2010年07月の記事
全29件 (29件中 1-29件目)
1
-
三鷹の森 ジブリ美術館
三鷹の森 ジブリ美術館に行った・今日は家族で遠出の日。新幹線のなかでパンなどを食べることにして、早々に駅に向かう。・行きは三鷹駅から徒歩で美術館に向かう。ゆっくり歩いて20分（4才児の足で)。・入場制限はしているようだが、それでも結構混んでいる。・まず屋上に向かう。夕立が一瞬→悪天候だと屋上が閉鎖になってしまう・食堂は大混雑、テラスのベンチは自由に使ってよろしい・乳幼児にたべさせられる食料はあまりうっていない・テイクアウトのホットドッグ美味、ソフトクリーム最高(暑かったからね)・ラムネとビール、美味・「めいとこねこバス」の映画観賞 感動で大満足。・信じられないことだが、映画館に入って、Nが爆睡。こいつはもうほんとに。・ジブリの世界の関連の書籍を売っている書店、内容充実で感動。・晩ご飯はとりあえず新宿の和風居酒屋で、魚などを。・暑かったので、ビール超うまい。だがまだ荷物を抱えて宿までいったり買い物しなければならなかったりなので、寝るわけにはいかない。ということでビールはいっぱいだけ。J、結構食べる。N、あまり食べるものなく不満そう。・宿は「日本青年館」の和室。大きなお風呂に大満足。・物欲番長 ミュージアムショップでジブリ美術館の思い出のためにTシャツを一揃え（4人分）。それと、「借り暮らしのアリエッティ」のCDサウンドトラックと、↓ これ。「紅の豚」ポルコ・ロッソの愛機、SAVOIA S.21 試作戦闘飛行艇の「後期型」フィオ改修バージョン！！である。ブログ村でSAVOIA S.21F 試作戦闘飛行艇後期型に関するブログをもっともっと探してみる
2010.07.31
コメント(0)
-
【NMR】蛋白研セミナー 超高磁場NMRの利用
蛋白研セミナー 超高磁場NMRの新しい利用法のまとめ阪大蛋白研でBruker社の950MHz NMR装置が稼働しはじめた。日本で最高磁場、すばらしい。S/Nは、下手をすると12000を越えるという。500MHz Cryoprobeの約３倍である。それをどのように生体高分子の（構造）解析に利用していくのかというのが、これからのポイントであろう。だが高磁場化にともなっていろいろな技術的な問題も出てくる。それらを含めて備忘録代りにキーワードをまとめておく。超高磁場のメリット・感度がよい 感度はB0の3/2乗に比例する・noise levelはB0の1/2乗に比例する・950MHz vs 600MHz で感度比でおよそ2倍、測定時間的には4倍・磁場配向についてはよくなる・TROSY効果が期待できる・線幅が狭い 分離能がよい・13C直接観測のメリットが増した・AVANCE-IIIデジタル回路もおそらく感度向上に地味に貢献してるはずデメリットと技術的に注意しなければならない点・水消しの問題 これはcryoprobeの性能の問題で新しいprobeほどよい・13C励起の問題 これは composit pulseの利用などで回避・adiabatic pulseの利用に関する注意・13C refocusに使える位相特性のよいadiabatic pulseが出てきた、という話・塩の問題 塩によるcryoprobe感度低下の程度が・13C (13CO) T1緩和長くなる・T2短くなる(CSA項の増大)・methyl trosy効果・4mm NMR tubeの利用・角型NMR tubeの利用その他注目すべき技術・情報 キーワードのみ羅列 覚えているもの・lanthanide binding tag（北大・稲垣先生）・protein-lipid interaction with lipid nanodisc （北大・稲垣先生）・4D-MDおもしろすぎる （理研・山崎先生）・タンパク質と低分子化合物複合体のNMR決定手順 smiles->Xplor2->.mtf->.mtf file merge->CNS(阪大・大久保先生、一部情報不正確)・ゆらぎのネットワーク（サントリー菅瀬先生）・DIORITE法（広島・楯先生）・ダイヤモンドNV蛍光（京大・白川先生）・ノンリニアサンプリングによる測定時間短縮効果実践（阪大・児嶋先生）・methyl trosyによるK-chanel解析(東大、嶋田先生)・aromatic trosyによる運動性解析(名古屋・甲斐荘先生)・SOFAST-HMQCに関する情報交換（京大・片平先生）
2010.07.29
コメント(3)
-
お子さんをお持ちの家庭のとるべき自衛策（子供手当は貯蓄にまわそう）
小さな政府の成長戦略に異論 つづきまずいきなり結論にとびます。子供手当は全学、貯蓄にまわしましょう。根拠は今後10年以内に起こりそうな、国公立大学の超大幅学費値上げ、です。そういう方向にこの国が舵を霧始めた、という予兆があります。昨日も議論しましたが、「小さな政府」政策による高等教育・大学教育の規模の縮小や質の低下に大きく懸念を持っています。現在の民主党政策は、社会保障比の自然増をそのまま他の政策的経費の切り詰めで賄おうとしているため、このままでは来年から即座に多くの国公立大学が破綻をしはじめます。それを回避するためのひとつの方法論は「国公立大学の学費の値上げ」であります。一部の日本の識者、経済団体などが大好きな、「アメリカ」の高等教育制度、大学教育制度の日本での適用という大義名分のもと、その教育の質から考えればなかなかのCPを誇っていた日本の国公立大学の学費は、早晩、米国なみとなることが懸念されます（もちろん、そうならないでほしいのですが！）ちなみに、東北大学は来年度授業料を75万円にしないとやっていけない、という悲鳴をあげています。さて、それでは米国ハーバード大学の授業料なみに、日本の一ツ橋や東大・京大が授業料を引き上げるということについてシミュレーションしてみましょう。すぐにはそのレベルにはあがりませんが、10年後にはきっとそうなっている、というつもりで。昨日も紹介しましたが、年間38000ドルの費用がかかる国立・州立大学をモデルにすることにします。そうすると、２０２０年に某国立大学に入学したZくんは、卒業するまでに350万円x4年間=1400万円かかります。現行制度の授業料53万円から考えると、差額は1188万円です。Zくんはいま8歳。15歳までは子供手当がもらえます。財源はこれ以上増えそうにないので月13000円。全部貯蓄にまわしましょう。年間156,000円x8年間、124万円。高校も無償化ですね。授業料を払ったつもりになって、きっちり貯蓄しましょう。12万円x3年間、36万円。両方たしても160万円ですね。 上記の差額分を考えて、1028万円分赤字です！ようするにそういうことなのです。子供手当と高校無償化で、いま8歳の子供が高校卒業までに受給されるはず、の総額160万円を4で割ると40万円、現在の国公立大学の年間授業料が93万円に引き上げられるような制度改正がおこれば、それだけでこの分の差額はふっ飛んでしまいます。もし、お子さんがいまの年齢の時点でとんでもないアホアホではなく、これからがんばれば地方国立大学にはなんとかひっかかりそう、というレベルならば、自衛のためにも子供手当は全部貯蓄にまわしましょう。「小さな政府」政策をなんとなく支持しているサラリーマン世帯は、自分の子どもたちにどんな高等教育をうけさせられるのか、はたして想定していたでしょうか？「小さな政府」ということは、「頼れるのは自分の収入と貯蓄だけ」ということなのですが。若い世代、現在の働き盛り世代、子育て世代の負担は、いまの政策では増える一方のような気がします。しかし、誰か議論をリードする人達のなかに「グローバリゼーション大好き」「アメリカの大学教育マンセー」の人がいて影響力を持っていたとしたら、国立大学の授業料の値上げ議論はすぐ出てきてしまいます。なぜなら、米国と比較すれば、日本の国立大学の授業料の値上げ余地は300万円くらい、あるからです。なんでもかんでも米国と比較して、それを良しとするような思考停止は、いいかげんもうやめよーよー。ブログ村で米国の大学教育の最新情報を探してみる
2010.07.28
コメント(0)
-
小さな政府の成長戦略に異論・便利サイト発見・HCCH-TOCSY
