzのクロック数があるので、4年前のマシンでも、十分早く感じます。わーい。これに大喜びしたのが、J。さっそくローマ字の練習を真剣にはじめていました。早くキーボードが使えるようになるといいね。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2014.10.05
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Epson ENDEAVOR故障 HDDの問題ではないみたい経緯9月初め、「Windowsの起動に失敗しました」と出るPCをリフレッシュする、を選択して、OSの再インストールと修復をはかるも、リフレッシュが完了しない。なので、スタート画面に入れず、中途半端にデスクトップ画面が出て、しかも、真っ黒、というよくわからない状態に。何度かリフレッシュを試みるも、毎回、状態が異なり、しかも、立ち上げの画面がでるまでに長時間またされて、内部でしきりに何かの再構成をしている気配。いつまでたってもらちが明かないので、納戸から、Epson購入時の段ボール箱を発掘してくる。中にリカバリーディスクが入っていた。しかたない、OS再インストールだ。DVD-ROM起動でWindows 8.0を再インストールし、その際にシステムが救済してくれた、旧インストールのファイルのなかから、個人データ(重要なデジカメ写真など)を新インストールのユーザ領域にコピーする。主要なフリーウェア、Microsoft Officeなどを再インストールして、ようやく復活、と思いきや・・・・またもや、「Windowsの起動に失敗しました」と出る。ついにHDDが死んだのか?と考え、この時点で小手先の修復はあきらめ、HDDを換装することにしました。で、4日土曜日、午前中、Yokoたちが京都に出かけるまえに、家族全員で、大須の電気街のほうへ。大須観音の商店街は見て回ったことがあったけれども、電気街周辺とかは独特の濃さがただよってて、ややびっくり。で、どの店に行けばいいのかよくわからないまま、職場にもビラがはいっている、アプライド・コムロードというところで、東芝の1TBのSATA-HDDを格安で購入。午後、一人だけ自宅に戻り、HDDを入れ替え。そしてリカバリーディスクからのWin新規インストールをめざし、DVDをまたもや引っ張り出して(納戸にはしまってなかったので、簡単に対応できた)電源を投入したところ・・・DVD-ROMを飲み込んだまま、電源が入ったり切れたり入ったり、の繰り返しとなった。だめじゃんこれ。 どうやら故障はHDDの問題ではなさそうである。というわけで、修理依頼をすることにして、なんとかだましだましDVD-ROMを救済して、新品のHDDはもどして、故障前のHDDに再換装。その間、いったん、故障時のHDDを玄人志向のUSB-HDDケースに退避し、別ディスクにデータを救済とかしてみた。結局、自宅で受けていたこれまでのメールデータは、基本的にはすべて紛失したことになる。なんてこった。で、購入時の箱に梱包しなおして、別のPCからウェブ経由で修理依頼を出しました。まったく、やれやれ、です。一時期、Epsonはよかった、と思っていたので、「中身はマウスコンピュータ製のソフマップ牛丼PC」から買い換えて、これでしばらく安心と思っていました。転居後、寝室においていたこともあって、稼働時間としてはあまり使っていなかった印象なのに、故障したということ。それも、HDDが壊れたのではなく、マザーボードないし電源系からの故障ということもあり、かなり失望しています。購入してから21カ月、2年はたっていません。最近はEpsonのPCはトラブルが多いんでしょうか?情報を収集していこうと思います。ブログ村で大須のパソコン店のブログを探してみる
2014.10.04
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bash脆弱性問題bashの脆弱性で大騒ぎになっているらしい。httpサーバーからの攻撃で乗っ取りを掛けられてしまうようだ。Piyotaラボのサーバーにも不穏なhttp経由アクセスがある。httpのget文中で/bin/bashが呼ばれ、213.5.67.XXX/ji なるperl scriptをDLしに行き、それを実行する。なんだこりゃ?とりあえず、bashに関してupdateパッチをあてる当て方の備忘録。Vine linuxはapt-getで、CentOSはyumで、それぞれ行う。情報はここにあるが、まだ調査中とのこと。Vine Linux> su - [enter][password]> apt-get update [enter]> apt-get upgrade [enter]とやったら、以前のシステム入れ替えのトラブルを反映して一部のモジュールの不整合性がでたせいで怒られた。しかたないので、> apt-get upgrade [module-name] [enter]と個別にパッチをあてていくことにする。CentOS / yumCentOSでのyumはほとんど使ったことがないので、書いておかないと忘れる。> su - [enter][password]> yum list [enter]> yum check-update [Enter]> yum update [Enter] man curlとやったらfatal errorと言われた> su - [xxxxxxxx]> cd /var/cache> rm -rf ./man> /etc/cron.daily/man-db.cromブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2014.10.02
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発端Vine6.2を64bit環境(x86_64)から32bit環境(ia32)にダウングレードして上書きインストールした。GOLDを使用する際のliscenceサーバが不調Flexlmがきちんと走らないなど→無理やりfixできたこんなかんじ[root@str171]# cd /lib[root@str171 lib]# ls ld*ld-2.11.1.so* ld-linux.so.2@[root@str171 lib]# ln -s /lib/ld-linux.so.2 /lib/ld-lsb.so.3ここを参考http://www.rsi.co.jp/kagaku/cs/ccg/support/faq/faq1_13.html 新システムでネットワークを設定するときにfirewallをオンにしたところ、iptablesの設定が変わってしまった模様。とりあえず前回の設定をもとに以下のように設定してみる/etc/sysconfig/iptablesを[root@str171 lib]# vi /etc/sysconfig/iptables# Firewall configuration written by system-config-securitylevel# Manual customization of this file is not recommended.*filter:INPUT ACCEPT [0:0]:FORWARD ACCEPT [0:0]:OUTPUT ACCEPT [0:0]:RH-Firewall-1-INPUT - [0:0]-A INPUT -j RH-Firewall-1-INPUT-A FORWARD -j RH-Firewall-1-INPUT-A RH-Firewall-1-INPUT -i lo -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -p icmp --icmp-type any -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -p 50 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -p 51 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -p udp --dport 5353 -d 224.0.0.251 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -p udp -m udp --dport 631 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 631 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 27000 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 27009 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 22 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 80 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 21 -j ACCEPT-A RH-Firewall-1-INPUT -j REJECT --reject-with icmp-host-prohibitedCOMMIT赤字部分がlmgrdが使うライセンス確認用のportよくわからないのだけれども -p tcp -m tcp オプションで稼働させてみる。なお対応するライセンスファイル中の記述はこちらSERVER hogehoge hogehoge 27000VENDOR ccdc port=27009この27000/27009というのがポートのことだと思う。どっちがどっち(クライアント、サーバ)なのかわからないのでとりあえず両方開けておいてみるが・・・まあ実害はないだろう設定終了後つぎの3つの作業を忘れないこと#/etc/init.d/iptables restart #これを忘れていたのでしばらく難儀した#/etc/init.d/network restart>cd $GOLD_DIR>bin/gold_license stop>bin/gold_license startちなみに起動に失敗するとgold/licence.logを見れば「起動失敗」という記述があるのでわかる。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2014.06.19
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自分用備忘録[Linux Tips]namazuを使ったPDF全文検索サーバ構築tips 2014版システム要件 VineLinux 6.2 (ia32)namazuはデフォルトで入ってくれないのでこんなことをする#apt-get install namazu namazu-cgi namazu-devel tknamazuシステムにはpdftotextが必要http://www.foolabs.com/xpdf/download.htmlよりxpdf-3.04.tar.gz: the source code (825519 bytes)xpdfbin-linux-3.04.tar.gz (includes 32-bit and 64-bit binaries) (25295651 bytes) の両方をとってくる。下は展開するとxpdfが利用可能になるこのパッケージにもpdftotextが入っているがpdftotextに関しては上のソースコードからビルドするビルドする際にソースコードを編集してこんなふうにコメントアウトする // check for copy permission// if (!doc->okToCopy()) {// error(errNotAllowed, -1,// "Copying of text from this document is not allowed.");// exitCode = 3;// goto err2;// }これをしておかないとpdfからテキストが抽出できないのでインデックスが作成できない./configureを行った上でmake pdftotext make installcp ./pdftotext /usr/bin/など適宜suになりながら作業することmknmzrc設定#vi /etc/namazu/mknmzrcこんな感じにコメントアウトしてPDF検索対象を有効化 $ALLOW_FILE = ".*\\.(?:$HTML_SUFFIX)|.*\\.txt" . # HTML, plain text# "|.*\\.gz|.*\\.Z|.*\\.bz2" . # Compressed files "|.*\\.pdf" . # PDF# "|.*\\.tex" . # TeX# "|.*\\.doc|.*\\.xls" . # Word, Excel# "|.*\\.j[sab]w" . # Ichitaro 4, 5, 6 "|\\d+|[-\\w]+\\.[1-9n]"; # Mail/News, manfilter/pdf.pl設定vi /usr/share/namazu/filter/pdf.plこの部分がわからなかったのでかなり難儀した。LANG設定が変わったせいと思われる if (util::islang("ja")) { if ($pdfconvver >= 1.00) { @pdfconvopts = ('-q', '-raw', '-enc', 'UTF-8'); } else { @pdfconvopts = ('-q', '-raw', '-eucjp'); }------ if (util::islang("ja")) { if ($pdfinfover >= 2.02) { @pdfinfoopts = ('-enc', 'UTF-8'); } else { @pdfinfoopts = (); }これをやっておかないとpdftotextが働いてくれない模様だいたいこれで動くようになった(はず)書き漏らしがあったら後日適宜追加。ああつかれた。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2014.06.18
