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二日連続で日帰りで名古屋なのであるあいかわらず暑い9月だ。いろいろ事情があって、急遽名古屋なのだ。昨日も来たというのに。そんなこんなでいろいろへろへろである。夜、ラボ後輩のI先生が、晩ごはんにつき合ってくれた。本当は鰻のおいしいのを食べて元気を出そうと思ったのだけれども、目当ての鰻屋さんは休業日。ということで、手羽先でビールを飲むことにした。んまかった。ひさしぶりにいろいろと話した。面白かったしアイデアも湧いたのだが、I先生のサンプルを構造決定して共同研究をする、という話はなかなか先に進まないのであった。というのは、試料がとけないからである。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.09.28
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天然変性班会議@名古屋今日は名古屋大学で班会議。新幹線に乗る前に文房具屋さんによる時間があったので、2011年のRyuryuの17ヶ月スケジュールブックを購入する。Piyota家の定番商品である。大きくて薄くて使いやすい。お昼はイタリアンレストランで前菜とパスタのセット。名古屋は神戸周辺にくらべて絶対に食が充実していると思うのだが。班会議は・共同研究のためのK先生によるセミナー・天然変性タンパク質のアノテーション進行状況の確認とあいまい例の精査・O先生の論文作成を支援するための特命チーム結成夜、京都に帰着後、まだまだデスクワークがてんこもりなので、某所にこもってのこりを片付ける。晩ごはんはハマムラの鶏ラーメン@京都駅。テーブル席に団体が入って、なんか宴会をしている感じで、店員さんが酔っ払いの対応に終われている。餃子がラーメンを食べ終わったころに出てくるという、ラーメン屋さんとしては手痛い減点ポイントで、ある。ラーメン屋で宴会するほうもするほうだが、今回は一人だったからよかったけれども、小さい子供連れとかでは、ちょっと訪れ難いお店という感じであった。残念!ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.09.27
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琵琶湖・北小松でBBQ保育園の友だちたち計6家族で、琵琶湖の北小松でBBQである。今回の収穫:西大路の上州屋釣り具で、赤虫エサを売っていること。しかも意外とやすいこと。というわけで、カネヒラなどのタナゴ類が釣りたくて、赤虫のエサを持参して、早くから琵琶湖に行ったのだが・・・結果はボウズ。鮎の稚魚などの接岸は多いものの、遠浅なこともあり、魚は一匹も釣れず、やれやれであった。今度こそ、琵琶湖で、バス・ギル以外の魚を釣るっ!ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.09.26
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本日の読書幻想譚グリモアリス 6 かくてアダムに祝福を 富士見ファンタジア文庫 海冬レイジ著 バクト!で、ラノベに賭博小説と倒叙トリックによる謎解きミステリーを持ち込んだ、実験小説家風味の強いラノベ作家海冬レイジの長編シリーズ「奇想譚・幻想譚グリモアリス」がついに堂々完結である。全9巻になるのであろうか?途中「富士見ミステリー文庫」レーベルが消滅したこともあり、二つのレーベルにわたってのシリーズ構成となった本シリーズもまた、実験小説なのである。一時期、ゲームノベルという分野があった。短い断章から構成されている本で、各断章ごとに選択肢があり、読者が選ぶ選択肢によって、つぎに飛ぶ章がことなる、というわけである。本書の構成はややそれにちかい。ただし、選択肢は常に一通り。単に、物語全体が断章化されていて、それが時系列をわざとみだした形で提示されていて、ただし整合性のために、各章の添え字に、時系列にそったシリアル番号が振ってある、というわけである。その仕掛けに気付かずに読むと、急に話がとんで、おやっ、と思う。だが、そうやって、おやっと読者に思わせることにより、読者をいきなり緊迫した戦闘シーンや、濃厚なツンデレラブシーンに引き付けることができる。起→承→転→結とのんびりとシリアルにやっていると、最近のゆとり世代読者やせっかちなサラリーマン読者は、飽きてしまって途中で文庫本をぽいとすてるかもしれない。だとしたら、前倒しで少しくらいクライマックスを先取りしておこう・・・、こんな思惑が作者にあったのかどうか・・・。ともあれ、その試みは対多数成功であったといわざるを得ない。だがともかく、破綻なく物語は進み、クライマックスに突入し、人間界の綻びは繕われ、そして病的シスコンの主人公誓護は、ツンデレ女王アコニットの魔の手に落ちて、物語は大団円を迎えたのであった。海冬氏の次回作にも期待!とここで書きたいところだが、そういえば新シリーズはじまってましたね・・・ではまた!ブログ村でおかざき登氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.09.25