小さな政府の成長戦略に異論「小さな政府」政策による高等教育・大学教育の規模の縮小や質の低下に大きく懸念を持っています。そうした大学教育について、公的負担を減らして受益者負担を増やすべきだ、という議論に、おそらく子供・孫のいない世代世帯は賛成するのでしょう。しかし、すでに東北大学が試算として現在５８万円くらいの年間授業料を一斉に来年度から７５万円に引き上げるなどの可能性に言及しているようですし、現在の予算案では、大学教育はかなりひどいことになるかもしれません。文部科学省はともかく、一部の政党と財務省がモデルとする、アメリカ型高等教育というのはどういうものなのでしょうか？ 米国のまねをするのが常によいことなのかどうか、神戸大GCOEの片岡先生が、生命系グローバルCOEフォーラム会場で、東大の廣川先生からコメントされていたのを思い出します。「米国式高等教育」は本当によいのかどうか？米国では有名国立大はのきなみ授業料が、年300万円と、日本の私立系薬大に6年間通うのと同じ程度の授業料になっています。こことか。 堤未果著「ルポ貧困大国アメリカII」に、州立大学ですら年間数万ドルの学費が必要な米国での、教育ローン地獄の片鱗が描かれています。さらには、大学進学をエサに軍への就職を勧誘する手口のようなものも「ルポ貧困大国アメリカI」に描かれていたりとかします。知らなければ知らないで済んでしまう情報ですが。ですが、「小さな政府」政策をなんとなく支持しているサラリーマン世帯は、自分の子どもたちにどのくらい学費を払うことを覚悟しているのでしょうか？塾に入れてようやく国公立に進んだ自分の子供に、毎年300万円もの授業料を祓うことを想定しているのでしょうか？正社員ならいざしらず、両親とも派遣とか両親ともポスドクとかですと、なかなかこの額は深刻です。ここまでは想定していなかった、ということでしょうか？ 高校無償化でだまされてはいけません。それと、受益者負担ということでは日本の（文系）大学教育のもう一つの最大の受益者は、大卒を新卒一斉採用している日本の企業だとおもうんだけれども、そこのところはどうなのでしょう。便利サイト発見便利サイト発見http://www.nts-book.co.jp/item/detail/summary/bio/gp_link/index.htmlゲノミクス・プロテオミクスの新展開 関連Web-site集 HCCH-TOCSYブルカー社の標準プログラムからHCCHｰTOCSYを軽水中で測定するために、パルスプログラムをほんの少しだけ書き換える。ブログ村で米国の大学教育の最新情報を探してみる
2010.07.27
コメント(0)
-
Vine Linux 苦闘録？ grubが非力？
Vine Linux 苦闘録？ grubが非力？ラボに新マシンが入った。なんとか設定をと思ってトライしているが、かれこれ一週間 Vine Linux 5.0 / 5.1 がインストールできない。以下、症状を書き出してみる。マシンは、 MB=ASUS p7p55d, Core i7, 860, 4GB 普通のマシンである。case 1SATA1=SATA2=hitachi 500GB drive, SATA1にWin7 professionalVine 5.0 from DVDでインストールインストールは無事終了boot loaderは/dev/sdb1にインストールSATA1(sda)のgrub4winから起動を試みるが起動できないcase 2上記インストール後、DVDよりrescue modeで起動をしようとするが起動できないcase 3win 7 の入っていたHDDをとりはずし、完全にからの500G HDDをSATA1に。Vine 5.1 from USBでインストールboot loaderは/dev/sdaのMBRにインストール黒い画面にアンダーラインのカーソルが点滅するのみ、起動できないどうやら、ほとんどのファイルなどは正しくインストールできているものの、grunが認識していない模様である。Vine 5.0/5.1はgrun 0.96あたりで動いているようだ。結局、lenovo S10-2 netbookをインストールするときに利用したubuntu 9.10 netbook remixを試しにインストールしてみたところ、すんなりとインストールできた。この楽さ（落差）はなに？？といったところ。というわけで解決法。二つ目のHDDにLinuxを二つ入れるという設定にし、grubはubuntu由来のそれに管理させることにするという解決法に思い至った。なんてこったい、なんてこったい。来週トライすることにする。来週色々忙しいんだけどね。しかしこの方法は失敗する。なぜだ？？ 解決篇に続く。ブログ村でVine 5.1 & grubに関するトラブルのブログをもっともっと探してみる
2010.07.26
コメント(0)
-
【読書】インシテミル 米澤穂信
本日の読書インシテミル 米澤穂信 本格推理小説でありながら、どこか学園風味、ライトノベル風味の作品がずっと続いていた米澤が、これはまたいわゆる「クローズドサークル」といわれる典型的な推理小説の舞台を用意した、そんなエンタテインメント系の作品である。どうやら映画化される（された？）らしい。クローズドサークルとは、たとえば雪に閉ざされた山荘のような舞台設定に代表される、金田一少年の事件簿などでは毎話のように起こっている（それもどうかとも思うが）アレである。大掛かりな舞台設定があり、数人から十数人の登場人物があり、その中に犯人と探偵役がいる。しかし今回、米澤氏はその舞台設定で「とことん遊んで」このジャンルの推理小説の限界に挑戦することにした、らしい。インシテミルは「淫してみる」なのだが、その舞台と仕掛けを用意したこの物語のなかの匿名のイベント主催者がミステリーに淫しているという設定で、その実、もっとも楽しんでいるのは作者なのであろう。そうに違いない。舞台設定として、奇妙な形の、個室を多数もった建物が出てくる。本格推理小説に特殊な建物構造が出てくるというのは、建築学科の大学教員であった森博嗣氏以来のトレンドの一つでもある。全体として、ミステリーに詳しい人も、本格推理が大好きな人も、そうではないひとも、楽しめるつくりになっている。ああ・・・強いて言えば中表紙の裏あたりに「登場人物の表」が欲しかった。作りながら読まないと、物語の最初で登場人物が多いので、混乱するのだ。ブログ村で本格推理小説に関するブログを探してみる
2010.07.25
コメント(0)
-
「ゲノム横断的」に行こう/
「ゲノム横断的」に行こういろいろへこむことがあったので、ちょっとメンターの大先生のもとに愚痴をきいてもらいにいった。結局のところ、自分がなにをやりたいのか、という研究スタイルについては、そのとおりを貫けばよい、と背中を押していただいて、すこしだけ気が楽になった。研究スタイルに二つの軸があると思う。縦軸と横軸である。縦軸を突き詰めるというのは、ある特定の対象（生物学イベントとかパスウェイとか）にしぼって「掘り下げる」行為であると思う。それに大して横軸を突き詰めるというのはどういうことだろうか。機械的網羅的に横軸を拡大するのも、戦略的に横滑りをするのも、どちらもありだと思う。前者を網羅的、後者を横断的、と言い換えることができそうだ。Piyotaの研究スタイルは、そうすると、ドメイン横断的タンパク質構造生物学,ということになると思う。横断的にやっている人は構造生物学者では少ない、という（とくに日本では）ことについて大先生にもご理解いただけたので、今後はこれを強みかつウリにしたらいいのかもしれない、と思い至った。だとすれば、まずはラボのホームページを改変しなければ。科学に対するコスト感覚についてNMRというのはある意味「金持ちが勝つ」というシビアな研究分野である。その中の一つに部位特異的ラベル法という方法がある。これがサンプル調製にごっつい資金が必要で、たとえば基盤C程度しかとれないような研究者はお呼びじゃない、っていう方法論である。つまり、独立したての若手とかは相手にせず、大型グラントの常連しかお呼びではない、というしくみなのである。それは困ったことだと思う。もうひとつお金がかかるのが、化合物を利用した生化学スクリーニングである。これにかんしては、太っ腹なことに、公的な機関から化合物提供を受け入れられるしくみが整備されている。すばらしいことだ。ブログ村で「NMR構造生物学」方法論の最新情報を探してみる
