2008年02月の記事
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移動日
朝１はホテルで充実した時間を過ごす。すなわち、午後から蛋白研セミナーに出ることにして、朝はホテルチェックアウトぎりぎりまで、昨晩のパワーポイント作成の続きをする。新幹線の中でもデスクワークを続行するが、途中で何回か意識が薄れたので、PCを閉じて爆睡することにする。昼過ぎ千里中央到着、ロッテリアでコーヒーとランチ。どうも腹痛が治まらず。タクシーで蛋白研に移動して３演題くらい講演を聴く。海外のシグナリングベンチャーの人の話が非常に面白かった。夕方、名工大のTT先生が来られたので、談話室に移動して、先生から預かっていた進行中の論文（新規人工設計金属センサー蛋白質）について、コメントをつけて返す。青色銅蛋白質についても面白い情報をもらう。
2008.02.29
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修士論文発表会＠鶴見
朝一で鶴見へ。今日の目的はA君の修士論文発表と、それからNMR測定と。A君は学籍番号が早いので、当然時間も早く、新幹線も早いものとなる。新幹線の中では爆睡。朝の４演題くらいを聞いて、理研に移動。今日は、二台のNMR装置に来週の初めまでの測定を仕掛ける。比較的のんびりと設定などを行いつつ、結局夕方の５時くらいに終了させることができた。その後、なぜか横浜市大のN先生が遊びにこられていたので、いろいろと情報交換。６時ころ新横浜に向かう。宿は新横浜国際ホテル、快適。なぜか腹具合が悪くて、かなりピンチに。小康状態になったので、夕食は日本海庄屋で鉄板焼きステーキを食べるが、肉が固くあまりおいしくない。ビールはプレミアムモルツ瓶ビールで、これは思いのほかうまい。かなり疲れているのであるが3月1日に行う発表の準備が、例によって例の如くまったくできていないので、これまた大慌てでパワーポイントを作る。今回は英語で話すということなので、緊張なのであるが、にもかかわらず全然進まない。
2008.02.28
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基礎配属総括日
今週は、週のうち3日も出張などで予定が詰まっていて、その合間を縫って一月かかった基礎配属実習の総括をしよう、と思ってセミナー予定をいれていた、のである。のであるが・・・・朝一番でC研究科長とS病院長と経理部長に拉致られて、山の上の本部に連行される。追加分の予算要求のための説明らしい。いろいろNMR装置を導入することのご利益を説明するが、理事会は渋い。全体的にお金が削られていて、渋いのである。基礎配属学生のみなさん、ごめんなさい。午後、教授会。新しい研究科長の人事の全貌が明らかになる。この全貌の内容（特にパブリケーション）は驚嘆に値するすごさである。まじ、すごい。こういう人になりたいと思いつつ、もう無理だろうなあ。なれないだろうなあ。良い子はまねしちゃダメなんだろうなあ。
2008.02.27
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入試業務免除
入試業務が早朝から入るはずが、今回は義務免除となった。学務課からの電話口で、「やった～♪」と思わず喜びの声をあげたら、あまりにその口調が嬉しそうだったんだろう、先方があわてて、「再度確認しますので待ってください」とのことだったが、やっぱり今回は当番はなかった模様。やったぁ。というわけで、ようやく一日空いたので、懸案事項を片付ける。といっても、書類かきばかりなんだけどね。２９日～１日の蛋白研セミナーで発表をしなければならないので、その草稿とパワーポイントを作製しなければならない。昨年末の生物物理での発表データをもとにプレゼンを作り直す。
2008.02.26
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鶴見出張
１．理研NMR測定今週はなんと２台もマシンタイムを借りているのである。non-cryoの600MHzと700MHzである。でもって、今週は隣の横浜市大の修士論文発表会があるので、どのみちもう一度木曜日に横浜にこなければならないのである。というわけで、ともかく木曜日までかかる測定を二種類のサンプル、二種類のマシンで行う。それぞれせっせとパラメータ設定して、その間、日中の時間を利用してちょっとした二次元のテストデータも測定して、夕方4時過ぎまでに何とか3D-NMR測定を4発仕込み終える。まずまずのタイムに満足。２．横浜市大で大学院生A君の予聴会なので、急遽連絡して大学院生A君の修士発表の予聴会を行うことにして、4Fの情報研に出向くことにする。K先生は居られなかったが（何でもB学長がサラリー増で米国の大学に引き抜かれて、後任の学長選があるらしく、多忙らしい）、I先生が居られたので、久しぶりに情報交換。I先生と話すのはいつも勉強になるし、楽しい。I先生の「ハブレス研究－実験生物学と計算生物学の融合－」プランのお話（現在進行中）を伺う。Piyotaの「マシンレスNMR構造生物学研究」と相通ずるものがある。その後A君の発表にいろいろとダメ出し。３．神戸にトンボ帰り、神戸ワイン明日に備えて、神戸に宿をとって関西に戻る。週末にもやしもん６巻を読んだせいで、なんだか無性にワインがのみたくなるので、コンビニで神戸ワインを購入して飲んだくれる。飲みやすいし、悪くないので、こういう夜にはよいかも。ただし、料理と競えるほどの風味や風格があるかというと、まだまだ、である。きっと「初心者向き」のワインしか創るつもりがないのだろう。
2008.02.25
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映画上映会