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犯人はACPIか?システムをアップデートしてからOPTIPLEX 9010機のVine6.2 (64bit, X86_64)が安定しなくて困っていた。症状・アイドル状態が続くとスクリーンセイバーが起動・しばらくするとスクリーンセイバー状態でフリーズ・USBマウス、USBキーボード反応せず→ しぶしぶ再起動・スクリーンセイバーの設定をいろいろ変更→ 症状改善せず。・gnome-power-managerの設定をいろいろ変更→ 症状改善せず。・/var/log/pm-suspend.log内容確認→ 特に問題なさそう・・・というわけで業を煮やして最終手段https://access.redhat.com/site/documentation/ja-JP/Red_Hat_Enterprise_Linux/6/html/Cluster_Administration/s2-acpi-disable-boot-CA.html[ACPIを使用しない]grub.confのなかのカーネル呼び出し行のうしろに acpi=off をくっつけるという対処法である。実はこのマシン GOLD(インシリコドッキング)のライセンスサーバを兼ねているので、ドッキング計算専用機が走っている状態でこちらのマシンが落ちていたり通信が途絶していたりするとまずい、というラボ内の設定になってしまっていたのである。ということで、上記のサイトを参考に、grub.confを編集して、起動時のカーネルオプションで、電源に悪さをしていると思しきacpiを使わない設定にしたところ、予想していない出来事が!・再起動時にX-windowsシステムの起動エラー理由は全く不明だが、これまで動いていたグラフィックドライバの"intel”をやめにして、/etc/X11/xorg.conf の中身のドライバを"vesa"にすると、システム復帰。これは原因が全く不明で、いったいぜんたい何をしているのだろう、このシステム。ともあれ、この作業後、数時間システムは安定しているので、良しとしよう。ブログ村でVine6.2のトラブル解決に関するブログを探してみる
2014.04.14
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経緯piyota0の研究室では、インシリコ創薬を行う際に、有償のドッキングソフトであるCCDC社のGOLD suite 5.2というのを利用している。昨年より、6 CPU-coreが同時に計算できるということで、計算能力もそこそこアップしたわけであるが。今年になって、このGOLDのアカデミックライセンスのコアあたりライセンス買い切り制度というのが撤廃になって、今後、GOLDを新規に使おうというユーザは、年間契約、毎年課金が発生するタイプの契約をしなければならなくなった、とのこと。このこと自体、貧乏な日本のインシリコ関連研究室にとっては痛い制度変更なのだが、それに、さらに追い打ちがあるのであった。それは、「ライセンスサーバ移動などのファイル書き換え作業」についても、これまで、無償サービスだったものが、保守契約を必要とする有償作業になってしまったのである。保守契約!保守契約!日本の科研費等にとって、一番いやなものが保守契約である。ということで、今後、GOLDは日本国内での新規シェア獲得は相当困難になると思われる。やれやれ。さて、それにともない、年度末予算有効活用ということで、piyota0研でもインシリコドッキング用計算機サーバの新調+スペックアップを行った。といっても非常にリーズナブルなお値段のIntel Corei7 4930K 3.4GHz 6-core 12-thread 13万円くらいを導入したというだけのはなしなのだが。そして、それに伴い、ライセンスファイルなどの書き換え、ライセンスサーバの入れ替えなどを行ったところ、はまったのである。というわけで、次回のための備忘録。(1) ccdc_lisence.dat の編集JAICIから送られてくるccdc_lisence.datには通信ポートの設定がないので、システムによってはそれを明示しないと不都合が起こるようだ。これは、linuxのディストリビューションや研究室内の設定によるところも多いであろう。ともかく、ファイル、赤字部分を追記するところから始まる。SERVER iar-strxxx.xxxxxx.ac.jp 90b11c808383 27000VENDOR ccdc port=27009FEATURE gold ccdc 5.2 28-feb-2015 6 998C715425C9 TS_OK SIGN="006A \ 5604 xxxx 92C8 xxxx 622B 55FD CB00 872F 92A2 84AE 5054 C4CC \ 4ED1 45D2"FEATURE silver ccdc 5.2 28-feb-2015 6 2913F98493B9 TS_OK SIGN="00DD \ xxxx 4C3D 2F69 0FD4 xxxx 08D8 6B00 1F00 3A4A F2C2 8E7C 3BFF \ A5ED 3F7C"FEATURE gold_linux ccdc 5.2 28-feb-2015 6 E3503482395A TS_OK \ SIGN="0034 6CE8 4D94 2F4A 3A7A xxxx 2B21 CF00 BADF 230A 28E4 \ xxxx F3B9 A89B 57DC"(2) 旧サーバマシンでライセンスマネジャを停止bin/gold_lisence stop(3) 各マシンに(1)のファイルを配布、しかるべき場所に上書き保存(4) 新サーバマシンでのセキュリティー設定iptablesの設定ファイル、/etc/sysconfig/iptablesをrootになってviで直接編集するのが手っ取り早くてよい。*filter:INPUT DROP [0:0]:FORWARD DROP [0:0]:OUTPUT ACCEPT [0:0]-A INPUT -i lo -j ACCEPT-A INPUT -p icmp --icmp-type any -j ACCEPT-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 20 -j ACCEPT-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 21 -j ACCEPT-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 22 -j ACCEPT-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 80 -j ACCEPT-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 27000 -j ACCEPT-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 27009 -j ACCEPT-A INPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT-A INPUT -j REJECT --reject-with icmp-host-prohibitedCOMMIT変更後、iptablesサービスの再起動を行う/etc/init.d/iptables restart(5) 新サーバマシンでライセンスマネジャを起動bin/gold_lisence start(6) 新サーバマシン、クライアントマシンでGOLD/Hermesを起動して、ライセンスが必要な作業をきどうして、うまくいくかどうか実行確認。あっちこっち試行錯誤していたせいで、一時間以上かかってしまった。途中で、firewallではじかれているせいかも、と気づいたところで、漸く解決。なお、firewallの存在はクライアントマシンからnmap -p 27009 サーバマシンとすると、filteredなどと表示される。これが、上記操作後は、port27009/tcp open flexlm9と表示されて、無事通信が受け付けられていることがわかる。なおマシン導入と6コア6ライセンス分がすべて動くという効果で、ラボのインシリコ探索能力は170%くらいに増強したと考えられる。よかったよかった。ブログ村でインシリコスクリーニングのブログを探してみる
2014.03.25
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TSdrena DAC (デジタル → アナログ) オーディオ変換器TSdrena DAC (デジタル → アナログ) オーディオ変換器 HAM-DAAU【導入の経緯】TSdrena社のDACを使用してみた。これは、前述のように、我が家の主力TV受像端末であるSONY BDZ-ET2100のからの音声出力が現時点でHDMI出力しかなく、モニター付属のスピーカでは、美しい音でTV番組の再生ができないからである(2/11の記事参照のこと)。【接続】で、メーカーサイトに行きSONY BDZ-ET2100の仕様などをいろいろ眺めた結果、デジタル音声出力[光]という出力端子が付属していることに気づいた。つまり、ここから光ケーブルでデジタル音声を取得し、それをRCA端子に変換すれば、アンプに入力することができる、のである。というわけで、光デジタルからのDAC(デジアナ変換器)をいくつか検索し、コンパクトで値ごろな、TSdrena社のものを選択して、繋いだ。【結論】(1) うまくいった。(2) アナログ出力がRCAピン左右一組と、3.5mmステレオミニジャックの両方から同時にとれることが判明。一台をメインのコンポに、もう一台をプロジェクタ脇のサブミニコンポ(食事時CD/FM視聴用のTechnicsのミニコンポ)に分岐、うまくいった。(3) 3.5mmのほうからの出力、ときどき音が割れるが、これは、ケーブルの老朽化・接触不良と判明。そのうちケーブルを交換する予定。【注意】なお、SONY BDZ-ET2100とHAM-DAAUの接続には、角型プラグ⇔角型プラグ 光デジタルケーブルなるものが必要。AMAZONで50cmの短いケーブル(\470)を同時購入、問題なく動作した。【備考】また、HAM-DAAUは機器のUSBから電源が供給できるらしいが、周辺にある機器のどのUSBが電源供給に適しているかどうかわからなかったので(例えばIiyama monitorからとることができるかもしれないが)、付属のACアダプターからの給電とした。これも問題なし。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2014.02.18
