2011年05月の記事
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超高磁場NMRの使い道
細胞生物学の簡単な講義午前中、学部一年生向けに、細胞生物学の項目の講義。今日はビジュアルに楽しくをモットーに、タミフルその他とneuramidaseとの複合体の構造を堪能していただき、それから、YouTubeから仕込んだAda Yonath先生ご監修の例のうごうごリボゾームアニメ二篇をご鑑賞いただく。それからタンパク質精製の方法論について、詳細に説明。構造決定法については説明できなかった、なにやってるんじゃ。まあしょうがない。来客超高磁場NMRの使い道について、B社のSさんが来訪くださったので、一緒にご議論いただいた。構造生物学のおかれた現状・構造生物学「そのもの」の方法論はこの10年間まったく進歩進展がないこと・構造生物学の方法論、とくに構造決定法には著しい進歩があったこと・NMRにおいては、構造生物学にかかる装置のコストとその運用コストは、むしろ高くなっていること構造生物学系研究室をとりまく環境の変化とその結果・前述のように「コスト」があがった。・タンパク質の立体構造自身が持つ本来の価値（使い道）は、10年間上がるわけではなく横ばいのまま・より難易度の高いタンパク質の構造は到達可能になった・もともと難易度の高くない水溶性のタンパク質の構造は、簡単に決定可能になった（それでもまったくルーチンというわけではない） ↓その結果、立体構造情報の持つ、研究者社会に於ける相対的価値（希少性・重要性）は下落した。 ↓価値が下落したのに、コストはいうほど下がらなかった（場合によってはあがった）ので、コスト割れが起きて、PIにとってラボ運営をビジネスに例えた場合の「拡大再生産」どころか「現状維持」すら困難になり、マイナスのスパイラルに陥っていきつつある。 ↓そのせいで、そういう「価値観」（景況感）に敏感な若手の研究者が流動・流出し、NMR構造生物学の研究者人口は減った（しかもまだ減りつつある）なんとも暗い現状分析だなあ、やれやれ。だがめげてはいけない。上記のような現状認識とこれまでの構造生物学の歴史からの反省は、これからつくる予定（脳内）のPiyotaラボのポリシーに反映させることにする。Piyotaラボのポリシーとして、「創薬のための立体構造決定」というような安直な作文は慎む。そのかわり、もし創薬目的で構造決定をするのならば、後述のように、「とことん」やる。そのこころはというと、安直な「創薬のための立体構造決定」のような作文には、かなりの嘘がある、と思うのである。もし本当に創薬のための立体構造決定を歌うならばアステラス阪下先生グループを見習って、ケミストのグループと手を組んだ、「低分子複合体との構造」それもハイスループット構造決定に特化すべきである。それがもっとも創薬に役立つんだから。PiyotaラボのもうひとつのNMR研究のポリシーとして、高磁場ならではの使い道、という切り口は必要だが、それを「緩和」「NMRダイナミクス」のような分野には誘導しないことにする。タンパク質の動的構造研究は、分野としての波及効果が割と限定的な（というか事前に直感的に評価できない）マニアックな学問なので。情報という観点からすると、「タンパク質動的構造情報」というのは、まだまだ需要を十分引き出していないのではないか、といういい方もできる。現時点ではPiyotaにはグッドアイデアはないので、いいアイデアが閃くまでお預け、それまでは距離をおくという程度の意味である。決して学問として否定しているわけではない。おまけ高磁場NMRの学問におけるそれなりに有用な使い方を考える上で、中部地域でのネットワーク形成は重要、と思われる。ブログ村で超高磁場NMR関連のブログを探してみる
2011.05.27
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東奔西走ならぬ西奔東走
朝、細胞生物学講義。１０：４０から。１２：１０までに切り上げて、ダッシュで新神戸駅へ新幹線で名古屋駅へ１４：４５より会議、初めての会議、挨拶をする会議は2時間ほどで終了センターに顔をだして、いろいろと打ち合わせ、書類などをもらい印鑑を押す本文の事務に顔をだして、実印捺印の儀式を計１０回程度行うO先生のところで、天然変性のO班の研究班会議。ほとんど終わりかけに顔をだすことになる。これにて落着、やれやれ。ともかくものすごく疲れた。ふぅふぅ。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2011.05.20
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MOLMOLがなくてもCueMol2があるじゃない？
