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植物園に遊びにいき雨にふられる今日はYokotaが終日仕事ということなので、JとNを連れてどこかに遊びにいくなどしなければならない。そんなわけで、京都府立植物園でぼんやりふらふらしようと思ったのである。ここは球技禁止なので、ちょっと大きな子どもたちは基本的に走り回ったりはしない。子供たちに人気なのは南門そばのキノコの児童図書館エリアと遊具である。ほかはぼんやりのんびりムード。というわけで、コンビニでドリンクを購入して、北門から入ったのだが、入ったすぐの噴水のところで、あいにくの雨に。しばらく雨宿りしていると、一時雨が病んだので、芝生大広場までいって、そこですこし遊ぶ。しかし、ふたたび雨が強くなってきたので、逃げるように車に退避となったのであった。バーミヤンでラーメンと炒飯をたべるしかたないので、北大路のビブレに避難して、お昼をたべることにする。バーミヤンでラーメンとチャーハン。Jのたべた子供チャーハンセットには、小さいゼリーが二個付いてきたのだが、それをみたNが華を鳴らしながら所望する。でもJにはキッズドリンクバーがあるので、Jはぶどうジュース飲み放題で基本的には満足したようだ。そんな優しい気持ちになったJがNにゼリーを二つともあげる、と申し出てくれた。そこで、Nにゼリーをすこしたべさせては、その合間にラーメンを食べさせ、チャーハンをたべさせ、鳥唐揚げをたべさせ、とやっているうちに、結構満腹になった模様。小さい子を連れての外食は毎回どきどきなのだった。ARIAのDVDをだらだらと見る雨で外では遊べないので、しかたないので備蓄画像メディア観賞会を開くことにする。今回は、ARIA the animationの第2巻を。見ているうちに、Piyotaは沈没。それに巻き込まれてNも沈没。Jだけが元気。晩ごはんは煮込みハンバーグビブレの食品売り場で、大きな和風ハンバーグを4個購入。大人とJはそれをふつうに食べることにして、Nはコンソメで煮込んで柔らかくした煮込みハンバーグを。まあまあ。というわけで一日、近所で過ごした日であった。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.10.31
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【本日の読書番外編】よつばと! 第一巻 あずまきよひこ台風接近のため、雨である。午前中、Yはデスクワークということで、二階に籠っているので、一階でJとNを適当に遊ばせるのである。「とうちゃん、まんがよみたい」とJがいうので、リクエストにお答えすることにして、二階のPiyotaのラノベ本棚に向かう。Jはこれまで絵本は読むがまんがはよまない子であった。ついにマンガを読みはじめるようになったのだなあ、感動。というわけで、まんがを読んであげることにする。何にしようかなあ?と本棚を見るが、まあ、当然のことながらJに向いていそうなマンガはほとんどない。釣りキチ三平はこのあいだまとめて処分しちゃったし。いうわけで今回のセレクトはよつばと! あずまきよひこ 第一巻(2003年)音読すると味がある、が、音読しにくいマンガである。でも、それでも楽しんでくれたようだ。Jと一緒にげらげら笑いながら読んだ。このマンガを最初に読んだ時といえば、2003年、まだJが生まれていないころである。作中のよつばは、まだ小学校に上がっていないわけだから、たぶん5歳か6歳であろう。Jとそろそろほとんど同い年、と考えると、なかなか感慨深いものがある・・・おっ、なんか育児blogっぽくなってきたぞ。にゅうめんをつくるお昼は、にゅうめんをつくる。出汁をすって急激にふくらむのである。マクドナルドにポテトを食べにいく午後2時過ぎに、YがNを近所の耳鼻科に連れていく。今年5回目の中耳炎である。しばらくしてから、Jをつれて耳鼻科まで様子を観に行ってみるが、まだ全然終っていないようだ。しばらく遊んでいたが手持ちぶさたなので、道を反対側に渡ってマクドナルドでJとふたりでポテトを食べた。ばんごはんは豚汁をつくるその後、JがDVDを見たがったので、先日購入した"BBS-Life"をかける。これは、なんというか素晴らしい映像美なのであるが、Piyotaは、Jをそのままほったらかしにして、晩ごはんを作り始めることになったのであった。今日は豚汁である。ごはんも炊くのである。なんか風邪っぽいようで、すごく眠い。早々に就寝。一日子供につき合った日であった。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.10.30
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本日の備忘録朝一番で、講義に出向く。よく眠れているはずだが、体力を消耗する。今日はLineweaver-Burk Plotの話。酵素学の根幹をなす部分である。逆数にしてプロットして直線を外挿するのである。ともあれ、生化学というのは本当に学ぶことの大い学問だ。生化学・生理学・病理学・薬理学あたりが、ちゃんとしていないと、生命科学を応用に結びつけるにはきついだろうなあ。名谷地区の学生は、どうやらクスノキ地区の学生たちよりも熱心ではあるらしい。偏差値も結構たかいのだ。「精進せよ。」というメッセージも込めて、数式だらけの講義をした。きっと嫌われるであろうが、しょうがない。名谷上空のヘリうざい・・・と思ったら講義終了後、ラボに帰る途中で、名谷駅の周辺をえらく低空でへりが飛んでいる。あとから考えてみると、名谷リンチ少年殺人事件の操作だったようだ。本日の読書 影絵の騎士 大沢在昌著 大沢氏の小説は最近のものはほとんど購入して読んだつもりになっていたので、今回のこれについては失敗した。なんと、掟の街 BDTの続編に相当する小説だったのである。主人公は、私立探偵ヨヨギ・ケン。大沢の描く主人公たちの中では、一二を争うくらい、口が悪い。減らず口といってもいいくらいの、「口の聞きかたを知らない奴」である。そんなケンが、近未来のスラム化した東京の新都市「アイランド」で、そこの治安を司る特殊警察や牛耳るマフィアを相手に闘うという、ハードボイルドである。東京湾を埋め立てて、そこに新しい都市を作る、という近未来小説を、今年に入ってから都合3冊よんだことになる。ひとつが「シャングリラ」でもうひとつが「スワローテイル人工少女販売処」で、最後のひとつがこれである。どれも一長一短で、それなりに面白いが、その3冊の中で最も描写が淡々としていて「SFっぽくない」のが本書であろう。SF的未来の設定、新しい権力機構・警察機構、そこと闘うアウトローとなったら、それ相応には描写を重ねたくなるのが人情というものであろうが、大沢氏は本業はハードボイルド作家であってSF作家ではない(大沢氏にもSF風のアクション小説は多くあるが。たとえばウォームハートコールドボディとか・・・)。大沢氏は状況や風景や小物の描写には興味がない。結局、あたえられた環境で、人がどう動くか、その必然を的確に描写する。 ホテルジューシー 坂木司著 なりゆきで那覇のバイトを始めることになった「長女体質」女子大生、ヒロが主人公の、コージーミステリ。シンデレラ・ティーズという、歯科医の医療事務で女の子がバイトする話と、双子のつくり(姉妹篇)になっている、ほんわかするおもしろい短篇集である。でもって、沖縄のてーげーな空気感と、アルバイト少女の熱血正義少女っぷりのミスマッチが、和ませる。だが、冷静に思い返してみると、伏線と思しき謎(真のオーナーとかオーナー代理の正体とか)は未回収な気もするのだが・・・・続編があるのか!? そういう意味で読後感は物足りないかも。ブログ村で坂木司氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.10.29