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Winampでshoutcast radioが聴けない!?いくらチャネルをクリックしても反応しなくなってしまって、いろいろと仕事がはかどらないので、検索してみたところ、2chに情報があった。2chの名無しさんどうもありがとう。http://toro.2ch.net/test/read.cgi/win/1385031512/779手順を説明するよりも下の画像を見てもらった方がはやいですので、とりあえずこれを見てください。ツリーメニューでshoutcastの項目を右クリックして、出てきたメニュー内の「パーミッションをリセット」。これで、「使用中のプレイリストにアクセスしようとしていますが許可しますか(y)(n)」の警告窓で、yを選択します。以降、従来通りに無事使えるようになりました。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2014.02.13
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SONY BDZ-ET2100にアナログ音声出力(RCA)がない件について実は一昨日引っ越しをしました。といってももとの家と1kmくらいしか離れていない、同じ学区内の引っ越しなのだけれども。そして、新しい住まいでは、これまで2年以上お世話になった、starcatのケーブルテレビを解約したのでした。さて、ケーブルテレビを解約してFlet's TVに乗り換えてTV生活は快適、と思いきや、これまではstarcat様からレンタルしていたセットトップボックスに頼り切りだったのだけれども、それが、自前のチューナに乗せ換えなければならないということで、購入したのが、2TBの録画容量を誇るSONY BDZ-ET2100 ブルーレイレコーダー。で、それを実際にみるモニターはというと、今まで使ってきたPC用モニターの流用で、iiyama のProLite E2710HDS-B1 27インチディスプレイ(2010年1月 35000円くらい)、である。これはHDMI入力がついているfull-HD-1080p対応で、スピーカーがついているが、音声はしょぼい。そこでこれまでは、セットトップボックスのRCA音声アナログ出力から別途音声をONKYOのアンプに送って、スピーカーで視聴していたわけである。さて、SONY BDZ-ET2100につなぎかえて、トリニティ HDMI v1.3対応切替/分配機(4入力2出力)で分岐させてセレクターを介して映像と音声が出ることを確認したまではよかったのだが。アンプのほうにアナログ音声を結線しようとして、はたと気づいた。SONY BDZ-ET2100にはアナログ音声出力がないではありませんか。はてさて、音声をどうしよう、と悩み中です。いや、実は解決策も一応は決めたのですが、追加の出費が必要だしなあ。やれやれだなあ。ということで、今年の通販生活、買ってから気付いた「しまった」第2号が、SONY ブルーレイレコーダーと相成りました。なお、追加の出費計画、うまくいったらまたここで報告しまする。~~~~~~~~~~~~~~トリニティ HDMI v1.3対応切替/分配機(4入力2出力)について追記。これは、HDMIの映像出力のクローンを2出力に分けて分配する出力装置であることが判明しました。入力は、ケーブルテレビやらブルーレイレコーダーやらビデオカメラの出力やらから複数の入力を最大4入力まで入れられて、信号ブースターが内蔵されているので、ちょっと長距離のケーブルをつないでも、映像信号が送れる、という代物です。でも結局、4入力は必要なくなりそうなのだけれども、2出力はあると便利ということ。ただし、当初、マトリクス切り替えができたらいいなと、例えば(入力1→出力2)(入力3→出力1)のような同時並列分配が出来たらいいなと思っていたのだけれども、その機能はないことが判明(で、こちらのほうが先に購入していたので、買ってからわかるシリーズ第一弾がこちらになります)。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2014.02.11
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「なんだこれくしょん」 衝動買いしました!【送料無料】なんだこれくしょん [ きゃりーぱみゅぱみゅ ]収録曲全作詞・作曲・編曲:中田ヤスタカ なんだこれくしょん 本アルバムの表題曲(オーバーチュア)。 にんじゃりばんばん 5thシングル。 au(FULL CONTROL/REAL編)CMソング Jが 学童キャンプで踊ったり キミに100パーセント 4thシングル。 テレビ朝日系アニメ『クレヨンしんちゃん』 オープニングテーマ Super Scooter Happy インベーダーインベーダー 6thシングル。 ジーユーCMソング み 江崎グリコ「アイスの実」CMソング ファッションモンスター 3thシングル。ジーユーCMソング テレビ東京系『JAPAN COUNTDOWN』2012年10月度オープニングテーマ さいごのアイスクリーム のりことのりお au(きゃりー歌番組篇) CMソング ふりそでーしょん 4thシングル。テレビドガッチ「豆しぱみゅぱみゅ」CMソング くらくら KFC クラッシャーズ CMソング おとななこども スズキ・MRワゴン ウィット CMソングおお、なんとご機嫌な曲の数々。それにしてもCMへの露出度が高いですなあ。さて、次の中田ヤスタカ先生のCD予告も挿入しておきましょう。そう、あれ、です。【送料無料】LEVEL3 [ Perfume ]ブログ村できゃりぱみゅ・perfume・中田ヤスタカの音楽ブログを探してみる
2013.09.08
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ここ数日の成果 Linux関連Vine Linux 6.1 X86_64 (64bit)導入新年度に向けて、新しいメンバーも増えるので、PCワークステーションを新調。OptiPlex 9010スモールシャーシ、に、Core i7-3770 3.4GHz 8GBメモリといったところ。これに、Vine Linux 6.1 X86_64 (64bit)導入する。グラフィックボードは新設せずに行ったが、インストールは完了したもよう。旧マシンからネット越しに数100GBにわたるデータを転送して完了。intel compilerの導入non-commercial licenseを導入。cyana compileと最適化cyanaを64bit版のifortでcompileする。今回、staticにせず、i_dynamicオプションでライブラリを動的にリンク。当初O3/SSE4.2のオプションをたてていたがやや挙動がおかしかったので、SSEは使用中止、O2の最適化でとめておくと・・・旧マシン→(Core i7 860 2.8GHz)で7分かかっていた計算が2.5分、およそ2.5倍の高速化を達成したcns_solve_1.21の導入x86_64で最適化されたバイナリーが配布されているのがこの版だったので、最新版1.3ではなくこちらを導入。計算速度を比較Core i7-3770 : anneal1.inp → 703.8 secondsCore i7-860 : anneal1.inp → 1548.92 secondsこれは64bit効果とバイナリ最適化といろいろ理由が考えられるが、それでも、クロック数以上の高速化(2.1倍達成)がなされている。嬉しい限りである。nmrpipe導入CD-ROMよりnmrpipe / nmrdrawを導入、これは問題なしxpdf導入これはソースよりビルドする。原因不明でうまくいかない。そのうち対処する。とりあえず、pdftotextについてだけはインストールできたので、それを次項、namazu検索サーバ立ち上げに資する。namazuによるPDF全文検索環境整備前PCから移植した、piyotaの研究資産ともいえる、これまでのDLした学術論文のPDFアーカイブ。これが収載されたディレクトリを対象に、namazuを利用してインデックスをつける。デフォルト設定がないので、なにやら微妙に旨く行かないが、あちこちいじっているうちに上手くいくようになった。やれやれ。やれやれ。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2013.03.26
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99% !!Test project /home/gold/software/RDKit_2011_06_1/build Start 1: testDict 1/76 Test #1: testDict ......................... Passed 0.01 sec Start 2: testDataStructs 2/76 Test #2: testDataStructs .................. Passed 0.02 sec Start 3: pyBV 3/76 Test #3: pyBV ............................. Passed 0.45 sec Start 4: pyDiscreteValueVect 4/76 Test #4: pyDiscreteValueVect .............. Passed 0.13 sec Start 5: pySparseIntVect 5/76 Test #5: pySparseIntVect .................. Passed 0.13 sec Start 6: testTransforms 6/76 Test #6: testTransforms ................... Passed 0.02 sec Start 7: testGrid 7/76 Test #7: testGrid ......................... Passed 0.05 sec Start 8: testPyGeometry 8/76 Test #8: testPyGeometry ................... Passed 0.08 sec Start 9: testMatrices 9/76 Test #9: testMatrices ..................... Passed 0.01 sec Start 10: testAlignment10/76 Test #10: testAlignment .................... Passed 0.02 sec Start 11: pyAlignment11/76 Test #11: pyAlignment ...................... Passed 0.29 sec Start 12: testOptimizer12/76 Test #12: testOptimizer .................... Passed 0.01 sec Start 13: testForceField13/76 Test #13: testForceField ................... Passed 0.03 sec Start 14: testDistGeom14/76 Test #14: testDistGeom ..................... Passed 0.02 sec Start 15: pyDistGeom15/76 Test #15: pyDistGeom ....................... Passed 0.29 sec Start 16: graphmolTest116/76 Test #16: graphmolTest1 .................... Passed 0.14 sec Start 17: graphmolcpTest17/76 Test #17: graphmolcpTest ................... Passed 0.02 sec Start 18: graphmolqueryTest18/76 Test #18: graphmolqueryTest ................ Passed 0.02 sec Start 19: graphmolMolOpsTest19/76 Test #19: graphmolMolOpsTest ............... Passed 1.60 sec Start 20: graphmoltestCanon20/76 Test #20: graphmoltestCanon ................ Passed 0.02 sec Start 21: graphmoltestChirality21/76 Test #21: graphmoltestChirality ............ Passed 0.09 sec Start 22: graphmoltestPickler22/76 Test #22: graphmoltestPickler .............. Passed 0.33 sec Start 23: graphmolIterTest23/76 Test #23: graphmolIterTest ................. Passed 0.01 sec Start 24: testDepictor24/76 Test #24: testDepictor ..................... Passed 0.43 sec Start 25: pyDepictor25/76 Test #25: pyDepictor ....................... Passed 0.61 sec Start 26: smiTest126/76 Test #26: smiTest1 ......................... Passed 0.32 sec Start 27: smaTest127/76 Test #27: smaTest1 ......................... Passed 1.60 sec Start 28: fileParsersTest128/76 Test #28: fileParsersTest1 ................. Passed 36.45 sec Start 29: testMolSupplier29/76 Test #29: testMolSupplier .................. Passed 0.25 sec Start 30: testMolWriter30/76 Test #30: testMolWriter .................... Passed 0.42 sec Start 31: testTplParser31/76 Test #31: testTplParser .................... Passed 0.04 sec Start 32: testMol2ToMol32/76 Test #32: testMol2ToMol .................... Passed 0.02 sec Start 33: testSubstructMatch33/76 Test #33: testSubstructMatch ............... Passed 0.02 sec Start 34: testReaction34/76 Test #34: testReaction ..................... Passed 0.10 sec Start 35: pyChemReactions35/76 Test #35: pyChemReactions .................. Passed 0.33 sec Start 36: testChemTransforms36/76 Test #36: testChemTransforms ............... Passed 0.04 sec Start 37: testSubgraphs137/76 Test #37: testSubgraphs1 ................... Passed 0.47 sec Start 38: testSubgraphs238/76 Test #38: testSubgraphs2 ................... Passed 0.02 sec Start 39: testFragCatalog39/76 Test #39: testFragCatalog .................. Passed 1.37 sec Start 40: pyFragCatalog40/76 Test #40: pyFragCatalog .................... Passed 0.41 sec Start 41: testDescriptors41/76 Test #41: testDescriptors .................. Passed 0.22 sec Start 42: pyMolDescriptors42/76 Test #42: pyMolDescriptors ................. Passed 0.34 sec Start 43: testFingerprints43/76 Test #43: testFingerprints ................. Passed 0.23 sec Start 44: pyPartialCharges44/76 Test #44: pyPartialCharges ................. Passed 0.62 sec Start 45: testMolTransforms45/76 Test #45: testMolTransforms ................ Passed 0.03 sec Start 46: pyMolTransforms46/76 Test #46: pyMolTransforms .................. Passed 0.33 sec Start 47: testForceFieldHelpers47/76 Test #47: testForceFieldHelpers ............ Passed 1.75 sec Start 48: pyForceFieldHelpers48/76 Test #48: pyForceFieldHelpers .............. Passed 0.31 sec Start 49: testDistGeomHelpers49/76 Test #49: testDistGeomHelpers .............. Passed 0.79 sec Start 50: pyDistGeom50/76 Test #50: pyDistGeom ....................... Passed 1.32 sec Start 51: testMolAlign51/76 Test #51: testMolAlign ..................... Passed 0.15 sec Start 52: pyMolAlign52/76 Test #52: pyMolAlign ....................... Passed 0.55 sec Start 53: testFeatures53/76 Test #53: testFeatures ..................... Passed 0.03 sec Start 54: pyChemicalFeatures54/76 Test #54: pyChemicalFeatures ............... Passed 0.36 sec Start 55: testShapeHelpers55/76 Test #55: testShapeHelpers ................. Passed 0.03 sec Start 56: pyShapeHelpers56/76 Test #56: pyShapeHelpers ................... Passed 0.40 sec Start 57: testMolCatalog57/76 Test #57: testMolCatalog ................... Passed 0.02 sec Start 58: pyMolCatalog58/76 Test #58: pyMolCatalog ..................... Passed 0.34 sec Start 59: testSLNParse59/76 Test #59: testSLNParse ..................... Passed 0.08 sec Start 60: pySLNParse60/76 Test #60: pySLNParse ....................... Passed 0.33 sec Start 61: pyGraphMolWrap61/76 Test #61: pyGraphMolWrap ................... Passed 0.60 sec Start 62: pyTestConformerWrap62/76 Test #62: pyTestConformerWrap .............. Passed 0.35 sec Start 63: testQuery63/76 Test #63: testQuery ........................ Passed 0.01 sec Start 64: testMatCalc64/76 Test #64: testMatCalc ...................... Passed 0.00 sec Start 65: pyMatCalc65/76 Test #65: pyMatCalc ........................ Passed 0.89 sec Start 66: pyCMIM66/76 Test #66: pyCMIM ........................... Passed 0.06 sec Start 67: pyRanker67/76 Test #67: pyRanker ......................... Passed 0.39 sec Start 68: testChemicalFeatures68/76 Test #68: testChemicalFeatures ............. Passed 0.00 sec Start 69: pyFeatures69/76 Test #69: pyFeatures ....................... Passed 0.37 sec Start 70: pythonTestDbCLI70/76 Test #70: pythonTestDbCLI .................. Passed 23.04 sec Start 71: pythonTestDirML71/76 Test #71: pythonTestDirML .................. Passed 13.98 sec Start 72: pythonTestDirDataStructs72/76 Test #72: pythonTestDirDataStructs ......... Passed 0.02 sec Start 73: pythonTestDirDbase73/76 Test #73: pythonTestDirDbase ............... Passed 0.05 sec Start 74: pythonTestDirSimDivFilters74/76 Test #74: pythonTestDirSimDivFilters ....... Passed 0.03 sec Start 75: pythonTestDirVLib75/76 Test #75: pythonTestDirVLib ................ Passed 0.02 sec Start 76: pythonTestDirChem76/76 Test #76: pythonTestDirChem ................***Failed 41.21 sec99% tests passed, 1 tests failed out of 76Total Test time (real) = 136.01 secThe following tests FAILED: 76 - pythonTestDirChem (Failed)あともう少しっ!!