MOLMOLがWindows上で動かないWindows 7(Lenovo IdeaPad U350)とうちのカイシャのデスクトップで試してみた動かない正確にいうと、動くけれども表示がおかしいどうおかしいのかというと3D表示がおかしいのであるhidden surface eliminationのフラグを立てると、挙動がおかしくなって立体構造の画面表示がでなくなる線画レベルならば無問題であるそういう状態でころころ分子をまわしていると気持ち悪くなるこれはWinXPの一部でも問題が出ているようなので、プログラムビルド時のグラフィックエンジンの問題と思われるのだが・・・咄嗟には対応できない。しかたない実習でMOLMOL使うのは、あきらめよう。「MOLMOLがなくてもCueMol2があるじゃない？」というわけでCueMol2をインストールパブリケーショングレードのきれいな美麗な立体構造図がサクサクできる。一つ問題なのは、IdeaPad上では13.3インチWXGAの液晶で、1366x768の表示で、左端一列にならぶメニューが非常に手狭で、機能メニュー一つをあけるたびに、他のメニューを手動ですべてとじないと、使えないこと。このメニュー2行になりませんかね？Modeller ver 9.9 実習まずPysonのお勉強をして、新たにかわったModellerの機能のお勉強をして、テキストを参考にデモで計算を流す。サクサクと計算が進み、ホモロジーモデルができる。むしろ無理があるのはWindows XP備え付けの機能、たとえばメモ帳とかワードパッドとかで、配列ファイルやPDBの生の形式のファイルを編集したり改変したりすることである。改行コードとか、スペースとか、細かい問題で、簡単にエラーが起こるので要注意である。やれやれである。Girly !!ブログ村でModellerのブログを探してみる
2011.05.18
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PyMol 1.3r2 install / pynmr insall
build from pymol-1.3r2.tar.bz2 on Vine 5.2pymol-1.3r2 sudo apt-get install python-devel sudo apt-get install freetype2-devel sudo apt-get install tkinter cp ./modules/cealign/src/ce_types.h ./layer4/. sudo python setup.py build install sudo python setup2.py install sudo python setup2.py install pmw ./pymol done !! (^-^)/let's install PyNMRhttp://kpwu.wordpress.com/2011/04/01/pynmr-an-excellent-pymols-nmr-extension/OpenOffice.org 3.3を導入OpenOfficeかLibreOfficeか悩む。ここの記事を参照。現時点では大差ないというように読めた。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2011.05.16
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花背でBBQ
花背でBBQうちも含めてJの友達4家族で、花背山村都市交流の森まで出かけていき、みんなで川遊びとBBQをしました！男の子たちは野球をしたりいろいろしてました。Jはまたもや鹿の骨のようなものを拾いました。お風呂にはいってくったくた帰りは、日帰り温泉に。みんなくったくたです。よく遊びました。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2011.05.15
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楽天ブログ、トラックバック機能消失！！ CUPSプリンタ設定