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そういえばNMR討論会の要旨締切が・・・ぐはっそうです。あたりです。NMR討論会の要旨の締切があるのです。どうせポスター審査員とか座長とかを依頼されて、PiyotaがNMR討論会をサボる、という選択肢はまったくないわけなので、いくのならばせめて成果発表もしよう、と。論文もreviseだけれども受理されそうな気配濃厚だし(いやそれはあまりに楽観的なんだけれども、楽観的でもなければこんな商売そう何年もやってらんないしっ!)というわけで、じゃあ、このこないだ投稿した論文のネタにしましょう、というわけで、申し込んだのでした。そうしたら 口頭発表に昇格をを。口頭になるのかポスターになるのかで、話すイントロとかの内容もかわります。要旨もかわります。というわけで、その情報がくるまで要旨がかけなかった(と言い訳をしてみるテスト)。そんなわけで、今日一日大慌てで要旨をかくことになってしまったのであります。実は数日後にプレゼンやらその他の書類の締切やらを控えていて、おおわらわ(わらわら)なんだけれども。第49回 NMR討論会 @タワーホール船堀 ブログ村でNMR討論会のブログを探してみる
2010.09.24
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論文revision通知まあいろいろあるのだが、学会会期中にこういうメールがくることはよくある。どうやら、今回はminor revisionのようである。minor revisionといえども、微小な実験は追加しなければならないので、reviseに二ヶ月かかってしまうのであるが。この投稿した雑誌は、数年前からrefereeが二名のはずであるが、コメントが一人分しかないということは、きっともう一人は非常にポジティブなコメントだったのだろうと考えられる、と楽観的にみることにする。うれしいなぁ。夏の間苦労して構造解析して精密化してBMRBとPDBに登録した某蛋白質のN末端ドメインの構造の論文が、うまくすれば年内に日の目を見そうである、ということなのである。なお、今回の論文投稿の御守りは、「比叡山延暦寺 学業増進御守」である。頑張れ比叡山。科研費の申請を行っていると、業績欄に空白がめだってまったくうれしくないのである。2010年は、頑張ってたくさんの業績を連ねる年としたいものである・・・というわけで、いまも、申請書をほったらかしにして、論文投稿の準備をしているのである。ともかく頑張るぞ~reviseも頑張るぞ~ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.09.22
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天然変性タンパク質が若手の研究者のテーマとしてふさわしい7つの理由生物物理のシンポジウムのオーガナイズの席で、つたない英語でconcluding remarkとしていいたかったこと。若手生化学者・タンパク質科学者・構造生物学者諸君! 天然変性タンパク質の研究をしよう!がんがんしよう!なぜなら、天然変性タンパク質の研究は、若手がこの業界に参入するのにふさわしいすばらしい七つの理由があるからなのである、なんちって♪。ついでなんで、いい気になってこの7つの理由を以下に列記する。1.新しい概念で、一部はいまだ未定・不定で、かつ不完全な学問分野である。従って、新たな視点で参入してくるフレッシュな若手が大ブレークしうる余地がふんだんにある学問分野である。なぜなら、これから新しいことがばんばん出てくる研究分野なのだ。2.それと関連しているかもしれないが、天然変性タンパク質の学問領域では、まだノーベル賞が出ていない。Anfinzenをのぞけばprotein folding研究の分野でもノーベル賞は出ていない。出ていないということは、これから出るかもしれないということで、Poyotaの予測では10年以内。なので、既にノーベル賞が出てしまった分野で「守勢」に入るよりも、精神衛生上よいかもしれない。3.いろいろな分野からの切口がある、つまり「なんでもあり」の状況である。生化学・分子生物学・構造生物学・分光学・生物物理化学・フォールディング・プロテインエンジニアリング・バイオインフォマティクス・シミュレーション・プロテオミクス・システムスバイオロジー・シンセティックバイオロジー。自分の得意分野を切口に参入しやすいというのは、若い人に特によいかもしれない。4.いろいろな分野の人が参入してくるので、いろいろな(専門外の)分野の勉強ができる。たとえば、変性状態を理解するためには、タンパク質構造や熱力学を勉強しなければならない。リンカー予測を理解するには、ドメインを理解しなければならない。天然変性タンパク質は、「図と地」の関係で一般的なタンパク質科学の全てを内報しうる。たくさん学ぶことがあるなんて、素晴らしいことじゃないか。5.同じく、いろいろな分野の人が参入してくるので、様々な自分の専門以外の分野の研究者に共同研究者が増やせるかもしれない。