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CATV デジタルセットトップボックスの謎このたびPiyotaの転職にともない、しばらく単身赴任することになりました。平日は寝に帰るだけの仮初の宿ですからTVなんてあってもなくてもいいのですが、持ち帰り残業などをする可能性は極めて高いのでインターネット回線は必須です。そういうこともあり、インターネットとCATVをセットで契約するというのを、今度もやろうとおもっています。で、そこまではよいのですが。CATV会社に契約を申込み、デジタルセットトップボックスの機種選定やその仕様などの説明を受けました。で、今度、3週間後くらいに工事と設定の約束をお願いしたのですが、その際に必要となるモニターについて、業者の人の説明がしどろもどろ。そもそもCATVに加入するくらいなのだから、受像機に地上波デジタルなどの樹新設備や悪名高きB-CASカードのデコーダーなどは不要のはず。だから、セットトップボックスに接続するモニターについては、単なるデジタルモニターでよいはず。接続はHDMI端子を利用。何か問題が? 我が家は今後もCATVをずっと使い続けようという、むしろCATV会社にとっては上得意のはず・・・なのに、「できればTVをご用意ください」「PCのモニターでは機能しないかもしれません」などと仰る。これは、本気でそう思っているのか、それともよく知らないからそんなことを言っているのか、それとも使わないのに受像機を買わせようとしているのか・・・・謎です。ちなみにセットトップボックスの機種はこれ。TZ-HDW600M/600F/600PそもそもCATVのセットトップボックスってパナさん以外の製品を導入している国内業者さんってあるのかしら、って感じです※。ところが、このパナソニックさんがまた、このセットトップボックスと組み合わせて使う最適のモニターを製品ラインナップに持っていない、ときております。組み合わせて販売すればきっと売れるのにね~。というわけで、今回導入予定のデジタルAV液晶モニターIIYAMA ProLite B2475HDS-B PLB2475HDS-B1 [23.6インチ マーベルブラック]に接続して不具合がでるかそれとも無事に快適に視聴できるか、後日このブログにて報告します。ちなみに、HDMI出力ですが、残念ながら音声にはあまり期待しておりません。※wikiで確認したところパイオニアさん、マスプロDXさん、NECさんなんかもセットトップボックスは作っているようですね。いずれのメーカーでもHDMI端子つきスピーカー付きの視聴用モニターを「おすすめ」として売っているところはなさそうですが・・・もっと調べてみようっとブログ村でCATVとセットトップボックス関連のブログを探してみる
2011.10.10
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PC故障は地味に被害が甚大Lenovo IdeaPadのバッテリー切れが意外なところで甚大な被害をもたらした。新幹線の中(公衆無線LAN回線の速度がともかく遅いので、うっかりメールソフトでPOP/IMAPサーバにアクセスすると延々通信中になってしまうことがある)で作業していた途中で、ノートPCの電源が落ちたので、8月23日から一月以内の、おもに未処理のメールがはいっている「受信箱」ファイルが、破損してしまったのである。そういう時に、受信箱ファイルというのは、mbox形式の基本的にはテキストファイルのかたまりと、そこから作られたindex fileの二つのファイルに情報がわかれているのだが、index fileを消してから、SeaMonkey/ThunderBirdのファイルを修復というコマンドで、回復できたのかもしれない。逆に、それをしないで、フフォルダを圧縮とかしてしまうと、こわれた部分が取り去られて圧縮されてしまうのかもしれない。ともかく結果的に、一月分のメール(のうち、未分類のもの、処理待ちのもの)が消えた。ショックビッグである。そんなわけで、今後のトラブルに備えて、他のファイルも含めてバックアップ体制を整備しなければならないと思い、500GBのポータブルUSB-HDDを購入したりとか、あれやこれやと雑用が増えたのである。やれやれである。ブログ村で「メールBOX 修復」のブログを探してみる
2011.08.26
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激務今日は、急遽名古屋の本部事務に呼び出されたので、朝から新幹線で名古屋へ。早め早めで動いていて、予定時間よりも早くに到着するのかと思っていたら、台風の大雨の影響で、新幹線が静岡付近で運転見合せ。Piyotaがのっていたのぞみも岐阜羽島までたどりついたところで、徐行運転→運転見合せ。電車のなかから、メールで、到着遅延などのお詫びなどをいれる。さて、その最中に、何やら謎の現象が。新幹線の中で使用していたLenovo IdeaPad U350が急に落ちてしまってうんともすんともいわなくなってしまったのである。E席に座っていた方にお願いして、足の下を電源ケーブルを通してコンセントから給電すると無事起動。つまり、ノートPCのバッテリーが前触れもなく完全に死亡したという状況である。なんてこったい。事務仕事を一旦片付けてから、今度は共同研究者のI先生に、今度だすグランとの企画をもんでもらう。時間がないので、お昼をランチオンでお弁当をたべながらのディスカッション。自分でどういうことを表現したいのかあいまいだったのが、この会議で大分明確になってきた。さて、M先生をお待たせしては申し訳ないので、いそいで、「フレンチの入っているガラス張りの綺麗な建物」へ。そう。来週ここで、うちらの有志の「創薬に関するサマーセミナー」を開催するのである。そのために現場の段取りと下見を。Lenovo Ideapad u350不具合というわけで、Lenovo IdeaPad U350のバッテリが、購入後約20ヶ月で、うんともすんともいわなくなってしまった、というトラブル。こんなこともあろうかと、未使用新品のバッテリーが一本ラボにあるので、明日ラボでそれを使用すれば、復帰するのであろうか?現時点でも電源をつないでいる間だけはなんとかなるのだが、シャットダウンでHDDが完全に停止しないと移動できないというのは、相当に使いにくいということを知りました。それにしても、前触れなしで全く使用不可能になるとは、どんな製品なんだろう、さすがLenovo!!ブログ村でIdeaPad 故障のブログを探してみる
2011.08.25
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MOLMOLがWindows上で動かないWindows 7(Lenovo IdeaPad U350)とうちのカイシャのデスクトップで試してみた動かない正確にいうと、動くけれども表示がおかしいどうおかしいのかというと3D表示がおかしいのであるhidden surface eliminationのフラグを立てると、挙動がおかしくなって立体構造の画面表示がでなくなる線画レベルならば無問題であるそういう状態でころころ分子をまわしていると気持ち悪くなるこれはWinXPの一部でも問題が出ているようなので、プログラムビルド時のグラフィックエンジンの問題と思われるのだが・・・咄嗟には対応できない。しかたない実習でMOLMOL使うのは、あきらめよう。「MOLMOLがなくてもCueMol2があるじゃない?」というわけでCueMol2をインストールパブリケーショングレードのきれいな美麗な立体構造図がサクサクできる。一つ問題なのは、IdeaPad上では13.3インチWXGAの液晶で、1366x768の表示で、左端一列にならぶメニューが非常に手狭で、機能メニュー一つをあけるたびに、他のメニューを手動ですべてとじないと、使えないこと。このメニュー2行になりませんかね?Modeller ver 9.9 実習まずPysonのお勉強をして、新たにかわったModellerの機能のお勉強をして、テキストを参考にデモで計算を流す。サクサクと計算が進み、ホモロジーモデルができる。むしろ無理があるのはWindows XP備え付けの機能、たとえばメモ帳とかワードパッドとかで、配列ファイルやPDBの生の形式のファイルを編集したり改変したりすることである。改行コードとか、スペースとか、細かい問題で、簡単にエラーが起こるので要注意である。やれやれである。Girly !!ブログ村でModellerのブログを探してみる
2011.05.18
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build from pymol-1.3r2.tar.bz2 on Vine 5.2pymol-1.3r2 sudo apt-get install python-devel sudo apt-get install freetype2-devel sudo apt-get install tkinter cp ./modules/cealign/src/ce_types.h ./layer4/. sudo python setup.py build install sudo python setup2.py install sudo python setup2.py install pmw ./pymol done !! (^-^)/let's install PyNMRhttp://kpwu.wordpress.com/2011/04/01/pynmr-an-excellent-pymols-nmr-extension/OpenOffice.org 3.3を導入OpenOfficeかLibreOfficeか悩む。ここの記事を参照。現時点では大差ないというように読めた。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2011.05.16
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楽天ブログ、トラックバック機能消失!!いつのまにか楽天ブログがトラックバックを受けとれなくなってしまっていました・・・ってなんだよそれ。今日までしらなかったです。http://plaza.rakuten.co.jp/hirobastaff/diary/201104080000/なにこれ~~。CUPSプリンタ設定さて、なんでこのことに気づいたかというと、連休前にこわれたラボのメインマシンのVine Linux 5.2へのdist-upgradeにともない、CUPSプリンターの設定を忘れてしまっていたのをやりなおしたときに、この自分のブログ記事がとっても参考になったため。備忘録(1)Vine 5.2ではlocalhost:631を使ってのFirefox経由でのプリンター設定はうまく動かなかったです。(2)例のごとくhttp://www.avasys.jp/lx-bin2/linux/mfp/DL1.do より Epson-LPM5500-filter-1.1-0.i386.rpm Epson-LPM5500-filter-cups-1.1-0.i386.rpm の二つのファイルをDLして、apt-get install ファイル指定でインストールする(3)こっちの記事を参考に、CUPSプリンターを設定する。ただし、左上の「システム」プルダウンメニュー>システム管理>印刷>のサーバー>新規 としなければならない。(4)vi /usr/bin/pstolpm5500.shでファイルを編集する。編集要領は、http://avasys.jp/product/linux_driver/question/2009/12/qa00073.phpつまり、依然として進歩はない模様。ブログ村でVine5.2 / CUPSのブログを探してみる
2011.05.09
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iPadを接続させるためのConnectify設定のコツ手順0。Connectifyとは有線LAN接続されているPCの無線LANカードを利用して、それを無線LANルータ(親機)として運用し、他のPC(ノートPC)や端末(iPad)からの無線LANを可能にするフリーソフト。なくてもWindows 7の基本設定を忠実に変更すれば実はできるはずなのだが、レジストリ変更などが必要になる可能性があるので、めんどくさい。なお、localに無線LANのネットワークを別途に構築することになり、DHCPとしても機能する。www.connectify.me手順1.Win機の有線LANを「共有」に設定する。コンパネ→ネットワークとインターネット→ネットワークと共有センター→ローカルエリア接続→プロパティ→共有タブ。チェックを入れる。Windows 7のコントロールパネルは使いにくいなあ。有線LANの共有設定にまず一苦労。手順2。何が問題だったか?version 2.2(最新版)をインストールして、設定を行う。が、そもそもまず、Access Point WPA2-PSKモードがどう設定してもアクティブにならない。Ad-Hocモードは使用可能になるが、それだとiPadとは通信できないという記事をネットでちらほらみかける。これの対処法を発見。手順3。Windows 7マシンの無線LANカード(内蔵)のドライバを最新版に更新する必要がある、ということ、が事前準備として必要だった。それにしてもWindows 7のコントロールパネルは使いにくいなあ。無線LANのドライバ更新画面を呼び出すまでも一苦労。コンパネ→ネットワークとインターネット→ネットワーク接続→ワイヤレスネットワーク→プロパティ→構成→ドライバタブ やれやれ。これでAccess Point WPA2-PSKモードを設定できるようになるので、Wi-Fi Name をpiyota-hogeに設定し、アルファベットと数字の混じりの11桁のパスワードを設定する。そしてiPadといざ接続・・・どうやらiPadがpiyota-hogeを発見。パスワードをいれると、つながった!のだが、safariで表示しても、外にはつながっていない、あれれ?手順4。iPadの無線LAN設定画面で、DHCP接続を選択しないで、すべてのパラメータを的確に入力する必要があるということ。version 2.2(最新版)を利用すると、そのDHCP機能がうまく作動しないらしい、という報告が。connectifyの問題なのかiPadの問題なのかわからないが、確かにDHCP設定はうまくいかなかった。そこで、iPadのWi-Fi設定でpiyota-hogeの接続設定を「静的」として、IPなどをすべて打ち込んでいく。ここで重要になるのが、connectifyのDHCPサーバの動作モード。どうやら、自分自身は192.168.2.1となり、子機には192.168.2.2-254までのアドレスを配るように、動作するみたい。なのでiPadの設定画面にIPアドレス 192.168.2.99 ← 2-254の間ならば多分なんでもよいサブネットマスク 255.255.255.0ルータ 192.168.2.1DNS 133.XX.XXX.XXX ← これはうちの職場のDNSの実アドレス。自宅でやるときにはADSLやケーブルテレビのISPが指定しているDNSを、名前ではなく実アドレスで入れる必要があると見た。検索ドメイン 空欄HTTPプロクシ 使用せず を設定する。通常のPCのアドレスを設定するときと一緒である。みそはルータのアドレス。これで、ついにつながって、インターネットが見えた!!しかも、iPadは一度設定したら、次回からは勝手に見つけてつながるように、なった。素敵だ。5。総評:Connectifyは実に便利である、ということ。こうして考えると、使用していない少し前のスペックのノートPCを、利用頻度の低い無線LAN基地に転用できるということになるので、これは便利、という気がしてきた。新しいラボをセットアップするときには、この方法をぜひ活用してみたい。ただし無線LAN側のセキュリティーにはやや不安が残る。要注意。ブログ村でiPadの生命科学での活用関連のブログを探してみる