楽天ブログ、トラックバック機能消失！！いつのまにか楽天ブログがトラックバックを受けとれなくなってしまっていました・・・ってなんだよそれ。今日までしらなかったです。http://plaza.rakuten.co.jp/hirobastaff/diary/201104080000/なにこれ～～。CUPSプリンタ設定さて、なんでこのことに気づいたかというと、連休前にこわれたラボのメインマシンのVine Linux 5.2へのdist-upgradeにともない、CUPSプリンターの設定を忘れてしまっていたのをやりなおしたときに、この自分のブログ記事がとっても参考になったため。備忘録（１）Vine 5.2ではlocalhost:631を使ってのFirefox経由でのプリンター設定はうまく動かなかったです。（２）例のごとくhttp://www.avasys.jp/lx-bin2/linux/mfp/DL1.do より Epson-LPM5500-filter-1.1-0.i386.rpm Epson-LPM5500-filter-cups-1.1-0.i386.rpm の二つのファイルをDLして、apt-get install ファイル指定でインストールする（３）こっちの記事を参考に、CUPSプリンターを設定する。ただし、左上の「システム」プルダウンメニュー＞システム管理＞印刷＞のサーバー＞新規 としなければならない。（４）vi /usr/bin/pstolpm5500.shでファイルを編集する。編集要領は、http://avasys.jp/product/linux_driver/question/2009/12/qa00073.phpつまり、依然として進歩はない模様。ブログ村でVine5.2 / CUPSのブログを探してみる
2011.05.09
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大津みさき公園でBBQ
琵琶湖・大津なぎさ公園でBBQGWを利用して、清里はKEEP協会でさんざん遊んできた。で、名古屋に顔をだして転職の手続きも終えた。そして、GW後半戦、今日は、JとNの行っている保育園の、主にJのクラスの父親の会プロデュースで、大津なぎさ公園でBBQである。7家族程度が集結、総勢40名の大きな団体となる。なぎさ公園http://www.otsukoen.org/は、大津市膳所のあたりの湖岸を整備した幅広いエリア一帯の公園なのだが、基本的にBBQは禁止である。しかし、例年、GWだけ特別に臨時のBBQエリアがオープンされるのである。社会実験なのだそうだ。（大津市社会実験のニュース）そんなわけで、直火禁止、炭捨て以外のごみは全部持ち帰り。近隣には宣伝していないので、知っている人しか知らない穴場となっているもよう。（葛川の雪まつりにしても、大津市はイベントを市外にまったく宣伝しない・・・あくまで市民向けとわりきっているからか？）そんなわけで、行ってみると11時すぎに到着というのに、十分場所があいている。テントやターフを展開して、場所を確保。BBQコンロは二台、お父さんたち3名がはりつく。子供たちは湖で水遊びをしたり（もちろん親が監視）、（ここは水浴場ではあるが、琵琶湖は引き波と風がこわいので、監視はおこたらない）、ブルーギル釣りを試みたり（ぜんぜん魚いないので釣れない）、おにごっことかをしたり、そんなこんなで一日あそんで、夕方解散になりました。PiyotaはMちゃんのお兄ちゃんの小学4年生のNくんと仲良しになりました。釣りにものすごく興味があるとか。今度一緒に釣りに行く約束をしました。企画のお父さんたち、どうもありがとうございました。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2011.05.08
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平磯出撃・貧果に泣く （附、釣り公園BBQサイト利用記）
平磯出撃・貧果に泣くというわけであさちょっとだけ早起きして、でもそんなにめちゃめちゃはやおきというわけでもなく、電車で家族４人で、平磯公園に向けて出撃した。現地着１０時ころ。朝一番で来て帰ったお客もいるようで、釣り場はそれなりに空いている。餌は、シラサエビとアオイソメを購入。Ｊに、さっそく新調のＪ専用リール「ダイワカーボストライカーST-10」を軟調のコンパクト波止ロッドにセットして、餌の付け方をレクチャーする。といってもシラサエビをつけるか、青虫をハサミできってつけるかのどっちかなのだけれどね。すぐにエビもムシエサもこわがらずにつけられるようになった。で、すぐにクローズドフェイスリールを使えるようになり、まったくトラブルもなく釣りができるようになった。ときどき注意しなければならないのは、「糸をぴんとはってゆるめないように」を忘れることくらい。流れてなければ、ネガカリしなければ、そのくらいはいいんだけど。１１時すぎに、一時帰国中のS家がBBQのために合流。T君、Sちゃん、来る。J、Nといっしょに釣りをそっちのけで、4人で駆け回り始めるのだが、それはそれでよいのである。平磯海釣り公園は、大人の腰くらいまでの高さのてすりが釣り場全面を覆っているので、子供たちをはしりまわらせても、基本、危険はないのだ。ただし、釣りをしている人の真後ろは、いろいろひっかかって危険なので、離れてね。それと、コンクリートで全面覆われているので、照り返しが強くてすぐに暑くなる。