2011年06月の記事
全7件 (7件中 1-7件目)
1
-
天然変性領域会議２日目・・・災難の巻
発表天然変性タンパク質に特化した新しい発現系の検討について発表。反応は、まあまあ。バイオインフォマティクスとはあまり関係ない。バスツアー 絶景鵜殿神宮夕方より、エクスカーションバスツアーが企画される。バスの車窓から青島の美しい海岸の景色や、鬼の洗濯岩のような奇岩を堪能。でもって、初めて鵜殿神宮というところに行ってきました。ここは、確かにすごい神社だなあ。当然のごとく学業成就のお守り（論文投稿対策）を購入し、お参り。災難さて、懇親会の2次会で、ひどい災難にあった。何も書くまい。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2011.06.30
コメント(0)
-
天然変性領域会議＠宮崎
研究の班会議を、都会からはなれたところに缶詰になって行い、コンセントレーションして新しいアイデアを煮詰め、もって飛躍の種とするっ！というわけで班会議は宮崎の青島です。活性化してる人例年、この領域の「評価委員」のなっている先生が、初日だけ非常に活性化して、鋭いツッコミや一見するどいけれども斜め上のツッコミをする例が見られます。今年度は、どちらかといえば、学問的には比較的鋭いツッコミではありました。ただ、今日行われた議論の方向性、個人的にはあまり好かん。すでにある領域でエスタブリッシュしてしまった大先生が、一種の「ポジショントーク」をすると、若手がこれからやろうとしている、これまでにない新しい学問の芽っていうのは、どう防御対策を施しても、それなりにスポイルされてしまいます。文部科学省、新学術領域みたいな「新」がつく枠組みに関わる審査委員に、「年齢制限」つけたらいいんじゃないの？という話。何人かの大先生も、「自分は今も現役」のつもりで積極的に議論に参加してくださるのは盛り上がって、とても有り難いことなのですが。「ポジショントーク」という批判にはご注意いただけると、もっといいんです。危機感をもってる人Piyotaに領域的・業務的に近い「より若手の」先生方は、Piyotaなんかよりももっともっと危機感を持っていました。我が国では『天然変性の研究』が注目を集め始めたのはごく最近で、我々は、専攻している欧米（特に米国）の研究に、はるかに遅れを取っている。そうした状況をもっともっと直視して、危機感をもって研究をし、あたらしいスキーム、あたらしい仮説を積極的に出すような「とんがった」研究にこそリソースを集中すべきなのではないか？ というご意見。僕も割と同意見。「とんがった」研究をしようという若手を「気分的にくじく」ような旧態依然の・・・【ひとむかし前の】構造生物学や分子遺伝学の枠組みから、パラダイムのジャンプがなければならないのに。そういう状況なのに、いまだに「天然変性の定義は・・・云々」の話題から卒業できない人たちもいて、それには多いに危機感を持ったわけです。はい。ひたすら内職している人ですが、Piyotaは明日の自分の発表が全然準備できていなかったので、パワーポイントを創るべくひたすら内職をしておりました。ブログ村で【ひと昔前の構造生物学】のブログを探してみる
2011.06.29
コメント(0)
-
第１２回若手NMR研究会・二日目 → 東奔西走
第１２回若手NMR研究会・二日目若手NMR研究会二日目である。残念ながら午前中はやい時間で失礼しなければならない。K先生は、今日は書類しめきりのため、某所で内職するとのこと。皆さんお忙しそうだ。今回、アミロイド・繊維関係の固体NMRの使い方が印象的で、Piyota的には非常にそそられた。そして、結局のところ、固体NMRにおいても溶液NMRと同じように、あるいはそれ以上に、試料の均質性、サンプルの良し悪しとサンプリング操作の成否が、きわめてクリティカルである、ということが印象づけられた。サンプリングがクリティカルな実験法、ということは、すなわち、測定感度と測定の手間の大小、それと試料量と試料調製の難易度、が、研究全体の成否に関係してくる、ということだと思う。つまり、構造ゲノミクスの研究室が、溶液で立体構造決定をするための試料を高速でスクリーニングしたように、またX線結晶がくの研究室が、キット・ロボットを使って結晶を高速でスクリーニングするように、固体NMR試料もしかるべくスクリーニングしなければならない、ということを意味するのである。これは少々マシな論文を通すためには必須の作業となる。その作業を現実的に可能にするテクノロジーは、つまるところ、「トライアンドエラー→手数を多くする」か、「ひとつの試料に対して可能なかぎり多くのアイデアをつぎ込む」か、だと思う。Piyotaの不勉強かもしれないが、これまで、固体NMR試料を如何に高品質で調製するか、とくにアミロイドや繊維や凝集体の研究で、という話をほとんど知らなかったので、この分野はひょっとしたら面白いかもな、やる価値があるかもな、と思った次第である。固体NMR。材料系化学には必須の測定分析法であり、まだまだ発展改良の余地がある分野である。これからもウォッチしていきたい。