2011.04.08
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物欲番長ちまたのうわさでは、iPodを徐々にSONYが挽回しているらしい。その理由は、音質へのこだわりだ。DNCがすごいらしい。新モデルが出る。“ウォークマン”AシリーズSONY[ソニー] NW-A857 ホワイト 【送料無料】【smtb-k】【w4】発売日、10月10日前後かとおもっていたらひと月のびて11月になったようですね。レアメタルの影響でしょうか??ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.10.06
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Vine 5.1でSparkyが使えない件について研究室に入れたCore i7のVine 5.1の最新鋭マシンのアプリ整備がようやく終わり、技術員△○君のメインマシンとすべくこれまでのデータを移行してもらっているのだが、今日、△○君からクレームがついた。「Piyotaさん、このマシン、Sparkyが使えません」正確には使いにくい(動くのだけれども実質上の作業ができない)。まず、Extensionsのメニューが出ない。これはVine 5.1インストール時にTkinterというpythonのGUI関係のライブラリとかフロントエンドとかのパッケージを入れていなかったせい。apt-get install tkinterで解決。だが、そのあと、実際にpeakを編集したりしようとすると、delete-keyが使えないのである。Delキーで gnome-screenshotが立ち上がってしまう (Vine Linux 5.1)http://slowpc.qlookblog.net/2010/04/14.htmlこういう現象、一般的らしい。とりあえず、ログイン時にmetacity-message unable-keybindなどと打ち込んで、キーボードショートカットを無効にしてやると、わりと上手になんとななるようになる。これはバグなんでなんとかしてほしいものだ。リン酸化抗体なんて知らんがな・・・別のラボの先生から、なぜか、専門外のディスカッションにもまじめにつきあってくれる奴、と言ううれしい評価を頂いてしまったようだ。というわけで、そのラボの熱心なM2がデータをもってディスカッションしてくれと、尋ねてきた。でもさあ、俺、リン酸化とかリン酸化抗体とか、分野外だってばさ。いちおういろいろディスカッションするけれども、たぶんあんまり役に立っていないと思うの。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.10.01
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Vine Linux 苦闘録 つづき:Vine Linux 5.1はGPT形式のHDDに未対応解決篇500GBのSATA-HDDに問題あり! そこでいろいろ検索をかけて情報収集してみる。そもそもVine 5.0 installerでgrubが書き込めないところから、HDDのマスターブートレコードMBRに問題があるのではないか、との予測。500GBという大容量が問題なのではないかと、bigDriveなどのキーワードをヒントに検索をすすめると、「HDDの2TB問題」というものにつきあたる。なるほど、大型HDDの登場に備えて、従来のMBRではなくMacなどでは一般的なGUID Partition Table (GPT)というものがある、とな?Grub2はGPT対応、grubは未対応、ついでにVine 5.1もいくつかのコードで非対応、ということがわかった。(このblog entryを書いているときに思いついた、、ならばこの際だからVirtual Boxなどの新技術もためせばよかったかも、、まあいいや)しかしまあ、これまでの経緯で、xubuntuのinstaller CD-ROM (Live CDとして使用可能)が作成できたのは、まあ、よかった。これを使えば、どうやら問題を解決で奇想である。つまり解決策とはGPT形式のHDDをMBR形式のHDDに再フォーマットするである。それをやる方法が [gptフォーマットされていたHDDをmbrフォーマットに直す方法 - 日々の報告書]にあった。参考にさせてもらう。ただしxubuntuのlive CDを使う。手順1. xubuntu CD-ROMからLinuxを起動 installせずテストと言う選択肢を選ぶ2. 右上のアイコン、システムからGpartedを起動する3. 右上のHDDタブ/dev/sdbを選ぶ4. メニューより新しいpartition table 作成を選び、詳細をクリックしてMS-DOS形式を選ぶ5. 操作パネル上のVマークをクリックして、操作実行を行う6. できあがりこれで無事 Vine 5.1がインストールできた。しかしなぜかネットワークがつながらない!? 一難さってまた一難!? (インストール時の再起動などのしすぎからか、オンボードLANが逝ったらしい >_<)ブログ村でGPT partition HDDに関するブログをこっそり探してみる
2010.08.09
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Vine Linux 苦闘録? grubが非力?ラボに新マシンが入った。なんとか設定をと思ってトライしているが、かれこれ一週間 Vine Linux 5.0 / 5.1 がインストールできない。以下、症状を書き出してみる。マシンは、 MB=ASUS p7p55d, Core i7, 860, 4GB 普通のマシンである。case 1SATA1=SATA2=hitachi 500GB drive, SATA1にWin7 professionalVine 5.0 from DVDでインストールインストールは無事終了boot loaderは/dev/sdb1にインストールSATA1(sda)のgrub4winから起動を試みるが起動できないcase 2上記インストール後、DVDよりrescue modeで起動をしようとするが起動できないcase 3win 7 の入っていたHDDをとりはずし、完全にからの500G HDDをSATA1に。Vine 5.1 from USBでインストールboot loaderは/dev/sdaのMBRにインストール黒い画面にアンダーラインのカーソルが点滅するのみ、起動できないどうやら、ほとんどのファイルなどは正しくインストールできているものの、grunが認識していない模様である。Vine 5.0/5.1はgrun 0.96あたりで動いているようだ。結局、lenovo S10-2 netbookをインストールするときに利用したubuntu 9.10 netbook remixを試しにインストールしてみたところ、すんなりとインストールできた。この楽さ(落差)はなに??といったところ。というわけで解決法。二つ目のHDDにLinuxを二つ入れるという設定にし、grubはubuntu由来のそれに管理させることにするという解決法に思い至った。なんてこったい、なんてこったい。来週トライすることにする。来週色々忙しいんだけどね。しかしこの方法は失敗する。なぜだ?? 解決篇に続く。ブログ村でVine 5.1 & grubに関するトラブルのブログをもっともっと探してみる
2010.07.26
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Dell Studio 15がやってきた!!ようやくDell Studio 15をリビングに移動して本格的に稼働させ始めました。 DELL Studio 15 オンラインスペシャルパッケージ 合計: 129,553円OS Windows(R) 7 Home Premium 正規版 (日本語版) 64ビットCPU インテル(R) Core(TM) i5-540M プロセッサー (2.53GHz, 3MB L3キャッシュ)IdeaPad U350でもそうですが、横長の画面がやや使いにくいので、Windowsのタスクバーを画面左端によせて浸かっていてちょうどよいような感じです。Core i5-540M & Blu-ray disk & Roxio creator。たまたま保育園の関係でデジカメ写真をCD-ROM焼きする仕事があるのだけれども、旧マシンよりも書き込みなどは格段に速いことが判明。あとは、データを移動して、IEとFireFoxのブックマークを移動して、それくらい。ローカルにメールを残していないので簡単、簡単、グラフィックコア内蔵ということで、ためしにYouTubeなどを再生してみた感じでは問題なくきれいでした。DVD再生、Blu-ray再生などを行って、性能をみてみるということでしょうか。画面は明るくてきれいです。音もそこそこよい感じ。独立行政法人の統廃合他の外国と比較してコストパフォーマンスが悪い、というのならばともかく、単に「天下り法人廃止」の人気取り政策がしたいだけで、組織をいじるのはやめてほしいという意見がネット、ツイッタなどでちらほら。結局、本質的なことができない人・アイデアがない人を政治家にしてはいけない。ともかく組織をいじるのは病めてほしいのね、混乱した現場と失われた現場のやる気は、組織をいじっても戻らないんだから。グラフ(資料)を誤読して間違った記事がWEB雑誌に流れた件赤木智弘という人は、独自の問題意識を持った視点で若者のワーキングプア問題に切り込んだ、若手の論客として、賛否両論ながら注目を集めている。Piyota的には期待半分、不安半分といったところであろうか。本文中で「しょうもない間違い」といいながら、署名記事のライターを実名で批判しないあたりの抑制されたかきっぷりは、むしろ、この「誤読記事」が実はかなり大きな問題であることを裏付けている。ブログ村でCore i5関連のブログを探してみる
2010.04.11
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MERGE TWO PDF FILES INTO ONEbefore using the script below, please install"pdftk".i.e. apt-get pdftk install######################################### mergepdf.sh ##########################################!/bin/tcsh -fif ($#argv < 3 ) then echo "mergepdf.sh in1.pdf in2.pdf out.pdf" exitelse pdftk $1 $2 cat output $3endif_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/Linuxはフリーでこんなことができるので、よいよね。Piyotaはダウンロード論文とダウンロードsupplement fileをひとつのPDFファイルにしてから、ディレクトリに保存しているので、こういうことが1コマンドでできないと困るのです。flood of reviews for tight junction経緯・ターゲットタンパク班会議に行った。・今年はプログラム4年目だから、がんばって成果出そうねと言われた。・データはわりとタップリあるので、そろそろ論文を書かねばと思った。・論文ドラフト前の「マインドマップ」はどれもほぼできた。・論文書く前の準備段階ということで、文献をあたった。・2008-2009年にreviewがたくさん出ていることがわかり 最近の話題をフォローしていないことを自覚した <ーーー 今ココ・reviewを読んでイントロとディスカッションに反映する筋道をたてた・残りの必要なデータを追加した・英文をかいた・図をつくった・英文校正に出したふぇ、先は長いぞにほんブログ村
2010.03.18
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本日の叫び日曜出勤である。駅前のUCCカフェプラザでハヤシライスランチをもそもそ食べる。5時近くまで会議。最近、休日出勤続きで体調がヤバイ感じ。会議の内容も今回はかなり濃い。要回収資料には切実なものもある。会議終了後、出張報告とか試験の採点とかしていたら帰宅が10時過ぎになる。しんどぃ。日曜日なのに、招集かけるなよ~職場!裁量労働制で休日出勤にも手当でないんだぞ~職場!振替休日くれ~~~ 職場!ブルレイ搭載ノートPCが欲しい!というわけでDELLサイトで見積りをつくってみた。キャンペーン割引中でお得感満載といえる。それにしてもCore i5というのはいったいどのようなものなのであろうか。desk-top用Core i7マシンを搭載したマシンもあるようだがそちらを選択するべきであろうか?とりあえず、現時点でこんな感じ。PowerPointだけ後載せで載せたい。DELL Studio 15OS Windows(R) 7 Home Premium 正規版 (日本語版) 64ビットCPU インテル(R) Core(TM) i5-540M プロセッサー (2.53GHz, 3MB L3キャッシュ)キーボード 日本語キーボードメモリ 4GB (2GBx2) デュアルチャネル DDR3-SDRAM メモリグラフィック ATI Mobility Radeon(TM) HD 4570 512MBハードディスク 500GB SATA HDD (5400回転)ACアダプタ 90W ACアダプタ内蔵ウェブカメラ 内蔵200万画素ウェブカメラ光学ドライブ ブルーレイドライブ(Roxio Creator 10 Dell Premier Editon添付)液晶ディスプレイ 15.6インチ TFT TrueLife(TM) Full HD 光沢液晶ディスプレイ (WLED) (1920x1080)セキュリティソフト マカフィー(R) セキュリティセンター (36ケ月間更新サービス)オフィスソフト Microsoft(R) Office Personal 2007デルケア [パソコン本体の保証] 標準 - 1年保守 [引き取り修理]Discount Studio 15 オンラインパッケージ(PIOT8291)バッテリ 6セルバッテリカラー インテリジェント・ブルーMisc 5 PCリサイクルマークシール ありワイヤレスLAN インテル(R) Centrino(R) Advanced-N 6200パッケージディスカウント パッケージ価格33,050(税込)OFF (PIOT8416)合計: 129,553円どんなもんでしょうねブログ村でCore i5搭載ノートPCについて検索してみる
