El Capitan を最初にインストールした際はクリーンインストールして TimeMachine からユーザ環境を読み込んだのでシステムファイルが損傷する可能性は低いと思います。
考えられるのは 10.11.2 へのアップデートでの不具合です。
最初のアップデート後は起動が完了しなかったことを考えても、二度目のアップデートでも完全には成功していなかったのでしょうね...
検索しても同様のトラブルは見つからなかったので私のシステム環境に何か原因があったのでしょう。
システムの復旧はシステム起動時に Command-R を押し続けて行いますが、インストールされている OS の最新のものをインターネットからダウンロードしてから実行されるのでインターネットの回線速度によっては結構時間が掛かります。
システムファイル以外は書き変わらないのですが TimeMachine を利用されていない場合は安全のためハードディスク全体のバックアップをお勧めします。
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