脱水症状は注意。ところで、釣りのほうだが、Jが途中で何度も戦線離脱したことを差し引いても、思った以上にあたりもなく、食いが渋い。実はもっとも釣りに熱心だったのは、Jの竿に興味をしめしたS家の妹Sちゃん。りっぱな釣りガールに育つといいな。結局、釣れたのはガシラ二匹のみ（大きいほうをJ、小さいほうぼく）。こんなんじゃBBQできないじゃん！釣り公園BBQサイト利用記神戸市立平磯釣り公園のBBQサイトを予約して利用した。とても快適でした！・予約制です・サイトは４テーブルしかないので、早い者勝ちです・マルテーブル（BBQコンロ付き）の中央で焼くタイプです。・炭は釣り公園が準備、ただし、練炭です。・包丁とまな板かしてくれます。・金網とアルミ焼きそばプレート（使い捨て）が付いてます。持っていかなくてよかったんだ、なあんだ。・トイレと自販機のすぐそばです。・野菜など食料はかならずもちこむこと。食材は調達できません。・鮮魚がうっていることを期待しましたが、あまりに大きな鯛の一匹売りなので、さすがにそれはあきらめました。ガシラかカワハギだったら買っていたかも。・なお、本部売店のとなりの軽食堂で、おにぎりつくってくれました。というわけで、予約がとれたらここはいいですね。特別企画～BBQでカッチュッコ！！今回、焼きそばプレートで野外でカッチュッコに挑戦しました。練炭BBQサイトということもあって火力がずっと安定していたので、余裕でした。ブログ村で平磯海釣り公園のブログを探してみる
2011.05.07
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子供の日～ももたろう
子供の日昨日、庭木の剪定中に剪定ハサミを破壊してしまったので、新規に購入すべくコーナンまで出かけます。Jは昨日から、母親の厳密な監視下で、コマなし自転車の公道・路上教習の仮免許が下りました。そんなわけで、自動車に注意しながら、近所のコーナンまで、自転車三台で出かけたのでした。で、そこで、クレパスを買ったり、洗剤を買ったり、土曜日のBBQに必要そうな焼きそばアルミプレートを買ったりして、荷物を積んで、また帰宅。はやくどんどん上達するといいなあ。なお、Nは、Piyotaの前部座席で、スピード感に酔いしれつつきゃあきゃあいっています。ももたろう昼過ぎ、図書館で「ジブリの歌」の会や絵本よみきかせなどのイベントがあるというので、JとYokotaは図書館へ。こちらはNが昼寝で寝てしまっているので、土曜日の釣具の準備などをしながら、休憩中。と、イベント中にJが寝ついてしまったということで、連絡が。その後、ももたろう※で合流して、少し早めの時間から、焼き鳥。さいきんPiyota家は焼き鳥率が高いです。サンカク、皮、ネギまなど、最高。ももたろう丼（焼き鳥丼）が実に美味いのです。※ももたろうは、焼き鳥屋さんの名前です。Piyotaたちが入ってから、しばらくしてお店が込み始めました。実際、ここはいつもいつも混んでいる人気のお店です。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2011.05.05
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ローズマリー剪定、自宅BBQ、池の掃除
ローズマリー剪定庭のローズマリーが奔放なことになっている。その他にもアオキとかハナミズキとかが奔放に伸びてしまっているので、午前中一段落してからばっさりばさばさと剪定をすることにした。小一時間働いて、とりあえず伐るものを伐ってしまって、あとは小さくばらして家庭ゴミの袋につめるだけ（こちらのほうが面倒くさい）となったところで、今日は自宅BBQの日です。自宅BBQというわけで、ここで、最近Yokotaがゲトした、ドイツ製の個人用BBQグリルの登場なのでした。ドイツ製ミニバーベキューグリルContent コンテントMini BBQ ミニバーベキューYellow×Gray イエロー×グレーこれ。使った感じは、１。意外とコンパクトで焼く面積は狭い。２。でも家族４人（大人２＋子供２）くらいならば余裕でなんとかなる。３。蓋も底（炭うけ）も球形。４。炭うけの部分の底は浅いので、大型の炭だとあまり数が入らない。５。そのせいもあり、炭と食材が接近しすぎる印象あり。高さを稼ぐ工夫必要。６。球形の底のグリルの輻射熱はかなりのもので、少ない炭でも火力は強い印象。７。そのせいもあり、思いのほか炭が余る。エコ。以前冷凍しておいたイワナ三匹焼いて、ローズマリー塩を刷り込んだ豚を焼いて、あとフランクフルトとホイル焼き野菜とコーン、という簡単なお昼ごはんで、大人も子供も大満足、でした。ローズマリーの挿し芽午後、散らかした剪定後の木々を、小分けにして捨てる作業。