2010.03.07
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差し込み明け方、腹痛・差し込みで目が覚めた。昨夜のラーメンが消化不良か?ラーメン後の明け方の腹痛で入院した経緯があるので、びびる。どうやら大丈夫の模様。そんなわけでお昼は自重してクロワッサンとミルクティー。ジャンクメールが25000通最近使っていないアドレスに、海外からのスパムが積もり積もって25000通も貯まっていた。久しぶりに、そちらを掃除しようと思い付き、yahooメールで吸い上げたのが、運の尽き。ディレクトリごと削除の機能がないので、手作業で捨てなければならない。とんでもなくめんどくさい。yahooメールbeta版に切り替えて、全選択・全消去、でようやくフォルダがからになる。通信後のサーバー後の処理だけでも小一時間かかった。さて、原因を考えてみる。これだけ海外系のspamが多いということは、海外にこのメールアドレスが漏れているということである。親サイトの昔つくった(もう10年以上まえからある)HTMLコンテンツをまじめに見てやると、のどかの時代の名残でサイト管理者のメールアドレスが「そのままの形」で記述してあったりするわけだ。これが、ロボットにより収集されてSPAM攻撃対象になったことの元凶であろう。とすれば、これを全置換してしまえばいいのである。sed -iコマンドで一撃である。だが、そろそろこのサイト、引っ越すなり閉鎖するなりしようかなあ。記述古いし。ひさしぶりに飲み会に参加豚肉を食べる会ということで参加。サムギョプサルというのをはじめて知った。美味美味。焼き石の上で、油を適宜滴らせて除きながら、焼いた厚さ1cmくらいの豚肉を、薬味とタレや油につけて、野菜で巻いて食べるスタイルの豚専門の焼肉店である。豚肉は実に美味い。韓流美食サムギョプサル てじ八菜 サムギョプサル|神戸|三宮ブログ村でスパムメール対策のブログを探してみる
2010.02.19
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お手軽ソフトこんなページを見付けた。 ソフトバンクのソフト販売チャネルのようだ。ソースネクストのソフトバンク版みたいだ。翻訳ソフトメイン機をWindows 7にアップしたせいで、翻訳ソフトもバージョンアップしたい気分になってきた。昨今の翻訳エンジンの進歩はどれほどのものであろうか?現在考えているのは、辞書が強化されている、これ。コリャ英和!一発翻訳 2010 for Win 医歯薬ベーシック USBメモリ版18000円くらい。もっと安価な商品としては、「ソースネクスト本格翻訳」「ソフトバンク翻訳ー明解翻訳」がある。その他気になる商品として、東芝の翻訳エンジン「The翻訳2009ビジネス」がある。IBMの翻訳の王様シリーズはもはや打ち止め状態の模様。Med-transerなる医学生物学系に特化した、値段の高い品物もあるようだが・・・本日の備忘録某製薬会社との共同研究。生化学アッセイは思惑どおりいかない。NMRは順調。ファーマコフォアらしきものが見えつつある。すばらしい。ブログ村で翻訳ソフトのブログを探してみる
2010.02.04
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大きい画面でTVを見よう!我が家のTVが液晶になって、27インチになった!しかもフルHD対応!しかもブルーレイプレーヤーを新規に購入して、それでDVDを見るようになった!わーい。導入機器一覧IIYAMAProLite E2710HDS-B PLE2710HDS-B1 (kakaku.comでの最安価格(税込):\31,749)27inch 液晶ディスプレー。HDMI対応、フルHD対応、2Wスピーカx2SONYBDP-S360 (kakaku.comでの最安価格(税込):\20,945 )SONY製 今一番売れ筋の、ブルーレイプレーヤー 今後はこれでDVDを見たりCDを聴いたりすることになる。なおIIYAMAのモニターProLite E2710HDS-B にはHDMI入力が一個しかないので、入力切替機をつけることになった。こちらは問題なく動作している模様。それと、モニター付属のスピーカーの音量の調節機構がいまいちいけていない。ある程度以上音が小さくならないので、うちみたいな環境での深夜視聴には工夫が必要。あと大きくするときも、レベルの感度にリニアリティーがなくて、調節がうまくいかない。結局、うちでは、音声は別系統でONKYOアンプを通してYAMAHAスピーカーで出しているので、問題はないのであるが。ともあれ、5万5千円くらいで無事旧TVを廃棄にできて、画面面積が倍増以上になった。いままでなんて小さい画面でみていたんだ~。ちなみに、これに一番喜んだのはYokotaであることはいうまでもない。本日の業務備忘録大学院入試の試験委員なので、朝9時から待機。途中、大学院生△△さんが、リバイス中の論文の図を持ってくる。これが、実に面白い。Type-I AAA-ATPaseの動作機構について、今一番リアルな描像に迫っているのは俺たちだぜ!っていうくらいに熱い。そうこうするうちに試験の解答が届く。簡単なはずなのに、思いのほか正答率が低くて暗澹たる気分になる。ちなみに、英文履歴書のことをアメリカではresume(レジュメ)、イギリスではcurriculum vitae(略してC. V.)という。ざっと採点して、残りは出張から帰ってから。土曜出勤すると疲労困憊なのだ。月曜出張は身軽で行こうとおもうので、IdeaPad S10-2にメインマシンU350の主要な文書をコピーする。rsync -b(バックアップモード)なんていうのを使ってみる。ブログ村でブルーレイプレーヤー関係のブログを探してみる
2010.01.23
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【物欲番長・番外編?】Endeavor NA501E 値下げEpson DirectでEpson NA501Eが値下げして新価格になった。Spec的に、IdeaPad U350とほぼ同じ仕様にしたのがこちら。この状態で、価格は98000円ぐらいだったと記憶している。CPUにはSU9400が選択できる。kakaku.comを介してLenovoを購入することを考えたら8000円近く高くて、しかもWebカメラがつかない。Epson製という安心感は捨てがたい。もの自体の質感は、U350に軍配。あと、うすべったさとカバンに入れやすさでは、U350は優れている。ただし、電源アダプターとケーブルがいけてない。昨年の暮にこの製品が出ていたら、ひょっとしたらIdeaPad U350を買わなかったかもしれない。Windows? 7 Home Premium Endeavor NA501E ¥35,700 あり13.3型 WXGA カラー液晶(標準搭載) 超低電圧版 インテル? Core?2 Duo プロセッサー SU9400(1.4GHz)モバイル インテル? GS45 Express チップセット(標準搭載)4.0GB (2.0GB×2) PC2-6400 DDR2 SDRAM320GB シリアルATA 300MB/s対応 5400rpm日本語対応88キー(標準搭載)タッチパッド×1、左右クリックボタン(標準搭載)インテル? ハイ・デフィニション・オーディオ(標準搭載) 1000Base-T/100Base-TX/10Base-T対応ネットワーク機能(標準搭載)IEEE802.11b/g 準拠無線LANメモリーカードスロット(3 in 1スロット)(標準搭載)324×230×20.8mm(突起部を除く) 約1.48kgブログ村でEpson NA501Eのブログを探してみる本日の業務備忘録・人事関係の書類を仕上げる・グラント申請書にミス発覚、直す・基礎配属実習の学生のレポートの日本語指導を何本か。・論文リバイス締め切り迫るも、あまりすすまず。やれやれ
2010.01.22
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【Vine Linux】IdeaPad U350 & Vine 5.0 苦闘録その4apache2 + namazu-cgiでローカルディレクトリに保存した学術論文のPDFファイルを管理・整理して、全文検索可能にしておき、PC上で読む。これがやりたいがためにノートパソコンにlinuxを入れたといっても過言ではない。それがVine 4.2までは楽勝だったのに、Vine 5.0になってえらくめんどくさくなってしまった。apache2まずhttpdはapache2である。設定ファイルが小分けされていていちいちうざいのだが、ともかくこれをとってきておく。defaultのhome directoryは/var/www//var/www/html の下にpdfというディレクトリをつくって、その中に論文pdfファイルをいれておく。namazuがいないapt-get install namazuapt-get install namazu-cgiapt-get install tknamazunamazu-cgiのdefaultのindex directoryは /usr/share/namazu/indexなので要注意。/var/namazu/indexではない。ちなみにpdfを全文検索するときのmknmzrc設定は以下のとおり package conf; # Don't remove this line! $HTML_SUFFIX = "html?|[ps]html|html\\.[a-z]{2}"; $ALLOW_FILE = ".*\\.(?:$HTML_SUFFIX)|.*\\.txt" . # HTML, plain text "|.*\\.gz|.*\\.Z|.*\\.bz2" . # Compressed files "|.*\\.pdf|.*\\.PDF" . # PDF "|.*\\.doc|.*\\.xls" . # Word, Excel "|\\d+|[-\\w]+\\.[1-9n]"; # Mail/News, man $SEARCH_FIELD = "message-id|subject|from|date|uri|newsgroups|to|summary|size"; %FIELD_ALIASES = ('title' => 'subject', 'author' => 'from'); $NON_SEPARATION_ELEMENTS = 'A|TT|CODE|SAMP|KBD|VAR|B|STRONG|I|EM|CITE|FONT|U|'. 'STRIKE|BIG|SMALL|DFN|ABBR|ACRONYM|Q|SUB|SUP|SPAN|BDO'; $ON_MEMORY_MAX = 5000000000; $FILE_SIZE_MAX = 16000000000000; $TEXT_SIZE_MAX = 1600000000000; $WORD_LENG_MAX = 2048; %Weight = ( 'html' => { 'title' => 16, 'h1' => 8, 'h2' => 7, 'h3' => 6, 'h4' => 5, 'h5' => 4, 'h6' => 3, 'a' => 4, 'strong' => 2, 'em' => 2, 'kbd' => 2, 'samp' => 2, 'var' => 2, 'code' => 2, 'cite' => 2, 'abbr' => 2, 'acronym'=> 2, 'dfn' => 2, }, 'headers' => 8, # for Mail/News' headers ); $MAX_FIELD_LENGTH = 900;$NKF = "module_nkf"; $KAKASI = "module_kakasi -ieuc -oeuc -w";$WAKATI = $KAKASI;mknmzrcを適宜編集しておく。重要なのはReplaceのところ。Replace /var/www/ http://localhost/というふうにしておく localhostじゃなくて別のホスト名などをいれると、インターネット越しに他のPCからもこのPCのディレクトリのPDFファイルが見れて便利だが、publicに公開すると著作権違反になってしまうので、そういう使いかたは禁止。/usr/share/namazu/filter/pdf.plを編集する@pdfconvopts = ('-q', '-raw')
2010.01.20
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IdeaPad U350 & Vine 5.0 苦闘録その3さて今日は、会議である。午後はずっと会議でトラップ。会議中に、大学院生の修士論文の日本語の添削を行う。結構、あれあれ、という記述が多いのだがともかくどんどん直していく。それから会議中に、そろそろ締切の民間の助成金の申請書の作文を進めていく。ちょっとでも研究費があれば、進むのである。さて、そんな間に、「本当にこれが最後の」Vine 5.0 再インストールが終了したので、これ幸いと、CUPSでプリンターを設定して印刷できるようにする・・・のだが、印刷ができない!!1.Epson-LP-M5600AのCUPSのプリント設定Avasys社のページからCUPSプリンタ用のFedora用のrpmファイルふたつを入手する。Epson-LPM5500-filter-1.1-0.i386.rpmEpson-LPM5500-filter-cups-1.1-0.i386.rpmてきとうなところに保存して、apt-get install Epson-*.rpm でインストール昔ながらにWebBrowserで localhost:631にアクセス新規プリンタを追加する。lpd://xxx.xxx.xxx.xxx/lp なぜかこんな設定にするとうまくでるような(他のマシンでこうなってたので考えずに採用!)だがこれだけではテストページが印刷できない。2.手作業でファイルを編集 vi /usr/bin/pstolpm5500.shやりかたはAvasysのこのページを参考にすること。調べてみるものだ。ちゃんと書いてある。どうやらpsutilsのバージョンによるようだ。これで印刷ができるようになった。めでたしである。ブログ村でIdeaPad & Vineのブログを探してみる