2013.03.13
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3日目突入Python 2.7 / boost-1.44.0 あたりではまりまくる。昨夜深夜まで頑張ったが、RDKitのctestでテストしたところおよそ33%のテスト、ほとんどがPyの名前のある関数で、failedとなってしまい愕然とする。しかしどうやら、Pythonがうまく組み込まれていなさそうだということ、また、boostライブラリのversionが古いせいではないかということが判明した。そこで、boostを1.40.0から1.44.0(cheminformistのブログのレコメンド)にあげて再度トライしてみる。まず、python 2.5 と2.7でpythonconfig.h 内で定義されている変数が変わっていて、testがfailしている原因は、やはりpython 2.7の正しいインストールに依存していることが判明。しかし、ふつうにやってもインストーラの不備で、pythonconfig.hは正しい場所にはインストールされない。これは実は転回したPython-2.7のディレクトリに、./configureを行うとできてくるらしい。これを手動コピーすることが重要のようだ。次に、boostのインストールではまる。$ tar zxvf boost_1_44_0.tar.gz# cp -r ./boost_1_44_0 /usr/local/lib/boost# cd /usr/local/lib/boost# ./bootstrap.sh --with-libraries=python,regex# su# ./bjam address-model=32 cflags=-fPIC cxxflags=-fPIC # ./bjam address-model=32 cflags=-fPIC cxxflags=-fPIC installなぜかこの両方をやらないと /usr/local/lib/boost/stage/lib 以下ができない。で、これができないと、RDKitのmakeの前半3%くらいでとまる、ということが、わかった。環境変数の定義状況 setenv RDBASE "/home/gold/software/RDKit_2011_06_1" setenv LD_LIBRARY_PATH "/${RDBASE}/lib:/usr/local/lib:/usr/lib:/usr/local/lib/boost" setenv PYTHONPATH "/usr/lib/python2.7/site-packages" setenv CPLUS_INCLUDE_PATH "/usr/include:/usr/local/lib/boost" ブログ村でchemoinformaticsのブログを探してみる
2013.03.13
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RDKit導入2日目さて、本日はRDKit導入の2日目プロセスに突入である。python >> import numpyでエラーがでる。これは、numpyが入っているにもかかわらず後付けでいれたpython2.5に認知されていないからのもよう。VineLinuxの困る点は、こういうところである。これはあとで何とかすることにして、apt-getで入りそうなものをどんどんいれていくことにする。# apt-get install sqlite sqlite-devel sqlite3 sqlite3-devel zlib zlib-devel sqlite-2.8.17-1vl5.i386 sqlite-devel-2.8.17-1vl5.i386 * zlib は既に最新バージョンがインストールされています。* zlib-devel は既に最新バージョンがインストールされています。 sqlite3-devel-3.6.16-1vl5.i386 sqlite3-3.6.16-1vl5# apt-get install libboost libboost-devel libboost-1.36.0-2vl5.i386 libboost-devel-1.36.0-2vl5.i386freetype2 はすでに最新バージョンがインストールしてあるがこれでいいのか不明。ImaginghはVineではおそらくこれ。# apt-get install python-imaging python-imaging-1.1.7-1vl5.i386 ここでnumpyに関する勘違いに気づく。python-numeric / python-numeric-develとnumpyは無関係。Vine5.2のこのマシンにはnumpyはまだはいっていないようだ。だとすれば簡単で、$ wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.6.1/numpy-1.6.1.tar.gz$ tar zxvf numpy-1.6.1.tar.gz$ cd numpy-1.6.1$ python setup.py build# python setup.py installこれで$python>> import numpy最初の何回かerrorが出たが、これは、LD_LIBRARY_PATHに/usr/local/libが正しく加わっていなかったせい$ source ~/SETUP.csh を行うと回避できた(setenv文はここに格納してある)ということで、atlas-sse2とatlas-sse2-develはVine5.2コンパチブルのバイナリパッケージもソースパッケージもないようだ。これはソースからビルドしてみるか。。。とも思ったがnumpyがすでに入っている以上、不要かも知れぬ、と思ったので、後回し。RDKITのビルドにとりかかる。$ vi CMakeLists.txt 上の方に、以下の4行の情報を追加。set(PYTHON_NUMPY_INCLUDE_PATH "/usr/lib/python2.5/site-packages/numpy/core/include")set(PYTHON_EXECUTABLE "/usr/bin/python")set(PYTHON_INCLUDE_DIR "/usr/include/python2.5")set(PYTHON_LIBRARY "/usr/lib/libpython2.5.so")~/SETUP.cshに以下の情報を追加 setenv RDBASE "/home/gold/software/RDKit_2011_06_1" setenv PYTHONPATH "/usr/lib/python2.5/site-packages"$ mkdir build$ cd build$ cmake -D BOOST_USE_STATIC_LIBS=OFF -D BOOST_ROOT=/usr/local -D RDK_INSTALL_INTREE=0 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..するとエラーが Unable to find the requested Boost libraries. Boost version: 1.36.0 Boost include path: /usr/include Detected version of Boost is too old. Requested version was 1.39 (or newer).ということでboostを入れ直す。apt-get build-dep http://updates.vinelinux.org/VineSeed/SRPMS.plus/libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm取得:1 http://updates.vinelinux.org/VineSeed/SRPMS.plus/libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm [39.2MB]39.2MB を 3s 秒で取得しました (11.1MB/s) パッケージリストを読みこんでいます... 完了依存情報ツリーを作成しています... 完了 以下のパッケージが新たにインストールされます: bzip2-devel lam libaio libaio-devel libicu libicu-develアップグレード: 0 個, 新規インストール: 6 個, 削除: 0 個, 保留: 1 個18.0MB のアーカイブを取得する必要があります。展開後に 48.5MB のディスク容量が追加消費されます。続行しますか? [Y/n]Y取得:1 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main bzip2-devel 1.0.5-4vl5 [11.2kB]取得:2 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus lam 7.1.4-1vl5 [3415kB]取得:3 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus libaio 0.3.106-2vl5 [19.3kB]取得:4 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus libaio-devel 0.3.106-2vl5 [11.0kB]取得:5 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main libicu 4.0.1-1vl5 [6861kB]取得:6 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main libicu-devel 4.0.1-1vl5 [7710kB]18.0MB を 1s 秒で取得しました (10.6MB/s)変更を適用しています...準備中 ############################## [100%]更新/インストール中 libicu-4.0.1-1vl5.i386 ############################## [100%] libaio-0.3.106-2vl5.i386 ############################## [100%] bzip2-devel-1.0.5-4vl5.i386 ############################## [100%] lam-7.1.4-1vl5.i386 ############################## [100%] libaio-devel-0.3.106-2vl5.i386 ############################## [100%] libicu-devel-4.0.1-1vl5.i386 ############################## [100%]完了$ apt-get source -b libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm# apt-get install libboost*.rpmでやると、今度はglibcのバージョンエラーがでてしまって入らない。 