2010.07.24
コメント(2)
-
６年制薬学部を中退して別の研究科の修士課程に進学？
６年制薬学部を中退して別の研究科の修士課程に進学って、企業就職的にはどうなんでしょう？６年制薬学部を中退して薬学部や医科学の修士課程に進みたい学生さんっていますか？６年制薬学部を卒業することのメリット・薬剤師の受験資格が得られる。・薬剤師を持っていることのメリット→資格があるので安定している・残業が少ない？・平均時給２０５０円は看護師さんより高い。これは仕事きつさを考慮すれば破格。デメリット・６年間授業料を払い続けなければならない。・私学の薬学部の授業料ってそんなに安くありませんよね。やっぱり国公立でしょうか？・その経済的負担の割に薬剤師となることの年収は高くない。・薬剤師の年収は年功序列で伸びるんでしょうか？薬剤師の年収についてはこんなサイトがあります。ところがこのサイトにある「６年制卒業」→「製薬会社就職」という道が今後どんどん狭くなることが予測されるのです。というのは製薬会社の主力は修士学生（研究・開発営業学術いずれの職種においても）だからです。製薬会社には「病棟」はありませんから、ベッドサイド研修などは製薬会社の会社員が求めるスキルにはあまり含まれていません。そこで、６年制薬学部に入ってしまったけれども、薬剤師にならないで、研究をたっぷりして製薬会社などに進みたい、と、路線変更した場合に、生物系の大学院修士課程はその受け皿になれるのでしょうか？法律などを一生懸命読み直してみたのですが、結局、大学院にその気があれば、できる、というのがPiyotaの結論です。-------------------------以下、学校教育法１０２条と同施行規則第１５９条。学校教育法第百二条 大学院に入学することのできる者は、第八十三条の大学を卒業した者又は文部科学大臣の定めるところにより、これと同等以上の学力があると認められた者とする。ただし、研究科の教育研究上必要がある場合においては、当該研究科に係る入学資格を、修士の学位若しくは第百四条第一項に規定する文部科学大臣の定める学位を有する者又は文部科学大臣の定めるところにより、これと同等以上の学力があると認められた者とすることができる。○２ 前項本文の規定にかかわらず、大学院を置く大学は、文部科学大臣の定めるところにより、第八十三条の大学に文部科学大臣の定める年数以上在学した者（これに準ずる者として文部科学大臣が定める者を含む。）であつて、当該大学院を置く大学の定める単位を優秀な成績で修得したと認めるものを、当該大学院に入学させることができる。の○２の文部科学大臣の定める年限について、学校教育法施行規則第百五十九条 学校教育法第百二条第二項 に規定する文部科学大臣の定める年数は、三年（医学を履修する博士課程、歯学を履修する博士課程、薬学を履修する博士課程又は獣医学を履修する博士課程への入学については、医学を履修する課程、歯学を履修する課程、薬学を履修する課程のうち臨床に係る実践的な能力を培うことを主たる目的とするもの又は獣医学を履修する課程に四年）とする。となっています。条文を上から順に解釈すると、１．大学院には「大学を卒業した者」を入学させることができる。２．ちょっと高度な大学院の場合（？含む6年制大学の上の大学院）には修士の学位と同等以上というきびしい入学資格とすることができる。３．上記の規定にかかわらず、施行規則１５９条に書かれている年数大学に在学したものは、それぞれの大学院で「（単位数を認定して）優秀であると認定すれば」入学させてよい（飛び入学制度）。４．施行規則１５９条の但し書き。６年制大学の博士課程については、６年制大学に４年在籍しなければならない。つまり、大学院の側が、制度を正しくつくっておけば、受け入れは可能なわけです。どんな制度かといえば、「優秀な成績」を定義するための単位数の認定につきます。○○年次までに修得する単位の○○％を優以上の成績でうんぬん、というところの○○を３年次中退者用と４年次中退者用の二通りつくって、その大学院の研究科教授会で承認すれば、あとは文部科学省に報告するだけで（報告も必要ないかもしれない）受験資格を認定することができるのです。学生さんのメリットは、とりあえず大学院を受験して、合格したら中退する、とすればよいです。３年次、４年次、５年次、６年次の４回チャンスがあります。「創薬」を出口の一つとしている生命系の大学院修士課程は、大学側にその気さえあれば、６年制薬学部を中退して受験してくる、ガッツのある学生を受け入れ可能にできます。ただし中退ですので、そのリスクに見合うだけの大学院教育をしなければなりません。これはハンパなことではないのは確かです。なお、Piyotaの最終的なお勧めはあくまで博士（薬学）をとること、です、念のため。何百万人・何千万人の命を救うかもしれない薬を作るのに必要な専門知識を磨くには、課程博士でのトレーニングはかかせません。ブログ村で創薬関連のブログを探してみる
2010.07.23
コメント(2)
-
【らのべ】ヴァンダル画廊街の奇跡（本日の読書）
本日の読書ヴァンダル画廊街の奇跡 １・２ 大きな瞳のエナに萌えっ！！古今東西の「名画」を題材にした、美術史薀蓄あふれるラノベである。名画薀蓄小説、というカテゴリーがこれまで（Piyotaの知るかぎり）なかったので、その新規なる領域を開拓した功績は、実に大きい。美術史薀蓄マンガという、これまた稀有なカテゴリーを開拓して、一世を風靡した名作、「ギャラリーフェイク」を彷彿させるのりである。ギャラリーフェイクの主人公フジタは、贋作専門悪徳美術商人かつ天才絵画修復師という設定であった。ならば本作の主人公、エナ・ウィンズベル嬢日英ハーフ15歳は、テロリストグループ「ヴァンダル」首魁かつ天才贋作師（模作師）という設定である。ただし彼女の目指すテロ活動は、「プロパガンダ規制法」というへんな架空の法律に対する意図的な違反行動で、「禁忌」に指定された有害絵画を勝手に再公開する、という活動である。プロパガンダ規制法とやらがなければ、もしかして：著作権法違反？みたいなノリのその活動、果たしてテロとして機能しているのだろうか。ともあれ、「転写眼」と速描きという才能に恵まれ、特殊なAI鷹を使役するエナの向かうところ敵なしさっ！両親を失って天涯孤独、なにげに幸薄い設定の、それでもけなげにテロ活動に邁進するエナに萌えっ！なのである。というわけで、注目の新人作家の登場ですよ～～～！！現在、二巻目、次あたり母親失踪の明かされるかもしれない。目が、離せない。ブログ村でヴァンダル画廊街関連の情報を探してみる
2010.07.22
コメント(0)
-
そしてCNSにチャレンジ
そしてCNSにチャレンジするのであったCNSといってもcell/nature/scienceを示す生物学トップジャーナルのことではない。Yale大学謹製の立体構造計算refinementソフトウェアのことなのである。あ～この記事の下書き中にCNS ver 1.3がリリースされた～。まあいいや。refinementは1.2で行った。とりあえず、論文は99%書き終わっていてあとはrefinementを完了してPDB登録をするだけ、というタンパク質の構造計算について、最後の仕上げを行う。手順は、ちょっと事情があってCYANAによるCNS形式コンストレインファイルへの変換がうまくいかないので二段階で。※CYANA ver 2.1以上であれば、普通にデフォルトで変換できます、念のため。好みの問題とか互換性の問題とかライセンスの問題とかあるので、CYANA 2.0系を使い続けていたのが、ここにきて裏目に出ました。１．final.uplをまずCYANAに読み込ませてtranslate xplorを指定（原子名互換性の問題）２．uplを吐く３．吐いたuplファイルはupl2table.awkというスクリプトで変換４．aco fileは、NMRで実験的に求まったものだけを、tabファイルに変換でもって、計算。rmsd 0.45 AはCNS前後でほとんどかわらず、ということで、over fittingをしすぎていないことを確認する。論文に記載すべきパラメータを抜書して、stdev / averageなどを計算して、できあがり、である。ひさしぶりに動かしたのであるが思いのほかさくさく動いたのでちょっとうれしい。大学院入試に関する会議今年度、大学院生修士の夏の志願者が伸びなやんでいるので、ちょっと悲しいのである。会議では、いろいろ意見が出るものの、やはり、説明会を開いて全国行脚ということになるのであろうか？しかし、修士の学生をひきつけるウリというのはなんなのであろう。やはり就職こそが修士の学生へのメリットなのだろうか？博士号は日本の社会では必要ないのだろうか？そして今後ますますグローバル社会において、将来においても博士号は不要なのだろうか？ブログ村でCNS最新情報を探してみる