2010.01.13
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IdeaPad U350 & Vine 5.0 苦闘録その2一月も初旬が過ぎました。あいかわらず、締切過ぎの書類と、委員会会議においまくられていますが、空き時間を利用してIdeaPad U350 & Vine 5.0で楽しませてもらっています。で、broadcom tg3のEthernet NIC driverをインストールしたあと、いじっているうちに、Network Managerを間違って削除してしまって、それっきりシステムが立ち上がらなくなりました。broadcom tigeon tg3 NIC driverの入手先はここ。やれやれ。rescue modeでの起動にも失敗してしまい、しかたなく再インストールとなりました。今回はtext mode選択でのインストール。どうなることやら、です。その後、システム再インストールの後、*システム再立ち上げをするとDNSの情報が消えてしまう*root以外のユーザではNIC/Ethernetが使えない*NetworkManagerをいじっているうちにeth0がまったく認識されなくなるなどの、謎のハマリを経験しまして、結局3回くらい、システム再インストールをしました。怒り爆発です。やはり、NetworkManagerはさっさと殺してしまうにこしたことはないようです。そこで、最後のシステム再インストールの後、まず、tg3をapt-get installしたあとに、即座に、NetworkManagerを停止しました。つまり、VineLinux trac FAQのページを参考に # /etc/init.d/NetworkManager stop # /etc/init.d/network start # /sbin/chkconfig NetworkManager off # /sbin/chkconfig network onとして、従来の方式でnetworkをコントロールすることで、ようやく安定してきました。なお、vesaで1366*768の解像度を実現する件、まだ片付いていません。ブログ村でIdeaPad & Vineのブログを探してみる
2010.01.12
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やはり、IdeaPad U350は、これまで使っていたマシンに比べると快適である。体感速度で3~5割速く感じるので、それでよいのだろう。というのは、Core2Duo U9400はクロックが1.4GHzなので、以前のEndeavorとクロック数、コア数では変わらない。アーキテクチャとメモリ性能でこれだけ変わったのだと考えられる。画面は左右にひろく見やすいが、高さがないので、実際の作業はやややりにくい。Windows 7は複数のウィンドウをひらきっぱなしでも、各ウィンドウをプレビューできるので、そちらはなれれば使い易い。【IdeaPad U350】IdeaPadに関するささやかな新発見IdeaPad U350の欠点は、そのでかすぎるACアダプターである、と以前書いた。ところで、昨年10月ころに、通勤中のテキスト入力用に、より小型軽量のIdeaPad S10-2を購入してubuntu lifeをはじめたと書いた。そこで、S10-2付属の小型のACアダプターがU350で利用可能かどうか試してみた。S10-2用 20V 2AU350用 19V 3.42Aようするに1Vなんて誤差誤差、てなわけである。でとりあえず、現在、利用できております。S10-2用は体積にしてU350用の1/4なので、S10-2用をカバンに入れて持ち歩いて、オフィスにはU350用のでかいのを入れておくのがよいのではないか、と思われます。ただし、マネされる方は、自己責任でお願いします!!ブログ村でIdeaPad U350関連のブログを探してみる
2010.01.06
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本日より仕事始め本来なら休み中にメドをたてておくべきだったこと・日本語の教科書・日本語の構造ベース創薬総説の原稿ドラフト(これは締め切りがまじやばい)・現在refinement中の構造計算その後。・現在執筆中の英語論文の投稿前準備。・来年度のとあるグラントの研究計画書のドラフト・もうじき締切の民間の財団の申請書。Windows7でSeaMonkey 2.0.1を使う・Lenovo IdeaPad U350でWin7上でSeaMonkeyを使う。別に奇をてらうわけではなく、昔からNetscape愛用者で、そのころからメールはずっとNetscapeだったから、だというわけである。ThunderbirdにするかSeaMonkeyにするか、という選択肢のもと、SeaMonkeyを使い続けている。それがようやくメジャーバージョンアップを迎えた。 まだ日本語化はされていないが、ともかくバージョンをあげるということで、早速2.0.1の利用を開始した。前回のバージョンのメールフォルダなどを、C:\ユーザー\User Name\AppData\Roaming\Mozilla\SeaMonkey\Profiles\xxxxxx.defaultというところに、前回の設定をコピーしてやると無事使えるようになった。MacAfee SiteadviserをuninstallSeaMonkeyでカット&ペーストによる編集機能や、ドラッグドロップできないというトラブルに見舞われた。これは検索してみたところ、MacAfeeのsiteadviserというフリーウェアが悪さをしているということがわかった。これをdelete(uninstall)してしまえば、無事利用可能になる。ディスカッションその1大学院生××氏と、××氏のreviseしなければならないJBC論文のその後について話し合う。(1)実験そのものはうまくいっている(2)新たな発現系構築に成功するなど一定の成果もあがった(3)ただし結果が安定せず試料も不安定(4)再投稿しめきりが1月10日!?まにあうんかほんまに?エキサイトしそうになるまえに次の会議がきてしまう。ディスカッションその2○○先生と。来年度の共同研究計画のすり合わせと、事業計画書素案の作成のための作戦会議。途中から、いろいろなカリキュラムにおける学生さんの指導の難しさの話になる。うちってめんどくさいんだよね、いろいろと。電車のなかでIdeaPad U350ディスカッションがながびいたせいで、明日には○○先生に目を通していただいて、明後日には提出すべき書類が全然できていない。というわけで電車の中でIdeaPadで内職。このマシン、やや重いがひらべったいし角がまるいので、携帯性は悪くない。ただしあの武骨なACアダプターを置き去りにすれば、である。キーボードの手前のパームレストスペースが広く、横幅もそこそこで安定性もよいので、電車の中で使い易い。ただし、タッチパッドの感度とクリックボタンの感度のバランスはいまいちのような。キーボードの配置は使いにくい。バックスペースの右となりのHomeとEndキーを無効にしたい。ブログ村でSeaMonkey 2.0.1関連のブログを探してみる
2010.01.05
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IdeaPad U350 & マカセル引越! 苦闘録その2新春早々IdeaPad U350 & Vine 5.0で楽しませてもらっています。今日はWindows 7環境の整備と、旧マシンからのデータの引越し。途中まで、SOURCE NEXTのマカセル引越という、LANケーブルで二台のPCを直につなぎながらファイルを転送するという有償商用ソフトを使っていたのだが、・あまりにもエラーによる中断・途中停止が多い・そのために二台ともPCを再起動になるので、その待ち時間が耐えられない・フォルダ単位で移動するしないという選択肢がない ・そのせいでいらないファイルのコピー中にエラーが起こる、それが許せない。ので、10時間近く無駄にしたあげく、別の方法でデータを引っ越すことにする。マカセル引越、使えねえ~~~別の方法とは・usbポータブルHDDを利用して、[Windows XP] [Windows 7][発送元PC]==>[usb-HDD]==>[受取側PC] RealSync RealSyncというわけで、これまでMy Documentのback up用HDDとしていたものを利用して、全ファイルをお引越しすることに。引越し自体は・旧PCのマイドキュメント全体・旧PCのデスクトップにあるフォルダー内のファイルすべて・旧PCのApplication data\mozilla\seamonkeyあたりにあるメールアーカイブファイルおよそ30GBくらいを引っ越しただけなので、夕飯の準備などしながら小一時間かからずに終了した。RealSyncはフリーソフトでLinux commandのrsyncのvervoseモードの用な使い心地である。ここで問題が生じるのが、Windows XPとWindows7で、いわゆる「特殊フォルダ」とよばれている、システムがあらかじめ用意したフォルダの名称や位置が、大幅に変わっている点である。http://pasofaq.jp/windows/mycomputer/folderlist7.htm 特殊フォルダーの対応表(XP/7上記の情報を参考に、今後使いやすくセットアップしていく予定。なお、本日の第二のハマりはその後。バックアップ用に利用しているポータブルUSBを茶目っ気で、パーティション構成を変えて、現在繁用しているパーティションを58GBに拡張する作業を、EASEUS PMを使って開始したところ、結局3時間くらいかかってしまい、その間何もできない状態になってしまった。USB-HDDのパーティション再調整は、別にどのPCで行っても一緒なんだから、それこそdesktop PCで行えばよかった。U350を占有・沈黙させる必然性はなかったのに。ブログ村でIdeaPad & マカセル引越関連のブログを探してみる・本日のまとめSOURCENEXT マカセル引越し → 無駄であった。うちの環境では、まったく役にたたなかった。
2010.01.04
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IdeaPad U350 & Vine 5.0 苦闘録その1新春早々IdeaPad U350 & Vine 5.0で楽しませてもらっています。これまでのまとめ。事前準備。EASEUS-Partition MasterでIdeaPad U350のHDD上に100GBほどの空き領域を作成。4GBくらいの新品のUSBメモリを準備Vine Linuxの配布サイトより、Vine50-i386-DVD.imgをダウンロード。https://launchpad.net/win32-image-writerより"Image Writer for Win32"をダウンロードWin32DiskImager.exeを起動して、Vine50-i386-DVD.imgをUSBドライブに書き込む。Vine 5.0 のインストールそのUSBを差し込んで、IdeaPad U350を起動。すんなりインストーラが起動しはじめる。今回は、/のパーティション96GBとswap領域の4GBの単純な構成で「すべて」をインストールする。grubをどこにおくか、ということだが、ブートローダを書き込まない設定でインストーラを走らせる。これは、Windows 7のOSチェンジャーを使ったほうがいいらしい、ということから。どうやらXorgの設定は自動では行われないらしい。
2010.01.03
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【WinXP】Easeus Partition Master 使用記Windows XPの弱点は、システムをインストールするパーティションをインストール時に分割するという発想がなく、ProgramとMy Documentの二つのフォルダが肥大し続けることである。というわけで、500GBのHDDに引っ越しても、メインとして使っているパーティションが60GBのままではとても使いづらい。これを何とか、拡大できないものであろうか?ということでフリーソフトEASEUS Partition Master 4.1.1 home editionを導入して早速つかってみた。これはともかく使いやすい。しかもWindows XPであれば、他のソフトを起動したままでも、何の問題もなくpartitionの拡大縮小を行ってくれる。なんつったってwinampで音楽再生しながらでも、とぎれることなくpartition sizeを変更してくれたもんね。すごい。使い方はGpartedに酷似している。同じなんじゃなかろうか?Gparted@linuxではNTFSのpartitionの操作ができなかったが(ひょっとしたらubuntuや他のツールならできるのかもしれないがVine4.2上ではむりなのね)(もしできてたら間違いなくLinux側からやってます。というのはこのマシンのデフォルトはLinuxなので)、EASEUS-PMならできる。drive K (60GB) --> (100GB) system drivedrive L (120GB) --> (120GB)drive M (160GB) --> (120GB)再起動なしでここまでできたので嬉しいのである。勢いにのって、IdeaPad U350のHDDにもLinux導入用のエリアを空ける。U350のHDDは、すでに、Lenovoドライバー領域とかリカバリー領域などが入っているので、それを移動しながら、120GBほどを確保する。こちらも再起動なし。*ただし、Linux用に確保した領域をunallocatedのままにしておくとLinuxのインストーラが扱ってくれない。これをunformatedにしてからEASEUS-PMを終了すると、実にうまくいった。めでたしめでたしである。ブログ村でEaseus Partition Masterのブログを探してみる
2009.12.30
