『ME-90』は、専用アプリケーションの「BOSS TONE STUDIO for ME-90(Mac/Windows対応)」を使用することで、サウンド・メイクやパッチ管理をPC上で行うことができる。また、IRデータにも対応。「ME-90 IR Loader(Mac/Windows対応)」経由で、外部IRデータを3つまで本体に読み込むことが可能。さらに、オプションの「BT-DUAL」(Bluetooth Audio MIDI Dual Adaptor)の装着により、モバイル端末から専用アプリケーション「BTS for ME-90(iOS/Android対応)」の使用や、オーディオの再生をワイヤレスで行うことが可能。ついにスマホ連動だな。