Bコールターがショーンに乗り移って列車に乗っている過去 と二つの世界が並行して存在しており、ソースコードを使ってコールターは二つの世界を行き来できたのだ。 真犯人を見つけた後でコールターはミッションでグッドウィン大尉に「転送したら生命維持装置を切って」と頼む。そうするとAの世界にコールターは戻ることが出来ず、Bのショーンの肉体にずっと留まる。最後のミッションに赴いた時、一瞬画面がスローモーションになる。コールターは爆発を未然に防いでいたためBの世界で爆発は起こらなかった。コールターは爆発しなかった電車を降りてクリスティーナと街を歩く。 そういえばラトレッジ博士は「ソースコードはタイムトラベルではなく時間の再配置だ。我々に”並行世界”へのアクセスを可能にしたのだ。Source Code is not time travel. Rather, Source Code is time re-assignment. It gives us access to a parallel reality.」と説いている。爆発のなかったBの世界ではショーンの肉体がコールターに乗っ取られたため、彼は別人の体ではあるが愛しい女性と別の人生を生きることが出来るようになった。ただ、ショーンの精神がAでもBでもないどこかへ飛ばされてしまった/或いは上書きされてしまった可能性があり、彼にとっては不憫ではある。