2010.07.21
コメント(0)
-
会合案内・・・創薬インフォマティクス研究会
第12回 日本バイオインフォマティクス学会創薬インフォマティクス研究会「タンパク質-リガンド相互作用：分子シミュレーションおよび合成展開からのアプローチ」 タンパク質-リガンドの相互作用では、比較的単純な「lock & key（鍵と鍵穴）model」から「Induced- Fit model」や「Pre-existing equilibrium model」のような動的変化を伴う作用機序が提唱されてきています。創薬研究においても標的となるタンパク質がどのような作用機序でリガンドを認識するかを理解することは、インシリコスクリーニングやリード最適化の効率化に不可欠となります。 今回の研究会では、タンパク質‐リガンド相互作用の研究分野において第一線で御活躍の先生方をお招きし、分子動力学計算や高精度結合自由エネルギー計算、また有機合成の立場からタンパク質‐リガンド相互作用について最新のご研究を紹介いただきます。本研究会が、タンパク質‐リガンド相互作用の理解と創薬に向けた今後の展開を議論する機会になればと考えております。幅広い分野の方々のご参加をお待ち申し上げております。事前登録は不要です。 研究会主査：広川貴次 副査：中嶋久士 本野千恵日時：2010年7月29日（木）14:00－17:00場所：産総研 臨海副都心センター11階主催：日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）共催：BiWO2010（7月28～30日：http://www.cbrc.jp/biwo2010/index.html）参加費：無料（18：00よりBiWO2010のバンケット（3500円）があります。参加ご希望の方はhttp://www.cbrc.jp/biwo2010/registration.htmlから登録して下さい。）プログラム（予定）： 14：00 研究会概要 14：05 「Computational analysis of the conformational changes inproteins」近藤 寛子（東京大学・理化学研究所） 14：45 「Molecular dynamic simulations of nuclear receptors-What can we learn from the jiggling and wiggling of atoms? 」Sofia Burendahl（産総研CBRC） 15：25 休憩 15：40 「創薬に向けた結合自由エネルギー計算の原理と精度」藤谷 秀章（東京大学） 16：20「有機化学に基づくタンパク質－リガンド認識へのアプローチ」周東 智（北海道大学） 17：00 閉会（18：00 BiWO2010バンケット）ブログ村でCNS最新情報を探してみる---------
2010.07.20
コメント(0)
-
みさき公園にはテナガはおらず、ビビンバ風丼はうまかった
みさき公園にはテナガはいなかった琵琶湖水系にもテナガエビがいる、らしい。ネットの情報源で詳しく調べるも、いるんだかいないんだか分からない状況。まあ、今日もかなり熱くなりそうなので、Jに水着を持たせて午前中だけの予定で守山市みさき公園まで。湖畔で釣りをするも、釣れるのはブルーギル（わりと大型）ばかりであった。らぴゅたここしばらく、毎週金曜日に地上波TVでジブリアニメの特集が組まれるとのこと。月末にはジブリ美術館も予約したので予習しなければならないのだが、じつはジブリ美術館にいくのならばラピュタは必見である、との助言を、日本で一番秋葉原に近い構造生物学ラボの主の人から賜った。というわけで、予習である。かんたんビビンバ丼は上手にできた晩ご飯はビビンバ丼である。野菜は細長く切って塩茹でして、ボウルに。牛肉も細長く切ってゆでておく。それらを、酢醤油／砂糖みりん／ごま油などでつくった調味料であわせて、ごはんにかけていただく。んまぃ。カブトムシがやってきた昨日よりKさん宅よりカブトムシがやってきたのであった。オス二匹メス４匹、これを繁殖させるという計画である。さて来年には何匹まで増えるであろうか。飼育箱は、プラケースに金網3枚で観察窓をもうけたYokotaの力作。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.07.19
コメント(0)
-
和歌山に遊ぶ・・・茅渟の海
和歌山マリーナシティでマグロ解体を観る今日は朝7時には京都を出て、一家で一路和歌山マリーナシティを目指す。K家からお誘いがかかったマグロ祭りに参加するのである。日頃は関係者意外立ち入り禁止のマリーナに入れる、というだけでも嬉しい。ちなみにマリーナ内は釣り禁止なわけだが、そのせいか魚影が濃い。岸壁すぐ足元で25-35cmくらいのチヌが数尾、群れながらヒラを打っているのが見える。なんてこったい。和歌山はやっぱりチヌの海なんだなあ。さて、久しぶりにK家の愛犬たちとご対面である。一年前はリュウにカリンにさんざん追いかけられてべそをかいていたJ、今回は彼らと無事和解。ボール遊びをしてすっかり仲良しになったようだ。Nは、「毛皮ふわふわ」にすりすりするとにこ～っと笑う。お座りしているとリュウと同じ目線になる。おっかなびっくり、控えめに手を伸ばして、ちょっとだけリュウにふれると、にこ～っとする。さてさて、適当にマグロに舌鼓を打った後は、海水浴タイムでる。マリーナ桟橋付近、水深5mはあるだろうに、浮き輪やライフジャケットや両方で武装した子供たちが、どんどん飛び込んでいく。我が家でも、LOGOSのキッズ／ライフジャケットを着せたJの浮き輪に、釣り用の10mナイロンロープをつけて、海面にぷかぷかと浮かべては、紐を引いて引き上げたり引き回したりして遊ぶ。J、楽しいらしい。疲れすぎないように適宜休憩させながら、水遊び。ちなみに、陸上にいたPiyotaは炎天下、再起不能なくらいに日焼けした。え～ん、痛いよう。紀州黒潮温泉さあ、帰る前に汗を流そう。というわけで、マリーナの管理棟の斜め横に隣接している、「紀州黒潮温泉」大人800円子供500円、に入ってから帰ることにした。だが、今日に限って、ものすごく混んでいるようだ。玄関も待合も人で溢れている。そう、今日は花火大会なのである。京都北山寿司処 ととざなので渋滞に巻き込まれないうちに早めに脱出、である。帰路は門真から第二京阪道路を利用して帰宅した。和歌山にいくときは、吹田JCTを通らなくて済むので、どうもこちらのルートのほうがメリットが大きいのではないかという気がする。7時前に京都市内に帰りついた。夕食は、「ととざ」の持ち帰り寿司。それなりに、ウマい。というわけで、一日フルパワーで遊んで実に楽しゅうございました。Kさんご夫妻、企画どうもありがとうございました！！ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.07.18
コメント(1)
-
【ラノベ】ヘヴィー・オブジェクト １ 鎌池和也【本日の読書】