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備忘録Phage Displayの結果をBI的に解析してみているうちに一日が過ぎてしまった感じ。途中、主体的に学ぼうとしない大学院生に、怒る。夕方、おでん就職が決まったM2の学生さんのお祝いと、科研費申請書のお疲れさま会をかねて。本日の読書はい、こちら探偵部です 電撃文庫 似鳥 航一著 ・イラストが可愛い ← 重要!!・青春ミステリーとしてはなかなか上質・主人公&名探偵の設定にはやや無理がある・文章は破綻なく読みやすい・お嬢さま学校という舞台設定があまり生きていないというか不必要というか意味不明・短編集・女の子どうしのからみが不自然おなじような筆名の青春ミステリ作家 似鳥鶏氏(代表作「わけあって冬にでる」)と混同してしまった。カラクリ荘の異人たち もしくは賽河原町奇談 GA文庫 霜島 ケイ著 ・盛り上がりは乏しく、萌え要素にも欠けるが、異世界ファンタジーとして、そして主人公の成長譚としては、極めて上質のライトノベルである。・賽河原町=あの世とこの世の交差点にあるからくり荘というあやしい下宿屋に下宿を始める少年の話。・主人公にからむ女の子の性格が、Piyotaにはちょっと苦手。ブログ村で似鶏航一氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.10.28
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タンパク質教科書 6本目脱稿に失敗今日は結局、一日、とある学術誌の査読をしていて一日が終ってしまった。夕方になってからは、それ以外のいろいろとこまごまとした重要な書類について、調べたり書いたりしているうちに終ってしまったし。とんでもないことである。やれやれである。タンパク質教科書を書く予定だったのにっ!どうして学術論文のreviewerのコメントには支離滅裂なものが多いのか?最初、その論文は、データも豊富だったし、緩和解析をきちんとやっているので、投稿されたジャーナルのランクや、そのジャーナルにこれまでに掲載された論文や、そのジャーナルにPiyotaが投稿して掲載された論文と比較しても、十分なデータ量とデータの質とクオリティーがあるように思えた。だから、・そのまま採択 か・きわめて微小なminor revision で採択してよいのではないか、と思われた。で、朝の電車の中で読んでいたのである。そうしたら・・・ちょっとまてよ、これへんだぞ?読めば読むほど、アブストとディスカッションが支離滅裂なのである。この論文の著者は、どうやらタンパク質緩和研究者やフォールディング研究者にありがちな誤謬に陥っているようだ。Piyotaの偏見丸出しで書くが、一度緩和解析をしてしまった以上、何か緩和の現象や動力学的特性と、その生化学的機能の間に、関連があるように(むりやり)結論をつけたくなるらしい。だが、著者が機構を解明すべきと思っている謎については、staticな構造の変化と差異だけで、十分に説明がついてしまうのである。べつにns-us運動性と関連づけなくても説明できるじゃん、これ?というか、ns-us運動性とは関係ないじゃん?で、この著者、model-freeのソフトの使いかたは知っていても、原理を理解していないんじゃないかと思って、よく読んでみると・・・・どうも試料調製の時点で問題があって、出てきた緩和データをそのままmodel-freeにもってったらまずいような性質の試料であることが、わかってきた。なので、そうなのかどうかを質問してその上で強引なディスカッションによる結論の誘導はやめるように、とコメントを書いた。オッカムの剃刀の勧めそんなわけで、Piyotaは、緩和解析はめったやたらとするもんじゃない、と、個人的には思うのである。もちろん、NMRは溶液中の動的構造がわかるから、その特徴を活かすべきだ、というキモチはわかる。だが、他のもっと簡単な説明ですむなら、そこにさらに難しい解析法を持ち込むべきではなかろ。オッカムの剃刀の原則である。2~3時間ですむはずの仕事が結局ほぼ一日かかってしまったので、やや残念である。科研費とかの書類仕事が1段落して、矢のように督促がかかっている某出版社にも5コラム分の原稿を送ったせいでしばらく督促電話がかかってこなくなったので、ああ、こういうのは「喉元過ぎれば熱さを忘れる」というんだなあ、と思ったわけである、が、それはそれとして、ともかく時間的には少し余裕があった。なので、ディスカッションが支離滅裂な論文でも、「ディスカッションパートはほとんどすべて却下だけれどもデータは新鮮で面白いので、論文掲載の価値がある」と、こちらもかなり支離滅裂なコメントを書いて、その雑誌の編集者に送ったのであった。本日のまとめ問。どうして論文のreviewerのコメントには支離滅裂なコメントが多いのか?答。査読されたもとの論文が支離滅裂だったから。解説:今回の事例から考察するに、「支離滅裂なコメント」が返ってきた場合には、それは、投稿した論文がそもそも支離滅裂(だが書いた本人はそう思っていない)なのだが、それに真摯にコメントを返そうとして、込めんとも多分に支離滅裂になってしまったのだと思われる。それでもコメントを返したというのは、その論文にはまだ見るべきところがある、という査読者の好意であろう。もしそうした好意がかけらもなければ、コメント無しにrejectなのだ、普通は。ブログ村で蛋白質の精製法に関する情報を探してみる
2010.10.27
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昼、研究員Uくんと喫茶店で定食などを食べながら、作戦会議を行う。なんでうちのラボがこんなにせわしないのか、とかなんとか、愚痴も。やれやれである。午後、ラボセミナー。ようやくT先生の研究が終盤に差し掛かってきて、論文執筆のめどが立ち始める。よかったよかった。夕方、教科書を買わない保健学科の学生のために、Lineweaver-burk plotの講義試料をつくる。それにしてもちょっと検索してみると、海外の生化学者の講義用のすばらしいPPTがダウンロードできるのは、いい時代だ。クロメタっ!!というわけで、今日はTCA沈殿と硫安沈殿とクロロホルムメタノール沈殿の項目を書いたのである。この3つの中で、Piyotaの圧倒的なオヌヌメはクロロホルムメタノール沈殿である。略してクロメタである。なんといっても、回収率がよいのと、脂質やSDSなどの他の方法では除けない夾雑物がすっぱりきっぱりのぞけるのである。せっかくなのでプロトコルをここに乗せる。CHCl3-MeOH沈殿法以下の操作は基本的に室温で行う。この沈殿法は1.5mL微量遠心エッペンを用いて、タンパク質sample液100uLから始める。以下のプロトコルは最初のsample液100uLから始めた場合の試薬量である。最初の量が200uLの場合には2mL遠心エッペンを用いる。それ以上の場合には分注して複数のエッペンで行う。sample溶液量が少ない場合、全体の量を減らして行うよりも、むしろsampleをDDWで100uLにメスアップして行うほうが、再現性がよい。(1) sampleに400uLのMeOHを加えてよくVortexする。(2) (1)に100uLのCHCl3を加えてよくVortexする。(3) (2)に300uLのDDWを加えてよくVortexする。sampleは2層に分離して白濁する。(4) 微量高速遠心機で室温で1分間、最大速(15000 x g)でぶんまわす。(5) タンパク質は下層CHCl3層と、上層水層の中間に、耳アカ状フレーク(きたなくてすみません)になって漂っている。この中間層を吸わないように、上層の水をとりのぞく。Piyotaはディスポの注射器が好きである。上層は完全に取り除く必要はなく、50uL程度残しても次の操作で1層になるのでだいじゃうぶ。(6) (5)に400uLのMeOHを加えて、沈殿を砕かないように優しく転倒混和する。ここだけはVortex厳禁! sampleは1層になる。(7) 微量高速遠心機で室温で2分間、最大速(15000 x g)でぶんまわす。(8) 沈殿を砕かないように注意しながら、MeOH層をピペッターで取り除く。ここでも注射針が登場する。(9) 沈殿をSpeedVacにて乾燥させる。保存する場合はこのまま-20℃で保存する。reference : (1) Wessel, D. and Flugge, U. I. Anal. Biochem. 138, 141-143, 1984ブログ村で蛋白質の精製法に関する情報を探してみる
2010.10.26
