2012年07月の記事
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Perlスクリプト完成、構造精密化、成果発表会、とりさん
Perlスクリプト完成・構造精密化ヒトストマチソという蛋白質のNMR構造の精密化を行っているのだが、学生さんに頼んでいた作業と、Piyotaが手がけた作業との分業部分が一部重複しており、peak fileがとても汚い（というか混んでいて煩い）。その重複分を統合するためのperl scriptを書いた。朝、マクドナルド朝食で十分英気をやしなってから、ラボのPCのメールを立ち上げる前に、一気に書き下ろす。結局、2次元目と3次元目の帰属の原子の番号を連結してキーワードとして、それを要素とする連想配列をつくることで、統合化に成功した。所要２．５時間、充実感。成果発表会今日はそれなりにいろいろと事務仕事の書類がたくさんあるのだが、それをこなす合間に、うちの大学のテニュトラ制度の若手成果発表会を聴きに行く。みんなすごい、すごすぎる。トリプレット病の医師主導治験とか、すごすぎ！とりさんブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2012.07.24
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三十三間堂
三十三間堂関東より両親と姪が訪ねてきてくれた。朝一番で、近所の公園にカエルちゃんをとりにいく（というか散歩兼Jの草野球練習にいったところ草むらにカエルがたくさんいたのだ。）拾ったペットボトルに10数匹はいれただろうか？結局田んぼににがしたけれどね。三十三間堂ははじめてである。千手観音像に圧倒された。Nは、怖い怖いとべそべそ泣いているのであった。やれやれである。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2012.07.22
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床屋は休み、祇園祭宵山
床屋は休み髪が切りたい。朝一番で、Jに小学校の友達から電話がかかってきたので、Jはその友達のうちに遊びに。で、YokotaがNの誕生日ケーキを取りに行くというので、そのついでに、出町付近で落としてもらって、いきつけの理容室に行くも、休日。そのすぐ脇に行くも、定休日。iMode ｉエリア機能で検索して、他に三軒まわって、いずれも定休日。やれやれ。祇園祭宵山というわけで、丸田町で、義母（祇園祭を見に来た）と合流、子供たちの到着を待つ。お昼はみんなで一緒に、出石皿そば。Ｊは5枚食べるも、夏ばてか夏風邪か、食欲に勢いがない。炎天下の京都市内をあちこち放浪して、最終目的地は蟷螂山。おみくじをひいて（かまきりのからくり人形のおみくじディスペンサー、人気なのだ）、Ｔシャツ一枚を購入。カマキリＴシャツである。ブログ村で祇園祭のブログを探してみる
2012.07.16
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ベラ釣り＠伊毘港
昨日に続いて、淡路島ツアー二日目である。場所は淡路島の最南端、伊毘港。エサを求めて３０００里昨晩は早々に床に就いたので、予定どおり朝５時には起きだすことができた。宿の前はすぐ海。絶対釣りをするぞ、と思っていたのだが、実は、昨日のうちには餌を購入していなかったのである。そこで、ケータイのiMenuサイトで釣具店を検索して、車を飛ばすことに。ところがここでみごとに大誤算である。いちおう三軒あることになっている、福良町周辺の釣具屋は、どこも、早朝は営業していないのだ。餌が・・・ない。探索範囲をやや広げて、国道沿いに10km近くいったりもしたのだが、やはり、開店している釣具店がない。結局、島を横断して反対側、西淡町・湊港そばの船越釣具店（兵庫県南あわじ市湊６８９）まで、５００円の一杯のアオイソメのために一時間も車を走らせ続けたのであった。ベラ釣り楽しいようやくエサをゲットできたので、釣りの開始である。竿は１０００円の3.6mグラス竿。道糸2号。小さいタマうき。寄り戻し。ハリはメバル生きエビとかウミタナゴとかの針。タナを1.5mくらいとって、3cmくらいのたらし掛けにしたアオイソメを入れるとどんどん魚がつついていく。長細く見えるのは、ベラ。小さくて赤いのはスズメダイ。上層でもっとも活発なのは、フグ。フグが活発だけれども、ともかくエサを入れると必ず喰いにくるくらい、魚の活性は高い。タナと入れる場所を工夫しながら、フグさえかわせば簡単にベラが釣れる。子どもたちが起きだして来た。みんな釣りをしたがるので、列をつくって並ばせた。一回交代である。当然、そう簡単には釣れない（すぐに餌をとられる）。でもみんな大はしゃぎ。3.6mの延べ竿は、本当に、こういうときの使い勝手がよい。ウェルネスパーク五色高田屋嘉兵衛公園午前中、子供たちを連れて、洲本町の高田屋嘉兵衛公園に。ここは、親水公園水遊び場と、長大なすべり台と、広大な芝生がある。なので、子供たちを外で遊ばせるのにはそれなりに最適、なんだけれども・・・今日はちょっと暑いのである。子供も暑いが、大人も暑い。というわけで、適当にきりあげて、海水浴へ。海水浴＠強風食事はコンビニ購入でなんとかすることにして、一同、北淡県民サンビーチに向かう。ここは水がとてもきれいである。海水温は思った以上に低く、灼熱の地上よりも水につかっている方がはるかに快適で、というよりも、長く水に浸かっていいると、寒い。だがそれよりもこまったことになったのは、南風である。かなり強い南風が吹き始め、砂がとんできてぴしぴしとあたって痛い。とくにちいちゃい子たちはそれでかなり参ってしまった模様。あまり楽しめもせず、海水浴は低調というわけで、早々に撤収することとなったのであった。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2012.07.15