アンパンマン怖い ラーメン食わない 夜寝ない今日は朝から、吹雪である。その吹雪を押して（四駆なのでへっちゃらさ）、京都市の保育関連イベントでチケットをゲットしたアンパンマン劇場公開版の映画鑑賞会にJを連れて行く。ところが、映画館が暗いせいか、大音量なためか、Jが「こわいこわい」と、泣き出してしまう。そもそも彼にはアニメを見るという風習というか習慣というか文化がないのである。昼飯は二条にラーメンを食べにいったが、もちろんJはほとんど食べない。夜になっても、体調が悪いのか、昼間の経験が怖かったのか、寝つかない。そんなわけで、Yokotaが切れる。
2008.02.24
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魂は貸せねえ
１．病院に行く 耳鼻咽喉科に花粉症の薬をもらいにいく。ついでに、吸入もしてもらい、のどとか鼻とかかなり楽になる。処方してくれた薬は、クラリチンとトラネキサム酸。妥当な投薬。２．日中、寝込む 寝込んでいる間、もやしもん6巻でなごむ 今日は共同保育の日らしい。ということで保育所の用事でYokotaは大変そうだったのだが、体調不良でついにダウン寸前ということで、家事手伝いは勘弁してもらう。そうはいってもやらなきゃいけないのが、家事である。ということで、晩御飯のためのハタハタの調理をする。３．夕方、ハタハタ唐揚げをつくるなぜか冷蔵庫にハタハタが大量にあるので、から揚げにすることにする。病院の帰りに「からあげ粉」をゲットしてきたのであった。ビニール袋にからあげ粉１：小麦粉１の割合で粉をいれて、ハタハタをいれて、全体にまぶす。揚げ物なべに油をいれて、180度に。でもって揚げ具合と色を見ながら3～5分くらい、あげる。本日の読書。最近はまっている漫画、もやしもん第六巻から、 川浜拓馬（かわはま・たくま） の名セリフ。朋友の美里薫に、愛用のポンチョを変装用に貸せと言われて。「この服は俺の魂だ。魂は貸せねえ。」こいつら、しょうもない奴らだが、ときどきめちゃくちゃハードボイルドなのである。
2008.02.23
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K大学修士課程（BMS)研究発表会
今日は朝から修士発表会である。午後、座長が当たっている。一演題あたり10分と、短めである。すべての演題に相当する採点表が配られるので、ちゃんと採点しなければならないのでめんどくさい。内容は、どこまでが本人がやった研究分なのか分かりにくい。研究内容自体は、これまで構造生物学・プロテオミクス関連の話しか某Y市大の鶴見キャンパスに比べれば、より生物学的な内容が多く、臨床系の話もそこそこあって、新鮮である。とくに面白かったのが医療情報学関連の発表である。リスク評価学というらしい。だが、他の基礎系の先生方も、このもっとも毛色の違った発表をどう評価していいのかわからないようである。リスク評価の発表をした学生さんに、会場の先生方から多くの質問が出る。ちょっと、かわいそうかも。
2008.02.22
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ホウレンソウ・・・コミュニケーションが重要だってばよ♪
したくないのであるが、このところ研究の進捗速度が思わしくない大学院生のYK君に檄を飛ばす（というかほとんど説教）。一番の不満の一つは、【結果が出るか出ないかやってみなければわからない探索発見的な実験】に対する腰が重いこと。腰の重さの裏返しか、インターネットや文献や図書館の教科書にかじりついている時間が長すぎる。前例を入念に調べることも重要だが、調べたからといってうまくいくわけではない事案というのもある。なぜなら、やろうとしていることが最先端に近いからである。ひとあたり調べられるだけ調べて、でもなるべく早く手を動かして、【まずやってみてから問題点をたたき出す】。その上で【Go / No-go dicisionを早めに行う】。後者はリスク回避となるべく幅広い探索空間を限られた資源で条件探索する時のコツである。何か言っても不満そうなので、言わなければ良かったと後悔。Yokotaや他の大学教員の話によると、世の中にはこういうことを言われなくとも空気のように体得している大学院生もいるらしい。うらやましい限りである。別の先生の意見では、そういう素質を持っている人だけを大学院→アカデミックに残すべきで、今の大学院生重点教育の方針は間違っている、ということらしい。正論かもしれない。さらに別の先生の意見によると、そういう研究や実験や社会における様々な問題解決の現場での能力と、高校卒業時の学力の相関は、無視できない以上に高い、とのことである。大器晩成というのは、本当に稀に見るような大器のみのことかもしれない。さて、日中は電話やメールにせかされながら、予算申請書を書く。ミッションはバイオインフォマティクス推進事業の申請、で、Piyotaの立ち位置は「ヒトゲノムアノテーションDBの出口」を提案することである。というわけで、なるべく面白く「こてこてに」作る。
2008.02.21
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休みたいのに～休めない～
休みたい～～ でも～～ 休めない～～まあようするに体が悲鳴を上げて休息を求めているのである。先週は週のうち2回も終電に乗りそびれて、しかも日曜日も出勤したので、疲労がかなり溜まっている。そんなわけで、今週の平日、代休を取ろうと思っていたのだが、それが叶わず。休もうと思っていたのに・・・・（>_
2008.02.20
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P-ROIシステム