libboost-regex: 依存: libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.11) それをインストールすることができません 依存: libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.9) それをインストールすることができませんどうしてくれようか?(長い道のりだったので中略 覚えていたら明日いこうに補足します)cmake -D BOOST_USE_STATIC_LIBS=OFF -D BOOST_ROOT=/usr/local/lib/boost -D RDK_INSTALL_INTREE=0 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local -D BOOST_INCLUDE_PATH=/usr/local/lib/boost/boost ..Python Install directory /usr/local/lib/python2.5/site-packages-- Configuring done-- Generating done-- Build files have been written to: /home/gold/software/RDKit_2011_06_1/buildどうやら完成したようだ。ミソは ====> boost 1.40.0を手動でコンパイルしてインストールした========> RDKitのインストーラが上記のいれた場所を見つけられなかったので(まあそりゃそうだろ)cmake -D の下にパラメータを書き連ねてみた。参考にしたサイトはこちらhttp://code.google.com/p/rdkit/wiki/BuildingOnCentOShttp://cheminformist.itmol.com/rdkit/install/30a430f330b930c830fc30eb-centosブログ村でchemoinformatics関連のブログを探してみる
2013.03.12
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Vine5.1+RDKit install 備忘録・tcshを利用する。・作業は/home/gold/software下で行う。・vi ~/SETUP.cshsetenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib を追加・多倍長演算のためライブラリを追加 ver 4.2.2apt-get install gmp gmp-devel・任意精度浮動小数点演算のためのライブラリを追加 ver 2.3.1apt-get install mpfr mpfr-develいずれも/usr/libにインストールされたことを確認。・mpc0.8のインストールmpcはパッケージがないので$ cd /usr/src/package/$ wget http://www.multiprecision.org/mpc/download/mpc-0.8.tar.gz$ cd /usr/src/$ tar xvzf ./package/mpc-0.8.tar.gz$ cd ./mpc-0.8$ ./configure --prefix=/usr$ make# make install・最新版のgccをいれておく gcc-4.7.2のようだ → 失敗・gcc-4.4.7で再チャレンジ$ mkdir gccbuild$ wget http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-4.4.7/gcc-4.4.7.tar.gz$ tar zxvf gcc-4.4.7.tar.gz$ cd gccbuild$ ../gcc-4.4.7/configure --with-gmp=/usr/lib --with-mpfr=/usr/lib $ make$ su# make installどうやらエラーなく完遂したもよう。・CMakeのインストール ver 2.8.3# apt-get install cmake・Flexのインストール* flex は既に最新バージョンがインストールされています。flex-2.5.35-2vl5・Bisonのインストール* bison は既に最新バージョンがインストールされています。bison-2.4.1-1vl5・数値演算関係のライブラリインストール$ apt-get install blas blas-devel lapack lapack-devel libgfortran-4.1.2-21vl5.i386 blas-3.1.1-2vl5.i386 lapack-3.1.1-2vl5.i386 blas-devel-3.1.1-2vl5.i386 lapack-devel-3.1.1-2vl5.i386 # apt-get install python-numeric python-numarray* python-numeric は既に最新バージョンがインストールされています。 python-numarray-1.5.2-1vl5.i386 さて残りは明日か。Python 2.7を使わず2.5のまま、RDKITが入ってくれると嬉しいのだが参考URL http://cheminformist.itmol.com/rdkit/install/30a430f330b930c830fc30eb-centosブログ村でRDKit関連のブログを探してみる
2013.03.11
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パソコンの液晶ディスプレイがまた壊れた昨年、自宅で使用しているPCのIIYAMAの液晶ディスプレイが二台、立て続けに壊れて、それを修理した。そのうちの一台がまた壊れたことが判明した。ProLite B2475HDS-B PLB2475HDS-B1 の電源が入らないのである。やれやれ。現在住んでいるところの部屋の問題で、かなり温度が低くなるのであるが、それにしても、電源部分、このあいだ修理したばかりだと思うんだけれども、これはいったいどうなっているのであろうか。修理しないで新しいのを買おうか、という気分である。ちなみに、本体のPC(Windows8)に、いまだLinuxはインストールできていない。そもそも自宅のデスクトップPCをいじる時間がここのところ全くなくなってしまった。本棚部屋においてあるのだが、諸事情あってこの部屋は暖房も冷房も入らないのである。全くの極寒の地である、というか欠陥住宅と言っても過言ではない(笑)。ブログ村でおすすめの液晶ディスプレイを探してみる
2013.01.14
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linux設定 GOLD備忘録FlexNet ライセンスマネージャー (v11.8 以降) が起動しないウェブで検索したら対処法を発見Debian ベースの Linux で、FlexNet ライセンスマネージャー (v11.8 以降) が起動しないのはなぜですか? ようするに、./lmgrd: Command not found.こんなエラーとか、ともかくライセンスがうまく認知されずに動かなくなる。GOLDをversion upしたところこの症状に見舞われた。これはDebian系の対応例”ソリューション:FlexNet v11.8 以上のバージョン (Polyspace R2010b / MATLAB R2011a) は、Linux システムを起動するために、Linux Standard Base (LSB) 3.0 以上が必要になります。LSB はオープン スタンダードで、複数の Linux ディストリビューション間においてソフトウェアのサポートを簡単にします。LSB 3.0 か それ以上のバージョンは、Red Hat 系や SuSE 系のディストリビューションにはデフォルトで含まれています。Debian 系 (Ubuntu も含みます) のディストリビューションには含まれていませんが、標準的なインストール パッケージとして提供されています。”apt-get install lsbVineでもapt-cache search lsb すると、lsb - Vine linux のLSBサポートという返事がかえってくるので、上記のコマンドで解決できた。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2013.01.02
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ラボの複合機がこわれつつあるので複合機後継の機種選定メーカーエプソンエプソンOKI機種名LP-M5600ALP-M6000AMC862dn-Tサイズ最大A3最大A3最大A3印刷速度(C)A4102426印刷速度(BW)A4403034解像度とか600x600600x600600x600耐久性60万ページ60万ページ60万ページ価格現行機¥429,260@epson-direct¥390,000@kakaku.com両面対応〇〇〇その他60万ページ増設トレーと台が必要で上記価格FAX機能なしTCP/IP対応増設トレーがあらかじめ設置済FAX機能ありTCP/IP対応ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2012.12.10