東奔西走で名古屋へ午後14:45分から、Piyotaの本務のところで、出席しなければならない会議が開催される。先月もそうであったが、今月も、この毎月の定例会議は、必ずなにか別のイベントとブッキングしている。先月は、神戸で、細胞生物学の講義まっさかりであった。地下鉄の駅までダッシュした。ちなみに来月は、淡路島で研究会議（リトリート）まっさかりである。というわけで、11時に会場を失礼して、ピエリ守山でタクシーを拾おうとすると・・・いないっ。電話をかけると、堅田からくるという。正確には堅田にあるタクシー会社と守山にあるタクシー会社があって、どちらにいくかで使い分けなければならないのである。で、15分ほど待ち時間。その合間に、ケータイで共同研究者のH先生に電話をかけて、現在急遽作成中のとあるグラントの申請書のPiyota分担分について打ち合わせ。その後、ひといきつくまもなく、電車で京都にもどり、そこからのぞみで名古屋へ。会議には無事間に合ったものの、移動だけで消耗してしまって、会議の内容はほとんどいいかげんである。会議終了後、さらに、別件でうちあわせのため、大学本部へ。それにしても、今日は暑い。体力勝負だ。やれやれである。ここだけの話というわけで、9月3日にミニセミナー開催します。詳細は後日。ブログ村で固体NMRとアミロイド関連のブログを探してみる
2011.06.24
コメント(0)
-
NMR若手の会、参加
今日は琵琶湖大橋東詰、守山市「琵琶湖リゾートクラブ」というところで合宿形式の研修に参加する日である。会場には、湖岸西側の堅田駅からタクシーで向かう。ピエリ守山という大きなショッピングセンターのすぐ裏である。会場に少し早くついたので、湖岸を散歩した。結局お昼のパンを食べながら、炎天下、3時間ほど粘ったが（少し早く、じゃないね、かなり早く、だね）、バイトもヒットもなかった。遠浅なフィールドで、岸からはどうせめていいのかちょっとぴんとこない。川のほうを散歩すればよかった。はいごめんなさい、NMR関係ないです。第１２回若手NMR研究会・初日若手NMR研究会とは、その昔若手NMR勉強会といっていた、大学院生有志が学会やNMR関連企業に協賛をいただきつつ、自主的に企画してその時々の最先端NMRやNMR理論基礎を学ぶという勉強会である。今年は、「アミロイド」というテーマを決めて、その上で、ようするに溶液NMRでは手に余る試料をどうやって解析してそこから何がわかるかを研究するという、マニアックかつドラスティックな研究会となった。Piyotaは、この会に参加するのはとっても久しぶりである。きっともう若手ではないということで、「基礎コース」の講師にでも呼んでもらえれば、とか、そういう年代になってしまったのである。Piyotaが今回紹介した「ネタ」は、４月26日に阪大蛋白研で「天然変性タンパク質」新学術領域若手講習会の時に行った講義を更にアミロイド関連タンパク質向きに一歩進めた講義である。・とりあえず2D-NMRの原理は自習してもらう・HSQC / HMQC などの主要パルスのパルスプログラムの内容や特徴などは理解していることが前提、独自に復習してもらうという当然といえば当然なのだがおそろしくハードルの高い前提をさらっと流して、ひたすら美しくない（理想的でない）試料のHSQCスペクトルを延々見てもらって、そこから（帰属なしで）何かを読み取ってもらうという話がおよそ半分以上。あとは、2D-HSQCを基本としたバリエーションの実験の数々（ヘテロNOE、H/D交換、CLEANEXなど）、と、ひたすら15N-1H 2D-NMRの話「だけ」をしたのであった。会に参加した皆さん、マニアックな変な話で失礼しました。何かしらヒントを得てくれるといいな。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2011.06.23
コメント(1)
-
京たん世界一おめでとう
京たん おめでとう！【日本のスパコン 世界一を奪還】日本の理化学研究所と富士通が共同で開発している次世代スーパーコンピューターが、計算速度の世界ランキングで１位に選ばれ、去年１位になった中国製のスパコンを抑え、７年ぶりに世界一を獲得しました(6/20) NHKニュースはこちらこれはすごいことで、こころからおめでとうといいたい。これを起爆剤に、神戸の計算科学や情報科学や基礎医学や基礎生命科学が爆発的に進むといいと思う。叩かれてもただではすまさない？ところが、これに次のような水をさすコメントの記事が報道されている。 政府は０９年１１月の事業仕分けで、１０年度分の次世代スパコン開発予算（約２６８億円）について、事実上の予算凍結と判定。この際、仕分け人を務めた蓮舫氏が「（世界）２位じゃだめなんでしょうか」と発言、科学者から批判を浴びた。この日の会見でも、事業仕分けに関する質問が相次ぎ、野依理事長は苦笑いしながら、「やっぱり研究はトップを目指さなきゃいけない。科学技術の振興こそが日本の生命線だ」と強調した。 蓮舫行政刷新相は報道陣に対し、「極めて明るいニュース。関係者のご努力に心から敬意を表したい」と述べつつも、自らの発言については「メディアが勝手に短い部分を流した」と反論。