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2020年10月の記事
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びっくりするということ
自分が開けようとしている目の前のドアが開いたとき、 そのことを予測するだけの余裕がないからびっくりするのかと思っていた。 眠い頭で、 逆に突然の出来事を自然と受け入れられる、 というか反応できない自分がいて、 結局は何事も二面性なんだなあと悟っている。
2020.10.30
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R - 文字行列を数字行列に変換する
実験の合間にTCGAのデータを使ってみようと画策している。巷ではプログラミングならpythonだと言われているが、基本的にはpythonは苦手分野がないってだけで統計データ処理についてはRがおすすめだ。もちろん他のでもよいが、なんてったってIt's FREE！さて、取り出したデータを云々して(後日書くかな？)このような形(データdat)になった。 1 2 3 4ENSG～ "0.2" "0.3" ・・・ENSG～(実際には行数6万、列数400ぐらいある)ここで困ったのは、行列内が「文字列(chr)」のいわゆる文字行列であり、計算に使えない！データ型変更のために、> x <- as.numeric(dat)とすると、何故かxはリスト(1行)になってしまう・・・たぶん関数の特性なんだろうが(-_-;)わからないことはggrksということで英語の下手な和訳みたいなサイトから引っ張ってきたのが下記> dat <- mapply(dat, FUN=as.numeric)> dat <- matrix(data=dat, ncol=行数, nrow=列数)ncolとnrowのために事前にdim()を使って行列構造をとってから使う様子。ただ、非力なノーパソでは1行目のmapplyでメモリが不足（ ＾ω＾）・・・次っ！( ﾟдﾟ )ｸﾜｯ!!リスト化されるんだったら1行ずつ当てはめればいいんじゃない？という考え。ただし行列matrixのままだと当てはめる毎に文字と認識されてしまった(matrix内部は単一の型しか認めない)ので、まずデータフレームにしてからfor構文で回す。> dim(dat) # 構造取得(列数は下で使う)> dat <- as.data.frame(dat)> for (i in 1:列数){dat[, i] <- as.numeric(dat[, i])}本当はマナー違反だけどfor構文内がそんなに長くないので横書き。列数書かなければいけないので注意。たぶんnrow(dat)とか使えば一般化しそうだけどdim()が時間かからんし1回やればいいだけなので考えない！というわけで無事datは以下の通り数字行列(正確にはこの時点ではデータフレームだが)になったのであった。わーい！ 1 2 3 4ENSG～ 0.2 0.3 ・・・ENSG～（追記1）要素自体はnumericになってるけど、summary(dat)で見ると列はchracterになってて使えない・・・orz（追記2）もともとあるところに代入するからベクトルの型が変わらないんじゃね？ということで、新たに変数DFを作ってそこにぶっこむという方法を思いつく。> for (i in 1:行数){DF <- cbind(DF, as.numeric(dat[i,]))}明らかにもっとスマートにできそうだけどなあ。それも転置した(iを列数にしてrbind使えばいいか)し、names属性(行名・列名)またつけないといけないし。（2020/10/22追記）あほなことに気づいた。sapply使えばええやん。> data <- sapply(dat, as.numeric)> rownames(data) <- rownames(dat)これで解決！
2020.10.21
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創造力は向上しないという話
