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ちぇブラとはロシアの大人気人形アニメ「チェブラーシカ」のことです。映画チェブラーシカを見て、彼の無垢さと無力さに感動しました。ちぇブラで行こうっていうのは、つまりチェブラーシカみたいに「手ぶら」で行ってみようっていう感じです。
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2012.07.05
カテゴリ： 生命科学
実習の準備
多分野融合実践実習で紹介するいくつかのサーバ：データベースへのリンク
(1) 米国NCBIのデータベース
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
このなかで特に汎用するもの
Pubmed / Nucleotide (遺伝子配列)/ Protein (蛋白質配列)/ OMIM / UniGene (遺伝子)
Field tag についての説明 / その他の制限法 / 日大歯学部作成 日本語マニュアル
京大医学部図書館Howto 名大医学部院・基盤医学実習PubMed
(2) 相同性検索 ： blast
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
(3) SwissProt / Uniprotと呼ばれる蛋白質配列サーバ
http://www.uniprot.org/
(4) 蛋白質ドメインのDB二種類
SMART ： http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1
PFAM 英国sangerセンター ： http://pfam.sanger.ac.uk/
(5) 変性領域予測サーバ disopred2 ： http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/disopred/
(6) 変性領域とdomain予測サーバ globplot ： http://globplot.embl.de/
(7) 立体構造データベース PDB
本家サイト http://www.pdb.org/
日本ブランチ http://www.pdbj.org/index_j.html
全世界統合 http://www.wwpdb.org/
PDBSUM わかりやすくまとまっている http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/
(8) 配列からの立体構造予測 FORTE ： http://mbs.cbrc.jp/forte/query/main.do
(9) ヒトゲノム立体構造の網羅的モデリング SAHG： http://bird.cbrc.jp/sahg/
(10) 可溶性予測 ESPRESSO
http://mbs.cbrc.jp/ESPRESSO/TopPage.html
(11) 立体構造比較と簡易homology modeling MATRAS
http://strcomp.protein.osaka-u.ac.jp/matras/index-j.html
(12) 日本語情報源いくつか
バイオサイエンスデータベース（横断検索）
http://biosciencedbc.jp/?lng=ja
医薬基盤研究所統合DB横断検索
http://sagace.nibio.go.jp/
(13) いま活動中の研究 天然変性タンパク質 DB IDEAL http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/
(14)分子構造ビューワのマニュアルページへのリンク
CueMol2 [ 日本語
PyMol 本家(英語)
PyMol [ BioKids, 日本語
]
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