今日びの最先端科学は、「自分だけでなんとかなる」「自分の出身ラボの関係者だけでノウハウを独占してトップを独走できる」なんてわけには、そう簡単にはいかない。日本の研究者は「草の根」的共同研究が苦手かもしれないが、天然変性研究ならそれができる!(かもしれない。)6.そんなわけで、天然変性タンパク質の学問分野は、刺激的である。わが国における学究のイメージは、「沈思黙考孤高の深化研究(悪くいえばタコツボ)」であるが、欧米において、科学の本質はディスカッションである、といってもよい。若い分野に参入してきた若い才能たちが、活発に議論をかわす、そんな光景が、生物物理学会(今回)に限らず、天然変性関連の学会やセッションで何回も見られている。それはあたりまえで、健全で、そして貴重なことだ。7.しかも天然変性タンパク質の研究内容は、タンパク質科学に興味を持っていない『いっぱんのひと』には、その魅力を極めて説明しにくい。まったく説明できないといっても過言ではない。昨今、予算獲得のためやら事業仕分けのせいやらで、科学者の研究成果や重要性を『いっぱんのひと』に説明する必要性と責任が日に日に増大している。科学コミュニケーションは21世紀を科学者が生き残るための必須のスキルなので、天然変性タンパク質研究者は、得がたい経験ができるであろう。そんなわけで、天然変性タンパク質の研究は、当分おもしろいのだ。ブログ村で天然変性蛋白質のブログを探してみる
2010.09.21
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仙台へ!今日より仙台にて生物物理学会である。委員会と座長が一軒ずつあるので、仙台まで向かうが、ぼやぼやしていて格安の航空チケットをとりそびれてしまった。くやしいが新幹線で向かう。いろいろな人に会い、いろいろな話をするが、セッション・シンポジウムは結局聞かず終い。こんなことではいけないのだが。委員会終了後、東北大のK先生、名古屋大のO先生、ノンチャン先生、ノンチャン先生の師匠のN先生という、超濃い面子でK先生ご推薦の日本酒のおいしいお店に行った。委員会で弁当をいただいたので、あとは飲むだけ、なのである。日本酒、めっちゃおいしいございました。なお、K先生が、能瀬の銘酒「秋鹿」ファンであることが判明。秋鹿、Piyotaも好きです。N先生は、明朝朝一番から、生物物理学会で「ゲリラ講義」をなされるのだそうで、早めに引き上げないと明日が大変、と仰っておられた。お疲れさまです。本日一番の収穫は、阪大蛋白研のK先生とじっくりと議論できたことであった。何が問題かというとBMRBデータベースの今後のありかた、についてなどである。実は、同じ問題がPDBでも起こっているということをN先生が飲み会中に補足してくださった。それによると「PDBにおいてデータの著作権についての議論は”禁句”」なのだそうだ。明確に規定がないか、あっても故意に無視する形で、パブリックにしてしまったというのが実状である。これに関して、ゲノムデータなどとはやや事情が異なるらしい。しかしそれでも、PDBは全国の構造生物学者たちのボランティア精神によって、着々とエントリー数を伸ばしている。その結果、それを利用して統計をとったり予測したり創薬をしたりする「二次生産者」「三次生産者」が現れて、一大学問領域となるに至ったのは素晴らしいことである。方法論開発者・装置メーカー (0次生産者) ↓NMR屋・結晶屋・電顕屋 (一次生産者) ↓座標データ(一次生産品) PDBに登録 ↓構造インフォマティクス (二次生産者・加工者) ↓インフォマティクス手法開発・創薬・タンパク質工学・分子進化・合成生物学 ↓(最終製品、たとえば医薬品) ↓消費者こうしてみると、一大産業である。波及効果が大きいせいで、構造生物学全体が加速され、それは0次生産者にまで還元されているわけである。さて、NMR構造決定するときには、座標データと同じくらい大切で、同じくらい作成に難儀するのが側鎖を含めた全アサインメントの帰属データ(化学シフト情報)である。しかしNMR屋 ↓化学シフト情報・緩和情報 (BMRBに登録・・・めんどくさいので誰も登録しないで廃棄) ↓二次生産者の不在 ↓新たな方法論・利用法・理論解析の不在これがNMRのかかえる構造的不可能性の一端である。誰も種をまかない、畑を耕さない、だから花も咲かない実もならない。既存の枠組にこだわらずに、新しい畑をつくってしまうのはどうか、というのもひとつの提案である。でもまあみなさん、とりあえずBESSという少しは使い易いプロトコルができたので、みんなめんどくさがらずにBMRB登録しましょうね。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.09.20