本日の読書ヘヴィー・オブジェクト １ 鎌池和也著「そげぶ」とはいいぜ てめえが何でも思いどおりにできるってのなら まずはそのふざけた幻想をぶち殺す！！ 上条当麻というわけで、2010年流行語大賞の呼び声も高い、「とある魔術の禁書目録」「とある科学の超電磁砲」で小説もアニメもマンガも大人気の鎌池氏の、なんと、デビュー後第二シリーズが、ひっそりと幕を開けた。Piyotaは「とある」は原作を8冊くらいとアニメを数話くらいフォローしたところで脱落してしまった落ちこぼれ読者ではあるが、鎌池氏がストーリーテラーで、かつキャラクターメイカーである、ことを大いに評価している読み手である。というわけで、この新シリーズこそ、丹念にフォローしてやろうと思っていたりするのだ。さて、この物語はいわゆる近未来戦争ものである。物語には「オブジェクト」という「人型でない」超絶巨大兵器が登場する。人型メカにはしないというところに鎌池氏のこだわりがあるのだろうが、まあ50m-150mの重火器てんこ盛りの陸戦用モビルアーＸーである。単座、パイロットは女子限定、特別なトレーニングと脳機能強化を受けている、という設定と、一般兵科の少年と「ボーイミーツガール」な展開になるあたりは、「イリヤの空、UFOの夏」を彷彿させる。奇襲と破壊工作と機転で「無理め」な敵を行動不能にしていくさまは、「幻想破壊者」に通ずるものがあるが、主人公がすごく軽い性格なので、物語の牽引力としては弱い。あと、意味なく出てくる巨乳美人上司とか、整備科のばあさんとか、特にキャラが立っているというわけではない。そんなわけで、ようやくイントロが終わりました、という感じは否めない。１巻からぐいぐい読者を引き込んでいった「とある」の若さとは別の魅力があるといえば、そうかもしれない。現在、二巻発売中、近日中に入手予定。期待感から★４個。サニーサイド・エッグ 創元推理文庫 萩原浩著「ヘルプ・ニャー」。私立探偵最上俊介のもう一つの名刺には、そう印刷してある。彼は失踪犬猫専門の探偵、「ペット探偵」なのだ。もちろん、彼はその仕事をあくまで糊口を凌ぐための緊急避難的副業と考えている。なぜなら、彼が愛するのは皮肉と諧謔とタフな正義感がウリの、フィリップ・マーロウなのである。中学生のときにいじめとしかとに遭っていた最上が、書物の中で出会った「群れない孤高のかっこいい大人」、それがマーロウだったということだ。しかし彼のところには、ブロンド美人の依頼人とか汚い大金のからむトラブルとかはやってこない。口コミでやってくる犬猫の失踪捜索依頼と野性化したアライグマ駆除、それがほとんどだ。そんな最上の「ハードボイルド・エッグ」以来の八年ぶりの登場である。今回はなんと、青い目のブロンドの秘書ならぬ助手がやってくる・・・のだが問題はおおありである。失踪猫捜査にしても、依頼主はわけありだし、ヤクザはからむし、あいかわらずのどたばたである。だが、終始三枚目を演じる最上探偵、実は優秀なのである。そんなわけで、軽口の会話と、レイモンド・チャンドラーに対する愛情こもったパロディーにあふれる本作、おすすめである。明日は、和歌山マリーナまで海水浴＆マグロまつり。和歌山遠いよね～～。ブログ村で「とある」に関連のあるブログを探してみる
2010.07.17
コメント(0)
-
アルゼンチンアリの恐怖、六甲山ハイク、記念碑設置、焼肉満月
一日最大3000words?今日はワークショップ2日目、日本語セッションの日である。英語が業界標準なので、半分だけ日本語なのはどうか、とも思うが、大学院生のレベルを考えると紺なもんかとも思う。しかしそんなんじゃ英語能力は向上しないと思うんだけどなあ。例えばPiyotaは自分の英語能力に、質的な限界と量的な限界の両方を自覚している。量的な限界のほうがややシビアである。つまり、「片言ではないそれなりに長い、かつ文法的に正しい英文を、音声で出力する」ことについて、その上限がおよそ2000-3000words / dayなのである。A4で、5-8枚分くらい？それを越えると途端に言語処理能力も発話能力も低下してしまう。ほんまかいな？でもきっと、海外（英語圏）に住んでいて、毎日まわりを英語に囲まれていて毎日使っていると、その上限値がどんどん上がるのだと思う。ほんまかいな？英語能力の質的な向上は、量的な限界がある程度緩和撤廃されてから、はじめて機能しはじめるように思われる。つまり、ともかく知っている限りの英語を、使って使って使い倒すことが、最善のトレーニングということになる。ほんまかいな？ホントだといいなあ。なお、学習には入力と同じくらい出力することが大事、というのは、東大の脳科学者、池谷先生の理論らしい（内田樹先生のブログにその記述がある）。なるほどと思わせるものである。ワークショップ二日目・・アルゼンチンアリの恐怖今日は、昆虫関係の研究が続く。モデル生物のショウジョウバエ、ゴキブリ／ダニなどの農学食品衛生学的見地からの研究、そしてアリの社会性の分子生物学など、面白い。そのなかで、密かに外来生物による侵略が起きていることが報告された。アルゼンチンアリである。通常のクロオオアリなどは巣がことなれば同種族でも敵対行動を示すが、アルゼンチンありはそのへん超ルーズ。そのせいでフランス／ドイツ／ベルギーあたりに定着して、とんでもない広いエリアで巣がつながってしまった「スーパーコロニー」が形成されているらしい。日本では、たとえば神戸の埠頭に海外からの移住グミが定着しつつある。こんなことを書いていたら突然、「大アリ名古屋は城でもつ」というフレーズが浮かんだ。R田中一郎ボットの影響だ。Trinityトリニティリザーレクトガーデン TRINITY resurrect Garden （元町）場違いにおしゃれでセレブなカフェにまぎれこんだ、怪しい日本人2名米国英国人各一名。ランチは、この元町駅にほどちかいおしゃれなカフェで。素敵である。O先生と、数年前にQ大で起こったヤバい事件について殺伐とした話をする。六甲山はじめてケーブルカー経由で六甲山に登った。地上より5度近く涼しい。夏の間だけ研究室ごと移転したい。焼肉満月そして夕食は、うちのカイシャきっての焼肉通、H先生が満を持してお送りするお薦めのレストランで、打ち上げディナーとなった。すごい。炭火焼肉・ホルモン 満月＠花隈駅北側。実にうまい。臭くないナマレバ、とろけるハラミ、ジューシーな霜降り、何もかもがうまく、そして腹一杯になる。しかもそれで一人6000円少々。すごいぜ、ここは。ブログ村でendosome / midbody 最新情報を探してみる
2010.07.16
コメント(0)
-
endosomal traffic and beyond
endosomal traffic and beyondというわけで、淡路島ワークショップ当日である。招待講演者の先生方をご案内して、一足早くウェスティンホテルに入り、カフェテリアでゆるゆるとランチバイキングを戴く。ここのランチバイキング、高いが満足度も高い。なにせデザートバイキングにはアイスクリーム三種類も！んまんま。今回のワークショップは、late-endosome / endosome-lysosome / recycling-endosomeあたりの話が満載のセッションとなった。それにしてもESCRT-III複合体が細胞質分裂の時には対称に働いており、そのシステムに欠損が生ずると分裂に失敗して多核細胞を生ずるなんて・・・面白すぎる。面白いといえば、古細菌のAAA-ATPaseも面白い。古細菌ではESCRT-III膜骨格はもともと細胞分裂ないし細胞質分裂に働いていて、細胞内共生ののち真核細胞になっても、いまだその役割の残骸を担っているのであろうか？ 細胞質分裂と古細菌。面白すぎる。新しい概念の発信そしてPiyotaは、前回の超重要大プレゼンの大失敗の轍を踏むまいと心に誓い、英語プレゼンに挑んだのであった。振り返って見るになかなか好調だったように思う。なにせ、実験内容については最近論文が通ったネタ中心の一本だけであるので、話しやすい。しかし、今日のセミナー最大の目的は、むしろ個別の研究成果ではなくそのゴールを先取りした上でのperspectiveを語り、新しい生物学的概念を布教することにあったのだ。で、大体いいたいことは言えたと思う。同僚のS氏には少なくとも好評であった。新しい概念を発信する・・・それはPiyotaのようなへっぽこ研究者にとっては荷の重いチャレンジである。だが、一本や二本、インパクト係数4ｰ10の雑誌に論文を通したくらいでは、新しい概念というのは広まらない。総説を書かなければならない。しかも、それを英語で。そんなことが果たして出きるのだろうか？だがやらねばならない。つうかblogばっかり書いてないで、原著論文とか総説とか日本語解説書けよ。ともかく英語総説、である。英語で総説の一本も書けないようならば、大学教員やめたほうがよい。極論だけど。まあいいさ。必要なのは決意である。前途洋々たる悲壮な決意。ブログ村でendosome / midbody 最新情報を探してみる