P-roi system起動 基礎配属の学生さんに、解析してもらうという趣向のPDZドメインのシグナル。3次元NMRのFTなどは無事終了したので、それぞれのスピンシステムにアセンブルしてデータをプリントアウトするのであるが、それを児童に見やすい形で行ってくれるのが、九州大学の神田先生が作製したP-ROIシステム、である。基本コンセプトは、３次元NMRのデータすべてを、一スピンシステムに対応するストリップをすべて集めて、一枚の紙にプリントアウトする、という仕組みであり、これを並べ替えることで連鎖帰属が完成する。紙を見ながら帰属解析するので、PCの前にかじりついていなければならないという必要がないという利点がある。それと、解析が直感的なので、解析ソフトの使い方を学ぶ必要がない。さて、NMRPipeでピークピックを行って、ストリッププロットを作製するのであるが、すべてのピークが表示されないせいで、コネクティビティーのヒントが表示されず、難儀する。結局、誤差に対するトレランスの設定値resolfac 0.7->1.2 とすることで、比較的改善した。され、あと10日間あまりで、K君は100残基を帰属できるのであろうか？ 基礎棟改修説明会第二段そういうNMRデータ処理の合間に、またもや会議が。今回は場所移動とともにスペース縮小なども含まれるので、話はややこしい。学位審査そういうややこしい会議のあとは、学位審査である。こちらは特に問題もなく、さくさく進む。
2008.02.19
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理研で測定したNMRデータの件
午前中は文献セミナー午前中、基礎配属学生とのセミナー。一週間に一方の割合で英文の原著論文を読んで他のメンバーに説明してもらうという形式。だが、少なくとも実習期間中、彼らはどこで文献を読んでいたのだろう？という疑問がわくくらい、彼らの勉強している姿を見なかった。にもかかわらず、そしてまったくの新分野にも関わらず、どうやらかなりきちんと理解して読み込んできているようなのである。さすが、医学部の学生、同じ年齢のM1（たとえばY市大のM1)と比べても、その手の読解能力やら言語能力やらは格段に優れているようだ。理研のNMRデータさてその合間に、理研のK君から測定中の3次元データをまとめてFTPでデータを送ってもらうが、開いたところうまく展開できない。いろいろデータの圧縮法やアップロード法を検討してもらったところ、ftp起動時にbinaryを明示的に宣言しないとダメなようである。ようやく無事データを取得して、特に設定に苦労することなくNMRPipeを利用してフーリエ変換を行う。データは美麗である。GCOEリサーチリーダーコース 報告会 そのあと大学院生の研究発表会である。G-COEでは毎年１０人の学生に、少なくない額の奨学金（RA）が出る。そのかわりに3か月に一度、研究報告会があり、年度末には評価会もある。大変である。内容は、それなりに面白いものではあった。今後が楽しみである。あと、医学部にきたせいで、Piyotaにとってはこれまでとは毛色の違った研究スタイルの話を多く聞くことになり、非常に勉強になるのである。もちろん、すべてまじめに真剣に聞くと、結局のところかなり集中力を使い、疲れるのである。へとへとだぁ。
2008.02.18
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選挙・日曜出勤・ホームページ作り
選挙の話。午前中、京都市長選挙の投票に行き、自転車で紙おむつなどの大量買い出しにつきあう。そのあと、書類作成のために、休日出勤してラボ（オフィス）に出る。休日出勤（＞＿＜）の話。明日朝一番でエラい人たちの会議に配る、ホームページ委員会の提言提案のペーパーである。夕方五時くらいまでにはおわるかな、と思いながら音楽聴きながらバンバン書類書きをしていたのである。でも、メールに返事したり、他のグラントのためのアイデア素案を考えたり、来年度にうちのラボに来てくれる予定の人に対する推薦書（ここでは意見書というらしい）をA4一枚分作文したりと、いろいろ書いていたおかげで、本業はなかなか進まず。結果的に７時過ぎになってしまう。明朝が早いので、大学のそばに宿をとる。選挙の話。ふたたび。夜、何気なくTVをつけると、市長選挙の開票が延々と行われている。最終的に一位と二位の差は僅差（1,000票を切る差）で、保守系の候補が勝ったのだが。今年の京都市長選挙は、民主党地区支部が推薦した保守系の候補（現職市長の所属セクションの後輩にあたる、後継と思しき人物）に、自民公明が党推薦を出し、そのせいで、民主が党公認を出しそびれた、という人が本命。だが、もともと共産党の支持者の多い土地柄でもあり、教育熱心な土地柄でもあるせいで、必ずしも保守系の人の基盤が盤石ではないらしい。すくなくとも、自民・公明が保守分裂を避けるために民主に相乗りを決意するくらいに。
2008.02.17
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朽木村本陣
朽木村本陣昨晩、またもや雪が降った。今年は本当によく雪が降るのである。というわけで、Ｊを雪遊びに連れて行くために、車を出すことにする。またもや鯖街道を行く当てもなく北上、なのだけれども、先週とは違って今日はきっと葛川少年自然の家のところではそりあそびはできないであろう。ということで、朽木のオートキャンプ場付近まで行けば何とかなるか、と思って車を出したのである。今日は、Yokotaの同僚兼、魚肉ソーセージ友の会副理事長兼、ＪのＧＦのアコちゃんが同行。余談だが、アコちゃんは優しい。Yokotaの128倍くらいやさしい。朽木の周辺を流れている川が安曇川というのだが、そこを通りかかったときにPiyotaが「くっくっくくく～」っと歌っていたら、「それってひょっとして水森亜土ですか」と突っ込みを入れてくれた。ああ感涙。えっと。というわけで、休憩と買い物をかねて道の駅朽木（朽木新本陣）に駐車したのであるが、そのすぐ裏手の安曇川の川原の土手がそこそこよいスロープになっていたので、雪ならしをしてそり遊びをしている幼児連れがいた。お昼をたべおわったあと、その同じ場所でそり遊びをする。今回は動画も撮る。ギャラリー喫茶 ｋａｚｅ（風）ひとしきり遊んで、帰途につく。途中で暖かいものでも飲んで休憩しようと、葛川を過ぎて5分ほど走ったところ、国道の西側にあるギャラリー併設の喫茶店、Ｋａｚｅにお邪魔することにした。ログハウス風のお店の中はあたたかく、この日は写真展のギャラリーを併設していて、ＢＧＭの音質もとてもよく（もちろん選曲もとてもよくて）、4人で意識を失うくらい忘我の境地になっていたのであった。Piyotaは香味柚子茶とタルトタタンを、Ｊは冷たいミルク、氷なしを、Ｙｏｋｏｔａはシナモンコーヒーとサンドイッチを、アコちゃんは魚肉ソーセージ盛り合わせを、じゃなくてチャイを頼んだ。タルトタタン、美味しうございました。アコちゃんと別れた後、西大路にお買い物。ポンパドールのチーズ入りパンが食べたいのだそうな。Piyotaは入浴剤を二種類買う。小袋に入っているタイプの入浴剤、出張のときのビジネスホテルで使うのに重宝するのだ。