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蛋白質の機能-構造相関解明のための精密構造解析とその方法 ~水素原子から細胞まで~!!場所 大阪大学蛋白質研究所(吹田キャンパス) 1階講堂日時 2010年10月6日(水)~7日(木) 【世話人】 玉田太郎((独)原子力機構)、永野真吾(鳥取大)、海野昌喜(茨城大)、栗栖源嗣、中川敦史、鈴木 守(阪大・蛋白研) 【連絡先】 海野昌喜 茨城大学フロンティア応用原子科学研究センター Tel: 029-352-3239 Fax: 029-287-7872 鈴木 守 大阪大学蛋白質研究所 Tel: 06-6879-8637 Fax: 06-6879-4313 ◆ 参加費無料(懇親会は有料)、事前登録不要 共催:茨城県中性子利用促進研究会 生命物質構造解析研究会 創薬研究分科会 および機能性タンパク研究分科会 第1日目 10月6日(水) 午後1時~* 所長挨拶― 13:10-15:10 水素原子可視化への挑戦 (座長:栗栖源嗣 / 鈴木 守) ―* 中性子とX線を相補的に用いたタンパク質中の水素原子観測 玉田太郎 ((独)原子力機構・量子ビーム応用研究部門)* 茨城県生命物質構造解析装置による初のタンパク質構造解析 日下勝弘 (茨城大・フロンティア)* 高エネルギーX線を利用したタンパク質の超高分解能構造解析 清水伸隆 ((財)高輝度光科学研究センター)* 高電位鉄イオウタンパク質HiPIPの超高分解結晶構造 三木邦夫、竹田一旗 (京大院・理)― 15:30-17:00 精密構造解析のための良質な結晶作成技術 (座長:玉田太郎) ―* タンパク質の良質結晶ならびに大型結晶の育成技術 松村浩由 (阪大院・工)* タンパク質の高分解能構造解析のためのサンプル調製と結晶化 伊中浩治 ((株)丸和栄養食品)* 抗体を用いた膜蛋白質の結晶化 日野智也 (京大院・医)― 17:30-19:30 懇親会 ― 第2日目 10月7日(木) 午前9時~― 9:00-10:30 精密構造と計算科学 (座長:中川敦史) ―* HiPIP活性中心の電子状態と水素結合の効果 -量子化学計算からのアプローチ- 北河康隆 (阪大院・理)* タンパク質機能の理論解析 舘野 賢 (筑波大・計算科学研究センター)* マキシマムエントロピー法を用いたタンパク質構造解析 西堀英治 (名大・工)― 10:45-12:15 結晶学に相補的な手法を組み合わせて1 (座長:永野真吾) ―* 二重殻ウイルスの合成工場バイロプラズマの構造とウイルス複製 大村敏博、秋田総理 (中央農研)* 準安定な分子複合体から構造情報を得るための戦略とその応用 神田大輔 (九大・生体防御医学研)* In-Cell NMRを用いた蛋白質の細胞内動態の解析 伊藤 隆 (首都大東京・理工)― 13:30-15:00 結晶学に相補的な手法を組み合わせて2 (座長:海野昌喜) ―* 低温電子顕微鏡法による生体超分子の構造解析 米倉功治 ((独)理研・放射光科学総合研究センター)* インドールアミンジオキシゲナーゼの反応中間体活性部位の構造解析:共鳴ラマン分光法 小倉尚志 (兵庫県立大院・生命理学)* インドロカルバゾール生合成酵素の構造と機能 永野真吾 (鳥取大院・工)ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.09.16
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タンパク質の一生・タンパク質社会の班?会議特定領域研究「タンパク質の社会」ISPC-Nara2010、が奈良にて開催されていたらしい。領域のホームページなどには掲載されていたが、そうそうたるメンバーが全国から集まっていたにしては、closedな雰囲気で開催されたようである(班会議なんだから、あたりまえ、か)。品質管理やトラフィックやユビキチン化なども含んだ一大ソサエティーであるが、なかなか新参者は参入しにくい雰囲気があるなあ。Chris Dobson 教授講演会そんなわけで、本日、急きょ、Chris Dobson先生の講演会が開催されたのであった。一時間半のセミナーは、最初のイントロがやや退屈であったが、後半は非常に面白くてしかも勉強になった。さすがDobson先生。Dobson先生、来年か再来年にノーベル賞とられないかな? しかし事情通のDH先生によると、Dobson先生はむしろ化学領域でのノーベル賞を選考したり推薦したりするする諮問委員の一人なのだそうだ。そこまでエラい先生なのだ。特に興味をひいたのは以下の話題である。SH3 domain swapping fibril / gelamyloid membrane penetration and toxicityprotein solubility limit and disease hypothesis (Luheshi et al, PLoS Biol e290)single nuclei behavior of Ab amyloid formation (Orte et al., PNAS 105)collaboration with T. Hard, affibody technique (Luheshi et al., PLoS Biol, e1000334)余談だが、Torleif Hardというヒトの研究は面白い。Pluckthunと合わせて、タンパク質工学・合成生物学の二大発明家だと思うのはPiyotaだけだろうか?いずれaffibodyとDarpinのまとめ記事でも書こうと思う。ブログ村でアルツハイマーアミロイド関連のブログを探してみる
2010.09.15