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【IdeaPad U350】U350がやってきたEC-JOYで入荷二週間待ちといわれて、急遽 パソコン卸売りセンター というところで在庫確認したのち発注したU350が本日到着した・・・わ~い。29633QJ IdeaPad U350\88704円なり。主なスペックは・CPU インテル? Core?2 Duoプロセッサー SU9400(1.40GHz/3MB/800MHz)・chip set モバイル インテル? GS45 Express チップセット・RAM 4GB(2GBx2) PC3-8500 DDR3 SDRAM (最大8GB)・スロット数 2 (空0)・HDD 320GB (5,400rpm/シリアルATA/2.5インチ)・チップセット内蔵 グラフィックス 4500MHD 最大384MB (メインメモリーと共有)・ディスプレイ LEDバックライト付 13.3型 HDワイド液晶 (1,366x768ドット、1,677万色)、光沢あり・外部接続時(ドット・発色) 2,048x1,536ドット、1,677万色・インターフェース(ポート) モニター(VGA)、マイクロフォンジャック、ヘッドフォン・ジャック、USB2.0(3)、RJ-45(LAN)、HDMIポート、ワイヤレスLAN ON/OFFスイッチ・ワイヤレス インテル? Wireless WiFi Link 5100AGN (1x2)・LAN 10BASE-T/100BASE-TX/1000BASE-T・内蔵カメラ 130万画素・4 in 1 メディアカード・リーダー (SDメモリーカードなど)・本体寸法(幅x奥行きx高さ) 328x228x17-24.9mm・重量(バッテリー・パックを含む) 約1.6kg・ACアダプター 本体:260g、コード:160g←これがすごくイケてないSU9400だが、すこしいじってみた印象では、なかなかさくさく動く。現在使用しているEndeavor NA102 / Core Duo SU2500からスペック的には1.5倍程度の上昇ではなかろうか?デフォルトで4GBのメモリが入っている点は、○。あと、本体はややずっしりだが、うすべったい感じである。そして、いきなりHDDに空きパーティションを100GBけずってVine Linux 5.0を導入。導入手順備忘録については、また、次回。ブログ村でIdeaPad U350のブログを探してみる
2009.12.29
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パソコンの整理年末なのと、WinXPの残りHDD空きが10GBを切って、いろいろ不都合が生じつつあるので、HDDの増設を行う。風邪ひいたかもなんとなく喉が痛い。鼻水もビミョウにでたりする。一年分の疲れが出たのか?昨日もF先生と一緒にお昼を食べている間から目がしょぼしょぼしてこまっていたのだが、今日も、人ごみでなんかぼんやり。それでも、午前中はSOFMAPに買物。まず自転車でクリーニングに出しにいく。SOFMAPではHDDを買う。3.5inch/SATA2/500GBの日立のHDDが6200円くらい。行ってよかった。ちなみにWin7を買うかどうしようか迷う。正規に買うと24000円くらいなのだが、HDDと込みで買うと21000円代とか。HDD買うついでに買ったらいいのかなあ・・・・でも結局やめる。それからBICカメラに回って、時計の部品とか、腕時計とか、洋酒(正月用グラッパを一本)とかを購入。グルメでサンドイッチのランチ。帰宅2時ころ。Linuxではまって泣きそうになる。Windowsの引越しをする前に、まずVine Linux 4.2のほうの整理。Linuxの余剰未使用パーティションを利用して、現行の特定のパーティションがいっぱいになっている状態を回避しようと画策した。ところが作業の途中で起動不可になって泣きそうになる。何をしようとしていたのかというと・/usr がインストール時に4Gしか切っていなかったので一杯になりつつあり新規ソフトインストールができない・別のパーティション/usr1に/usr/shareの中味をそっくり入れて(/usr1/share)シンボリックリンクで凌いでいたが、どうにも収まりがわるい・/usr1はたっぷりあきがあるので /usrの他のディレクトリもrsync -avgあたりで/usr1にクローンをつくり(>rsync -avg /usr/ /usr1)・/usrを消して (> rm -rf /usr)・おっと /usr/localはもともと別パーティションなので、これはrsyncでコピーされてしまった/usr1/localをいったん消して (> rm -rf /usr1/local)・マウントポイントとしての空ディレクトリをつくって (>mkdir /usr1/local)・最後に/etc/fstabを編集して /usr1を次回起動時から/usrとしてマウントできるようにする(>vi /etc/fstab)・新規にマウントポイントをつくる・・・っとという作業中。/usr1/localを消したあたりでそれは起こった。消した直後についつい作業中のターミナルウィンドウを閉じてしまったので、別ウインドウからsuでルートになろうとしたところ、login incorrectで入れなくなってしまったのである~~!!もちろんsudoも効かない。立ち上げ直しても入れない・・・ってこりゃ当り前か。ようするに /usr/binとか/usr/sbinとかが一時的にお亡くなりになっている(その領域がマウントされていないのでシステムから見えない!!)ので、ほとんどのコマンドが使えなくなっているのであった~~ >_< なんてこったい。さてどうやって復旧したでしょうか?Windowsのほうがまだ作業開始前で生きていたので、そちらからEXT2FSDというlinux側のpartitionを読み書きできるフリーソフトをいれて、そちらから/etc/fstabを修復しました。再起動したら元通り。Linux側のHDDも空きができたし、とても嬉しいのでした。WinXPのHDDの引越しはEASEUS DISK COPYで超カンタン!使用しているマシン(SOFMAP 牛丼PC マウスコンピュータのSP-E8308D)は、HDDを換装しようとするとCPUクーラーにぶつかるのでそれをはずさなければなりません。やあめんどくさい。さて、Linuxのも含めて3台のHDDを接続した段階で、EASEUS DISK COPYのdc2.isoというファイルをイメージ書き込みした自作CD-ROMから、コンピュータを起動します。その状態で、LinuxのHDDを消さないように気をつけながら、旧HDD 60GB--> 新HDD 500GBの丸ごとコピーを指示すると、コピーがスタートします。1.5GB-2.0GB/minくらいのスピードで、正味40分くらい。というのも、この古い60GB のHDDはU-ATAのHDDを”SUGOI-ADAPTER"を介してつないでいるので、転送が遅いのでした。待ち時間を利用しておでんをつくってみたり、クリーニングをとってきたり、します。最後に、不要な旧HDDをはずして、新HDDをつなぐと、WindowsXPからライセンス登録などで怒られることもなく、MS-OFFICEソフトの再インストールも必要なく、問題なく立ち上がった。EASEUS DISK COPYいいですね。実によいです。パーティション作成コピー終了後は、500GBのHDDに60GBのパーティションを先頭に、440GBの未使用領域ができているので、それを適当に分割して、NTFSとEXT3にする。この作業はLinux側からgpartedで行った。めでたしめでたし。ブログ村でEASEUS DISK COPYのブログを探してみる
2009.12.27
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雑記先週だしていたもう一本の英文校正の結果が返ってくる。NMRの構造計算のRMSDが0.75をはさんで、それ以下に下がっていってくれない。これが下がらないことには論文投稿には行き付かないので、気張らねば。一週間かけて測定していたNMRのデータは、まずまず。初心者でも解析可能なクオリティーなり。早く結果が見たいみたい。その確認を終えた後、計画停電の対処を行う。多分、この冬一番の冷え込み。駅の電車待ち、寒くて死にそう。車窓から見えた電光掲示板の温度計の表示は二度。宝ヶ池近辺は、もっと、寒いに違いない。仕事用ノートパソコンを新調するぞ!!現在はEpsonのCoreDuo搭載機を使っているが、HDDの残りが4GBしかないという、かなり仕事上心もとない状況になってきている。そんなわけで、いま新調分の発注をして、年末年始の休みを利用してセットアップカスタマイズ、という作戦にすることにした。現在の仕事の忙しさと人手の足りなさから考えて、次世代マシンにはもう一度Linuxを積んで、通勤途上や出張先でNMR解析を行うペースを上げねばならないことが判明した。とすると、最近トレンドの13.3インチワイドディスプレー機というのはよいかもしれない。マシンの重量も重要だが、カバン収納を考えると薄型というのは重要なファクターである。それから、いろいろ試した結果、 ・DVD43 ・MagicDiskという二つのフリーソフトを使ったDVDの仮想ドライブ化がそれなりにうまくいきそうな感触を得た。だとすれば、光学ドライブは内臓する必要があまりない。そういう観点から、結局最終的に3機種に絞り込まれた。Lenovo IdeaPad U350 Core2Duo SU9400
2009.12.18
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【Vine4.2】Vine4.2にtuxpaintを入れるtuxpaint とは、直感的につかえる、子供用のお絵書きソフトである。linuxの上で動く。ディストリビューションさえちゃんとしていれば、きっと日本語版もあるにちがいない。そのうち、Jに遊んでもらおうと思うのだ。こないだGIMPでためしたら、難し過ぎた。さて、Vine用のtuxpaintのrpmバイナリであるが、Vine5用には用意されているものの、Vine4.2用には見当たらなかった。そこで、ひょっとしたら、いけるかとおもって、tuxpaint-0.9.21-1.fc5_f11.i386.rpmというのをダウンロードして試してみたのだが、libpaperというのがない、と怒られてインストールできなかった。そこで、どこかにfedora core用でよいのでsrc.rpmがダウンロード出来ないかと思って調べてみると、それなりに見付かる。結局、http://dries.ulyssis.org/rpm/packages/tuxpaint/info.html ここからtuxpaint-0.9.15-1.fc6.rf.src.rpm (fc6-i386) これをダウンロードしてくる。suになって、># apt-get build-dep ./tuxpaint-0.9.15-1.fc6.rf.src.rpm># apt-get source --build ./tuxpaint-0.9.15-1.fc6.rf.src.rpm># apt-get install /root/rpm/RPMS/i386/tuxpaint-0.9.15-1.fc6.rf.i386.rpmこれで動くようになった。ブログ村でVine4.2 && Tuxpaintのブログを探してみる
2009.12.06
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【IdeaPad S10-2 & Ubuntu】netbookで電車のなかで論文PDFを読みまくるIdeaPad S10-2の液晶は、10.1型WSVGA(1024×600)である(高解像度モデルというのもあったのだが、なくなってしまったしPiyotaはそもそも知らなかった。30000円だからいいや。)。このdisplayでXpdfを立ち上げて、pdfファイルで英語論文を読むならば、論文が画面の幅いっぱいにでてくるとうれしい。それを実現するときに、コマンドラインオプションで対応するならば、xpdf -z "width" hoge.pdfところが、ubuntuでは、/usr/bin/xpdf自体がシェルスクリプトでxpdf.binを起動するという、なんだか変な設定になっているのである。sudo vi /usr/bin/xpdfで起動スクリプトのなかにむりやり -z "width"を書き込んでしまう。これで、xpdfで立ち上げたときのデフォルト設定が「ファイルを画面幅にあわせる」になる。小技だが便利だ。ubuntuのデフォルト設定にあるゲームにはまる4目ならべにはまる。なかなか手ごわい、ていうかコンピュータ強すぎ。先手でも後手でも勝てないのはなぜなんだろう。次回目標ubuntuに音楽ファイルをいっぱい入れる。windowsマシンからの流し込みを計画したところ、どうやらファイル名の文字コードがちがうせいで(ubuntuはutf-8)下手をすると文字化けすることが判明した。ubuntuで音楽再生するとどんな感じになるんだろうか、試してみたいのだが。ブログ村でIdeaPad S10-2関連のブログを探してみる
2009.12.04
