当方の場合は、このオレンジの部分に広告の大量配置はしていませんでしたが、左側の部分に一つ広告タグを配置していました。 この部分はトップ、日記ページ共通となっているため、ページがロードされるたびに同じ枠として表示されるため、それが Google 側からスパムとして判断された可能性もゼロではありませんが、真相は定かではありません。
とは言っても、楽天ブログの旧ひろば型のレイアウトの場合は、右上に堂々と楽天の PR 枠が挿入されますので、これが Google 検索ランキングの足枷になるのなら、このレイアウトはランキング狙いの方には不向きとなる可能性もあります。
このアルゴリズムに引っかかって Google 順位が極端に落ちてしまった場合、レイアウトを Google 向けに修正したとしても、その修正が反映されるのに数週間を要するとのことです。それでも、また元の順位に戻るという保障はありませんので、大量の広告を安易に貼るのではなく、訪問者の求めているコンテンツと操作性を第一に考えたページ作りを目指した方が Google に嫌われずに済むでしょう(というより Google スタッフが推奨しています)。