寝不足に寝不足を掛けたら胸筋痛やら不整脈やら気持ち悪さが出てきているけどあんまり気にしない近況です。 ただ、人間としてというより生物として重要なもの、生気とか魂魄とかが欠けてる気がしますが…クトゥルフTRPGでMPが減るってこんな感じでしょうか？ さて、 ｢四角い頭を丸くする｣やら｢柔軟な思考にする｣やらといった言葉は正しいのか、という話。 結論から言えば、ムリ ひとつ問題を出します。 399 x 25 = ？ さあ皆さん、できますか？ たとえば筆算しても良いでしょう。 たとえば400と1に25をかけて引いても良いでしょう。 たとえば4分の1して100倍しても良いでしょう。 では、このどれが｢頭が柔らかい｣か、言い換えると｢発想力や創造力がある｣か。 どれもないです。 いやまあ、小学生が二番目の方法で突然やり出したら話は別ですけども。 高校生以上の皆さんなら、どのやり方も教わったはずです。使えるからといって創造したわけではないのです。 同じ理由でナンプレ・イラロジ・ルービックキューブが解けることは論外。歴史・文学の知識も同様。 クイズ（頓智問題）も結構怪しい。私が頓智系が嫌いなのは、条件に当てはまっている答えでもひとつの答え以外は認めないという考え自体が、固い。 ｢夜は三本｣って地雷踏んだ負傷兵でもいいから戦争が答えだろ？ 現代で寝たきりの人を除外するんじゃない。あとはシジミ（423）でも可。 （だいたいこういうこと言うと逆ギレされる） じゃあ発想力・創造力を向上させるにはどうする？ だからムリです。 それこそ発想を変えなさい。 物語を作る手法でよくやるのは、当たり前・使い古しの要素をかき混ぜること。 男女を入れ替える（男社会で暴れる女）。 主従を入れ替える（謎をとく探偵助手）。 善悪を入れ替える（家族のために殺す）。 よく地球外生命体が資源のために地球に侵略するB級映画ありますが、 地球の資源が枯渇したから外惑星に行ったら疎通の通じない生命体に遭遇して攻撃され、何とか資源を手に入れて帰ったら人類は死滅してた なんていう映画があってもいいんじゃないのかな、と思ったりした。 （どう考えても悪側だしbad endなのでハリウッドはやらないでしょうが） 他にも手法はあるとは思いますが、そもそも無から生まれるなんてことはある程度成熟するとないので、材料（同分野に限らず）を揃える方が良いでしょうね。
2020.10.16
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医局の未来が見えない
医者ながら現在は大学院生として専ら研究していますが、昨日上司と話しまして、 題名通り な感じ。 大学病院の役割は他の病院と異なり、診療・研究・教育が三本柱と言われている。 だからと言って全員が全部を全力でやれるわけではないが、10の力があるなら全部合わせて10でやって欲しい。 具体的には、研究も教育も興味ない人間が診療もテキトーとか正直クズとしか言い様がない。 もうひとつ。自分が興味ないからと言ってそれを一般化しないで欲しい。というか研究しない大学病院って何なんだよ…orz 研究しなくても論文読んだり書いたりを笑うなよ…小中学生じゃないんだぞ… そういうわけで将来が不安。 いや上司に実は凄い人が何人かいらっしゃるのが分かったのは良かったけども。 私自身も医局を変えるというカリスマもエネルギーもないのですよ。
2020.10.09
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目的を持つべしということ
10年使っていたシティバイシクルを捨て、 そこからクロスバイクを購入するのに 本当に色々あって2カ月かかり、 月曜火曜に通勤で乗ってたらここ３日間筋肉痛の私（31歳）です。 筋肉痛が出るのが早いと考えるのか、 それとも長く遺っていると考えるのか… いちおうタニタの体重計では21歳相当だそうです。 単純に筋肉の材料不足か… 趣味でも仕事でも、目的は持つべきです。 目的があっての手段、当然ですね。 手段→目的の達成を繰り返すことで成長する。 ここで例外が生まれます。手段が目的化する人がいるのです。 たとえば ｢ピアノを練習することで曲が弾けるようになる｣→｢ピアノを弾くことが楽しい｣ ｢筋トレすることでスポーツで勝てる｣→｢筋トレしないと気持ちが悪い｣ といったところ。 こうなった人は強い。なぜなら｢次の目標設定｣が不要になるからです。 上の例では、演奏会や大会を待つ必要がなく、また環境の変化があったとしても続けることができる。 では何故｢目的あるべし｣と最初に書いたかというと、はじめに手段を目的化すると大半は手段の必要性を失うからです。 要は、目標と必要のない習慣化されてない行為は省略されやすい、ということ。 実のところ私自身がそんな人生を歩んでいます。 医師になりたい欲求はなく、勉強により医師免許をとりました。 データなく、プログラミングを学びました。 なんとなく初級シスアドをとりました（結構前の話）。 そもそも目標が見つからない、というか｢いつまで生きるか｣を考えたのが色々あって高校2年生のときで、それとそれ以前の考えから諸々諦めてそのまま生きてるのが現状なんですよね… 皆さんは目標、ありますか？
2020.10.02
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