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【IdeaPad S10-2 & Ubuntu】apache2 & namazu導入備忘録(1) Synaptic package managerで以下のパッケージをいれてみるapache2namazulibnmz7kakasinkf(2) namazurc mknmzrcを編集vi /etc/namazu/namazurcvi /etc/namazu/mknmzrc(3) /usr/share/namazu にindexがはいるディレクトリ作るmkdir /usr/share/namazu/indexchmod 777 !$mkdir /usr/share/namazu/index/PDFchmod 777 !$(4) /var/www にpdfファイルがはいるディレクトリを作るmkdir /var/www/pdfchmod 777 !$(5) /var/www/pdfに論文PDFファイルをいれる。rsyncで別のPCに蓄えていたやつをいれておく。(6) mknmzでエラーに遭遇。/usr/share/namazu/index/PDF に移動して、/var/www/pdfのインデックスを作成する。たとえばこんなかんじ。cd /usr/share/namazu/index/PDFmknmz -a /var/www/pdf(7) mknmz / pdftotext関連のエラー回避ところがpdftotextのバイナリーを工夫しておかないと、pdf内の全文検索は動かない。maybe copying protectionというエラーが出て、namazuがindexを作ってくれない。この現象が結局一番やっかいであった。このエラー、(1) pdftotextのインストール不具合と、(2) 本当のpermission関連と、(3) /usr/share/namazu/filter/ pdf.plの中のエラーと、3種類あるのだ。最初の件と次の件は、ソースコードからコンパイルする際に、やりなおせばよい。(8) pdftotextのソースコードの正しいcompile1つ目についてはstrings `which pdftotext` |grep xpdfrc出てきた情報を参考に、正しい場所にxpdfrcをいれればそれだけで回避できる、とかいてあった。しかしvineでは確かにその通りであるが、ubuntuではそうはいかない・・・なぜか? ubuntuはdebian派生Linux OSなので、packageの検索はdpkg-query --search pdftotextで、これをやるとpopplerというパッケージの中に入っているといわれる。xpdfとカップルしていたfedora系とは違うみたいだ。ほとんど同じ機能のはずなのに。apt-get source poppler-utils でsourceをとってきて展開して、ともかくpdftotextを手動でcompile しなおす。./configure --prefix=""のようにしてmakemake installする。なぜわざわざsourceからコンパイルするかというと、source codeをhackingしたいからで、EMBO Jなどのpdfを全文検索できるようにしたいからである。具体的には、pdftotext.ccのおよそ6行を//を挿入してコメントアウトすればよい。permissionで検索すれば、該当箇所がすぐわかる。これで、text copy permissionがかかっているPDFファイルについても、pdftotext hoge.pdfコマンドではplain text文書に変換されている。なのに、なぜかここまでやってもmknmzは走らない・・・なぜだ!? ここでようやく下記URLのブログにたどり着いた。先人に感謝。つまり、pdftotext -vとすると、pdftotextが吐くversionが,fedora系(xpdfパッケージ系)とubuntuでは違う。0.10.5などと出てくる。そこで、以下の記事を参考にして、(9) namazuのpdf変換filter(perl script)のpdf.plを編集する。参考記事 「落ち穂拾い」著者のgleaningさんに感謝。これでようやく、約1100報の論文PDFファイルが、IdeaPad S10-2で持ち歩けるようになった!!ブログ村でubuntu && namazu || mknmz && pdftotext のブログを探してみる
2009.12.03
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【IdeaPad S10-2 & Ubuntu】notebook-laucher 不調何が起こったのか正確にはわからないが、ubuntuの入っているideapad S10-2が不調になった。おそらく、システムのupdate途中でLAN接続がきれたりしたのが、問題なのだろうが・・・・notebook launcherが不調でwindow-pickerがでなくなってしまった。これではえらく使いにくい。しかし、どうやっても復活しない。しかたないのでシステムを再インストールの憂き目に。いくつか、電車の中でパブコメ原稿とか論文ドラフトとかxmindのマップとかを書きためたのだが、その一か月分の努力がパーに!がちょ~ん。気を取り直して、より使いやすいubuntuをめざすことにする。まず手始めは、Piyotaの他のPC内にある、多くの論文pdf fileを、ubuntuで持ち歩けて、しかも自己検索が可能にすること。これで、いつでもどこでも、自分の必要とするpdfファイルが読めるぞ・・・・。だが、先は長い。ブログ村でIdeaPad S10-2関連のブログを探してみる
2009.12.02
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【XOrg】 nVidia versus PyMOL (0.99rc6) まとめPyMolの自力解決をまとめました。先日のPyMolのトラブル、どうにか回避できたのでおしらせする。ただし、この解決法は、せっかくのnVidiaのグラフィック性能をスポイルすることになるであろう。まず、www.univ2000.com の研究室用Core i7 マシン UNI-I7Lへのトラブルの少ないLinux導入法ということで記述しておく。(1)別のコンピュータで、USBメモリなどに、nVidiaのページからLinux用ドライバを入手しておく。NVIDIA-Linux-x86-190.42-pkg1.run など。(2)Linuxをインストールする。そのときにグラフィカルログイン(gdmとか)はオフにしておくこと!!(3)インストール後再起動。(4)rootでログイン(5)先ほどのnVidiaのドライバをインストール。sh NVIDIA-Linux-x86-190.42-pkg1.run [enter](6) ここで、XOrg, XOrg-gl, XOrg-gl-develを再インストールする。apt-get install --reinstall XOrg XOrg-gl XOrg-gl-devel(7) xorg.confの中身確認。 Load "dbe" Load "extmod"# Load "GLcore"# Load "dri" Load "glx" Load "v4l" Load "record" Load "freetype" Load "type1"こんなかんじ。(8) /usr/X11R6/lib/modules/extensions/libglx.soを確認libglx.so.190.42などへのシンボリックリンクとはなっていない、444KのバイナリになっているならOK。つまり、XOrgのビデオカードのdriverにはnvidiaを使用するが、glxはXOrg純正のものを使う、ことによって回避できたのである。(9)動作確認$ glxgears6764 frames in 5.0 seconds = 1346.362 FPS6924 frames in 5.1 seconds = 1366.866 FPS7296 frames in 5.1 seconds = 1437.036 FPS7182 frames in 5.0 seconds = 1431.916 FPS7410 frames in 5.1 seconds = 1465.762 FPS7296 frames in 5.0 seconds = 1456.361 FPS速いんだか遅いんだか・・・わからん。とはいえ、ideapad s10-2よりも8倍は速かった。ま、いいか。(10) PyMOL, Sparkyいずれも動作確認。めでたしめでたし。ブログ村でXOrg-nvidia driver関連のブログを探してみる
2009.11.27
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本日もCREST会議。S先生のぶっとんだ話でこちらもぶっ飛ぶ。いろいろ学ぶところがある。会議中、IdeaPad & Ubuntu & OpenOfficeで、パワポファイルを開いたり変更したり保存したりしていたが・・・さすがにこういう重いファイルを開くとなると、死ぬほど遅い。pptファイルをodpファイルに変更するのに数分かかるような感じである。もしどうしてもIdeaPad & Ubuntuでプレゼンをしなければならないのだとしたら、pdfに焼いて、pdf viewerでプレゼンをするのがよさそうである。東北大の高橋先生の一分子蛍光によるfolding研究、実に面白い。【IdeaPad S10-2 & Ubuntu】無線LANいまだ開通せず自宅のWireless APにAES(WPA-PSK)暗号で接続をしたいのだが、いろいろよくわからない現象が頻発していまだ接続できず。ifconfigコマンドを使わないとだめなのだろうか?もう一度トライしてみようっと。ブログ村でIdeaPad S10-2関連のブログを探してみる
2009.11.24
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某S社との共同研究今度、新たに新型対応のインフルエンザ薬を販売する、某S社との共同研究の話。二時間くらいで終わるかと思った共同研究会議、ながびいて3時間。仕事の依頼もあり、12月はかなり忙しいことになりそうだが、また必ずしも資金的に潤沢なわけではないのだが、共同研究の内容が実に面白いのである。ついつい本気になってしまう。楽しい。やばい。なお、専門家ということで、新しい薬についても質問してみた。自信をもって「効く」とおっしゃってました。どうする、中外製薬!?【XOrg】こんどはCore-i7マシン上でPyMolが動かないんですけどふたたび、Vine4.2の話である。某S社との共同研究で、共同研究の内容以外のタンパク質ドメインについても、in silico screening研究をしたくなったので、その構造の準備を学生に依頼した。ところが多量体の4次構造が必要なのに、PDBにはmonomerしか登録されていない。こういうときは、PyMolでsymexpを使うのである、と、自分の日記に書いてあるからきっとそうなんだろう。そうなのに違いないのだが、このコマンドを使うとどうなるのか、さっぱり容量を得ない。というわけで自分で試そうとおもったのですが、なんと、いま使っているこのマシンでもPyMolうごかないじゃん!なんで~~~???$ pymol/home/people/piyota/pymol/pymol: line 14: 4024 セグメンテーション違反です (core dumped) $PYMOL_PATH/pymol.exe "$@"なんとなく予感がしたので、OpenGLまわりのエラーを重点的に調べてみました。するとglxinfoもうごきません$ glxinfoセグメントエラー (coreを出力しました)xdpyinfoではGLXはちゃんとロードされとりますです。謎です。pymolでエラーがでているのは、pythonのライブラリ中に含まれる_cmd.soというモジュールがsegmentation faultを起こしている、というところまではつきとめました。しかし?これはどうやって回避したらいいのでしょう?総合科学技術会議の緊急提言仕分けによる科学技術予算減に関して、国内外から多くの注目が集まっている。各学会は危機感をもってパブリックコメントなどの意見募集を積極的に行っているようだ。海外でもNature誌、Science誌がニュースとしてとりあげたようだが、ここにきて、総合科学技術会議の8委員が連名で緊急提言を行った。まったくもって賛成なのである。日本の国際競争力、とくにアジア諸国に対する先端技術での競争力と人材育成力は、これからの成長戦略に必須なのだ。「国民目線」でよく理解できないからという理由で削ってしまって、本当によいのか?ブログ村でPyMOL/XOrg/OpenGL関係のブログを探してみる
2009.11.19
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MOLMOL/PyMOL設定にはまるVine4.2の話である。ラボの新人用に、Linux PCを導入した。正確には、先日購入したCore i7マシンをPiyota機にして、それまでPiyota機としていたEpson Endeavor PentiumD Dual Core機を、学生用に再設定した、のである。さて、そちらのマシンでもこれまで何ら問題なく作業できていたはずなので、本来なら問題なくMOLMOL/PyMOLといった構造生物学系分子モデル表示ソフトも動くはず・・・なのであるが。MOLMOLが動かなかった。Unknown IOなどとエラーを吐いて、MOLMOLが止まってしまうのである。そういうときは/var/log/Xorg.0.logを見てやるとよい。(EE) NVIDIA(0): Failed to initialize the NVIDIA graphics device!どうやら、/usr/X11R6/lib/modules/extensions/libglx.soに関連するトラブルのようである。Piyotaは件のマシンのディスクを移動して、Core i7マシンのLinux環境を整えてから、Endeavorに戻したのであるが、その過程でシステムの変更が加わってしまったのがいけなかったようだ。エラーが起きたときは、libglx.so がlibglx.so.190.42というファイルにシンボリックリンクしてあった。この190.42というのはNVIDIA専用のグラフィックドライバであり、i845Gなどのオンボードグラフィックでは動作しない・・・当り前だ。しかし、そんな操作をしたあと、それでは何をどう戻せばよいのかというと、ここで悩んだわけである。さんざん時間を無為に過ごした挙げ句に判明した正解はapt-get install --reinstallでXOrg関係をひととおり全て再インストールすること、であった。/usr/X11R6/lib/modules/extensions/libglx.soのファイルサイズが500KBくらいだったら、たぶん正解である。無事、MOLMOLとPyMolの起動に成功した。ブログ村でXOrg/OpenGL関係のブログを探してみる
2009.11.16
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Core i7 machineの性能昨日きたCore i7 machineにいくつかのチューニングをほどこした。1.httpdがapache2になっているので、これをapacheにする。2.molmol, PyMol, clustalx, namazuによるPDF全文検索, xpdf, pdftotext, xmindなどを稼動確認3.プリンタ稼動確認4.OpenOffice.org3稼動確認5.nmrPipe, nmrDrawなど。liscense expirationで稼動せず・・・なぜだ?6.cyana動作確認、ベンチマーク。Core2Duo E8300と、同じデータセットで計算させたときの速度がCore2Duo --> 20 minCore i7 --> 8 minすげ~。英文校正この情報が結構参考になる。http://www.book-writing-software.info/stylewriter.phpそろそろ現在執筆中の論文を英文校正に出そうと画策をはじめたのだが、なかなかよいところに出会わない。これまでのところ価格NAI > Enago > FASTEK質NAI > Enago - FASTEK といった感じである。しかしNAIは値段が倍近くするからなあ。そこでふと気づいたのが、「英文をシェイプアップするソフトウェア」である。現行でまあまあ利用可能なソフトは二種類あるらしい。StyleWriterとWhite Smokeである。前者は、ともかく冗長な表現を自動的にカットカットカットとするという手ごわいソフトである。後者は、丁寧にこった言い回しをもりこんでいく。ということで、StyleWriterを導入するというのはどうであろうか。ブログ村で英文校正のブログを探してみる