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本日の読書 ヘヴンズ・ダイアリー 002 富士見ファンタジア文庫 直江ヒロト著 「壮大な宇宙を背景にしたスケールの小さな物語」の第二巻である。天然ぼけぼけ娘織咲天翔は、宇宙の最重要の難問「愛の真理」の回答を知るものとして、全知全能の自動日記「ヘブンズダイアリー」に認定されてしまう。目下のところ、多くの天使たちが天界を追われて堕天してしまった原因は不明であり、創造主である神は長らくの不在であり、この「愛の真理」が解明されなければ堕天使たちは天界に戻れない、という設定のもと、堕天使ユトエル(遊斗)は天翔の護衛をする羽目に。ついでに権天使ガブリエル(遊斗の元カノらしい)やメタトロンも天翔の護衛をすることに・・・一部の天使や堕天使が、天翔のことを気に入らないのである。天界のスーパースターてんこもりの、おとぼけラブコメなのだっ!さて、今回もこのお話は脱力系である。天翔を狙うのは今回は異星人の王女とその側近。遊斗とガブリエルの無敵の連携コンボを、いともあっさりといなすその必殺技は、絶対零度のオヤジギャグ。この脱力っぷりにはついていけないのだ。だがまあ、こういう理屈抜きでぼんやりとほのぼのと読めるのは、ラノベのよいところなのであろう。というわけで☆☆☆☆の星4つ。次回に期待。なお、直江氏のもう一つのシリーズ夏海紗音の不思議な世界シリーズよりは、たぶんこっちのほうがおもしろいし楽しめる、と思う。ひとそれぞれだけれども。ブログ村で 直江ヒロト氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.09.12
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土曜出勤・来客対応・内緒話と身の上話神戸に突然、構造生物学関係者の大御所の先生がお見えになることになり、Piyotaラボの見学がてら、Piyotaたちの最近の研究などを聞きたいと仰るので、対応申し上げる。実は、国内の構造生物学者で、学外の人で、うちのマシンをきちんと御案内さしあげたのは、この大先生が最初なのであった。一体全体これまでPiyotaたちは何をしてきたのでしょうか、みたいな、みたいな。で、研究の話をしたついでに、とてもいい機会なので御厚意に甘えて、Piyotaの研究上の身の上相談もしてしまうのであった。つまり・うちの研究科の偉い人達は「○○の研究では世界で10指に入る」「○○の研究では国内随一」のような看板をもつような研究をしろ・そういう研究ができて、国内外で認知されて、はじめてテニュア教授の資格が得られると仰るのだが、もしPiyotaがそういう研究に注力すると、・「うちのラボは○○が専門なので、△△に関する共同研究はちょっと」となってしまい、構造生物学を担う唯一の分野であるというfunctionalityに滞りを生ずるかもしれない。しかも、それよりも深刻なのが、昨今の生物学における研究の進度と流行の移り変わりは生き馬の目を抜くようなので、「○○の研究一本」では継続的に潤沢な研究費を確保しつづけるのが、特に厳しいということである。ライバルがいないような構造決定が困難なサンプルを○○に選んでしまうと、結果が得られないまま数年が過ぎて予算はいずれ切れる。かといって、一桁年内に決着がつきうるテーマを選ぶと、自分らが構造解析に成功しようが、よそに先をこされようが、いずれにせよいつかはテーマを変えなければならない。そうならないように研究テーマを、より普遍的な問題設定にしているのが、Piyota流である。基本的には、マルチドメインタンパク質の細胞機能を、ドメインを漢字の部首にたとえて、あたかも漢字を理解するように理解できるようになりたい、というのが大テーマなのである。とすると、ヒトゲノムの七割、およそ17000遺伝子はPiyotaの研究テーマになんらかの意味で含まれることになってしまう。そんなやりかたの研究をしていては、とうてい「○○の専門家」の看板はもらえない。さあ、どうしよう?そんな愚痴をながながと聞いていただく。大先生、どうもありがとうございました!きっと御迷惑だったに違いない。本当に、ごめんなさい。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.09.11
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新学術領域「天然変性」若手育成講習会横浜市立大学鶴見キャンパスにて「天然変性」のバイオインフォマティクス講座が開催された。本日は、講師の遺伝研の福地先生のワンマンショー・オンステージ。主要な天然変性領域の予測サーバの予測の原理、利用法とその出力の読み方、全体の出力の予測の傾向などを徹底比較するという、非常に内容が濃く、かつ実戦的な講習会であった。Piyotaは、マイク係兼パソコンサポート係補助、という位置づけである。一日、実に楽しかった。なお、天然変性では領域外の人も含めて、若手のNMR講習会をH23年3月に阪大蛋白研で開催予定で現在企画が進行中である。check it out !備忘録ビルド済みPyMOLがアカデミックフリーで利用可能に.最新版1.3r1のLinux, Windows, Mac版がダウンロード可能.http://pymol.org/educationalブログ村で天然変性タンパク質のバイオインフォマティクス関連のブログを探してみる
