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◆【新型コロナ】今後の実効再生産数の短期予測を国別にできるサイトがありました：シンプルですっきりしたデザインのサイトです

テーマ：医療・健康ニュース(4259)

カテゴリ：データ分析

実効再生産数・Rtの計算方法などについて調べていて、実効再生産数の短期的な予測ができるサイトを発見しました。

London School of Hygiene＆Tropical Medicineにある感染症の数学的モデリングセンター（CMMID）は、LSHTMの全3学部の疫学者、数学者、経済学者、統計学者、臨床医の学際的なグループです。

「Real time report」の表示のページは、一言で言うと、「更新される論文の図表」といった雰囲気のサイトです。

個人的には、もうちょっと、はっきりとした色遣いにした方がいいと思いますが、シンプルで見やすい図表です。ダッシュボードの参考にしたいと思います。

ECDCのデータを基に、各種計算をしていて、計算結果をシンプルデザインのグラフで表示しています。このサイトのように、加工度を高めたデータによる図表を私のECDC版のダッシュボードに追加していきたいものです。

最初は、静的なページだと思っていましたが、画面上部の帯がメニューになっていて、表示する地域などを選択すると、各種グラフが表示されます。

このサイトでの実効再生産数の計算ですが、時点t1と時点t2があった場合に、t1からt2にかけての感染確認者数の増減のデータから、時点t1の実効再生産数を算出するタイプのようです。

また、感染確認日から発症日を推定していますが、国別に遅延のパラメータを変えていないようなので、日本の検査の実情からすると、少し発症日を後ろ倒しして考えた方がいいのかもしれません。

↓世界の国々についてデータが計算されていますが、下図のように、「感染確認者が今後多そうな６カ国」として表示するなどの要約もされています。

ブラジル、インド、ロシア、イギリス、アメリカなどで感染拡大が続いています。

別のページは、「致命率」の推定の情報があります。

死亡率を、ある時点の感染確認者数と死亡者数で計算すると、過小な数字になってしまうので、このページでは、感染確認と死亡の間のタイムラグを考慮に入れて推計しています。

確かに、感染確認者数が増えてから、遅れて死亡者数が増えるので、感染確認者数が増えている局面では、単純に計算した死亡率が低下するということになります。

そして、日本の場合は、日々の感染確認者数が減る局面にありますが、日々の死亡者数はまだそれほど減ってきていないので、死亡率は高まってきています。

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↓実効再生産数を計算できる Webアプリがあります。

↓倍加時間についてです。

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【ダッシュボード 「COVID-19 Transition Graphs」 を試作】
中国本土以外の地域への感染が拡大しているため、国別、地域別の感染者数の推移を簡単に確認できるダッシュボードを試作しています。

随時、ページを追加しています。グラフのデータは、右上部分の操作でダウンロードすることができます。

アメリカの「地域別の変数」を前処理して、「州別」での推移をグラフ化できるようにしました。

また、州コードのフィールドを作成してコロプレス地図も作成しています。

楽天ブログでは「iframe」タグが使えないので、Bloggerのページから利用できるようにしています。

無料で利用できる、グーグルの「データポータル」のダッシュボードです。データさえあれば、簡単に作成できます。「国」別、「地域」別に日ごとの感染者数の推移を見ることができます。

↓ダッシュボードの試作です。下記リンクのページから利用できます。