2009.11.05
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学会疲れ抜けず・・・辛いつくば→徳島のむちゃな日程の学会が、前後の疲れとともに、まだ抜けない。停電は来ず午前10時30分より、上のフロアの耐震工事の関係でラボ内も1時間停電する、と予告されていた。そこで、次のNMR学会がらみで頼まれていたデスクワーク内容について片付けることにしたが、なかなかうまくは行かないようだ。結局、停電は行われず、工事の業者から何の説明もなかった。無為に過ごしたラボメンバーの大半が怒っていた。Core-i7 860のマシン来るこれまで使っていたPenD 3.0GHzのEpson Endeaverから乗り換えることにした・・・が、アホなことを連発したので、結局Linux側もWin側も立ち上がらなくなり、仕事が完全スタックすることに。原因は1。chip-setが変わったにもかかわらず、Linuxインストール済のHDDをむりやり刺して起動→ドライバがないので起動せず。2。そもそもそのLinuxインストール済のHDDのpartition tableが壊れていた → 修復しない限りLinuxのインストーラCDからの救出も不可能結果。1。新規のHDDにVine 4.2をクリーンインストール。2。旧HDDからデータと設定ファイルの大部分をrsyncを利用してコピー。3。新マシンで環境整え。新マシン、最終的には稼働するようになり、かなり速いし快適でもある。しかし、XOrgの設定時、デフォルトではグラフィックボードが認識されず、vesaドライバーになったりするので、マウスがかくかくして使えたものではなかった。マシン機種名は、UNIV2000社(大学生協オリジナルパソコン)のUNI-i7L主要specはCore i7 860 2.80 GHzASUS P7P55DMemory 4GBLEADTEK PX8400GS TDH (NVIDIA GEFORCE 8400GS chip) 256MBOn Board LANといったところ。NVIDIAのサイトから、 NVIDIA-Linux-x86-190.42-pkg1.run というファイルを落としてきて、X11をキルしておいてテキストモードの状態で、sudo sh NVIDIA-Linux-x86-190.42-pkg1.run としてやるとインストールが開始する。ここで注意は、sudo vi /etc/inittabで、一番したのgdmの行をコメントアウトしておくこと、である。Vine 4.2のデフォルト設定でグラフィカルログインが自動で起きている状態では、NVIDIAのドライバはなぜか不具合を起こして固まるようだ。正確には、ログインはできるのだが、うち間違えたりすると画面が固まってどうしようもなくなる。gdm/xdmを立ち上げずに、テキストモードログイン→startxという基本を守れば、問題なく快適に使える。ブログ村でwindows 7/core i7のブログを探してみる
2009.11.04
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ノートPCの機種交換の季節到来?前の前の職場から前の職場に転職したときに、はじめてノートPCを購入した。そのときに、教育研究職として、ノートPCは商売道具、という認識を持ち、ある程度プロとしての決意をした。その決意とは、商売道具なんだからせめて2年に一度リニューアルして低スペックで生産性に支障をきたさないようにする、である。これまでの系譜はこんな感じである。・IBM ThinkPad i1200 (2001.4~2003.5)・IBM ThinkPad R40e (2003.6~2005.5)・Panasonic Let's note CF-W2 (2005.6~2007.4)・EPSON NA102 U2500@1.2GHz (2007.5~2009.10)これらの思い出としては、・ThinkPadは性能的にはそこそこ、コストパフォーマンスはよく、装置は安定しており、しかし重かった。・ThinkPadは軽い製品にしようとするとウルトラベースとか、いきなり附属品がめんどくさくなり、しかも価格が高くなったのだ。・Let's noteは殿様商売で、軽いけれども高い。装置が分厚いので鞄への入りはよくない。HDDがいっぱいになって仕事に支障がではじめたので買い替えた。・EPSONは堅牢でやや重いが相対的には悪くない。ただしバッテリーの持ちに難があり、すでにバッテリーを一本買い替えている。購入当時の日記はこちら。購入金額なんかも書いてある。なつかしい・・・・・EPSONは、今年の春~夏、Nの誕生とかローン早期返済とかで現金がなかったので、春のタイミングで買い替えそびれた。・その結果、一番長く使っているという結果になった。そうこうするうちにWindows7の時期になってしまった、というわけ。PC雑誌編集の舞台裏、おしえてエライ人!?週刊アスキーを始めとして、PC雑誌はWindows7とWin7搭載マシンの話題で一色である。ところで週刊アスキーの「秋モデル徹底比較」とか「ネットブック徹底比較」やコンセプト重視特集記事(激安サーバー改造とか)などの記事で、よく取り上げられるメーカーと全く無視されているメーカーがあって、その差がはげしいのはなんでだろう。必ずとりあげられるのに、週刊アスキー上で広告をあまり見ないメーカー・富士通・NEC・HP・東芝(Dynabook)必ずとりあげられて、ときどき週刊アスキー上に広告があるメーカー・Panasonic・SONY週刊アスキーに広告を出稿していて最近取り上げられる機会が増えたメーカー・マウスコンピューター毎号広告を出稿している割には取り上げられる回数が少ないメーカー・DELL・Epson Direct (好きなのに)存在すら黙殺されているように見えるメーカー・Lenovo ThinkPad / IdeaPadというわけで、密かに安価で、よさげな品が出つつあるノートPCに着目中。物欲番長 Lenovo IdeaPad U350詳細なスペックはこちら。(PDF)Core2Duo搭載機 ・29633QJ (オフィス無し)でkakaku.com価格 (2009/10/28現在)¥88、720~・29633JJ(オフィスあり)でkakaku.com価格 (2009/10/28現在)¥105、779~基本スペック液晶サイズ*1 13.3 インチ ワイド画面 ○ 解像度 WXGA (1366x768) CPU Core 2 Duo SU9400 1.4GHz(3MB) HDD容量 320 GB 回転数 5400 rpmメモリ容量 4GB メモリ規格 DDR3 PC3-8500メモリスロット(空き) 2(0) PCカードスロット なし?幅x高さx奥行 328x24.9x228 mm 重量 1.6 kg駆動時間 5 時間 ブログ村でIdeaPad U350のブログを探してみる
2009.10.28
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もとネタ提供はこちら http://makitani.com/2008/11/xmind.htmlxmind 3.0.3 をVine 4.2にインストールする!xmind 3.0.3はdevian linux用の*.debパッケージで提供されている。それをどうやってインストールするかというと1. su2. apt-get install alien3, cd /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.64. ln -s /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.0/Alien .# alienはperl 5.8.0仕様だったため、alienの環境パラメータをだます必要あり。# 元ネタはこちら。ありがとうございました。5. exit6. alien --to-tgz xmind-***.deb7. xmind-***.tgzができる。8. tar で展開9. できてきた実行ファイルを含むディレクトリを/usr/shareなどに適宜移動。できあがり。xmind, 使ってみた感じは現時点でとってもcoolです。www.xmind.netブログ村でxmind.netに関するブログを探してみる本日のバイオインフォマティクス学生さんから送られてきた「いま持っている発現系の蛋白質で、すでに構造が出されてしまっているもの」のリストを確認。で、リストに漏れがないか確認すべく、自分でチェックしようと思いたち、blast用のローカルのdata baseの中のpdbaaを更新しようとして、ハマる。確か6月にもハマったのだけれども、pdbaaと言うファイルはnr(全DB)に対してフィルターとして機能しているファイルなので、pdbaaを更新するとnrも更新しなければならないのである。というわけで総勢4GB位のファイルを4時間かけてDLするはめになる。めでたしめでたし・・・なんだろうか。その間に、出張準備したり別の学生の生物物理学会発表用のスライドを手直ししたり、教務に提出する書類を作ったり。ふう。スイコウのコウの字が書けない奴は、スイコウをスイコウすることは出来ない!いえ、ようするに、申請書も論文執筆も、まずざっと書いた後、いかに推敲を重ねるかが大事か、って議論をしていただけなのだけれども。スイコウ→推考 (推理考察のこと・・文章とは関係ない)スイコウ→推稿 (Piyota、他。稿の字は敲の字と半分だけあっているがこんな熟語はない)スイコウ→遂行 (なしとげること。さいごまでやりとげよう)スイコウ→水耕 (ラボにも潤いと癒しを。ヒヤシンスやクロッカスの球根がおすすめ)。敲は敲く(たたく)という意味で、中国の故事成語なので意味を考えても正しい漢字はでてきません。ブログ村で文章推敲に関するブログを探してみる
2009.10.24
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今日からubuntunetbook (IdeaPad S10-2, 160GB, dual boot)でubuntuを使う。インストール法:正味一時間半くらい。このうち、ファイルダウンロードにかかるじかんが、1時間。インストールそのものは30分で終わりました。ubuntu netbook remix (UNR) install 手順。1. easeus partition manager (epm.gzip)というフリーソフトをダウンロード。2. easeusを起動して、WinXPのpartitonを30GBほど削る。lenovoというシステムドライバが入っているpartitionからも10GBほど削り、位置を移動して、WinXPのpartititonとlenovoのpartitionのあとに40GB程度の空きをつくった。3. 別のWin機の上で、http://www.ubuntu.com/getubuntu/download-netbookからubuntu-9.04-netbook-remix-i386.img というファイルをHDDにDLしておく。コツはファイルのパス名に日本語が一切入らないところ、たとえばMy Documentの直下などに保存すること。4. https://launchpad.net/win32-image-writer/+download からWin32DiskImager.exe をDLしておく。5. 2GBのUSBメモリを差し込む。E:で認識。6. Win32DiskImager.exeを立ち上げて先ほどのイメージファイルの場所を指定する。USBメモリ E:を指定。書き込み実行でイメージディスクできあがり。7. IdeaPadにこのUSBディスクを差し込んで、起動。F12を連打するとboot device選択画面が出るので、USBを選択。8. ubuntu installer 起動。9. 言語設定、keyboard、時間などてきとうに答える。10. partition設定。「空いている最大のpartition」で自動選択。あとは御任せ。11. およそ30分でinstall 終了。12. 立ち上げてからLANの設定を行う。 ubuntu netbook remixを使った印象は、ともかく、「普通のlinuxとは全然使い勝手が違う」ということ。ひたすらアイコンをみつけて、クリックして、ファイルをいじったりweb browsingしたりして、終了、という感じ。Windowsの使用感にかなり近いので、逆に違和感があります。しかし、設定無しでOpenOffice Org3.0がプレインストールされたりとか、firefox3も入っていたりとか、メールソフトも入っていたりとか、「できあいの携帯情報処理端末として必要十分なアプリ」があっというまに使用可能になることを考えると、これはすごいことかもしれません。最初からubuntuに慣れちゃったら問題ないもんね。というわけで、まあいいや。昨日、帰りの新快速の車内で文書打ち込みをおこなっていたところ、揺れるせいか、軽く電車酔いを起こしてしまって気持ち悪かったです。今朝、もう30分うちこみましたが、今日はそんなことはなかったので、なれればなんとかなるかもしれません。ブログ村でIdeaPad S10-2 & ununtu のブログを探してみる
2009.10.20