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本日の読書 見えない敵 阿部夏丸著 講談社文庫この小説を読んで思った。「この内容でこのタイトルはないだろっ!」阿部夏丸氏は児童文学の作家である。椋鳩十児童文学賞なんかの受賞作家なわけである。だから、この本のタイトルを見て、インターネット犯罪小説や新型ウイルスによるパンデミック医療パニック小説や精神生命体型宇宙人による地球侵略を描いたSF小説を想像している読者は、きっと肩透かしを食らうであろう。ま、それはそれでいいけどね。じゃあ、内容は、というと、いなかの(たぶん岐阜あたりの)昭和50年代ころの小学生たちの、「少年時代」の物語である。ちょっと遠い小学校に、30分くらい歩いて集団登校する集落の子どもたち、ガキ大将もいれば、なかまはずれもあるが、昭和時代のそれは平成のこどものいじめとは陰惨さが違い、おおらかなものである。他学区の乱暴者に大きなクワガタを取られて、それを取り返しにいって乱闘になったり、新興住宅地に引っ越してきた転校生とひと悶着あったり。そうこうして、楽しい日々を過ごしていくうちに、子どもたちは「見えない敵」と闘い始めるのであるが、この「見えない敵」というのは、何ら具体的な脅威を意味しないのである。どんどん闘ってください、という感じの敵である。きっとみんな闘ったことがある敵である。というわけで、「少年時代」をきらきらと描いた素晴らしい小説なのであるが、日本版・阿部版「スタンドバイミー」といってしまったら、褒めすぎであろうか? タイトルと中味のギャップがありすぎて、タイトルで勘違いされると絶対うれなくなるような気がするので、著者、タイトルなんとかしろよ、と生暖かくつっこみたい、そんな話なのだ。蛇足だが、釣りが好きな人以外の人には関係ないが、この小説は優れた釣り小説でもある。阿部夏丸氏は、川を知りつくしている。川釣りを描写させたら、天下逸品だなあ。ブログ村で阿部夏丸氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.10.25
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昨日釣ったサッパを竜田揚げで食った残ったサッパが32匹いた。昨日、全部さばく前に力尽きたのである。ほどほどにしておけばよかった。というわけで、今日は残りを処理。日清の竜田揚げ粉というのを入手。下ろし方は途中まで昨日と一緒だが、今日は中骨もそのままである。二度揚げすれば中骨まで食べられると釣り公園のおじさんがおしえてくれたのだ。というわけで、こんなかんじ。美味っ!ブログ村でサッパの食べ方のブログを探してみる
2010.10.24
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尼崎市立海釣り公園に出撃早朝から起き出して、電車で尼崎市立海釣り公園に出撃。気温、23度、天気、うすぐもり、微風。海釣り公園はものすごい混雑であった。斎藤渡船と宮本渡船が再編して、武庫川渡船というのができて、その乗り場が尼崎海釣り園の直前に移ったのが一つ、阪神武庫川駅から無料送迎サービスがされるようになったことが一つ。そのせいで、ほぼ満員の状態だった。で、サビキで釣れたのは、これ。最終的な釣果は・サッパ 93匹・イワシ 30匹である。とりあえず今日はサッパ61匹を、酢漬けにすることにする。サッパをうること頭を落として、おなかをだして洗う。そのあと、腹肉を贅沢に骨ごときりすてて、中骨を包丁をあててとりのぞく、いわゆる「大名おろし」にする。それを、昆布と酢と「便利で酢」と塩少々をいれたタッパーにどんどんいれていくのである。30分くらい冷蔵庫で寝かして、できあがり。Jは、ごはんを一口大にかためて、のり佃煮をちょっとのせて、そのうえに、サッパ酢漬けをのっけた即席寿司にして食べた。たくさん食べた。Nはイワシの醤油梅干し煮を手づかみで6匹たべた。魚をたくさん食べる子供たちで、ちょっと嬉しい。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.10.23
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本日の読書 シオンの血族1 魔王ミコトと千の花嫁 一迅社文庫 杉井光著 Piyotaの応援しているいちおしのラノベ作家さん、杉井光氏の作品です。一迅社はあまたあるラノベレーベルの中で、いちばんエッチと目されているレーベルで、本当にこんなの一般書籍として青少年向きに売っちゃって大丈夫なの?とかいうのがままあるのですが、それはそれ、これはこれ。杉井氏の快調な筆致は、読者を最初の2ページで物語のクライマックスに引き込みます、この疾走感がすばらしい。物語の疾走感という概念を、Piyotaは内田樹先生の著作から学びました。いろいろな設定を丁寧に説明しなければならない、でも物語の展開するスピード感もまた重要である、あたらしいアイデア、あたらしい概念、あたらしい造型を、定義無しの新語で一発で読者に得心させ、そのまま読者を物語にひきずりこむ・・・このあたりの読者と作者の阿吽の呼吸というのが、2010年現在の日本のラノベ界のもつ「場」の力だと思うのです。こういう技法が小説で定着しはじめたのは、サイバーパンクと呼ばれる80年代90年代のSFからじゃないかなあと、思います。そして、こういう、言葉のもつ「場」と、それにより加速された物語の疾走感というのは、映像化もむずかしければ、きっと海外に翻訳もできないだろうなあ、と。もっともこのシオンの血族に関しては、どのみち、海外には絶対に翻訳できない。ラノベが比較的盛んな韓国にも、おそらく出せない。ネタバレになるからここにはかけないけれども、完全にローマカトリックに喧嘩売ってますからね。そういういろいろ政治的宗教的にまずいところを刺激しながら、主人公のミコトくんが、彼をとりまく双子の姉を含む美少女たちと、キャッキャウフウフするという、鼻の下をなが~くしながら読んでいただきたい、まったりしたラノベ、であります。なお、この本は、杉井氏の同レーベルの前著、「サクラ・ファミリア」と、密接に関係した世界観に基づいています(同じ世界ではもちろんないのだけれども)。杉井氏は、おそらく、前作を書くときにかなり詳しく、キリスト教世界について掘り下げて調べたのでした。でもって、少々キリスト教をかじっただけの人なら当然見逃してしまうような、使徒行伝の中にある記述「イスカリオテのユダが銀貨30枚と引き換えに購入した畑=「血の土地アケルダマ」」を発端に、奔放な想像力をめぐらせ、豊かかつ疾走感のある小説世界の構築に成功したのだと思います。というわけで、ただのきゃっきゃうふうふの小説のなかにキラリと光る杉井氏の職人芸が堪能できる本書、おすすめです。NEET日記とかかれている著者のblog一迅社文庫ブログ このなかの記事にRPG化決定の記事があります。えろげですね、きっと。追伸今日は早朝から講義で~かなり体力を消耗しました~ 講義終了後、名谷のスタバで、休憩しながら、バイオインフォマティクス推進事業の最終報告書の添削をしました~ブログ村で杉井光氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.10.22