2008.02.16
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備忘録 この論文はすごいらしい
いきなり備忘録、である。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?list_uids=17420288&holding=f1000,f1000m,isrctnこの論文、ちょっとすごいらしい。今日は午前中はA先生と来年の講義についてミーティング、その後、短時間だけれども学生とディスカッションをして、午後は急遽施設の改修委員会がはいってしまい、へとへとであった。まず、A先生との打ち合わせである。先週の蛋白研ツアー中に、メールで依頼があった来年度の講義依頼を承諾する件で、A先生に会いに行く。講義の内容は、学部一年生向けの細胞生物学講義であり、エッセンシャル細胞生物学を一年間かけてびっちりやるらしい。その教科書のうちの立体構造に関する部分を2回講義するのがPiyotaのミッションである。講義の打ち合わせ1/3、A先生のところの研究の話1/3、NMRを使ったらどんなことができるか、が1/3。A先生のところは1ラボとしてはとんでもない数のKOマウス、Tgマウスを飼育しておられるので、話は当然NMRメタボロミクスなどの話になる。昼過ぎ、第二回の基礎研究棟改修移設委員会が開催される。基礎研究棟内のRI施設の使用頻度が低いようならば閉鎖したらどうか、とか、もし仮にNMRを導入したら、移設により一回500万円くらいかかるので、移設回数を少なくして浮いたお金をほかのこと（例えば建物のほかの部分の内装など）に使ったほうがいいよ、とか、そういう話がたくさんでるが、ともかく大変なのである。3時から初めて8時ころまでかかる。その合間に、来年度の広島大学での集中講義のシラバスの件をフィックスして、来年度採用のヒトの推薦書というか意見書というやつを作文して、現在申請しようとしている予算（バイオインフォマティクス推進事業）について、メールでいくつか議論をしたりアイデアを提供したりして、といろいろ大変だった。そして学生とのディスカッションである。結局、早く帰ろうと努力したにもかかわらず、京都地下鉄の終電を逃して、タクシーで帰宅することに。今週三回目、である。一体全体何のために働いているのかわからないというような赤字、やれやれ・・。
2008.02.15
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横浜→関西へ戻ってくる 米原は雪
睡眠不足解消のため、朝寝をする予定だったのだが、本日15時からの会議が気になってしまい、早起きしてしまう。こういう目覚め、良くないんだよなあ（欝病になっちゃう）。ともあれ、ネットに接続して少しでも資料をつくる。ウェブ委員会である。EPSON Endeavor N102のバッテリーを換装した。三島通過くらいから使い始めて、すでに米原通過時点でバッテリー残量66%。新大阪通過時点（約2時間経過）でバッテリー残量47%。これならスペック通り3．5時間くらいは持ちそうで、かなりいいんじゃないかな？少なくとも新横浜→新神戸の新幹線の時間内、おそらくパソコンがフルに使えるだろう。予算申請の話が共同研究が2件、単独出願が2件、同時進行ではじまりつつある。こちらのほう、いろいろとメールでの情報のやりとりをしていて、めちゃめちゃ大変。だがとりまとめのO先生はもっともっと大変だろうなあ。大学についてまずいきなり、キャンパスの情報センターの人に、理研からのNMRデータの取り込みのしかたについて、セキュリティー対策などについて交渉する。それから国際会議ができそうな部屋を何部屋か、電話で予約状況を確認して予約。今年の冬のG-COEのシンポジウムに用いるのである。午後、ウェブ委員会。ものすごくたくさんやることがあるのか、とも思われたが、かなり状況が整理された。これはとくにY先生の強力なまとめ力の存在が大きい。問題点の把握がすばやくて正確なのだ。どうもありがとうございました。ということで、今週の土日どちらかで書類を作りに出勤すればこちらのほうはなんとかなるだろう。
2008.02.14
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鶴見！ 理化学研究所、旧ザクのつぶやき
理化学研究所でNMR測定理研NMR施設外部公開の制度を利用して、「成果非占有利用」の形態でテーマを申し込んだのが採択されたので、測定に行く。実際には昨日から測定可能なのだが、会議で身動きがとれなかったので、今日からの鶴見入りである。ところが朝起きたら昨夜からの雪が冷え込んでなにやら下のほうでは凍っている模様。新幹線が遅れるなあと思い、T先生との待ち合わせを遅らせていただく。それにしても今年はとても雪が多い。数年前の平年並みなのだろうがここ数年の暖冬に慣れてしまうと、異常気象に思えてしまうから不思議だ。さて、理研のNMR施設では、かねてよりNMR学会の企業での利用者の重鎮であり数年前に理研横浜に移籍されたY先生、および技術員で横浜市大卒業生でもあるK君、それと膜結合ドメイン構造解析のエキスパートの一人K先生が、我々のホストとなってくださった。Piyotaは「昔取った杵柄～」とか「リハビリ～」とかこぼしながら、Brukerの標準パラメータをもとに、HNCACB/CBCACONH/CCCONHの三つの主鎖帰属系3次元NMR測定のパラメータを設定していったのであるが、設定に関することやデータトランスファーなど丁寧にフォローしてくださり、まことに気持ちよく測定をさせていただいた。マシンも、今回はノンクライオ機（DRX600-AVANCE-TXI）なので最新鋭最高感度機種とは言えないが、良く使い込まれており、またパラメータなども非常によくメンテされており、理研NMR組の技術力の高さを目の当たりにした。