2010.09.10
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ちこくちこく~~!!今日は、東大薬学部で、分光学会のNMR部会のシンポジウムである。朝、新幹線に乗って、なんとか9:30に東京駅にたどり着く。早くいかないと最初の演題に間に合わないのである。というわけで、食パンをくわえて、ちこくちこく~~とさけびながら、地下鉄に乗って本郷三丁目を目指したり目指さなかったりする。実は、薬学部講堂にいくのははじめてなのであった。なお、Piyotaの順番は午後一発目。午前中は大人しくお勉強。カレーおひるは欧風カレー プティフ@本郷三丁目交差点。 学会の事務局の人にきいたら、速く食べれる学外のお店ということで教えてくれた。午前中の二演題があっというまに一時間の時間超過で、座長の先生が青くなっているなか、昼休みを短縮して時間調整ということで、午後一のPiyotaの、昼食寛ぎの時間が奪われたのであった。悪夢ふたたびさて、今回の講演内容は、昨年のNMR学会のチュートリアルで本来やるはずだったSOFAST-HMQCの原理の理解のための基礎講座。チュートリアルではSOFASTの話をいっさいせずに、もっと基礎のNMRの話で終わってしまったのである。なので、その雪辱というか罰ゲームというか、そういう講座なのだった。さて、基礎なので、なるべくわかりやすく丁寧に説明する。と、いつのまにかあっというまに40分が経過。おかしいなあ。後半でケミカルバイオロジーの話をするはずなのに、それがいつのまにかどっかにいってしまった。レジメに入れておいたのに、後半半分をまったく説明せずに、セッションクローズ・・・これは、昨年の悪夢の再来である。関係者の諸先生がたに、「じゃあ、次回のシンポジウムでそのトピックの講義を」と言われる。なんてこったい。情報交換は重要さて、会場で、横浜市大のT教授から、water-LOGSYをきれいにはかるためのpulse programの改良のコツを伝授していただく。すばらしい。情報交換は極めて重要だ。経験者の先生から、わずか3分コツをおしえてもらえるかどうかで、研究の成否が大きく左右されるのだ。しかも、プロは、それを短時間で教えるという教授のノウハウもお持ちである。感激しました。T先生、本当にどうもありがとうございました。ビールのお店、講習会の企画シンポジウムが終わったので打ち上げ会場に移動である。お店の名前は失念してしまったが、ビールがおいしいお店であった。阪大の児嶋先生が、「教えたい人が教えたいことを教えるためのスパルタ式NMR講習会を立ち上げましょう!」という、とっても素晴らしい企画を聞かされる。シンポジウムが終わる前に、分光学会会長の西村先生から、学会の資金難を救うべく、企業の人などを対象とした有償のNMR講習会を企画して来年度何回か実施してほしい、という要請をPiyotaも児嶋先生も他の先生も受けたのであるが(そういえば日本核磁気共鳴学会会長の嶋田先生もおられた・・・東大薬学部だからあたりまえか?)、それはそれ(Piyotaがお金儲けなんかに向かないのは、みなさま御存じでしょうに)。(でもぼちぼち企画はするけれども)。児嶋先生がどんな過激な企画をだされるのか、とっても楽しみ。痛車計画さて、そうこうするうちに、二次会に移動の時間となる。さきほど、ノンちゃん先生からメールがあって、明日神戸で飲まないかと誘っていただいたのだが、明日までPiyotaは関東なのだ。で、しかも、ノンちゃん先生のオフィスの最寄駅から5分のところに既にいるのである。というわけで急遽、今日飲む方向でスケジュール調整いただいた。東京八重洲で「寿司の食べれる居酒屋」で寿司をつまむことにする。でもって、Piyotaがしきりに、ノンちゃん先生に(1)車をかう(2)車を痛車にする(3)柄は天野こずえ作品でいく、ことを強烈にプロモートする。却下されたけど。ブログ村で日本分光学会NMR部会関連のブログを探してみる
2010.09.09
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本日の読書 嘘の上で天使は何冊マンガを読めるか?2 富士見ファンタジア文庫 ひびき遊著 パスティス(仏: pastis)はフランスのリキュールの一種。パスティスの名は仏: se pastiser(似せる、まがい物の意。パスティーシュと同語源)に由来する。パスティスは元々、ニガヨモギを加えて作る香草系リキュールアブサンの代替品として生み出された。ヨーロッパでは1915年にアブサンの製造・流通・販売が禁止されたため、ポール・リカールによりアブサンの製法を改良してパスティスが作られた。その後ペルノー社など、アブサン製造元であった多くのメーカーで製造されるようになり、現在に至る。マルセイユ産のスターアニスと、リコリス、フェンネル等のハーブにより風味付けされている。マンガ家を目指す久保田千太郎のもとに、社会常識皆無の天使パスティスが降臨し、マンガ書きにはなんのご利益もない特殊能力「他人の嘘を見抜く力」を与える、という、高校のマンガ研究会を舞台とした、はっぴーほのぼのオタク系コメディーである。