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淡路島ツアー
淡路島ツアー初日備忘録 大体こんなかんじ＊6時30分、出発＊特に重大な渋滞にも遭遇せず、混み始める直前、茨木でインター降りる＊大阪のYokotaの妹一家の家に、四郎次郎（イヌです）を預ける＊豊中より中国道に復帰のはずが、ナビが渋滞回避の指示をだして、側道を宝塚インターまで＊西宮北あたりで渋滞解消、一路淡路島。＊福良港でうずしお船「咸臨丸」に搭乗。一時間のクルーズ。船は楽しい。＊宿へ。「観潮荘」淡路島は鳴門大橋北詰、伊毘漁港のまん前。＊夜、こどもたちと花火。＊大人たちは夜中まで飲んでいたみたい。Piyotaは男の子たちとさっさと眠ってしまった、残念～ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2012.07.14
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サバ釣り＠尼崎釣り公園
サバ釣り＠尼崎釣り公園ネットで検索したら鯖が廻って来てるというのでいても立ってもいられなくなったんで、行ってきました、尼崎市立釣り公園、大人気スポットです。今日は実は午前中はかなり混んでいて一時期入場制限もしていたそうです。満員御礼。でも、空き始めた午後の方が、サバ的にはよかったみたいですね。午後１時くらいに釣り場に着くと、駐車場はほぼ満車でしたが、入場制限は解除の方向ということで、無事、入れてもらえました。竿は2本だすことにします。一本は6歳の長男J君の専用竿、やわらかい2.1mのコンパクトボート竿にJ君専用リール（クローズドフェイスリール）。もう一本は2.7mのグラスの柔らかい振り出し投げ竿に、スピニングリールの仕様で。尼崎市立釣り公園は、沖合300mほど突き出しているので、すぐ足元で鯖が釣れます。なので、投げサビキの仕掛けにはしなくても大丈夫。で、仕掛けは普通のサビキ（白）、金属製のコマセカゴを仕掛けの下につける方式でつくります。25cmくらいの鯖が8本釣れました、大満足。ぴちぴち走り回って、サバがかかると大騒ぎで大変です。本当によくひきます。あと、途中で45cmくらいのボラをかけてしまいました。こちらは、あっさりハリス切れ。あ～びっくりした。サバは、３匹をおすそ分け。夏だし、まだ小さいので、そんなに脂が乗っていません。三枚に降ろして小麦粉と塩とバジルをまぶして、オリーブオイルでソテーにしました。あと二本は金串を打って、腹わたは出して、そのまま塩焼きにしました。脂が本当に乗ってないです〜なので塩焼きはパサパサ。なのに、子供たちには塩焼きの方が人気がありました。謎です。おまけ。僕らが釣りしている左となりで釣りしていた家族。子供が二人。お母さん、子供たちがちょっと変なことをするたびに、大声で怒って、とっても大変で騒がしくて、子供たちも緊張気味。でも釣りは初心者みたいで、しょっちゅう糸針をからませたりしてました。右隣は５歳の男の子とおじいちゃんの二人連れ。このおじいちゃん、上手い。竿はリールなしの地味な延べ竿一本に、サビキ。で、何匹もイワシやサバをかけます。男の子もそれを習って、順調に釣果を伸ばしていく。いいなあ、名人仕込み。さて、我が家のJくん。実はサビキはなれたもんです。ビチビチ大騒ぎのサバはまだつかめないけれども、ふつうに、自分でサビキかごに餌をいれて、自分で投入して、自分で巻きあげて。釣れた時だけ、はずすのをPiyotaが手伝う、そんな感じ。で、結局のところ、最初から最後まで、一度もオマツリ（糸がからまること）なしでした・・・それって、実はすごいことなんだよ。海にお尻をむけて危ないって怒られる回数もすごく減ったし・・・釣り名人への道を着々と歩んでおりまする。がんばれ、Jくん。おまけ。海べりにちかよりたがって、散々お母さんを悩ませていたのは、もうじき3歳になるワルチNちゃんでした～。お魚釣れるたびに大はしゃぎ。目が離せません。やれやれです。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2012.07.08
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実習の準備