旧ザクのつぶやき測定をかけながら、K先生と、タンパク3000その後の顛末や、ターゲットタンパクプログラムのこと、NMR構造生物学の分野全体が直面している逆風や、「重鎮のセンセイ」たちの政治に関するうわさ話情報交換などに明け暮れた。理研から外部に出かける機会が多くないのと、タンパク3000の矢面に立たされた影響などで、理研内部の若い人が委縮しているように見えるのは残念なことだ。だが、タンパク3000はそのプロジェクトの性質上まず構造を決定してPDBに登録し、そのあとに論文を書くという作業になるわけであるが、論文とりまとめと執筆（＆投稿のための戦略）のオーガナイズ・コンサルタント作業が、最終決定が横山先生や木川先生に集中してしまっているため、後回しになりがちであること、でもそれが現場の研究員の転職・求職作業のブレーキになってしまうこと、といった話も伺えた。Piyotaも、たった5～6人しかいない小さなグループではあってもPIとなると、その他の組織の業務なども含めて、日々とてもとても（過労死しそうなくらいに）忙しい。ましてや数十人のPhD研究者やそれに相当する技術員を抱えるグループの長の業務の多忙さは察して余りある。個々の論文を立案し、とりまとめて執筆するのに割ける時間は、稀少に違いない。そのほかにK先生と話したことの中に、「旧ザク同好会」とか「頭文字Dのメンタリティー礼賛」とか「ドメインハンティングの終焉」とか「外道」の話題があるのだが、気が向いたら書きます。読書コーナーそのほかの収穫。BK1で品切れになっていた富士見ファンタジア文庫「生徒会の一存」（葵せきな著）をJR鶴見駅のそばの書店でゲット。やったね。新横浜ナイトライフ測定が終了したあと、夜8時くらいになり、自宅に帰ってもよかったのだがデスクワークがしたかったので新横浜泊にする（実験が伸びてもいいようにホテルを押さえておいたのである。（ワシントン系列のR&B新横浜、一泊6600円。部屋とデスクは若干狭いが全室LAN完備、ウォシュレット、浴槽はやや広め、空調快適、コンビニ至近。よかった。ただし部屋にはポットはない。）もう一つの収穫は、その新横浜で夕飯にびっくり寿司新横浜店に行けたこと（と2000円で腹いっぱい寿司が食えたこと。アラ汁と野菜天ぷら盛りがコストパフォーマンス高く腹いっぱいになった原因である）。びっくり寿司は平成18年くらいまで鶴見の三角交差点のそばに鶴見店がありPiyota単身赴任先のそばであったので何回か愛用していたのであるが、閉店してしまって残念だったのだ。
2008.02.13
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論文受理通知、ほか盛りだくさんの一日
基礎配セミナー今日も朝から盛りだくさんである。まず午前中に基礎配5年生3人の文献セミナー。Piyotaが某R社（今は無き外資系製薬会社）に勤めていた時に斜め上の上司だった中山敬一先生（現・九州大生体防御研）が実施してくださった英語の文献を読むためのセミナーの方式を、初心者むけにヌルくして応用した。だが彼らは十分能力が高いことがわかったので、内容のあるセミナーとして成立。すごい。新年度、新M1を交えてのセミナーとしようと思う。おそらく新入学の修士1年ではこうはいくまい。昼飯をたべるまもなくカップ焼きそばで済ませて、午後もセミナーの続き。学生の一人に、NMRシグナルの帰属用ということで練習用データセットとして、P-ROIシステムでのプリントアウトを渡す。来週よりホンチャンで、PDZドメイン100残基を帰属してもらうのである。教授会14時より教授会。結局16時過ぎに終わるはずが全然終わらず、17時すぎまでかかる。修士課程・博士課程の入試の合格案や、GCOEのポスドク人事、特命教員や昇任人事など、議案通り承認。Piyotaは内職して東工大のO先生に送るBIRDの年度末報告書を作成する。今月の学位審査副査1件。蛋白研に試料回収に夕方、雨が雪に変わる。新大阪から千里中央経由でタクシーで蛋白研へ。I先生のところから測定終了したNMR試料を受け出して、明日理研横浜に持っていく鞄につめる。なお、これまでに蛋白研で処理していただいていたNMRデータ、HNCA/HNCO/HNCACOのいずれも非常にきれいにNMRシグナルが観測できていた。これは明日からの理研での測定にも期待がもてる。というよりも、測定は軌道にのりはじめたので、今度はNMRのデータ帰属が間に合わない。なんとかしなければ・・・とほほなメールそういうのをなんとかできるかと思われる、来年度ひょっとしたら採用できるかもしれないというポスドク要員の人から、公募応募書類の書式を間違えたという脱力系のメールが入る。どうしましょうねえ。このヒトはひょっとしてかなり困ったチャンなのかもしれない、と不安になる。論文受理通知受理通知、というよりは、論文がオンラインで公開されましたよ、というお知らせ。大学院生KIくんの修士論文のときの仕事が、無事アクセプトされて、公開されました。おめでとう。
2008.02.12
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AO入試の面接とか、その他の備忘録とか