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CREST成果報告会昨日まで東京で某助成金の成果報告会で出張。今日は昼すぎまで、千里LSCでCRESTの中間報告会・評価会に参加して情報収集である。昨日まで参加していた某成果報告会では、プロジェクトの設立委員や評価委員に入っていた、あるいは関係の深い「大物先生」が、予算をゲットして、しかし、成果報告会は「子分にやらせて自分は会合には参加しない」みたいな、一種プロジェクト全体をないがしろにするような行為が目に付いた。で、それが、若手にも必然的に伝染するので、学術的な議論も草の根レベルでの共同研究も技術交流も盛り上がらないのである。とすると、たとえば、それに関連するワークショップやシンポジウムなどを、一般の学会で開こうというアクティビティーも当然おちる。タンパク質科学会や生化学会でターゲット関連とおぼしきワークショップなどを見ない。P3Kのときは、それでも構造生物学者間の結束と一体感みたいなものが、あった。ちなみに、技術開発のグループの人達がここしばらく蓄積してきたイノベーションは特筆に値すると思う。理研も、それ以外のグループも。Piyotaの実感は、こんなんじゃ、他の盛り上がりのある分野の予算に喰われてしまうだろうなあ、である。一方、CRESTは、やはり元気がある。なんといっても、領域代表の柳田先生が、ものすごく元気があって、にこにこしながらきびしいことをずばずばいって、でも、日本中の生体計測関連の一流の先生方が、イノベーションのために結集しているという状況なのである。夕ーゲットも、CRESTも、特定も、新学術も、結局プロジェクトを動かすのは、「人」。自分の研究の予算さえ確保できればよい、というような人ばかり採択してしまうと、プログラム全体が中間評価のときとかのあたりで空中分解してしまうのであろう。閑話休題というわけで、論文をPlosOneに投稿したここにはPlosOneに論文を投稿するときのコツというか顛末記を記録しておく。この雑誌、また近日中に投稿しそうな気がするので、だとしたら、ここに書いておくのは便利だもんね。1。Abstractは、三部構成(Background, Methodology, Conclusions)にする2。文章は、Figure以外をすべて入れたワードファイルにする3。投稿者全員のメールアドレスが必要4。投稿時に誰がどんだけ貢献したか書く欄があってめんどうくさい5。図は、EPS形式で送るのがよさそう。TIFFだと画像の品質チェックがなかなかクリアできない6。画像の品質チェックではねられると投稿ボタンが押せない7。途中まではFireFoxでもSeaMonkeyでもいけるが、最後はIE。8。PPTをEPS形式で出力するのには、OpenOffice.Org 3が便利9。投稿時にグラントに付いて書き込む欄あり10。採択されたら1300ドルかかる11。Supplementはつけられる模様12。reviewerは二人は必ず指名しないといけない13。opposing reviewerは一人指名できる14。reference書き方でめんどくさい点。著者五名以上は残りet al.だいたいこんなもんですかね~ PlosOne型ビジネスモデルに関する考察人気ブログ「かたつむりは電子図書館の夢をみるか」http://d.hatena.ne.jp/min2-fly/20100701/1278015869 の記事が面白い。PlosOneのインパクト係数が4.3を越えたということに、多くの注目が集まっている。ブログ村でonline journalのブログを探してみる
2010.10.21
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コラム4本目を脱稿某Y社のタンパク質関係の実験書(日本語)の原稿を8本止めていていろいろな人の怒りと怨みを買っている話。とりあえず、某助成金成果報告会で内職して、いろいろ必死こいて、書き綴って、今週の月曜日に二本目を脱稿した。火曜日・水曜日と順調に筆をすすめて、本日2本まとめて脱稿して送付することができた。わ~い、ようやく半分だ。残り4本、実は難航が予想されている。これまで書いたのが・構造生物学のためのタンパク質試料調製法・前処理法・タンパク質保存法・タンパク質濃縮法・タンパク質透析法コラムを執筆中に調査していて、悲しかったのが ATTOの「みずぶとりくん」が製造販売中止になっていた件である。それと、ガス加圧式限外濾過で、Pallの濾過膜・ハウジング一体型製品が、やっぱりカタログ落ちしていた件。残りの中で比較的順調に書き進めそうなのは・タンパク質の抽出・沈澱法 である。書くことが多くてめんどくさいがまだいける。難航が予測されているのは、・タンパク質の定量法・疎水クロマト・ハイドロキシアパタイト定量法はかかねばならないことがいろいろありすぎて、出版社の指定したフォーマットにあわなくて、書きづらいことこの上ない。後者ふたつは、最近出番がすくないこともあって、思案中。論文のオンライン投稿がんばるさて、とりあえず、半分まで日本語教科書コラムを書き進めたので、先週大分進めていた論文のオンライン投稿も進めることにした。成果発表会会場の無線LAN環境でどこまでいけるか、やってみる!のである。というわけでPlosOneに投げることにする。がんばれ~。PlosOneやBioMedCentral、新しい論文出版のbusiness modelとして注目されているらしい。PlosOneのインパクト係数が予想以上に高いのが意外であった。ブログ村でPlosOneへの論文投稿のコツを探してみる
2010.10.20
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本日の読書 土属性はダテじゃない 1~3 一迅社文庫 葉原鉄著 ○○はダテじゃないっ! はたぶん「逆襲のシャア(劇場版)」でアムロが叫ぶ「νガンダムはダテじゃないっ」という名セリフにインスパイヤされたものだと思われる。間違っていたらごめん。で、まあおきまりのラノベ的設定で、魔術やら霊術やらを学び研鑽する学園都市にやってきた主人公埴本麒一郎は、知る人ぞ知る精霊魔法の実力者なのであるが、にもかかわらず、まったくぱっとしないし、同級生には馬鹿にされまくっている・・・なぜなら、土属性だから。この小説の面白いところは、この、魔法を4つの属性(火・水・風・土)にわけて、土がいちばん地味で非モテである、と設定したところにある。非モテ、ではあるが、実力はピカイチ、だから、ダテじゃない。そういう、愚直まっすぐの非モテ系青少年が一生懸命、自分の正義を貫きつつ、なぜか一部の美少女たちにはもてて、キャッキャウフフになる、という、さわやか?な青春物語なのであった。なお、葉原氏はもっとアダルト向きの著作が多いようなので、この作品群は、かなりの「健全路線」といえよう。それにしても「土属性=非モテ」という設定を、とくに説明もなく皆がうけいれてしまうというのは、ラノベ読者たちのなんとすばらしいリテラシーなのであろうか。こういうのこそ、あなどれないというか「日本のラノベ読者はダテじゃない」と思うんだが。★★★★ (5つが最高)あわせて読みたい量産型はダテじゃない! 富士見ファンタジア文庫 柳冬実著世の中にはほかにもダテじゃないラノベがたくさんあるようである。ブログ村で葉原鉄氏のその他の著作についてブログ村で検索 ←
2010.10.19
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とある助成金の成果報告会・東大の「鉄門講堂」というところで、とある助成金の成果報告会があったので、行ってくる。・分担研究者、代表研究者は、自分らが受領しているテーマ以外のテーマについても、成果報告会に参加するように、という、建て前としては非常に立派な、しかし現場いじめとしか思えないような事務局からの参加要請のメールが来たときに、研究者がとりうる選択肢は二つ。(1)無視する(2)律儀に参加する。Piyotaは(2)を選んだ!そのせいで、スケジュールなどがひどいことになった。FEDEX-KinKO's利用行きの新幹線をグリーン車にして、車内でじっくりポスターを作る。A1の大判プリンタとする。大手町ビルディング中のKinko'sで出力を依頼し、まつこと二時間、無事ポスター完成。HTSのパワーを見せ付けられた!HTSはすごい。とりあえず化合物さえとれてしまえば、いろいろな人を「ああすごい!」と納得されることができるようだ。このテクニック、ぜひ真似させてもらいます。勉強になりました!ぶはは。内職をするぞ現在、日本語教科書のコラム8本の原稿を抱えていて、それらは大幅に締め切りを過ぎているのである。金曜日深夜に、一本脱稿して、それを出版社に送った。今日、もう一本しあげて、編集部に送った。予定では、明日と明後日も、時間さえあれば内職して進める予定である。水曜日までに、4本を仕上げるというペース。正直、かなりつらい。ブログ村で夕ーゲット夕ンパク関連のブログを探してみる
2010.10.18