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【送料無料】在庫あり 翌営業日出荷2957J6J [IdeaPad S10-2 Gray]物欲番長・・・NetBook購入通勤時間のうちの電車のなかの時間を、文書作成に利用したい。これが、Piyotaのここ2年半の苦闘の履歴である。JRの新快速の座席は、混雑していてかつ狭いので、ノートパソを広げられるほどの余裕はないことの方が多い。しかもノートパソはWinXPで立ち上げにもハイバネーションにも時間がかかる。ということで、現在は、余力のあるときには、「紙ベース」で仕事をしている。それはそれでよいのだが、紙ベースで修正した書類、いつかは打ち直さなければならない。ラボには、現在、秘書がいない。それでなくとも短い勤務時間中、文書修正のワープロ入力のヒマも、あまりない。そんなわけで、電車内で文書入力&修正の必要があるのである。ここしばらく、Pomera@KingJimの購入を考えていた。しかしテキストファイル編集のみということと、一度に8000字しか入力できない、という2点より却下。軽くて電池長持ちでよさそうなんだけどね。Lenovo IdeaPadを選んだ理由は、(1)価格対性能比(2)バッテリー駆動時間の二点である。電車内で文書入力のみに使うという目的に特化させる。月曜日には届く予定。で、さっそくUbuntuマシンにする予定。しかし、実は昨今のOpenOfficeOrgは、重いかもしれない。論文や報告書のドラフトを書くだけならば、もう少し軽い動作のRTFファイルが編集可能なeditorでいいのかもしれない。このあたりの最適化は、要検討事項である。ブログ村で生物系のubuntu userのブログを探してみる
2009.10.17
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にほんブログ村研究室改装工事始まる上の階と下の階の耐震改装工事のあおりをうけて、うちのラボの改装工事も始まってしまう。騒音の海。やれやれ。憂鬱科研費の学内締め切りがだんだん本格的に近づいてきた。昨年度から今年度にかけて論文成果発表が進まず、業績的に苦境に立ちつつある今日この頃。もっと論文書きに費やす時間を増やし、論文書き以外の業務を減らさないとやっていけないかもしれないが。ネットワーク依存症工事のため、ネットワークが断続的にしかつながらない状態で、締め切りのある書類やらメール会議やらがまわってくる・・・・どないせいっちゅうんじゃぃ。Linuxではつながるが、Winではつながらないとか、わけのわからない状況は、建物全体のネットワーク機器の入れ替えの影響であろうか。本日の読書日経Linux 2009年10月号 Vine Linux 5.0 収録vineのdvd付属^-^にほんブログ村
2009.09.18
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9月になっちまった。あ~あ。今年も、仕事はいうほど進まなかった・・・。現在、in pressが1本、投稿中が1本、投稿準備中(執筆中・進行中)が2本、企画中の年内ノルマが1~2本。投稿準備中で共同研究者とのからみやPiyotaの怠慢で頓挫しかかっているのが3本、うち1本はこのままお蔵入りかも。サボっているつもりは無いのだが、日々の雑務に追われているとあっというまに月日が過ぎてしまう。反省しきり。ウェスティンホテル 二日目発表のための緊張からか、腹具合が悪いです。午前中は、サイアク。でもまあ発表は無事、終了。その後はPCで内職。というわけで、昨日から執筆開始した、新たな論文のイントロと、実験項の半分と、ディスカッションの1/6くらいを一気に書き上げる。それと、懸案のグラントの申請書の仕上げのポンチ絵を完成。しかし、明後日の講習会の講義準備は、終わらず。理由は、内職中にPCのバッテリ切れ。そろそろ次のマシンを新調するほうがいいのかしら?しかし、どれにしようか・・・・。ブログ村で大型科学技術プロジェクト予算関連のブログを探してみるVine LINUX 5がリリースされた。http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20090827/336117/とりあえず、なんかの雑誌に収録されるのを、当面は待つばかり。
2009.09.01
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ソフマップ牛丼パソコンの中身はこれだ!中身はマウスコンピュータのOEMでありました。■本体型番 SP-E8308Dソフト2 サプリメントディスク Ver.8 MCJ-SPD08リサイクル リサイクル手数料 PCリサイクルJ-Moss J-Mossマーク 非含有マーク(グリーンマーク・緑色)CPU Core2 Duo E8300(2.83GHz/1333MHz/6MB)/Tray EU80570PJ0736MCPUファン CPU Cooler for LGA775 2600rpm/4pin(PWM) MCJ-9525EPメモリ DDR2 SDRAM PC2-6400 1024MB JM800QLJ-1Gメモリ DDR2 SDRAM PC2-6400 1024MB JM800QLJ-1GHDD1 3.5inch SATA II 320GB 7200rpm WD3200AAKSマザーボード Intel G33 MicroATX LGA775 G33T-M2 V1.0(V30106)ドライブ1 18倍速スーパーマルチ(±DL)/SATA/ブラック GH20NS10 BL33.5ドライブベイ 15in1マルチカードリーダー/ブラック ICR1500-B/Shortケース MicroATX/電源無 6TJ4B-PB-S w/o PSUキーボード PS/2日本語キーボード/ブラック/ブラック/ロゴ無 BTC-5211BB-Vマウス USBオプティカルマウス/ブラック/ブラック/ロゴ無 BTC-M870PUBBスピーカー 2ch Speaker/black SP-2562U電源 ATX電源 400W 20+4pin HEC-400WA-TZマザーボードは恵安株式会社の販売しているECS社のもののようです。興味は、CPUをそのうちCORE2QUADに載替えようと画策中なのだけれどもそれをいつおこなうか、ということ。45nmプロセスのCore2Quad(LGA775)が乗りそう。具体的にはどれなんだろう??
2009.07.11
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パソコン修理。ラボの大学院生△□氏の使用しているDELLのPC(6年前くらいの品?)がかなり調子が悪い。もともと昨年度までYK君が使っていたものなのだが、WinXPを再インストールする際にもトラブル続出とか。あとあと考えるとどうやら問題点はネットワークカード(Ethernet)NICの老朽化による不調かもしれないが、ともかくこの時点ではそんなことはわからない。そんなわけで、先日代替りさせたPiyota家のASUS Terminator P2機をLinux renewal, Windows 再インストールで現場復帰させることにする。それにしてもDell OEM版のWindowsXPは、ネットワーク認証でがっちがちに守られているので、HDDを換装して新しいMBに移植してしまうと、無事に立ち上がってはくれないのであった。あきらめてLinuxのほうだけ入れて、WindowsはVISTAのライセンスを新規購入することにする。
2009.06.15
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LinuxのHDDの換装仕事で使っているLinuxマシンのHDDがデータでいっぱいになりつつある。ひさしぶりにローカルで動かしている配列情報解析のpsi-blast用のnrデータベースを、NCBIからダウンロードしてupdateしようとしたら、ディスクスペース残が少な過ぎて、システムダウンの危機に直面した。というわけで、SATAの250GBのHDDを急遽入手して、システムバックアップ兼HDD拡張作業を。・新HDDを二番目のSATAコネクタに接続・fdisk /dev/sdb・コマンドで新しいパーティションをどんどん作っていく。・作成するパーティションサイズは、/home以外は旧HDDとまったく一緒・mke2fs -c で各パーティションをフォーマット・e2fsck -fで各パーティションを強制エラーチェック・dd if=/dev/sda5 of=/dev/sdb5 bs=8k conv=noerror,sync・各パーティションをそっくりディスクコピー。なお、60GBの/homeディレクトリが大体20分で移行完了なので、そこそこ速いかも。・この状態で一度それぞれのパーティションをマウントしてみる。ddコマンドでうつしたので、マウントした後にdfコマンドでパーティションサイズを見てみると、コピー元とまったく同じパーティションサイズになっている。パーティションのファイルシステムの論理サイズがコピーされてしまっているのである。しかし/homeだけは、120GBに拡張しているので、その差分を反映させて、物理サイズと論理サイズを一致させなければならない。そこで・resize2fs・最後にMBAのコピー・dd if=/dev/sda of=/dev/sdb bs=512・SATA-2のディスクをSATA-1につなぎ直して、旧HDDは取り外してreboot無事、GRUBプロンプトが出て、SATA-1(/dev/sda)から起動がはじまるめでたしめでたし。
2009.06.09
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本日の業務日誌Piyotaは、きょうはとあるバイオインフォマティクスの講習会のぴよちゃんせんせいとして、夕方から一時間半の講習会の講師なのである。実際には、一時間半では全然終わらずに、2時間かかって、しかもその後の質疑応答までかかった。3時間コース。PCを使っての実習なので、その準備も含めて教材ファイルの仕込みから、実習室(端末室)での動作確認までやったので、これまた大変。Linuxの概念やらLinuxの便利なところを使わずに、Windowsと、メモ帳と、導入したいくつかのフリーウェア・アカデミックソフトウェアだけで、論文投稿可能グレードのhomology modellingができるのか?という問題でも、ある。で、結論は、できる。できるけれども、どちらかというと日頃めったに使わないWinXPの機能のほうに詳しくないといけない。なぜならばWinXPで使えるDOS窓(コマンドプロンプト)が日本語入力に対応していず、また、modellerの本体も、日本語が入っているフォルダ名を含むパスが開けないからである。なわけでインストールするディレクトリ・フォルダをC:\tempにする、などの小技をきかせることと、滅多に使わないDOS窓の使いかたを覚えることができれば、それなりになんとかなる、ということと、最初に環境変数設定のバッチファイルを走らせることで解決できた。めでたしめでたし、である。ただし、講師の仕事が終わった後、残っていた体力をがっさりと奪われて持っていかれた。ふぅいぃ~~・・・・本日の読書秋期限定栗きんとん事件 上 秋期限定栗きんとん事件 下 米澤穂伸著 創元推理文庫御存じ、小市民を目指して一般人に埋没することを理想とする、ちっとも小市民ではない非凡な高校生、小鳩くんと小山内さんの、物語。今回は、春期限定いちごタルト事件をうけて、なかなかよさそうなカップルだった二人が、別れちゃうところから。で、二人がそれぞれ別の彼女・彼氏をつくって、小鳩くんはでも結局彼女にふられて、小山内さんは彼氏をこっぴどくふって、やっぱりふたりとも自分は小市民じゃないね、って再認識する話である。で、その間に、ふたりの住む街で発生している連続放火事件は解決されてしまう。独自に事件解決をめざし、読者獲得をねらう新聞部と対立?しながら、そしてその新聞部を出しぬきながら、最後に犯人を追いつめるのは、やっぱりわれらが小鳩くんなのだが・・・・その過程は実にスリリング。ネタばれになってしまうとつまらないので、ここまでしか書けないけれども、極上のトリックがしかけられるのだ。だが・・・この同じトリック、別の形でどこかで読んだ気がする・・・・樋口有介?藤間真?気のせいか・・・?★★★★★
2009.03.25
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覚書http://www.univ2000.com/product/dtal.php?id=469f380f4e330UNIV-D2GMラボの学生さん用のPCでようやくLinuxが稼働開始にするためのセットアップ。問題点は2点#1.デフォルトではVine4.2ではネットワークカードが認識されずLANに接続できない。(Onbord Atheros AR2181GigabitEther ※Linux使用不可)とマシンのスペック紹介ページにも書いてあるし。#2.Xorgの設定が自動ではうまくいかない。順番としては#2→#1の順で解決していく。*xorg.confのセットアップ。自動ではうまくいかないが、一度自動で走らせる。*setup後、/etc/X11/xorg.confを手動で編集して、G31ボードのdriverを"intel" --> "vesa"変更これでオーケー。ここで一手間。*/etc/fstabを編集してwindows directoryをマウント可能にしておく*Xorg起動を確認後、再起動してWindowsへ。ネットにアクセス後、Atheros AR2181GigabitEtherのドライバをダウンロードして保存しておく。このときWindows側のHDDに保存することになる。C:\temp にでも保存しておく。ドライバーのありかは、ここに記事があって、http://ziddy.japan.zdnet.com/qa4481736.html ATHEROS Driver Downloadsページの[Accept]ボタンクリックで進めて、 Atheros AR81Family Linuxのドライバーを試してみてはどうでしょうか。 http://partner.atheros.com/Download.aspx?id=13保存後Linuxに戻って再ログイン。*windowsパーティションを/mnt/winにマウント*AR81Family-linux-v1.0.1.0.tar.gzをログインしたアカウントのどこかにコピー。(/mnt/win/temp上では作業しないでおく・・・NTFSなもんで、トラブルかもしれない)*tar ballを展開。展開時になぜかエラーがでるがそのまま強行して問題ない。*srcにcdして、suでrootになってから、 >make >make install >insmod atl1e.ko >/etc/init.d/network start無事ネットワーク接続完了 >vi /etc/modules.conf alias eth0 atl1eこの行を入れておくと次回から認識が自動になる。この行をいれておかないと、毎回insmod atl1e.koの作業をすることになる。設定がうまくいったらようやく*apt-get update*apt-get upgrade*apt-get script install-devel.luaできあがり
2009.01.07
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