「ナンバーワンになることだけを自己目的化するのではなく、国民の皆様の税金を活用させていただいているので、オンリーワンを目指す努力を期待したい」と注文をつけた。（2011年6月21日02時00分 読売新聞）オンリーワンという言葉は注意して使いたいよねって話でもって、またもや「ナンバーワン」VS「オンリーワン」論争が再燃しつつあるのである。で、ここで、歳出削減派に担がれた、あまり中身のない議員のコトバに違和感を感じて、ちょっと気になったので、これについて、日本のトップクラス研究者たちがかつてこの研究の先駆性と独創性について議論した、有名な「古典」を探し出して、まず本庶先生の独創性についての考察を読み返してみたのである。ネットによる公開討論会”独創的研究とは” 日本免疫学会ニュースレター編集委員会、平成１２年９月８日ー１２月３１日１〕本庶 佑「独創的研究とは何か」(2000/09/08) ここで、やはり同様の違和感に遭遇した。本庶先生は、吉村先生のエッセイに対して、「独創性とは、「独自の考えで始めること」というのが極めて当たり前の解釈である。しかし、吉村氏のエッセイ後半では、「人の注目を引く仕事」、あるいは、「人から優れた仕事と言われる研究」を独創的な研究と言っておられることが、大きな違和感の原因である」と批判している。しかし、その本庶先生みずからが、「私のような凡人が独創性を生み出すには、ナンバーワンになることではなく、オンリーワンになることが独創性への最も近道であると考える。」「そもそも研究とは、好奇心からスタートするものである。」といいながら、この論説の終盤で、「独創的な研究は、おそらくその研究が２０年経ってもまだ引用されているかどうかによって決まる。」といってしまっていて、よく読まないと吉村先生の意見との差異がわからない。つまり本庶先生の基準では×CNSトップジャーナルに発表される（などの短期的な他人・分野の注目）○２０年経ってもまだ引用されているということ（新分野確立？）発表するのはもちろんだけれども引用もされないとだめ、ということなのか、自分で継続的にその領域にしがみついていないとだめ、ということなのか、宣伝活動を行えと仰っているのか、いずれにもとれる。いずれにせよ、確かに微妙に違うのかもしれないが、どちらにせよ「オンリーワン」の本来の特性・原義（オンリーワンなので、誰からもまったく注目されずに数十年が経過してしまうというリスクが、オンリーワンでないものよりも高いという特性）と、その特性を肯定的に捉えるのか否定的に捉えるのかの態度がはっきりしていないという点で問題なのだ。少なくとも、オンリーワンの特性を否定的にとらえつつ（後半の文脈からは明らかにそうなのだが）、凡人はオンリーワンを目指すのが近道と書いてしまうのは、2000年当時ならいざしらず、2011年の現代では危険だ。とくに受け手がゆとり教育でそだってきた若手世代ならば危険だ。なぜならば、2002年7月24日以降、SMAPの大ヒット曲「世界に一つだけの花」によって、オンリーワンという言葉は競争を伴わない、価値観の普遍化を伴わなくていい、社会的弱者のための自己肯定のためのステイタスワードとして確立してしまったからである。蓮舫行政刷新相が、そこまで意識してオンリーワンという言葉を使ったかどうかは疑問。ひょっとしたら脊髄反射的に、ナンバーワンvsオンリーワンという対立軸から、自己顕示のために使ったのかもしれないが・・・そうだとしたら、ますます暗鬱になるなあ。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2011.06.21
コメント(1)
-
最先端のNMRのセミナー・論文再投稿
Girly !!いろいろ大人の事情があって急遽セミナーが開催されることになり、聴講にいくことになる。こんなかんじのセミナー1. 天野剛志 『ユビキチン認識のNMR構造生物学』2. 宮ノ入洋平 『NMRによる巨大タンパク質の相互作用解析手法開発』3. 武田 ３演題通して聴くと迫力がある。細胞生物学→生化学→物理化学、という流れで最先端のNMRのスマートな使い方とその方法論開発課程、三題、といったところである。セミナー開始から、告知まで日にちがなかったにもかかわらず、とても多くの学生やスタッフが聴きにきてくれたので、自分のことのようにうれしい。インバースラベル法 論文再投稿とあるNMR系の残念ながらインパクト係数がない雑誌に、懸案のインバースラベル法論文のメジャーリビジョンを完成させて、期日二日を残して、昨日無事投稿。やれやれである。今度こそすっきりとおるといいな！ブログ村でNMR構造生物学関連のブログを探してみる
2011.06.16
コメント(0)
-
katanin/MT/Tau関連備忘録 論文リンク