実習の準備 これだけの情報をアップするのにそれなりに時間がかかった。多分野融合実践実習で紹介するいくつかのサーバ：データベースへのリンク (1) 米国NCBIのデータベースhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/このなかで特に汎用するものPubmed / Nucleotide (遺伝子配列)/ Protein (蛋白質配列)/ OMIM / UniGene (遺伝子)Field tag についての説明 / その他の制限法 / 日大歯学部作成日本語マニュアル京大医学部図書館Howto 名大医学部院・基盤医学実習PubMed(2) 相同性検索 ： blasthttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi(3) SwissProt / Uniprotと呼ばれる蛋白質配列サーバhttp://www.uniprot.org/(4) 蛋白質ドメインのDB二種類SMART ： http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1PFAM 英国sangerセンター ： http://pfam.sanger.ac.uk/(5) 変性領域予測サーバ disopred2 ： http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/disopred/(6) 変性領域とdomain予測サーバ globplot ： http://globplot.embl.de/(7) 立体構造データベース PDB本家サイト http://www.pdb.org/日本ブランチ http://www.pdbj.org/index_j.html全世界統合 http://www.wwpdb.org/PDBSUM わかりやすくまとまっている http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/(8) 配列からの立体構造予測 FORTE ： http://mbs.cbrc.jp/forte/query/main.do(9) ヒトゲノム立体構造の網羅的モデリング SAHG： http://bird.cbrc.jp/sahg/(10) 可溶性予測 ESPRESSOhttp://mbs.cbrc.jp/ESPRESSO/TopPage.html(11) 立体構造比較と簡易homology modeling MATRAShttp://strcomp.protein.osaka-u.ac.jp/matras/index-j.html(12) 日本語情報源いくつかバイオサイエンスデータベース（横断検索）http://biosciencedbc.jp/?lng=ja医薬基盤研究所統合DB横断検索http://sagace.nibio.go.jp/(13) いま活動中の研究 天然変性タンパク質DB IDEAL http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/(14)分子構造ビューワのマニュアルページへのリンクCueMol2 [日本語]PyMol 本家(英語)PyMol [BioKids, 日本語]ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2012.07.05
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更新ひさしぶり
学生演習午前中、「分子生物学演習」。学生たちにたんぱく質NMRの連鎖帰属を体験してもらう。が、PCがそんなに台数があるわけではない。そこで、なつかしのP-ROIシステムを起動。（実は昨日はこれを動かして印刷するためだけに、丸一日を費やした）。8人で12残基ずつ分担すれば、ピークピックはあっという間。あとは入力して、MARSをかけるだけ。結果は来週、みんなで検証する。A-STEP公募説明会A-STEPというのがあるらしい。シーズを実用化橋渡し支援するのだそうだ。ちょうど、そろそろ発明届けを書こうかなと思っていた案件があったので、それを申請していけそうかどうか、目利きに意見を求める。楽しみ。SPAM缶キャベツと一緒に炒めて食べた。やっぱり時々食べるとうまい。決め手はタバスコ。通販楽天サイトとHontoサイトのログインIDを、新メールアドレスに移行始める。やもりちゃん太ってるなあ。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2012.07.03
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久しぶりの更新
学生演習午前中、「分子生物学演習」。学生たちにたんぱく質NMRの連鎖帰属を体験してもらう。が、PCがそんなに台数があるわけではない。そこで、なつかしのP-ROIシステムを起動。（実は昨日はこれを動かして印刷するためだけに、丸一日を費やした）。8人で12残基ずつ分担すれば、ピークピックはあっという間。あとは入力して、MARSをかけるだけ。結果は来週、みんなで検証する。A-STEP公募説明会A-STEP[研究成果最適展開支援プログラ] というのがあるらしい。シーズを実用化橋渡し支援するのだそうだ。ちょうど、そろそろ発明届けを書こうかなと思っていた案件があったので、それを申請していけそうかどうか、目利きに意見を求める。楽しみ。SPAM缶キャベツと一緒に炒めて食べた。やっぱり時々食べるとうまい。決め手はタバスコ。スパムおむすびからチャンプルーまで！【沖縄ホーメル】【激安！198円】スパムSPAM（レギュラー）ポークランチョンミート ※7/31までの特価販売通販楽天サイトとHontoサイトのログインIDを、新メールアドレスに移行始める。やもりちゃん太ってるなあ。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2012.07.03
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