avrdude(開発環境)は、ターゲット(例えばUncompatino)のATmega328Pに直接ヒューズビットやブートローダを書き込めるとのことです。これは、USB-シリアル変換ICのFT232RLのCTS、DSR、DCD、RIの4つの制御線を以下のようにATmega328Pに接続することによって、ヒューズビットとブートローダを書き込めるようになっているとのことです。
CTS--MISO
DCD--MOSI
DSR--SCK
RI--RESET
+5VとGNDはUSB経由でPCから供給されることが前提。
参考にしたサイトです。
http://engawa.kakaku.com/userbbs/1681/Page=2/SortType=ThreadID/#1681-6
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