AO入試面接Piyotaが所属しているK大学医学部のAO入試、今年は昨年の15名よりも更に定員を増やして25名採用するらしい。ということで、朝から面接の説明やら採点基準を聞いて、昼過ぎから面接。各班10名面接である。大変なのである。最後のほうとか、集中力が切れてきてあまり鋭い突っ込みが入れられなくなってしまったし。（だからといって後のほうの受験生が有利かというとそうでもない。いい質問といい答えで点数が上がるからです。）会議終了後、大学院生Iさんの進路相談第二回目。Iさんの結果を早く論文にして投稿しなければならない。これはまじに真剣にスタートしなければならない。現在使用中のマインドマップ作画フリーソフトには限界がありそうなので、ひょっとしたら市販商用ソフトにシフトしなければならないかもしれない。そのあと、さすがにやばいので大急ぎでBIRD報告書を仕上げる。ともかく、活動内容の部分はなんとか大部分しあげることができたのであとは外部発表の項目だけである。学生さんや他のスタッフの分の外部発表項目は記入できた。Piyotaの昨年の学会やシンポジウム・セミナーなどでの口頭の発表歴が、ともかく数が多く、フォローに困難を来す。熟練の秘書の人が一名必要なのである。そのための年間150万円が、しかし、出ない。論文備忘録http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jmcmar/2008/51/i01/abs/jm701020f.htmlSALMONという新しいNMR測定技法に関して提案している論文である。忘れないようにここにリンクを貼り付けておくのである。F1000Biology、ときどきとってもやくにたつなあ。時間がなくて滅多にじっくり読めないけれども。
2008.02.11
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市民雪まつり＠大津市葛川
葛川（かつらがわ、と読むらしい）少年自然の家、というのが施設の正式名称らしい。朝、雪対策で完全防備して、JとYokotaと３人でエクストレイルに乗り込み、大原道(鯖街道）を花園橋から北上する。道は雪道ではあるが半分溶けていて凍結はなく、なんのこともなく３０分強のドライブ。目的地は一応朽木のスキー場なのだが、スキー場が開いていないのは調査済みで、どこかそり遊びができる場所が大原近辺にあるのではないか、という怪しげなYokotaの伝聞情報をもとにとりあえず車を出したのだ。すると、国道沿い、川をはさんで反対側に、ちょうどよさげなそり専用の５０ｍくらいのゲレンデがあり、子供たちがたくさん群れている様が。ナビで確認すると、どうやら公設のスポーツ施設で「大津市立葛川少年自然の家」というのだそうだ。行ってみると、大津市民雪祭りの会場であった。たまたま偶然雪まつりにあたったのである。Jといっしょに雪合戦をしたり、大きな雪玉(雪だるまにはならなかった）をつくったり、雪の上で鯖寿司やクリームシチューをたべたり、そり遊びをしたり、紙コップで雪を固めた「雪コップ」を１２個作ってベンチにならべたり、と、まったく入場料など無料でひたすら遊べて、とてもよかった。このそり専用ゲレンデ、今日だけしか(雪まつりの時しか)解放されないらしい。来年も予定をきっちりと把握して、また来ようと思った。おもしろかったのは、スタッフのひと（クリームシチューを売る係りの人）がガチャピンきぐるみをきていたのだけれども、Jがなぜかこわがって、「いやいや」といっていたこと。さて、帰り際に、車に積み込みなり、Jは爆睡していた。おつかれさま、J。その後、雑用があってYokotaのラボによる。するとなぜかYokotaのボス、F先生がJに「ぐりとぐら」シリーズの絵本をどっさり下さったこと。JはFラボのアイドルとなりつつあるらしい。Oさんにも甘えていたしなあ・・・F先生どうもありがとうございました。
2008.02.10
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ポトフのつくりかた
Jの友人たち来る今日は保育所のJの友人たちが、Piyo家に遊びに来てくれることになった。Aちゃん（二歳半）、Aちゃんママ、Tくん（二歳半）、Tくんママ。そのまえに、Piyoは午前中に、その保育所の近所で評判の良いS耳鼻科に行く予定がある。鼻風邪（治療中・ほぼ完治）の経過報告と、アレルギー鼻炎予防薬の追加処方のため。今年は前もって抗アレルギー薬を処方してもらい、楽に過ごせるかどうか試してみたいのだ。なのでお客様おもてなしのための料理を朝一からつくることになるが、そのうちの一品、ポトフがPiyotaの当番である。というわけで、Piyotaのレシピを公開する。材料 ニンジン中２本、玉ねぎ１～２個、ジャガイモ２～３個、カリフラワー、鶏肉もも１枚、あらびきウインナー（今回省略）、白ワイン肉 鳥肉にはあらかじめ重さの１％相当の塩をすりこんでおくとよいらしい。鍋 鍋はシャトルシェフなどの保温鍋が楽ちん。保温鍋がないばあい、鍋ごと入れられるような大きめの発泡スチロールの箱があれば、それでも機能上問題ない。１．ニンジンをむいて、一本を大きめのかたまり３～６片にわける。半割か四半割がいい。２．鍋に水２カップ、白ワイン３００ｃｃ、ニンジン、塩小さじ１、ブイヨン２個をいれて火をつける。中火か強火。３．鍋が沸騰するまでのあいだに、てばやく玉ねぎ、ジャガイモ皮むき、肉類の下ごしらえをする。玉ねぎは一個に３～４本のつまようじをさして、厚さ１．５ｃｍくらいの輪切りにする。鶏肉は大きめの固まり。じゃがいもは半切か４半切。４．沸騰しつつあるなべに、３をできた順番に入れていく。材料を入れ終わったら、気分で塩を数振り、追加。濃くしない。今回は、小さい子供も食べるので、３の材料を入れる前に鍋を沸騰させて、ふたをあけたまま少し長めに沸騰させて、アルコールを念入りに飛ばした。大丈夫と思うけど・・・。５．沸騰して５分くらいしたら、鍋からおろしてシャトルシェフ外鍋に装着。６．一時間くらいでやわらかくなって味が染みている。食べる直前にもう一度火にかける。７．できあがり。大人は味が薄いかもしれないが、粒マスタードとテーブル塩コショウで調節。今回のでき、おおむね好評でした。ところでこの日、結構な大雪であった。ご家族二組を送りだしたあと、今シーズンのアウトドアのためには雪でも歩き回れるブーツが必要ということで、近所のWild-1に防寒付き長靴を買いに行く。YokotaがAigleとかいうブランド品で一五〇〇〇円以上投資したのとは対照的に、Piyotaのは４０００円。でもあったかいよ！
2008.02.09
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蛋白研でNMR測定・・・今週二回目！