超能力をもった美少女が押し掛け居座るという点で、「うる星☆やつら」「ああっ女神さま」「ニャル子さん」などの王道マンガ・ラノベを彷彿させる設定なのである。登場人物の名前は基本的にお酒の銘柄からとられているようだ。とすると、一条ゆかり「有閑倶楽部」へのオマージュも一部入ってくる。ただし主人公がディープな昭和時代のマンガおたく、という設定なので、展開するものがたりは大分様相がことなってくるのであるが・・・・まあ、そんなことはどうでもいい。今回第二巻の特筆すべき点は、「ゆうきまさみ 究極超人あ~る」へのオマージュとなっている点である。(参考画像 究極超人あ~る)究極超人あ~るは、1985年(昭和60年)から1987年(昭和62年)にかけて「週刊少年サンデー」(小学館)において連載された、ゆうきまさみによるSF学園コメディで、第19回星雲賞マンガ部門受賞している。万能工学博士成原成行が作成した超高性能アンドロイド「R・田中一郎」を一見主人公としつつ、その実態は、戦うセンパイ鳥坂司の傍若無人無敵無敗っぷりを描いた爽やかな青春SFマンガであった。鳥坂センパイの名セリフ「人間、負けたらまけだぞ」を座右の銘としている格闘家は多い。また当時の少年たちで、マッドサイエンティスト成原成行をリスペクトして工学博士になった人は数知れない、といわれる。彼らのほとんどは、その後ヒト型二足歩行ロボットの製作に携わり、パトレイバー、ガルディーンなどの数多くの名機を生み出したのだが、それは今回の話とはあまり関係がない。ひびきが、作中でゆうきまさみにオマージュをささげているのは、あ~るのものがたりのクライマックスである「光画部部室攻防戦」である。暴虐生徒会長西園寺まりいの陰謀により、部室を執行部にとりあげられそうになった光画部は、サバゲールールによる攻防戦を提案し、のちに「光画部の一番ながい日」作戦といわれる籠城戦を展開し、散った。今回、総合格闘技部の僕っ娘に部室接収の危機にさらされたマンガ部は、この故事を引用し、サバゲーによる部室攻防戦を提案するのであった。というわけで、・究極超人あ~る ・サバゲー ・僕っ娘などが好きな人にはお勧めの一冊である。ひびき遊、GJ!あわせて読みたい小学館文庫版 究極超人あ~る 5巻セットこのエントリーに興味がある人は、ツイッターで以下のボットをフォローしています。R田中一郎ボット鳥坂司ボットとほほ。日々杞憂 ひびき遊先生のブログ発見!!わーい。ブログ村でひびき遊を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.09.07
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会議の日、である。怒り爆発のクソ会議であった。いろいろ組織の体制に問題があるのであろう。組織の構成員も、いろいろ。意識もまちまち。そして問題は起こるべくして起こる・・・のか?ともかく、夏に予定されていた会議は二回、主催者側の都合で流れた。今日は、その代替の臨時会議、一回目。予定されていたのとは違う議題で、延々と議論は空回り、水掛け論、その他もろもろ。終電がなくなってタクシー帰宅である。疲れた。
2010.09.06
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ふれあいコンサート相変わらず日中最高気温37度、夜中の最低気温も27度などという猛暑が続いている。今日は、午前中、ケアンズでもらってまだよくならない咳の薬をもらいに、JもNも引き連れて、耳鼻科に。それから西大路のHANAに買い物と昼食にいって、久しぶりにいろいろと買い出し。そして夕方から、恒例の養正中学校でのふれあいコンサートを観に行く。体育館にあがると、Nがとことこと周囲を歩きまわっては、愛想を振りまくのであった。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.09.04
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1. PyMolがsegmentation faultをするときはXOrg関連を再インストールするのがよいこのブログのどこかに書いてあったんだけどな。このページの左下の検索窓を使えばわかるんじゃないかな。nVidiaがどうとか、という問題だったんじゃないかな。2. PyMolの入力窓が死んでいるときの対処法は下記の二行を追加。これはPythonのlocale対応の問題と考えられる--------------------------------#!/bin/sh## PyMOL startup script## Set PYMOL_PATH to point to this directory## ================================================PYMOL_PATH=/home2/people/XXXX/tgz/pymol# ================================================#export PYMOL_PATHPYTHONHOME=$PYMOL_PATH/extexport PYTHONHOME #