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午前中、散髪いつもいっている百万遍近くの散髪屋へ。なんだかんだで、ここには、かれこれ10年以上通っているような。鶴見に単身赴任していた時は、京都に帰省したときと鶴見とでほぼ半々で髪の毛を刈っていたので、それを含めると10年以上、ということである。以前は混んでいたのだが、百万遍近辺に他に2軒散髪屋が開いたせいか、どうも空いている。で、なんとなく居心地が悪かった。次は別のところにするかもしれない。値段ではなく、居心地である。店主の雰囲気がすさんでいるような気がするのである。植物園植物園にいってNと遊んだのである。Nは、さいきん「乾杯」を覚えました。紙パックの牛乳と、Piyotaの「飲むヨーグルト」で、かんぱ~い。あとNは、ちょっとまえから「ばかっぷるごっこ」にも付き合ってくれます。ストローつき飲み物を飲ませてるときに「ちょうだぃ」というと、箱ジュースを差し出してストローをこちらの口に近付けてくれるばかりではなく、一口飲むまで勘弁してくれません。まさにばかっぷる。晩御飯はタラと鶏肉の寄せ鍋・鍋にお湯と日本酒カップ1を入れる・昆布たっぷりとかつお節少々でだしをとる・そこに「濃縮そばつゆ」をやや薄めにいれる・これを電気鍋に移して、そこに具をいれていく 鱈、切り身 鶏肉 豆腐 しいたけ ほうれんそう 大根 ニンジン 白菜猛暑のせいで、今年の秋は野菜がとんでもなく高い。だがようやく、すこしずつ値が落ち着いてきたようではある。ブログ村で京都府立植物園に関する情報を探してみる
2010.10.17
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ドッグスクール午前中。うちの白いのを連れて、ドッグスクールに行き、しつけなどのノウハウをプロに伝授ねがう。いろいろ難しいのね。梅小路公園 京都文化祭典2010 市民ふれあいステージ昼から、Jを連れて梅小路公園に遊びに行く。梅小路公園、以外に広い。屋台とフリマと、市民ステージ。市民ステージは、アルファステーションの中継が入っています。まゆまろまゆまろは「京都国文祭(第26回国民文化祭・京都2011)」の公式マスコットキャラクターのゆるきゃらです。こんなやつ。和紗さんに接近遭遇和紗さんは、1989年生まれの、京都を中心に活動しているシンガーソングライターで、京都国文祭のイメージソングを歌っておられます。直前のステージがあまりに盛り上がらなかったので、帰ろうと思ってJとステージを回り込んで出口に行こうとしたら、舞台裏で次の出を待機していたのが、まゆまろと和紗さん。というわけで、もういちど客席に戻って、ライブ二曲を聴きました。というわけで、和紗の11月発売の1stアルバム買うぞ!『君とであったその日から』和紗さん公式ブログはこちらブログ村で和紗さんを応援するブログを探してみる
2010.10.16
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米国発:ハイスループット構造解析のインパクトBioTechniquesのニュースから気になる記事をみつけた。"Structural impact 10/13/2010 Andrew S. Wiecek"記事は、米国の構造ゲノミクスがどうやら再評価をうけつつあるということ、製薬会社はすでに米国の構造ゲノミクスとパートナーシップを結び、今後、CADDはますます加速し一般化するであろうこと、などを述べている。確かに、米国でも「そんな大量の金を数少ないプロジェクトにつぎ込むよりも、個人型研究のファンドを増やしたほうがより価値ある成果が見込める」という批判は強かった。だがAled Edwardsは反論する。「人のプロテオームベースで考えると、世界の研究はわずか全ヒトタンパクの10%のタンパク質に集中している。それは科学の方法論としては間違っているし、あるときは保守的に働くことを考えると、peer-reviewシステムの過ちでもある。」なるほど。「坊主憎けりゃ袈裟まで憎し」の日本の科学のお寒い現状残念ながら日本ではこのような上手な反論は聞いたことがない。まあ、そもそも日本の科学では、peer-reviewすら公平に根付いていないかもしれないのだけれども。(※そもそもインパクトファクターの仕組から考えると、多くの人が引用してくれる論文=研究人口が多い分野での論文は引用数が増えるので、有利なのである。ヒトゲノム産物25000のうち、研究者が集中している2500を対象に構造生物学をしていたほうが、残りの研究者がいないかすくない22500の研究をするよりも、論文はいい雑誌に採用されやすいし、引用もされやすいし、評価されやすい、ということだろう。)日本では、タンパク3000の批判からの反省から、ハイスループット技術の開発が大幅に停滞してしまった。(1)大規模プロジェクトの可否とは別に、(2)project内部での運営方法や資金分配方法、執行方法の不適切さと、(3)構造ゲノミクスという学問分野が有用か不要かという問題と、がごっちゃになって議論されてしまったことによる、悲劇である。そしてその悲劇は、構造生物学の分野全体にまで波及(というより飛び火)して、未だにそれを引きずっている。構造生物学と構造ゲノミクスは、微妙に違うのだ。構造ゲノミクスは、より蛋白質構造情報学やインシリコ創薬と関連の深い分野で、そこにはそれに特化したノウハウの開発と人材の維持確保が必要なのである。当時、そのあたりの議論が未熟だった日本では、「中間評価」のあと大幅に方針が変わったために、アカデミックから参加していた人たちも理研内部でも、大幅な混乱があった。5年間のプロジェクトを2~3年で中間評価して、大幅に方針転換というのは現場いじめ以外のなにものでもない。それも「構造ゲノミクス」という観点から見れば当時は「できたばかりの学問」だったのだから、2~3年で意味がある成果が出るはずもない。だが、そこはきっちりと議論されなかった。(旧い)構造生物学と構造ゲノミクスは、微妙に(かなり)違う学問だったという認識がなかった。「古い学問のパラダイムで新しい学問を評価して、芽を摘んでしまう」のは高齢化日本の老害の典型だということもできるし、前述のAled Edwardsの「peer-review systemの誤謬」でもある。同じこと(老害)は他の分野でも未だに起こり続けている。次世代シーケンサも質量分析プロテオミクスもシステム生物学も、割と同じようにつらい目にあっている。これは日本の予算審査システムに由来する。予算審査者を正式に国や独立法人が雇用しない日本では、かなりの実働時間を割かれるような大型予算の審査を、定年退官した大学教員や定年退職した民間企業の研究所長経験者に嘱託として依頼するという事例が多すぎる。それでは、本当に新しい学問・パラダイムを調査して正しく評価できないではないか。その結果、日本は構造ゲノミクスを立ち上げたにもかかわらず、今や完全に後進国である。まず、前にもこのブログに書いたが、NMRのハイスループット化では、理研横浜の装置の老朽化や人材放出もあいまって、日本は完全に取り残された。(我々もがんばらなければならない)。関係者によれば、X線でもハイスループット化や自動解析・全自動解析において、欧米との格差が広がりつつあるようだ。一方、米国は本気である。少なくとも半分くらい本気は。NMRではスクリプスに移ったWuethrichが弟子たち(Szyperskiとか)を支援してJoint Center for Structural Genomics (JCSG)をガンガン進めているのは、先のICMRBSでも印象に残った点である。仲間割れしている時ではない。米国は絶対に逆襲してくる。piyotaが懸念しているのは、国際特許戦略において、日本は再び不利な位置に追いやられるであろうというこどである。タンパク3000が批判を受けた背景には、蛋白立体構造が国際特許で知財対象から外されるという裁定があったことも影響している。だが、その舞台裏は、欧米協調による政治決着である。2000年当時、日本が理研のプロジェクトやSpring8のパワーのせいで構造ゲノミクスにおいて世界的に優位にたっていたときに、欧米は国際特許における協調戦略という作戦に出て「蛋白質立体構造は特許にならない」と談合したのだった。でも、その決定は、欧米が再び構造ゲノミクスとインシリコ創薬で、技術的に優位に立った時に、おそらく何らかの理由をつけて、覆しにかかってくるであろう、というのがpiyotaの予測である。(つまり特に米国の都合のいいように、国際ルールの改正にふみきってくる可能性が、ないとはいえないこと。(piyotaは可能性が高いと思ってます)ハイテク産業をめぐる特許や著作権における欧米の戦略は、これからは対中国・インド対策ということで進んでくると思う。特にインドはジェネリック医薬での躍進が注目され、ITにもインフォマティクスにも強い。それを米国が突き放しにかかってくるときに、もう一度インド・中国を含めてハイテク産業にかんする特許国際知財の見直しが行われて、その時に日本は、突き放される側に回るのである。ブログ村で海外の構造ゲノミクス関連のブログを探してみる