kataninとかTauとか認知症とかに関連して検索してみた他のデスクワークをほったらかして昨日検索してでてきた結果の英語版のほうがこれ。いろいろと勉強になった。Tauは天然変性タンパク質。ほとんどの人には関係ありません備忘録として使っています。学生さんへの伝言版的な役割もありますreferenece 1,2,4 / 6 / 7 are critically important !! Read these 5 refs first !! PubMed ResultsItems 1 - 8 of 81. Strategies for diminishing katanin-based loss of microtubules in tauopathic neurodegenerative diseases. Sudo H, Baas PW. Hum Mol Genet. 2011 Feb 15;20(4):763-78. Epub 2010 Nov 30. PMID: 21118899 [PubMed - in process]2. Critical roles for microtubules in axonal development and disease. Falnikar A, Baas PW. Results Probl Cell Differ. 2009;48:47-64. Review. PMID: 19343314 [PubMed - indexed for MEDLINE] 3. Tau-dependent microtubule disassembly initiated by prefibrillar beta-amyloid. King ME, Kan HM, Baas PW, Erisir A, Glabe CG, Bloom GS. J Cell Biol. 2006 Nov 20;175(4):541-6. Epub 2006 Nov 13. PMID: 17101697 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article Free full text 4. Tau protects microtubules in the axon from severing by katanin. Qiang L, Yu W, Andreadis A, Luo M, Baas PW. J Neurosci. 2006 Mar 22;26(12):3120-9. PMID: 16554463 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free Article5. Neuronal microtubules: when the MAP is the roadblock. Baas PW, Qiang L. Trends Cell Biol. 2005 Apr;15(4):183-7. Review. PMID: 15817373 [PubMed - indexed for MEDLINE] 6. How calcium causes microtubule depolymerization. O'Brien ET, Salmon ED, Erickson HP. Cell Motil Cytoskeleton. 1997;36(2):125-35. PMID: 9015201 [PubMed - indexed for MEDLINE] 7. The C terminus of tubulin, a versatile partner for cationic molecules: binding of Tau, polyamines, and calcium. Lef?vre J, Chernov KG, Joshi V, Delga S, Toma F, Pastr? D, Curmi PA, Savarin P. J Biol Chem. 2011 Jan 28;286(4):3065-78. Epub 2010 Nov 9. PMID: 21062741 [PubMed - indexed for MEDLINE]8. A central role for polyamines in microtubule assembly in cells. Savarin P, Barbet A, Delga S, Joshi V, Hamon L, Lefevre J, Nakib S, De Bandt JP, Moinard C, Curmi PA, Pastr? D. Biochem J. 2010 Aug 15;430(1):151-9. PMID: 20524932 [PubMed - indexed for MEDLINE]Tauに関しては日本語のPDFも調べる必要があるもようブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2011.06.03
コメント(2)
全7件 (7件中 1-7件目)
1
-
-
- ちょっと、お出かけ。
- 葉加瀬太郎 Concert Tour 2026「THIS…
- (2026-09-24 06:17:43)
-
-
-
- 海釣り・船釣り
- チニングとは？初心者でも始めやすい…
- (2026-09-16 22:16:29)
-