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自宅PCが壊れた自宅のPCが壊れました。壊れたのはソフマップで購入した牛丼パソコン。中身はマウスコンピュータのOEM。CPUを今年の3月にヤフオクで落札したXeon-X3360に換装した、あれである。電源を入れて、BIOSがHDD二つを認識して、どちらかのHDDにアクセスを開始するなり、全体の電源が落ちてしまうという、トラブル。ひょっとしたらHDDのクラッシュかとも思い、修復を試みたのだが、どうやら時間の無駄、という気がしてきたので、本体を買い替えることにした。故障が多いという噂でもちきりのマウスコンピュータが、ほぼ4年も持ったのだから、これはよい買い物だったのだと思います。さて、そこで、いろいろ悩んだのだが(特にLinuxが入らないかもしれないとUEIFまわりについて情報収集して結局わからなかったけれども)Windows8マシンを導入することにしました。マシンはこちら。新製品対応が割と遅いという印象があるEpsonだが、Windows8搭載製品を早速キャンペーン販売していたので、今週末に届きそうなので、早速注文。Windows上の環境では特にきつい計算(動画エンコード?)などは行わない予定なので、CPUをCore-i5-3470 プロセッサー (3.2GHz)に抑えて、価格を抑えての購入。しかもkakaku.com特別モデルだと、更にキャンペーンコードが使えて安くなる、ということで、結局、大学生協経由を制しての直接注文とした。で、一方、旧PCから回収した二台のSATA-HDDは、玄人志向3.5インチHDD2台ケースに押し込んで、外付けUSB-HDDとして、当面は運用する予定である。以後、今後の予定備忘録。1.旧HDDのWINパーティションから、デジカメ写真、旧メール、音楽ファイルを回収する。2.旧HDDのLinuxパーティションを起動ディスクとして、Win8とLinuxのデュアルブート環境を構築するのにチャレンジしてみる。進行状況・成否は備忘録も兼ねて、このブログ上で報告する予定、請うご期待。ブログ村でWindows8-linux-dual-bootのブログを探してみる
2012.11.26
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朝、寝坊したらYとJは出かけてしまっていた。Nを起こして二人で至福の朝ごはん。卵料理にパンに紅茶、へっへ~。Yが仕事に帰ってくる前に、ようやく雨があがったので、Nを連れて昼飯の買い物に行く。Nは長靴が履けるので大喜びして、水溜りを攻略に出かける。お昼ごはんは焼きビーフンと中華もやしスープ。いろいろあって夕食はトンカツ屋さん。昼寝しなかったせいでNが食べている最中に寝てしまうとか、そのあとアイスクリーム買いに行くとか、まあいろいろ・・・お疲れ様でした。【TOYOTA社純正カーナビ MULTI AV STATIONの通信機能不具合】自家用車のトヨタ車純正ナビ付属のMulti AV Stationで読み込ませたCDが、gracenoteから自動で曲名などの情報をDLできなくなった件について、調査してfixするのに小一時間を費やした。深夜の車の中で、最近お気に入りのBACARDI MOJITO(缶入り)をすすりながら、マニュアルとYokotaの携帯を片手に、いろいろと作業をしたのである。ことの起こりは、ここ数日、カーナビが通信経由で情報を更新できなくなっているという症状。しかも、Bluetooth接続したdocomo携帯からは、[mopera.ne.jpに接続できません]という、これまでみたことのないエラーが。いくら設定をいじっても、一向にエラーが解消されない(このためにYokotaは最近使い始めた、結局本件とは何の関係もない携帯の便利機能アプリ一つを初期化までしたのに)ので、ようやく、googleでいろいろと情報の検索を始めると、HONDAのカーナビでも同様のエラーが発生していて、それはこの4月に見られるようになった現象で、しかもNTTのサービス形態の変更によるものらしいということが・・・http://www.nttdocomo.co.jp/info/news_release/2010/11/30_00.html 具体的にはこれ。この、1年半前の報道資料にあるように、ひっそりと2012.3.31にmoperaネットサーフィンサービスというのが終了していたのだが、これが一体何のサービスなのか、理解している人は少なかったんだろう 。ともかくカーナビ→Bluetooth接続→docomo携帯→i-mode→mopera ISPサービス経由→Gracenote CDDB(r) というような接続を行って、カーナビはネットから情報を収集していたらしい。そして、このmopera ISPサービスというのが終了し、mopera U 有料サービスに切り替わった、ということがことの真相のようだ。なので、これを回避する簡単だが有料なので不愉快な方法が、[mopera U ライトプラン]を申し込む(月315円)である。ケータイのi-modeのi-menu設定確認からdocomo idを確認して、PCでhttp://www.mydocomo.comに接続. domoco ID とパスでログインして、mopera Uの契約関連の項目メニューをチェックし、mopera U ライトプランを申し込む。すると、このhttp://mopera.ne.jpへの携帯経由での接続エラーがでなくなり、めでたく、楽曲情報取得に成功したのであった、ぱちぱちぱち。なお、いくつかの他の方のブログの記述では、携帯電話機種の設定をdocomoショップで変更して、http://mopera.net (mopera U)とhttp://mopera.ne.jp (旧mopera)の優先接続の順番を別途、設定変更してもらう必要があるような記述があったのだが、それを無視してとりあえず試したところ、我が家のTOYOTA車カーナビでは、その必要はなかった。つまりmopera U ライトプラン申し込み完了時点でエラー解消された模様。この間90分ほどを費やす。まあそれはそれで、こちらが情弱だったといえばそれまでなのだが、それにしても不親切だなあと、ちょっとむっとする。そもそもの問題は、これらの対処法がほとんどどこにも報道されていなかったり、見落とされがちなこと。もちろん、アナウンスも来た覚えはない。だが、ことは自動車のナビシステムにかかわる。このような複雑な作業はナビ本体からもケータイからもできない (インターネット環境下のPCが必要)。もし、このナビの楽曲機能の不具合がとても気になるドライバーがいて、運転中に(実際には信号停止中にしか操作できないが)いろいろいじくっていたりしていて、直前直後に事故をしたら・・・と思うと、国内最大ユーザを抱えるNTTらしからぬ、危ない橋だなあと思ったのです。(特に最近、このGWも含めて、自動車が起こした重大事故の報道が多い。)4月からの交通事故で、運転手が「カーナビ操作中・操作後」が原因の事故のうち、運転手の携帯電話がdocomoだった場合には、事故原因にmopera無料接続のサービス停止が原因の事故もあるんじゃないかなあ、、などと要らぬ心配をしてしまったり。関連情報http://minkara.carview.co.jp/userid/519118/blog/26201643/ カロッツェリアのカーナビ通信機能が使えなくて困っていた人のブログブログ村でカーナビ不具合・mopera/docomoのブログを探してみる
2012.05.06
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昨晩、遅くまでNMR測定していたので、今朝は神戸からの出勤。昼過ぎ、とある西神戸の実験機器メーカーの人(もと大学院生のひと)が面白い試料をもって遊びにきてくれる。なかなか面白い試料だなあ。で、そのあと3時間以上かかって会議があって、それが終わってからデスクワークをこなして・・・・そして。ひさしぶりにPerlのスクリプトで遊んでみるO先生に依頼された天然変性タンパク質の統計解析の続きが気になったので自宅でLinuxをいじりはじめたのであった。で、例の解析を二面角座標空間に拡張してみたらどうなるかというのを考えた。で、どうやればいいのかと考えたとき、割と簡単にPDBをPHI/PSIだけの二面角座標に書き換える応報を思いついたので試してみたら、うまくいったのでここにかいておく。(1)PDBファイルを主鎖heavy atomだけにする(gawkを使う)(2)それをmolmolで読み込ませる(3)WriteAngでDYANA形式二面角ファイル(*.cor format)に書き出すと、PHI/PSIの表になっているのであった。実際にはshell scriptを使って、まず全てのファイルに対して処理を行うmolmolのマクロを作成して、molmolを1回だけ立ち上げてXUserMac で一撃である。あとは、Perlで二次元配列をつくれるというのと(こんなかんじ my @Array = ();$Array[0][0] = "a";$Array[0][2] = "b";$Array[1][1] = "c";$Array[2][0] = "d";$Array[2][3] = "e";)総和や平均や標準偏差を計算する簡単な関数をウェブ上で手に入れたということとmore math.pl test.pl::::::::::::::math.pl::::::::::::::package math;sub sum{ my $sum=0; $??????@_; for($i=0;$i<$n;$i++){ $sum+=$_[$i]; } return($sum);}sub mean{ $goukei=sum(@_); $??????@_; $mean=$goukei/$n; return($mean);}sub var{ my $mean=mean(@_); my $??????@_; my $sum=0; for($i=0;$i<$n;$i++){ $sum+=($_[$i]-$mean)**2; } $var=$sum/($n-1); return($var);}sub stdev{ my $var=var(@_); $sd=sqrt($var); return($sd);}1;::::::::::::::test.pl::::::::::::::#!/usr/bin/perl@dat=(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10);require("/home/piyota0/JUNK/120410/math.pl");my $x=math::sum(@dat);my $y=math::mean(@dat);my $z=math::var(@dat);my $a=math::stdev(@dat);print $x, " ", $y, " ",$z, " ",$a,"\n";1;具体的にはこの二つでなんなく実現できそうである。ちなみにN末端C末端の残基にはそれぞれPSI/PHIしかないのとPROにもPSIしかないことに注意すべし。わーいブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2012.04.19