2010.07.15
コメント(0)
-
ピックアップ・淡路島WS準備
ピックアップ今日は、ワシントン大学からのお客さまを明日のワークショップにむけてホテルまでおつれしなければならないのであるが、なんてこったい、朝から大雨である。午前中は、先週末の余ったマシンタイムを利用して測定したNMRデータの処理などをしているうちに、すっかり時間がたってしまった。当初、海路で関空→神戸空港を想定していたのだが、天候不順もあり、Piyotaの準備不足もあり、結局高速バスを利用することとした。日帰り往復であれば、2000円というお値段である。お昼は、大慌てで三ノ宮駅アーケード内のカツドン屋。もう一名の招待講演者とも無事ホテルで落ち合うことができ、その後晩ごはんに出かけた。明日が立食パーティ、最終日が焼肉ということなので、今日は魚メインにすることにする。場所は、元町 井おかやや高級系、創作料理満載の和食居酒屋である。おでんとか、生カキとか、貝柱とエビのかきあげとか、ハモとか、めちゃくちゃ美味かった。ラボメンバー数名にも参加願い、明朝のピックアップ担当のU氏と顔合せしてもらう。お客さま二名、寛いでいただけただろうか。サイモン君が、日本酒にトライするといって八海山を飲み始める。おいしいんだけど、15%あるよ、って話になる。Piyotaは、おでんの薬味に柚子胡椒がついてきたのに感動した。うまいよね、この組み合わせ。淡路WS準備十分よっぱらって、明日もそれなりに朝から手配しなければならないので、お客さまよりははるかに格の落ちるホテルに宿泊。とりあえずいまは眠って、明朝６時くらいからプレゼン資料をつくることにしよう・・・しかし大丈夫なのか？間に合うのか？明日のプレゼンは、実験結果よりもむしろ新たな概念を広めるためのプレゼン（しかも英語）である。更に座長もせねばらなない。だからこそ、今夜は十分休養する。幸い今日は、水曜日なので、本日発売の週刊少年マガジンは欠かさず読んで寝る。「むろみさん」相変わらず楽しい。ブログ村で「波打ち際のむろみさん」最新情報を探してみる
2010.07.14
コメント(2)
-
Piyotaがもし製薬会社の面接員だったらきっとこんな質問を・・・
こんな映画があるんですね～ハリソン・フォード主演、実話に基づいた医療ヒューマンドラマ「ちいさな命が呼ぶとき」だす。こんな映画があるなんて知らなかった。京都では２４日から河原町で公開される、らしい。もしも、の話ではあるが、もし自分が製薬会社採用担当者だったら、デフォルトで面接する学生に「この映画、観たか？」って聞くだろうな・・・という興味深い内容である。ポンペ病＝糖尿病２型についての実話に基づいたドキュメンタリーらしい。映画の一部の批評ではあまり評価が高くないが、それはそれ、これはこれ。医学・薬学に興味があるかどうか、タイムリーな話題をフォローしているかどうか、について、ともかく学生に質問して差別化する、面接なんてそんなもんである。さて、ポンぺ病で検索するとgenzymeの下記のサイトがヒットしてくる。http://www.genzyme.co.jp/pat/pompe/jp_pat_Pompe_Disease.aspジェンザイム コーポレーション社は、酵素補充療法を実用化して、それを商品化させてビジネスモデルとして定着させているトップバイオテクカンパニーである。さて膵臓の酵素補充療法に関しては、DNAシーケンサでお世話になっているABIの以下のコラムが面白い。http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/biobeat/contents.jsp?BIOCONTENTSCD=36069&TYPE=B映画は見に行っていないが、逆に言うと映画に行く前にこれだけの内容を押さえておけば、きっと楽しさも何倍かに増すに違いない。それにしても医薬品２０１０年問題で、低分子医薬品の大型特許切れの嵐が吹き荒れるなか、各社ともジェネリック医薬品による「侵蝕」で売上げ減は不可避である。しかし、その穴を低分子医薬品の新薬のみで埋められるのか？ここに、各製薬企業が２１世紀の生き残りをかけたイノベーション開発の幕が切って落とされるのである！そう、次世代医薬品（核酸医薬、抗体医薬、能動免疫療法、細胞療法など）である。酵素補充療法はこれまでリソソーム病などにのみ適応されてきたが、今後どう発展するのか、目が離せない。ブログ村で「酵素補充療法」最新情報を探してみる
2010.07.13
コメント(0)
-
確定調査（プレゼン）、BMB2010、RMSD
JSTによる確定調査とプレゼン「額の確定調査」という名目で、JSTと文部科学省からそれぞれ一人ずつ係官がお見えになられたので、昨年度の研究成果報告を行い、質問事項に対する質疑応答を行った。先週末は、結局のところ、このプレゼン資料の作成に追われていたのであった。とりあえず、時間は超過したが、丁寧に説明して、義務は果たした。基礎研究のプロジェクトではあるが、出口を見据えて、ケミカルバイオロジー的なアプローチから創薬（すくなくともシーズ探索）まで手がけている。問題は、うちのグループの立体構造決定の解析力である。ウェットとドライのバランスのよい研究者が必須である。BMB2010の対策気づけば今週の木曜日に発表登録〆切とか・・・・まにあわねえ～RMSDがかなり下がったさて、JSTの査察も無事終わったし、水曜日からの淡路島ワークショップのための英語プレゼン準備などをしなければならないのだが、はっきりいってまだ何一つできていない・・・。本来ならばプレゼン準備に一日中かけないとまずいのだが、蓄積疲労をひきずっているせいか、ぼんやりしてしまっている。そういうときには逃避である。立体構造の精密化を終わらせるのである。結局、・NOESY peak pickのpeak table・CYANA style chemical shift tableの双方を精査して、整合性をとるようなスクリプトを自前で作成して動かしたところ、ばりばりと一気にRMSDが0.5台にまで落ちた。これにて一件落着、である。ブログ村で「NMR構造計算のコツ」についての最新情報を探してみる
2010.07.12
コメント(0)
-
守山ピエリよりも堅田のイズミヤのほうが楽しい件について
守山ピエリよりも堅田のイズミヤのほうが楽しい件について晴れたらどこかに遊びにいこうと思っていたのだが、今日はあいにく雨。昼前に車にのって、昼食がてらお買物に。というわけで途中峠→伊香立→琵琶湖大橋手前のイズミヤへ。ここはフラットなつくりで、とても広い。あまりに広すぎて売り場は全部は見切れなかった。フードコートでご飯ものを食べれるお店が、タコヤキとうどん屋とで二軒くらいしかないのは、やや残念だが、本屋さんも釣り具屋さんもアウトドア関連ショップも車用品も充実しており、普通のイズミヤとはかなり違う感じである。９８０円で簡易型の日よけテントをゲット、８８０円でJが川遊びするための小魚アミもゲット、と本来とは違う買い物をしてしまう。う～ん、楽しい。そんなわけで、雨の中、家に帰り着いたのは５時近く、すっかり遊んでしまったのであった。このイズミヤが障壁として立ちはだかっているうちは、守山ピエリの客は増えそうにない・・・・。参議院選挙Piyotaは海外で生活していた経験もあるし、日本人の多くは北欧なみの手厚い福祉が大好きみたいなので（あるいは、「貧困大国アメリカ」に書かれているような事故責任による低福祉は想定していないようなので）、それだったらいずれは消費税をあげざるを得ないだろう、と思っていたのだが。（その意味で、みんなの党の躍進は、意外であった。マニフェストないしアジェンダを正しく読んで、その上で「小さな政府」と言っているのだろうか？）だがだからといってPiyotaが民主党を支持するのかというと、そこはそれ、蓮舫議員の「１番じゃなければだめなんですか」発言がいまだにトラウマになっているのであるが。そんなわけで非常に複雑怪奇な投票活動を行った今回の選挙であったが、そんなこんなで夜遅くまで選挙速報を見ていた。民主党が大敗した、らしい。バラマキではない、ちゃんと成長戦略が描ける政党に政権をお願いしたいと思う。もやしもん ９巻ゲットというわけで石川雅之著 もやしもん イブニングKC今回は食料自給率の話にかみついたり、白ゴスロリ「マリー」が緊急来日したりと、ばたばたしていて全体的にはよくわからない回だった。だが、途中で、キノコ栽培実習に使われる予定のマッシュルームたち（数世代以上前から工場内培養株）が、自然界の広さに感動して、どんなに苦労してでも自力でここに根を張ろう、と感動の演説をするシーンで、思わずほろりと来てしまった・・・・。やあやあ。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.07.11