2010.10.15
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教科書を買わない大学生別の学科の先生から生化学の講義を頼まれている。とりあえず90分をフタコマ、話せばよいらしい。というわけで、シラバスを確認してみたところ、なんと、うちの学部で使っている教科書と違うではないか。というわけで急遽生協の書籍部に走る。ちなみにうちの学部で使われているのは、「イラストレイテッド ハーパー・生化学 (丸善)」で本来は英語版推奨、というやつで急遽購入したのは、「シンプル生化学 改定第5版 (南江堂)」である。ところが、講義オーガナイザの先生に質問したところ、なんと、学生のほとんどが「生化学の教科書を買っていない」のである。え!? 教科書を買っていないのに生化学の勉強ができるの?このあたりに、いわゆる一流とまではいかないまでもいちおう名門国立大学のはずなのに、教育崩壊が。生化学の講義の準備、難航というわけで、教科書どおりにだらだらと、ちがった、各項目丁寧に説明すればいいやとおもっていたのだが、思惑が大幅に狂った。結局、上の二冊の教科書の、もっともわかりやすそうな重要な表と図を切り張りして(きりばりはラボのスタッフにお願いしてしまった)A3プリントを3枚作成したのであった。とんだ番狂わせである。でもまあ、ともあれ、大事なところの触りは教えることにする。本当に大事なことは自分で学ばなければわからない、それはどうせどんな学問も一緒である。共著論文の採択通知がうれしいCBRCの共同研究の人から、バイオインフォマティクス系の論文の採択通知のメールの転送をいただきました。おめでとうございます。それから、あまり論文そのものにコントリビューションしておりませんが、どうも、ありがとうございました。この時期の論文の採択通知は、とってもうれしいです。だって、科研費の申請書の余白がちょっとでも少くなるのですもん。自分が業界的にどれくらい認知されているのかわかりませんが、科研費の審査員の先生方に訴えなければ申請書は採択されません。小さいグループなりにちゃんとやっているんだな、くらいには認知していただかないと・・・IdeaPad U350 with Vine 5.1がまた調子がおかしくなりました前回も経験したのだけれども、networkがつながらない。Tg3をrmmodして、Tg3をインストールしなおすとよいようだ。なんだろね、これ。夕ーゲット夕ンパクの成果報告会のポスター作成難航えっと、全然できていません。きっと月曜日の朝、新幹線の中で作ることになるでしょう。Express Cardのポイントが余っているので、今回はグリーン車を使用することにします。これだと集中して安心してデスクワークができるのです、めっちゃつかれるけど。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.10.14
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猛然とデスクワークをこなす一日であった1。科研費申請書の学内締切の日である。二通作成して、一通は完成、もう一通は9割がた完成、というところまでこぎつけた。二時から欠席できない会議で、締切は事務室に持参で午後三時。というわけで1時過ぎたあたりでオンライン登録をはじめてみると・・・・おっと見落としていた重複申請規定!そうなのだ。二通つくっても一通しかだせないのだ。二通目の作文はむだむだむだむだ!なんてこったぃやなこったぃ。ぐへっ。2。会議会議中、名古屋大の先生から携帯に電話が入る。なんかまずいのかなあ、困ったなあ。3。特許の件でFAXをする大昔申請中だった特許が、審査されて、大幅に請求項を減らした上で、通る見通しとなる。請求項を底まで減らすとまったく意味がないのだが、もうすこしだけ無駄金をつかってみることにする。4。講義の採点後期がはじまったので前期の講義の採点をば。ちょちょいっと。5。日本語教科書のゲラ 著者2校昨日が必着のしめきりだったゲラを、今日これから深夜便で投函。やれやれである。6。論文に投稿?別の日本語の教科書が全然すすんでいないのだが、なんとなく論文を仕上げてしまったので、オンライン投稿のプロセスにすすみはじめたのであった。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.10.13
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いくつかのタダ乗り問題についてたとえば、他の人は税金を払っているのに一部の人は払わない、とか、他の人は負担しているのに一部の人たちはその負担をしていないとか、そういう不公平感に対して、人々は怒るのだと思う。そういうわけで、タダ乗り問題ともいえる問題を三件。1.アマゾンは日本で非常に多くの売り上げをあげているのに、日本法人は日本に法人税を払っていない。当然配送には日本のインフラ(国道とか鉄道とか)を使っているわけなので、それはタダ乗りなのではないか!?(http://site-ichijo.net/blog/archives/date/2010/1011-231855.php)というブログがある。なるほど。本を買うなら、やっぱりbk1だな。(ごめんなさい、楽天booksさん。でも使いやすいんですよ、bk1)。2.劣悪な雇用条件で人を使い捨てにして、すぐまたハローワークに広告をだすブラック企業は、ハローワークのしくみにタダ乗りしていて、企業法人としての社会的債務を果たしていないのではないか?(http://d.hatena.ne.jp/tikani_nemuru_M/20101012/1286817063)という意見がある。なんてこったい。そういえば、無添くら寿司が「内定辞退強要」を行ったというニュースが流れて、無添もブラックか?みたいな憶測も流れ飛んでいたが、どうなんだろう?3.運営費交付金削減→大学授業料値上げに従って、現在の「大卒正社員」の給与では、子供世代を大卒にできないのではないか、という話がでている(ソース紛失。)もしそうだとしたら、大卒社員にしかるべき待遇を与えない企業は、大学教育・高等教育に対するフリーライドということになりはしないか?まあ、これは日本には高等教育は不要、もっと低賃金で働く人を量産せよ?みたいな某論を言う財界人もいるらしいので、継続議論が必要ではあるが。ブログ村でフリーライダー関係のブログを探してみる
2010.10.12