2010.09.03
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最近忙しくてまったく日記がかけていない備忘録にこちらを しぇりーくらぶ@石堀小路ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.09.02
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Cyana 2.1 計算中最近、別のタンパク質ドメインの構造計算を始めている。前回のNVL2(現在論文投稿中、査読にまわって二週間経過中)の構造精密化にえらく時間がかかったことを後悔しているので、今回はいかに手際よくやるのかを自身に課している、といったところ。ただし、なんとなくコツがわかってきた。結局、キモは13C-edited-NOESYと13C-HSQCのピークから、化学シフトのずれがいかに少なく、正確にピークを拾えてそれが化学シフト表になっているか、13C-edited-NOESYのピークをいかに上手に拾うか、にかかっているようなのである。少なくとも、13C-edited-NOESYと13C-HSQCは、同日に測定して、同じパラメータで化学シフトカリブレーションをすることが、絶対条件である。当り前なんだけれども、これがなかなかできない。計算時のマシンスペック比較ラボのメインマシンの-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:23 final.pdb-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:22 cycle7.pdb-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:20 cycle6.pdb-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:19 cycle5.pdb-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:17 cycle4.pdb-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:16 cycle3.pdb-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:14 cycle2.pdb-rw-r--r-- 1 piyo users 1013696 9月 3日 19:12 cycle1.pdb計算時間をls -ltで結果ファイルのタイムスタンプで評価Intel(R) Core(TM) i7 CPU 860 @ 2.80GHz100aa の構造計算をおよそ12分くらい。これを同じことをnotepc lenovo IdeaPad U350で行うと、こんな感じ。やはり4倍も遅い、というべきか。-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:45 final.pdb-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:38 cycle7.pdb-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:31 cycle6.pdb-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:24 cycle5.pdb-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:17 cycle4.pdb-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:09 cycle3.pdb-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 19:02 cycle2.pdb-rw-r--r-- 1 ideapad users 1013696 9月 3日 18:55 cycle1.pdb100aa の構造計算をおよそ50分くらい。Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU U9400 @ 1.40GHzコア数が半分で、各コアのクロックがちょうど半分で、コア設計もCore i7のほうが新しくてメモリもキャッシュも多い、という状況ならば、4.2倍の性能差は非常に妥当というところであろう。IdeaPadで一応計算ができるということもわかった。1時間弱、か。新幹線の移動時間を無駄にしなくて住むということか。悪くない。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.09.01
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