コメント(0)
-
夏祭りとチューペット売り
散髪ひさしぶりに、散髪に行った。夏祭りとチューペット売り晴れてよかった・・・。今日はチューペットの日、じゃなかった、保育園の子供達向けイベント、「夏祭り」。各クラス父兄が分担してローテーションに入って、模擬店を行います。PiyotaはNのクラスでローテに入ったのでチューペット売りです。チューペット売りは、Piyotaの天職なんじゃないか、と思ったのですが、今年はあまり働けず・・・。というのは、Nをずっとだっこしながらだったからです。数年ぶりにひっぱりだしてきたダッコ紐「Tompa」ですが、もうしょっちゅうNが動いてしまって、あまり機能的では無かったのが残念。もういちど研究しなければ。面白かったのは先生たちの催し物の、「お化け屋敷」。みんなでいけば大丈夫とばかりに、Jと数人が挑もうとしたのですが、そのときに年長さんのクラスの子が大泣きしながらでてきて、びくっ！ 子供達に一瞬動揺が走ります。「（・・・どうやらこれはかなりこわいらしいぞ）」 うーむ、見ていておもろい。そうそう、夏祭りということでJとNとYokotaが浴衣を着ました。N、プリチー（ハァト）。晩ごはんはたこ焼ワールドカップサッカーの勝敗占いのタコとは関係ありませんが、晩ごはんはたこ焼をテイクアウトで。東大路ぞい、一乗寺の蛸虎。 表面かりかりのおいしいたこ焼、９個入り６００円、二皿を三人で平らげました。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.07.10
コメント(0)
-
ジンと生姜を使ったカクテルをつくってみる
学部一年生来るうちの学部は学部一年生にたいして基礎研究の初期実習（アーリーエクスポジュア）がある。今年もそんな季節になってきたなあ、というわけで、１年生にタンパク質精製の原理などを簡単にレクチャー。冷え症と肩こり・来週のG-COEのワークショップの準備、いろいろと忙しいがようやくなんとか片付きつつあるような、ないような。・マシンタイムの空きを利用して、NMRの測定をかける。・側鎖帰属用にHBHACONH, HCCCONH・セミナーのネタとマシンの性能チェックのためHNCA通常版とBEST-HNCAを。・BEST-HNCA、水シグナルが上手に消えない。そのまま測定を強行。NMR室が寒いせいか、頭痛と肩こりが発症。さむいさむい。ジンと生姜を使ったカクテルをつくってみるそんなわけで冷え症・肩こり対策に効きそうなレシピを実践してみる。杜松＝ワコルダーが血行障害によいのと、生姜の血行改善効果をダブルで、という試み。http://www.rikukawa.com/jyouryusyu/gin/rekisi.htmlジン（タンカレー） 30mlくらい砂糖 ティースプーン1生姜搾り汁 ティースプーン1よくまぜる氷をいれて冷やす炭酸水を60mlくらいかるくまぜてできあがり味はまあまあ。なかなか美味い。香りがいまいち。オリジナルかと思っていたけれども似たようなものはないわけではないようだ。こことか。ブログ村ではちみつジンジャージン最新情報を探してみる
2010.07.09
コメント(0)
-
スケスケマウスで臓器の３Dイメージが
素寒貧学生支援機構（旧育英会）の奨学金を返済したら、素寒貧になった・・・・MRFMのライバル技術あらわる！Biotechniquesのニュースより・・・透明マウスと二光子蛍光顕微鏡でマウスの体内の3次元イメージングブログ村で構造生物学関連ラボのブログを探してみる
2010.07.07
コメント(1)
-
大学院教育実質化とは、本当はどういうことか？
大学院教育実質化とは、本当はどういうことか？企業が中心となっている経済団体が「日本の大学院教育は社会のニーズに答えていない」と非難し、文部科学省は「大学院教育の実質化にとりくみましょう」と提言をまとめたり白書をまとめたり、煽るのに忙しい。http://www.mext.go.jp/b_menu/shingi/chukyo/chukyo4/siryo/__icsFiles/afieldfile/2010/06/02/1294318_02.pdfで、まあ、こういう報告書にはそれなりに事実に基づいたいいことがいっぱい書いてある。どれもこれも「カリキュラム」「キャリアパス指導」などについては書かれているのだが・・・いくら仕組みをよくして枠組みを定めても、それらは簡単に骨抜きになってしまうのである。それが、就職活動による大学への実質的な不登校に対する処遇である。カリキュラムがよくできていればよくできているほど、８ヶ月間に渡って週二日以上休んでも罰則なし、というのならば、それによるネガティブな効果は大きい。特に大学院大学の場合、M1の秋からほぼ8カ月就職活動をするとなると、ほとんど何ら「マシ」な成果を出さないまま、卒業してしまう。就職活動で欠席した学生を救済する名目で、大学院講義がM1前期にまとめて開講される大学院は多い。そのことの教育的な是非について、そもそもまじめに議論はなされたのか？企業の新卒一斉採用活動、しかもそれが４年生学生と同時期に行うためのスケジュールによる企業の都合によって日本の理系の修士大学院教育が大きく骨抜きにされ、その影響で博士課程の人財育成にすら影を落としつつある現状、なんとかしなければならない。理学系大学院は修士課程を３年に博士課程を２年にする３＋２制度にせよPiyotaは大学院教育が与えられる最も重要な教育効果は、「努力と成功体験に裏打ちされた問題解決能力」だと思う。それを実現するためには修士課程で、少なくとも一本、査読つき英語専門紙に論文投稿可能なデータを最後まで出して、日本語または英語でまとめ終える、それくらいの経験をしてほしいと思うのである。そしてそのための一つの処方箋として、大学院修士課程を三年にする（ただし就職活動をせずに一心に研究にうちこんだばあいには早期進学をありにする」にしたらいいのだと思う、」ブログ村で大学院生の就職情報を探してみる
2010.07.06
コメント(0)
-
依頼掲載：2010年度計算タンパク質科学研究会(CPS)勉強会
関係者の先生に依頼されたので宣伝に協力します。城崎はよいところです。海水浴にはちょっと遅いかな。外湯めぐり（温泉街）はいいな。泊り込みで勉強っていいな。由良川河口でシーバスとか出ないかな？Piyotaは土日、ちょっと育児などで出歩けないので参加できるかどうか微妙なのは残念。2010年度勉強会2010年度 計算タンパク質科学研究会(CPS)勉強会のご案内生物学は大きな変革期を迎えています。全ゲノム・全タンパク質・全代謝経路が既知情報として存在する条件下で、それらがどのようにシステムとして働くかを解明することが求められる時代です。このような複雑で多階層的な課題には計算機の利用は必須です。今日ほど計算生物学が真価を発揮することが要求されている時代はないでしょう。しかしながら、今のところ計算生物学が期待に応えきれていないことも事実です。計算タンパク質科学(CPS)研究会は、計算機を活用して主にタンパク質を対象に研究している有志の集まりです。上記の困難な課題に挑むためには、まず集中した議論を気のすむまで続け、研究者間の相互作用を形成することが大切との認識から、年一回の合宿勉強会を行っています。今年の勉強会を以下の要領で開催することになりましたのでご案内申し上げます。