蛋白研で3次元NMR測定、2回目！ まず、凍結乾燥したPDZドメイン試料に対して、HSQCを一発測定する。それから3次元測定を二種類かけることとする。昼過ぎ、神戸からT先生が到着するので、Brukerの一般的なパラメータを利用したHSQC測定のためのパラメータ設定手順を簡単にレクチャーする。午後二時より大塚製薬（安定同位体事業部）Tさんが来られて、最少培地ではない安定同位体標識培地(Bioexpress 1000)の使い方などについて情報交換を行う。来客を自分のラボのオフィスで迎えるだけの余裕すらないのである。やあれやれ。それからまた二十標識の試料にもどして、HNCOとHNCACOの測定を仕込む。よろよろである。 本来は早めにNMR設定を終了して、早めに蛋白研を離脱して、BIRDの報告書などを書き終えてしまおうとしていたのだが、その準備もできず。
2008.02.08
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朝から予定満載の日々
本日も朝から予定満載の日々である。まず、午前中。午前中は、Piyotaが務めている大学院の修士課程第二期募集の入学試験の試験監督である。英語の時間の試験監督であり、二時間のあいだ、内職をするわけにも、メールチェックするわけにもいかず、試験会場で監督するのである。実はPiyotaは試験監督の間の時間つぶしが得意、である。この二時間、適度に見回ったり出席をチェックする以外は、何もすることがない。何もすることがないが、監督要領やら実施要項などのプリントの裏など、メモ用紙には事欠かない。つまり、メモ用紙を使いながら、考え事をしたり、論文の下書きの文書をひねり出したりなどの、純粋な思考作業にはもってこいなのである。どうも、まわりにいるひとが何かをまじめに考えているようだと、その雰囲気が伝わってきて脳が活性化されるようである。そう考えると、過去、センター試験の監督の時に考えたことなども、実はすべて論文化に成功しているのである。試験監督の時間は、実はPiyotaにとって貴重な戦略考察と創造の時間なのだ。なお、センター試験の試験監督って退屈ですけれども、その時間を有意義に過ごす裏技を編み出しました。誰が見ているのかわからないからここではかけないけれども。あと、これはまあPiyotaのくせなんだけれども、考え事をするときや、人とディスカッションをするときには、なぜか（あとでみて意味がわからなくなることも多いのだが）箇条書きではなくどちらかというと図形的・模式図的な落書き、をすることが多い。考え事をするときも、かならず落書きをする。これをきちんと残しておくことが大事なような気がするのだが、この落書きを非常にしばしばよく無くす。これはまずい。ちゃんとしたノートをつくればいいのかもしれない。さて、来年度うまくしたらうちのラボに合流してくれる腕利きポスドクの人にどんなことをやってもらったら面白いのかを一応考え終わったところで、午後の部に突入である。今日の午後は、まずその修士の学生さんたちの面接。来年度、うちの分野に来てくれそうな学生さんを面接して、10分間話を聞く。まあそれなりにそれなりであったが、基礎知識はともかく意欲は買うことにした。失敗したかもしれない。一緒に面接官をしてくださった、膜分野のI先生と、それでも新人のパワーとバイタリティーに期待しようという話になる。それでもって午後二件目。バイオシグナルセンターのS先生・K先生のところの学生さんの学位審査発表会があるというので、それを聴きにいってコメントをすることになった。うちの大学の学位審査は、持ち時間20分のうちの10分を発表に、10分を質疑応答に、という形式である。短い時間にかなり濃い内容をきっちりまとめなければならないのだから、かなり厳しい条件が要求される、とPiyotaが思うのだが、もうひとつの演題のほうの副査であったF先生などは、「もっと厳しく長くやらないとだめなんじゃないの～？」みたいなことを仰っていた。PiyotaはY市大のときに今はSという製薬企業にいるF君の学位審査会で4時間30分の審査会をやってみんなへとへとだったんだよ～という話をした。それもちょっと、ね。そのあと、療養中の大学院生のIさんとか、進路で悩んでいる別の大学にいるFさんの複雑なメールとか、同業者の間ではKYかもと疑われているFさんの上司のヒトのメールとかに、時間を割いているうちに、ほぼ終電の時間になってしまって、へろへろになった。ともあれ、明日は蛋白研に測定に行くのである。辛いけど頑張るのである。
2008.02.07
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エプソンダイレクトに注文
どうも最近、愛機のEPSON Endeavor NA102のバッテリーの調子が非常に悪い。どう考えても1時間でバッテリー切れになる。いくらへたってもこれはひどすぎる、まだ１年しか使っていないのに。一応ノートパソコンは２年間使ってから買い替えようという自主規制にしているので、それにHDDもまだまだ空きがあるので、とりあえず今年度は買い替えはしないで、これを使い続けることにした。でもこれでは新幹線に乗るのにも不便なので、ともかくバッテリーだけ新品を購入することにして、エプソンダイレクトに注文をいれることにする。ついでにアマゾンのサイトでCDも何枚か買うことにする。同じ形・容量のバッテリーにして、どれくらい持つようになるのだろうか？電源管理などがわるいのだろうか？ともかく６０分持たないというのはいくらなんでも都合が悪すぎる。
2008.02.06
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JBC論文受理通知