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【ラノベ】ミカヅチ 榊一郎【読書】本日の読書 ミカヅチ 1・ミカヅチ 2 MF文庫J 榊一郎著 スクラップトプリンセスで一世を風靡し、「まかでみ」で全国に獣耳(けもみみ)・眼鏡っ娘旋風を巻き起こし、ポリフォニカ(赤)シリーズではメディアミックスの先陣を切った榊一郎氏のエンタテインメントSFである。本人が後書きで書いているように、榊氏はこの作品を石ノ森章太郎氏の初期の仮面ライダーのような、古き良き時代の正統的等身大ヒーローものへのオマージュ作品として扱っているようだ。もともと榊氏は、軽小説屋と謙遜しつつ(いや軽小説屋だからこそ)エンタテインメント作家としての守備範囲は極めて広い。それだけ器用だということである。だから、はちゃめちゃスラップスティックコメディーも、のほほん異世界ふぁんたじーも、爽やかどきどきラブコメもなんでもなのだ。そんな榊氏が更なる作風拡張のためのチャレンジを始めたのだとしても、何の不思議もない。その一環が、例えば猟奇/オカルト的世界観のもと陰を負ったダークなヒーローを描こうとしている本作であり、また、未来都市の特殊部隊の活躍を描いた「ザ・ジャグル」(そのうち書評します)なのである。さて本書は、人に憑依して人を人外の鬼に変異させてしまう謎の精神生命体と、それから1000年もの永きにわたって日本を守護している特殊な組織「御火槌」の戦いに巻き込まれた、異形に変身する高校生の主人公の物語のである。第一巻は、舞台設定と主人公の覚醒、第二巻は、覚醒した主人公が経験する初めての本格的戦闘、と、神速のストーリー展開が売りの榊氏らしくなく、ゆっくりした出だしである。作品世界の雰囲気を丁寧に書き込みつつ、石ノ森作品にオマージュしようとしたら、これはいたしかたないかもしれない。そもそもラノベは、暗黙の了解、ラノベ読者なら誰しもが知っているお約束の設定に則り、一機に読者を作品世界に引き込む「物語の疾走感」がその売りの一つであった。このあたりのノリは同人誌などのそれにも似ている。だから、文庫本一本あたり、ヤマ場となる大掛かりな戦闘シーンは一回だけ、というのも、読者としては何となく損した気になる・・・のではあるが、それはしょうがないのかもしれない。ともあれ、ようやく舞台建ては終わったようだ。榊氏の疾走感が楽しめるのは三巻以降ということであろう。期待したい。ブログ村で榊一郎氏の著作に関するブログをもっと探してみる
2010.10.11
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うんどうかい・今日は保育園の運動会であった。一日順延。天気は、うす曇り→晴れ。・N、一歳二カ月。生活発表に近い。カタカタを押して・・・とおもったら、そういうのをすべてほったらかしてお母さんのほうにまっしぐら。いい走りっぷり。競技は無視。まあいいでしょう、かわいから。・J、棒のぼり。さすが猿を自分のマークとするだけのことはある。するすると登っていく。・J、かけっこ。けっこう速いがゴール付近で失速。写真判定か。かろうじて一等賞か?・J、piyotaとともにでかぱん競争。でかぱんは、着脱時にくつがからまることのほうが問題のような気がするな。余談だが、最近のN。何語だかわからないがしきりにお話をしてくれる。よいことである。ついでに絵本を読むのも好きである。絵本をひらきながら、なにか話して、納得して、ページをめくって、また何か話す。う~む。それと、最近のN。気に入らないことがあると、公共の場所であっても、ひっくりかえって足をばたばたさせて抗議する。子供によくありがち・・・と思っていたら、ふつうは二歳半か三歳から、なのだそうだ(と保育園の先生が仰っていた)。ぉいぉい。末恐ろしい。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.10.10
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本日の読書【ラノベ】くくるくる 一肇 ガガガ文庫【読書】 くくるくる 一輩著 ガガガ文庫 小学館 うん、これはこれで、あり、と思う、久々に面白い新人作家にであった、と思った。家庭の事情に嫌気がさして、家出して一人暮らしをして高校生活をはじめた主人公、語木璃一。実家からの支援がないので、バイトだけでしのいでいる貧乏生活をものともしない、高校生である・・・はずなのだが、あるとき、公園で自殺未遂の少女なゆたを助けてしまう。その縁で、美少女なゆたに惹かれた璃一は、なゆたの公認ストーカーとなり、記録者として、なゆたの密着ストーキングをはじめる。そのうちに明らかになったこと・・・ちょっと斜め上の発言を繰り返す不思議少女なゆたは、自殺未遂を繰り返しつつ、なぜか毎回自殺が失敗するという、超自然的な力に守られていたのであった。と、自殺願望のある少女と根暗少年のほほえましいボーイ・ミーツ・ガールであるのかと思ったが、最後の最後で、実はそんなんじゃない、ということがわかる大どんでん返しのSFであったのだ。ネタばれになるから書評ではここまでしかかけないが、璃一をおっかけて、身の回りの世話に表れる極端に無口な妹ありすが、この物語の真の鍵を握るのであった。そして、ただ暗い変態だと思われていた璃一が、最後にその韜晦に終わりを告げ、物語は大転回する。いや、おもしろい。というわけで★★★★★ ブログ村で一肇氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.10.08
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会合案内 11月10日 東京品川バイオインフォマティクス推進センター事業(BIRD)第6回研究開発成果報告会独立行政法人科学技術振興機構こっちはプログラムがコピペできない。会合案内 10月28日 29日 阪大蛋白研神経科学と構造生物学の融合場所 大阪大学蛋白質研究所(吹田キャンパス) 1階講堂〒565-0871 吹田市山田丘3-2日時 2010年10月28日(木)~29日(金)大阪大学蛋白質研究所セミナー包括脳ネットワーク研究会~神経科学と構造生物学の融合~ ◆参加費無料(懇親会は有料)、事前登録不要主催:包括脳ネットワーク・大阪大学蛋白質研究所 【世話人】貝淵弘三(秘書:石井貴子)〒466-8550 名古屋市昭和区鶴舞町65名古屋大学大学院医学系研究科神経情報薬理学Tel: 052-744-2076 Fax: 052-744-2083 中川敦史(秘書:河合未奈子)〒565-0871 吹田市山田丘3-2大阪大学 蛋白質研究所Tel: 06-6879-8635 Fax: 06-6879-4313 10月28日(木)13:00 *所長挨拶 長谷俊治(阪大・蛋白研)*開会の辞 中川敦史(阪大・蛋白研) 13:10-15:10 Session 1 RNA (座長:稲垣冬彦、五十嵐道弘)*神経特異的RNA結合蛋白質が制御する翻訳ネットワーク 藤原俊伸 (神戸大・自然科学)*microRNA核外輸送複合体のX線構造解析 慈幸千真理(京大・キャリアパス)*神経樹状突起へのmRNA輸送と局所的翻訳の役割椎名伸之(基生研)*抗体を用いたヒト膜蛋白質のX線結晶構造解析村田武士(千葉大・院理) 15:30-17:30 Session 2 シグナル伝達 (座長:中川敦史、椎名伸之)*神経幹細胞におけるNotchシグナルの役割影山龍一郎(京大・ウイルス研)*細胞極性に関わるPB1ドメインの機能と構造稲垣冬彦(北大・院先端生命)*プロテオミクスから見た成長円錐機能の分子機構五十嵐道弘(新潟大・院医歯学総合)*軸索ガイダンスを司るセマフォリンシグナルの構造的基盤高木淳一(阪大・蛋白研) 18:00-20:00 懇親会 10月29日(金)9:00-11:00 Session 3 トラフィック (座長:西村善文、貝淵弘三)*細胞内極性輸送を司る分子の欠損マウスにおける神経系の解析原田彰宏(阪大・院医)*細胞質分裂におけるメンブレントラフィックの構造生物学川崎政人・若槻壮市(高エネ機構・物構研)*プロトルーディンによるスフィンゴ脂質を介したRab11依存的シナプス制御 白根道子(九大・生体防御)*繋留複合体による膜融合制御のメカニズム深井周也(東大・放射光)11:20-14:00 Session 4 シナプス (座長:濡木理、原田彰宏)*シナプス形成・リモデリングのイメージング岡部繁男(東大・院医)*Na+,K+-ATPaseの結晶構造豊島近(東大・分生研) -昼食-*チャネル型グルタミン酸受容体--構造生物学で解けていない問題 柚崎通介(慶應大・医)14:00-16:20 Session 5 神経発生と疾患 (座長:豊島近、柚崎通介)*遺伝暗号翻訳の伸長反応、終結反応、異常停止反応に働くGTPase carrier 濡木理(東大・院理)*神経特異的転写抑制因子の構造生物学西村善文(横浜市大・院生命ナノ) -休憩-*クラスター型プロトカドヘリン、神経細胞の個性化と回路形成への役割 八木健(阪大・院生命機能)*in-cell NMRの現状とアミロイドーシス機構の研究に関する今後の展望白川昌宏(京大・院工)16:20-16:55 パネルディスカッション 構造生物学と神経科学の壁をどう超えるのか」 司会:中川敦史・貝淵弘三 *閉会の辞 貝淵弘三(名大・院医)ブログ村で蛋白質立体構造情報関連のブログを探してみる