ローズマリーは大半を「ローズマリー塩」にして保育園のバザー出品物にするらしいのですが、回収しそびれた枝から、新芽を10cmくらい切り取り、それを余った植木鉢やプランターにどんどんさしていく作業をしました。うまくすればそれらも根がついて、数ヵ月後にはバザーで苗として出品できるかも、と期待です。生命力が強いので、乾燥さえ避けられれば、きっとはえてくるはず。池の掃除・池の近況しばらく放置していてアオミドロだらけになっていた、庭の池も大掃除。でもって、現況を確認。住人は・金魚 １・アカヒレ ４・クロメダカ 確認できずと、こんなかんじでした。残念。というわけで、水質改善のために近日中にホテイアオイを入れて、あと、魚も増やす予定。ブログ村でローズマリーの育て方のブログを探してみる
2011.05.04
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クローズドフェイスリールを探せ！！
クローズドフェイスリールを探せ！！GW後半に平磯海釣り公園に釣り＆BBQで出撃することが決まった。平磯は水深が7mくらい、釣り場は直下を攻めるのがポイントである。ということで、トラブルの少ないリールを5歳のJに使ってもらうということで、知恵を絞ってみた。その結果、思いついたのが、今は懐かしのクローズドフェイスリールである。 ダイワ(Daiwa) カーボストライカーST（CARBO STRIKER ST） ST-10 (00210602) ダイワ(Daiwa) カーボストライカーSTー20 (00210603)ダイワ(Daiwa)スピンキャストST-20現在、ダイワはカーボストライカー（レバー方式、レバーは人差し指で操作、スピニングのように持つ）とスピンキャスト（親指リリースボタン方式、ベイトリールのようにセットする）の二系統を、製造販売を継続している模様。というわけで、京都の市内の釣具店の電話番号リストを準備して、かたっぱしから店内在庫の有無を確認すると・・・３件目で発見、右京区西院のフィッシングトライ様、感謝です。というわけで、カーボストライカーST-10をゲット、ついでに210cmの柔らかい波止用コンパクトロッドも購入し、J専用リール＆竿を襲名させる。自分専用のリールを手に入れてテンションだだあがりのJ。平磯が楽しみになってきた！クローズドフェイスリールは初心者用で、釣力は弱い代わりに操作が超簡単、ライントラブルも起こりにくい。はたしてJは使いこなせるのだろうか？ブログ村で釣り・リールのブログを探してみる
2011.05.03
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森のようちえん 最終日
森のようちえん 最終日朝から雨が降っていた。Jは雨具で完全武装して、最終日も森へでかける。今日は、宿から近所の森にいって、森の中のちいさな広場を整備したりして遊ぶらしい。行ってらっしゃい！しいたけ子供から開放された親のためのプログラム。ひとつは、暖炉のまわりで雨の日の育児トーク。もうひとつは、入口付近の広間に大きなブルーシートを展開して、しいたけとなめこの植菌作業。小楢と桜の丸太に等間隔で穴をあけ、しいたけとなめこのタブ木（菌種）を等間隔に押し込んでいき、木槌で埋め込んでいく。交代で約1時間ちょっとの作業。それから、その原木をネコグルマにのせて、宿から近隣の森の中に設置しにいく。気温、13度、小雨。この設置場所が、夏になったらどのような気候環境になるのか読めない。はたして、野外設置の原木栽培が成功するのかどうか、まったくのチャレンジだという。おもしろい。清里のソフトクリームみんなでボックスにはいったお弁当を広間でたべながら、終わりの会。でもって、先生方から子供たちに記念品（ネームカードプレード）贈呈。みんなにこにこ、でもちょっとさびしい、のお別れ会だった。帰る前に、少しだけ観光。ここまできたんだからソフトクリームは食べてから帰ろうよ。Piyotaには清里ソフトクリームには因縁があるのであった。雨の中央高速と小牧途中下車午後２時ころに、清里を出発して、中央高速の運転は途中までPiyota担当。DVDなどを適宜かけていたのだが、雨のためか、3人とも熟睡。ときどきものすごく豪雨になったのだがめげずに、小牧まで来て途中下車。Piyotaは明日、あたらしい職場で一仕事あるのだ。それが名古屋なので、小牧で途中下車。みんなで王将に入って、一緒に晩御飯して、小牧駅そばのビジネスホテルでPiyotaを落として、3人は一路京都へ。途中、渋滞しそうではあるのだが、そこは我慢・・・気をつけて帰ってください。楽しい一日でした！ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2011.05.01
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