今日はNMR測定の日である。蛋白研で0.9mMの蛋白質ドメインのHNCA測定をかける。測定の際に、助教のT先生に15N/13Cのパルスプログラムの中身の読み方や、蛋白研で磨きこまれているパルスプログラムとBruker標準パルスプログラムの差異や特徴、設定時の注意などをレクチャーする。こういう技術移転は、やはりコンソールの前「on-site」でじっくり時間をかけて行わないとだめだなあ。うちなんか、まだまだである。だが、それではよそではどうなのだろうか？現存する国内のNMR関連の研究室で、大学院の学生さんに、こういうshape pulseなども含めたノウハウを伝授して若いNMR研究者を育てることができるラボはどれくらいあるのだろうか？NMR業界の未来も含めて、ちょっと暗い気持ちになる。さて、測定の合間に、メールをチェックしたら、そんな暗い気持ちを吹き飛ばすような、嬉しい知らせが。投稿中の論文がJ Biol Chemに採用された、との阪大医学部のT先生からのメールである。これはPiyotaがCBRCのT師匠に泣きついてノウハウを伝授してもらい、一昨年の年越しでmodellerを動かして作成した巨大複合体（笑）のモデル図が載っている論文である。がんばって美麗な図は提供したものの、scientificな議論にはさほど貢献できなかったのが残念と言えば残念である。（まあ、構造生物学の生物学における貢献の多くは、scientificな直接的な貢献ではなく、論文そのものやdiscussionの議論の質を高めるというような、間接的な貢献になってしまい、それはそれで大事なことだと思うので、まあいいか、と思う。）主著者のTくんは、これで無事に年度内に学位がとれるらしい。期限ぎりぎりだったけど、よかったね。おめでとう！
2008.02.05
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若い力
若い力、である。今週から4週間、「基礎配属実習」の名目で大学の基礎系のラボに、基本的にはウェットの実験をしに、5年生の学生が来るのであった。今日はその第一日目である。気張っていくのである。まず、PiyotaとH先生とで、ラボの成り立ち、お互いが狙っているテーマ（膜関連蛋白質の構造生物学とアミロイドの蛋白質科学）の関連性、テーマの概略を説明して、3:1のグループ分けとテーマ配分を行う。その後、Piyotaチームに関して、さらに詳細な説明を付加する。そして、最初の一週間は共通実習ということで蛋白質の大量精製ネタを「体験」してもらう。今回のテーマの一つの画期的な試みは、蛋白質(100残基くらいのドメイン)のコンピュータを使わない主鎖シグナル帰属を、一人のパズル好きそうな学生に体験してもらうことである。4週間のうち、最初の週はウェット。2週目は、30残基ほどの「練習用データセット」でトレーニング。そして後半の2週間で本番データにチャレンジ、というシリーズである。後半で使用するデータは、すでに他のグループによって立体構造が解かれてしまっている蛋白質なのではあるが、そのせいでNMRでは手つかずなため、誰も主鎖帰属を付け加えていない、という代物である。ところがこの企画、とんでもない欠陥がある。シグナル帰属の人手を確保できたのはよかったのだが、まだデータがないのである。ではそのデータどうするか？これから測定するのである。自転車操業である。今週の蛋白研の500MHzの測定時間と、来週の理化学研究所の5日間の測定時間で、主鎖測定に必要な3D-NMRデータセット5組を急遽測定する、という、薄氷を踏むような自転車操業なのである。我ながら、正気じゃないかもと、ちょっと思う。（ちょっとですむのか？）ただ、まあ、この構想がうまく行きそうな気がしている根拠が二つある。一つは実験技術員Sさんのここ最近のスキルアップが著しいこと。二重標識のNMR試料が、コンスタントにスケジュール通りに（ここ重要！）調製されて出来てくるのである。これがターゲットタンパクではなく、タンパク3000プロジェクトだったら、うちのラボはNMRによる蛋白質立体構造決定で、理研に次ぐ年間最大構造決定撃墜数をマークできるであろう、というぐらいの生産性である。そしてもう一つは、これはPiyotaとしては非常に癪なのだが、今扱っている蛋白質の性質がめちゃめちゃいいこと。依然手がけた、MITドメインもそんなに悪くないとは思っていたのだが、今回のこいつらは特に素直である。Piyotaのポリシーは「性質のよい蛋白質ドメインに出会うことは稀であり、手放したら二度と巡り合わない。」なので、このドメインが絡むプロジェクトは丁寧に仕事していくことにする。ともかく、企業や独立行政法人の研究所と大学のラボの最も違うところは、きっと、若い力が入れ替わり立ち代りやってくることだと思う。若い人の潜在力を引き出すのも、ぼくらの仕事のうちなのかもしれない。
2008.02.04
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論文revise通知
RRRが終わり、G-COE国際ワークショップが終わり、いろいろやりたいことや試してみたいことが渦巻いているが、体力の低下は否めない・・・・うむ、年は取りたくないものだ。そんなわけで、何とか一月中にと思っていた大学院生YK君の再投稿準備中の論文の送稿、雑誌Protein Scienceに投稿しようとがんばるが、結局完遂させることができなかった。さて、それよりもまずやらなければならないことは、スタッフとの打ち合わせである。今日の議題は盛りだくさんである。まず、実習の打ち合わせである。Piyotaの研究室は、基幹講座ではないのだが、学部学生の実習（基礎配属・新医学研究など）には参加することとしている。そのため、来週から一か月、学部五年生が4名配属になるのである。そのうち3名をPiyotaたちのグループで受け入れ、一名は独立ユニットのH先生に受け持ってもらうのでその手筈を整える。その上で、その３人にそれぞれ最終的には個別のテーマを与えるのであるが、最初の一週目は共通で実習（タンパク発現実験）を行うことにした。そのウェットの共同実習やら、NMRシグナル帰属のための「練習用データ」の手配やら。2月中旬から3月初旬にかけて、蛋白研と理化学研究所にNMR測定に出張るわけだが、その手順の打ち合わせも必要である。最後に、先日きたスタッフのNTさんの論文のreviseのための打ち合わせである。査読者から付されたコメントについて、クリティカルなものはないのだが、こまごました実験をいくつか（おおざっぱに言って二種類のデータ）を付け足さなければならないので、その手順の打ち合わせを行う。夕方5時ころから初めて、9時過ぎまでかかる長い長い打ち合わせであった。
2008.02.01
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