2010.10.07
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物欲番長ちまたのうわさでは、iPodを徐々にSONYが挽回しているらしい。その理由は、音質へのこだわりだ。DNCがすごいらしい。新モデルが出る。“ウォークマン”AシリーズSONY[ソニー] NW-A857 ホワイト 【送料無料】【smtb-k】【w4】発売日、10月10日前後かとおもっていたらひと月のびて11月になったようですね。レアメタルの影響でしょうか??ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.10.06
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ダブルブッキング朝一から会議がダブルブッキングで二件入っているのである。やれやれである。幸い、この週末は釣りとてんぷらを堪能して、元気百倍である。さあがんばるぞ~。国内の医学系の学生に思うこと今朝のダブルブッキングの会議の内容のひとつは、医学系の学生に対する「基礎実験体験コース」の説明。基礎系のPIが全員集合して、実習の進めかた、ラボのテーマなどを話していく。内容が結構多いので、大変である。どうも人気は解剖学・病理学・法医学であるらしい。基礎系生命科学のラボは、あまり興味がないのかもしれない。まあ、臨床医をめざす人達が9割以上を占める母集団なので、それはそれでしょうがないのかもしれない。医学系の大学院の留学生に思うこと今朝のダブルブッキングのもうひとつの会議は、GCOEのRA学生たちの研究進捗状況の確認と指導のための会である。同じイベントを先週の金曜日も行ったのだが、そちらは、シニアなポスドクさんたちも含めて非常にレベルの高い会であった。さて、今日は、博士課程大学院生のRAがメインの会だったのだが、半数くらいが留学生の子たちなのであった。で・・・・(沈黙)なんじゃこいつら?ぜんぜん実験すすめてないやんけ?原理わかとるのんか?それ自分でやったデーたちゃうやろ?というレベルの子が数人いたので、どっと疲れた。ちょっとまずいんじゃないのか~、このレベルじゃ?よ~するに、どっちもたいしたことないちょっとまずいレベルだと思うのだが、おそらく指導教員が個人的にどんなにきつく注意したとしても聞きはしないのだろう。報告書に忙殺報告書に忙殺されている。本来は先週末に提出予定だったはずの書類である。夕ーゲット夕ンパクの内部評価のための試料を提出するための原稿なのだそうだ。つまり、予算が削られるので、傾斜して削るために、順位をつけるのであろう。そのための資料作り、重要な仕事には違いないのだが、テンションが全然あがらないのである、やれやれである。でも、締め切りすぎるといろいろな先生に迷惑をかけるので、他人に迷惑をかけない、という意味で、耐えながら頑張るのだ~。ブログ村で医学系留学生問題のブログを探してみる
2010.10.04
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昨日釣ったハゼとチヌは天麩羅にして食べる雨がちの一日。全員、朝寝坊。散歩が大幅に遅れた志狼次郎は、ちょっと不満そう。今日の夕食は昨日釣ったハゼの天麩羅。やや熱めの脂で短時間で揚げると、ハゼ のふんわりしたジューシーな肉質が堪能できて、美味い。小骨が多いので、大き 目のハゼは頑張って松葉造りにしたのだが、小型のはめんどくさいのでそのまん まである。ボーラーみたいな金具があればもっと簡単に中骨をとれるのだろうか?そのほかのメニューはアジゴボウツミレの味噌汁と、栗の炊き込みご飯。美味、 美味である。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.10.03
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ドッグスクール1.午前中、山科まで出かけて、ドッグスクールのプライベートレッスンを受け る。これからちゃんと志狼次郎の世話としつけをすべく、プロフェッショナルに レクチャーしてもらうことにしたのだ、、、が。レッスン中、Nが大騒ぎして少 しもじっとしていない。次回からは土曜保育なのだ。イカ墨スパ2.昼食は山科のサイゼリア。Jはカルボナーラ。Pはイカ墨スパゲッティ。Nは トマト味のスパゲッティが大好き。でもNはイカ墨にも興味を示して、手づかみ で手と口を真っ黒にしながら、食べる食べる食べる。ハゼ釣り3.そこから武庫川まで車で90分。名神尼崎から2号・43号を適当に行き、尼エ サ鳴尾店を目指す。その後、車をマックスバリュ武庫川団地店のTimes24駐車場 に入れて、右岸で釣り。ハゼ釣り仕掛けは、延べ竿1 3.6万能竿 ウキ釣り仕掛け、玉ウキ小、ウキ下1.2m ハリス15cm延べ竿2 4.5万能竿 同上 ウキ下 やや深め 1.5m くらい?コンパクトロッド スピニング仕掛け オモリ3号 ハリス30cm 針はいずれもハゼ針7号エサはゴカイ。一杯で十分なのだがつい2杯買ってしまった。釣果は 二時間半の成果で ・ハゼ 19匹 ・セイゴ 1匹 ・チヌの仔 1匹半分以上はJが釣って、Pは、絡まった糸をほどいたりエサをつけたり魚をはずし たりにあけくれていた。でもまあ満足。Jは黒鯛が釣れたので大喜びである。武庫川団地前武庫川右岸は、川に向かって直進したらすぐ左に折れると西野渡船 があるのでそこの階段から川岸に出ると便利である。漁師料理・磯魚遅くなったので晩御飯は外食はお寿司。上高野・宝ヶ池通り交差点の角なのだが店はものすごく広くていい感じなのだが、味も申し分ないのだが、やや割高か、な。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.10.02
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Vine 5.1でSparkyが使えない件について研究室に入れたCore i7のVine 5.1の最新鋭マシンのアプリ整備がようやく終わり、技術員△○君のメインマシンとすべくこれまでのデータを移行してもらっているのだが、今日、△○君からクレームがついた。「Piyotaさん、このマシン、Sparkyが使えません」正確には使いにくい(動くのだけれども実質上の作業ができない)。まず、Extensionsのメニューが出ない。これはVine 5.1インストール時にTkinterというpythonのGUI関係のライブラリとかフロントエンドとかのパッケージを入れていなかったせい。apt-get install tkinterで解決。だが、そのあと、実際にpeakを編集したりしようとすると、delete-keyが使えないのである。Delキーで gnome-screenshotが立ち上がってしまう (Vine Linux 5.1)http://slowpc.qlookblog.net/2010/04/14.htmlこういう現象、一般的らしい。とりあえず、ログイン時にmetacity-message unable-keybindなどと打ち込んで、キーボードショートカットを無効にしてやると、わりと上手になんとななるようになる。これはバグなんでなんとかしてほしいものだ。リン酸化抗体なんて知らんがな・・・別のラボの先生から、なぜか、専門外のディスカッションにもまじめにつきあってくれる奴、と言ううれしい評価を頂いてしまったようだ。というわけで、そのラボの熱心なM2がデータをもってディスカッションしてくれと、尋ねてきた。でもさあ、俺、リン酸化とかリン酸化抗体とか、分野外だってばさ。いちおういろいろディスカッションするけれども、たぶんあんまり役に立っていないと思うの。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.10.01
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