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ラボのLinuxのいろいろ設定(xinetd / proftpd / sshd)ラボのLinuxマシンをsecureにリモートにいじれるようにしたい、ということで、xinetdの支配下(hosts.allowによるアクセス制限のもと)でsshd / proftpdを駆動させることにした。その際、これまでinetdに慣れていたのだがそれを廃して、Vine 5.2デフォルトのxinetdに管理を委ねることにするのでその備忘録。(1) standalone のsshdとproftpdを殺す。chkconfig sshd offchkconfig proftpd off(2) hosts.allowのなかにsshdとproftpdのエントリをつくる(これは旧inetdと書式は一緒)sshd : XXX.XXX., YYY.YYY.YYY. こんなかんじ(3) /etc/xinetd.d/ にスクリプトをつくる。::::::::::::::proftpd::::::::::::::service ftp{ disable = no socket_type = stream protocol = tcp wait = no user = root server = /usr/sbin/proftpd}::::::::::::::sshd::::::::::::::service ssh{ disable = no socket_type = stream wait = no user = root server = /usr/sbin/sshd server_args = -i}(4) /etc/proftpd.conf を編集ServerType inetdこの行が必要。xinetdじゃなくていいみたい。なぜだろう。(5) /etc/init.d/xinetd restartこれで、別のマシンでアクセスして、オンデマンドでssh接続、ftp接続ができればよい。(6) ftpがpassive modeで自動接続できないのでそれを解消。このサイトにおせわになりました。227 Entering Passive Mode (192,168,11,200,138,217).ftp: connect: ホストへの経路がありませんログインはできるがファイルリストが取得できない、ファイルのアップロードやダウンロードができない、というトラブルを解消。# modprobe ip_conntrack_ftp# modprobe ip_nat_ftpなんとモジュールが必要だったとわ。起動のたびに、モジュールをロードするのは面倒なので、自動でモジュールをロードするために rc.localを編集、だそうだ。# vi /etc/rc.d/rc.localmodprobe ip_conntrack_ftpmodprobe ip_nat_ftpブログ村でVine Linux 5.2関連のブログを探してみる
2012.03.27
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牛丼パソコンのパワーアップ我が家の自宅用デスクトップPCは、2008/12/30に京都のソフマップで購入した「牛丼パソコン」である。いつ買ったのか忘れていたが、なんと3年と3ヶ月前であったのか!通常2年間で更新(とくに仕事用のノートPCは)を心がけているPiyotaとしては、かなり長いこと使ったことになる。ちなみに、牛丼パソコンの中身はこちら。このスペック表のポイントはマザーボード。恵安電子(台湾)のSocket775/G33T-M2であるということと、Intel Core2Quad Q9550/Q9650までは搭載可能である、ということが重要なのである。というわけで、CPU換装によるもう一年程度の延命を試みたのである。現在はCore2Duoだから、うまくすればCPU性能は倍化することになる。しかし、LGA775対応のCore2Quadは生産中止になってしばらくたつ。つまりCPU入手からはじめなければならない。結局、3週間ほどYahoo auctionにてウォッチして、タマの数とおよその相場を把握しつつ、Core2Quadはあきらめ、Q9550同等品といううわさのXeon X3360@2.83GHz を14000円で落札した。そして、ついに、遅ればせながら 自宅PCマシン マザーボード Intel G33T-M2 のCPU Core2 Duo E8300(2.83GHz/1333MHz/6MB) をIntel Xeon(R) X3360 @ 2.83GHz に換装!!Windowsを立ち上げて無事稼動を確認!その後Linuxを立ち上げてこちらでも稼動を確認したのであった。というわけで、Linuxで立ち上げたついでに、cyanaでNMR構造計算を行い、ラボでPiyotaが日常的に使用しているメインマシンのCore i7 860(quad core 2.80GHz)と性能対決することとした。ちなみにPassmark CPU Benchmarkのスコアを単純に比較するならば、http://www.cpubenchmark.net/cpu_list.php では5619 (Core i7) vs 4190 (X3360) と75%ほどの性能である。で実際に120アミノ酸ほどのタンパク質の生データで同じジョブで比較計算を行ったところ1構造計算に 22分(Xeon X3360) vs Core i7 860で19分だった。つまり、こういう繰り返し計算系のアプリならば、性能比は85%ということであった。これだけ使えればよいであろう。満足である。ブログ村でNMR蛋白質立体構造計算のブログを探してみる
2012.03.26
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事情があって、うちではVine5.2を使っています。GW-USWExtreme をVine Linuxで使うGW-USWExtreme : PLANEX社製 900円くらい。内部のチップセットはrealtek RTL8192CU というらしい。なので、まずREALTEKのサイトにいって、linux 用のdriverをDLしてくる。http://www.realtek.com/downloads/downloadsView.aspx?Langid=4&PNid=21&PFid=48&Level=5&Conn=4&DownTypeID=3&GetDown=falseここのサイトから、RTL819xCU_USB_linux_ v3[1].3.2_3192.zipをDLしてくる(ところでファイル名に空白が入っているのはなんかの嫌がらせなんでしょうか)これを適当なところでunzipする。unzipしてできたフォルダをみるとinstall.shというファイルがあるので、>su XXXXX (password)>bash < install.shこれでドライバのコンパイル終了、でもってインストールも終わって使用可能になる。のだが、システムを再立ち上げすると認識されずもとの木阿弥。重要な設定を忘れていた。>lsmod | grep 81r8169 31876 0 mii 8832 1 r81698192cu 481184 0 この8192cuというモジュールを起動時にカーネルに認識させてあげなければならない。手動でおこなうならば(modprobe 8192cu)>cd /lib/modules/2.6.27-74vl5/kernel/drivers/net/wireless>chmod 744 8192cu.ko (この操作本当に必要なのかどうか不明。なんとなく8192cu.koを実行形式にしておきたかった)>vi /etc/modprobe.d/modprobe.confalias eth0 r8169の下の行に、alias wlan0 8192cuを挿入、vi終了これでどうやら再起動時に自動でWLAN0としてGW-USWExtremeが認識されて、ターミナルモードでは利用可能になった。設定はVineの場合には、画面右上にNetworkManagerのアイコンがでているので、それを左クリックすれば、よい。認識などは通常の無線LANと共通である。Piyotaはラボのオフィスで、仮にConnectifyをAPとして、そこに接続している。modprobe.confを編集するというのが、ぱっとドキュメントを見た時点で書いていないかったので、ここに残しておく。誰かの役に立つといいな。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2012.01.31
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GW-USNano2-Gで簡易無線LANアクセスポイント現在使用しているデスクトップPCにUSB無線LANアダプタを刺して、それを最悪の場合フリーウェア(Connectify)で無線LANのアクセスポイントとして使おうと思っていたのである、が。PLANEX社製の11n/g/b対応 携帯ゲーム機向け Wi-Fi USBアダプタ GW-USNano2-G http://t.co/PcGiKXGq 近所の量販店で980円だった。すると、付属CD-ROMからPLANEXのクライアント・マネージャというソフトをインストールしたところ、それにアクセスポイントモードというモードがあったのだ。もしやと思って、それを設定することで、容易に、LAN接続のデスクトップPCの回線を共有・経由して、仕事用ノートPCもインターネットに接続することができたのだった。わーい。唯一イケていないのが、このアクセスポイントモードを設定するときのソフトのウィザードのメニューの意味不明さ、である。「携帯ゲーム機を接続する」というモードが、アクセスポイントモードのことらしい。無線LANとか暗号化とかアクセスポイントモードとかがわからない、初心者の人でも設定しやすいように、と配慮したんだろうなあとは思うが、なんだか余計にわかりにくいような気がしてならないのだ。ま、簡単に設定できたからいいか!次はこれをLinuxから動かす技を考えよう。たぶんできるはずなのだが??ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2012.01.12
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wordpress3.0wordpress30を使ってホームページを作成する準備をはじめる。fc2liteを利用して、大学の研究室のホームページ用に独自ドメインを確保したところ、デフォルトでいろいろな便利なツールが使えることがわかった。Wordpressというのは聞いたことがあるなあ、くらいの気持ちではじめたのだが・・・・これは楽しい。・blog感覚でweb browserから内容が投稿できる・統一性があるサイトが簡単に構築できる・しかも自動でmenu-barやらside-barやらが設定される・いろいろなデザインが選べて美しくて、しかもクールだというわけで、Microsoft Publisherでちまちまlocalでサイトコンテンツを作成するのがバカらしくなったのであるhttp://presat-vector.org/ブログ村で生命系大学院関連のブログを探してみる
2011.11.01
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