参加者は全日程宿泊・全員発表・徹底討論を原則としています。事前登録制・守秘義務を課すことで、未発表データを含めた最新の成果の積極的な討論を行います。すでに計算機を活用している研究者はもちろん、今後計算機を使って研究を発展させたい研究者も歓迎します。「タンパク質構造」が主な話題となりますが、学際的な討論を歓迎しますので、特定のテーマは設定しません。徹底議論を通じ、互いに刺激し合い友好を深める雰囲気を醸成してゆくことが最大の目的です。皆様の積極的な参加をお待ち申し上げます。日時：９月３日(金)午後～９月５日(日)午前 （２泊３日）場所：城崎大会議館 〒669‐6101 兵庫県豊岡市城崎 町湯島１０６２http://www2.nkansai.ne.jp/hotel/kaigikan/参加予定者：ホームページ参照（http://web.comp-prot-sci.org/）基本方針：原則全日程参加、全員発表(１人15分～30分の予定)。質疑応答は原則エンドレス(ただし座長介入あり)。徹底討論と完全な理解を目指します。費用：18,000円程度の予定（２泊の場合）参加登録：事前登録制。参加希望者は7月9日(金)までに以下の要領でメールにてお願いします。希望者多数の場合は、先着の方を優先する場合があります。 宛先：kanji2010＠comp-prot-sci.org (「＠」を半角に書き換えてください） 記載事項：氏名、性別、所属、連絡先、発表タイトル、希望発表時間(?30分)2010年度「タンパク質・ ゲノム構造」勉強会幹事：奈良先端科学技術大学院大学 川端 猛大阪大学 金城 玲長浜バイオ大学 白井 剛ブログ村で計算科学の最新情報を探してみる
2010.07.05
コメント(0)
-
ハンマーダルシマーのライブを鑑賞 亀工房
ハンマーダルシマーとアコギのduo 亀工房のコミュニティーライブに行ってきました亀工房さんのホームページ岩倉の村松公民館でおかあさんと子供むけのプチライブコンサートに行ってきた。公民館に座蒲団をひいて、子供をだっこしたりごろごろしながら、音楽を楽しむ、ついでにスライドショーを楽しむ、とっても素敵な会。ハンマーダルシマーとアコースティックのギターの音色も素敵で、すっかりまったり癒されました・・・が！演奏中、ずっともぞもぞもぞもぞ、となりのご家族のお母さんの手荷物に興味を示してにじり寄っていくNを3分間に一度の頻度で引き戻したり、そわそわがさがさしているJを捕まえて拘束したり、いろいろと音楽のみに集中できなかったので、残念無念。おめーら（JとN）、ちゃんと音楽聴け！（たぶん、まだ、無理）。なおYokotaが会場でCDを一枚購入してサインをしてもらいました！ JOURNEY (3rd album) AMAZONとかでも入手できないので、これは宝物に決定。ゴリ先生の写真素敵でしたさて、音楽にあわせてスライドショーがあったのは、同時上映の写真家、「ゴリ先生」こと小西貴士氏の「森のようちえん」の一瞬一瞬をきりとった珠玉の写真集でありました。「森のようちえん」とは、清里は清泉寮でも有名なKEEP協会の行っている、森林と自然の中でこどももおとなものびのびする、というプロジェクトに一貫の行事です。その風景を捉えたほっこりする写真（すごく美しくて癒される）を亀工房の音楽をBGMにたっぷりと堪能したのでした。いいなあ、清里行きたいなあ・・・・関西からは清里は遠いですよね～。なおフレーベル館より森のようちえん日記（写真集）は近日発売中とのこと。楽しみです。物欲番長そんなわけでハンマーダルシマーがちょっとほしくなったりして・・・やすいものから高いものまでいろいろあるみたいです。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.07.04
コメント(0)
-
【本日の読書】天冥の標 ２ 救世群 小川一水
本日の読書天冥の標 ２ 救世群 小川一水 今回はこれまた救いのないストーリーである。致死率９０％の新型ウイルス病、しかも治癒はするものの保菌者として一生ウイルスを持ちつづける、という設定の、救いのないウイルスの「アウトブレイク」より、21世紀初頭の人類が危機に晒される話である。そして、ここで描かれるのは、危機を乗りきろうと奮闘してはすりきれていく現場の若き医師たちの正義であり、病から生還してなお社会から疎外されつつも、顔をあげて前向きに生きていく少女のしなやかな勇気である。だが、この物語にhappy endは用意されていないのだ・・・。結局、非人間的な防疫と隔離により、なんとか「封じ込め」に成功した人類ではあるが、そのことが人類社会全体に歪みと矛盾を持ち込むことになったのだ。おそらく、これが数百年を経て、第一巻の世界へとつながるのであろう。しかし、「ダダー（偽薬売り）」などのいくつかの第一巻で出てきた奇妙な設定の語源らしきものは提示されるものの、多くの謎は未解決のまま、次巻に持ち越される。次はいったいどうなるのであろう？なお救世群は、作中に出てくる「致死ウイルス抗体をもった罹患者たち」のこと。プロテスタント会派の"Salvation Army"とは多分関係がない。★★★★★（星５つが満点）本日の一日・午前中、家中大掃除。・昼過ぎ、箕面の祖父母来る・夕方、JとNの保育園の先生による家庭訪問 Nのほうの先生なのですがJが大はしゃぎ。Nはなんか人見知り・・・って平日毎日お世話になっているやろ！・夕方、YokotaとJが外出。夜はNに適当に晩御飯たべさせる。ブログ村で新型ウイルスアウトブレイク関連のブログを探してみる
2010.07.03
コメント(5)
-
世界で一番アキバに近い構造生物学研究室
査読論文査読一件を集中講義前に片付ける。HSQCの図を出すのならばassignmentをいれましょうよ～ とご提案。実はあの図、作るのめんどくさいんだけどね～。神田先生のつくられたP-ROIシステムを使えば一瞬なのだが。素寒貧学生支援機構（つまり旧育英会）の奨学金、免除職に就いているにもかかわらず毎年返済しているPiyotaです。企業からかりていた借金は返済しおわり、学生支援機構はあと二回で完済。だがそのかわりに住宅ローンが、まだまだたくさんあるPiyotaです。6月一杯で振り込まなければならなかった学生支援機構の返済、気づいたら7月になっていて、びっくり。電話したら、同じ振り込み用紙でよいとのことなので、急きょ返済振り込み。御茶ノ水駅前郵便局から振り込みました。結果、スカンピンです。世界で最もアキバに近い構造生物学の研究室先々週、札幌でご一緒させていただいた、のんちゃん先生のラボを訪問、NMRの集中講義をする。のんちゃんラボはとんでもない高層ビルのとんでもない高層階に引っ越ししたとのこと。うわーい、白い巨塔だあ。景色が素晴らしい。集中講義は失敗だった深く反省。にゃるあに世界で一番アキバに近い構造生物学研究室で、「あなたのもとに這い寄るニャルアニ」を見せてもらった。というかそれを見ることが目的なわけではなくて、Piyotaが講義につかったIdeaPad-U350のコスト性能比と、ノンちゃん先生の愛機SONY-VAIO-Z sony-style-customeバージョン動画再生機能強化版の性能比較の一環としてである。[ニャルアニをYouTubeで検索試聴]で・・・いろいろとつっこみどころ満載で・・・暇人破壊者（ヒマジンブレーカー）とか・・・武力介入ごっことか・・・いや、ラブクラフトプラス、はまずいだろっ。東京駅八重洲口地下街の居酒屋ハイボール。サントリーは出荷調整にはいったらしい。こんにゃくの煮しめに七味トウガラシというツマミに大いにはまるはまる。のんちゃんどうもごちそうさまでした！ブログ村で構造生物学関連ラボのブログを探してみる
2010.07.02
コメント(0)
-
NMRPipe講習会
デスクワークデスクワークとは関係ないが、なぜか最近周回遅れで「のだめカンタービレ」にハマっている。昼食難民午後から阪大蛋白研でNMRに関連するソフトウェアの講習会が開かれるので、少しはやめにJR茨木駅について、ゆったりとした気分で昼飯を食べようとする・・・のであるが、最近来ていなかったせいもあるのだが、JR駅周辺は本当によいお店がないなあ。ぐるぐると歩きまわった挙句、ランチに適した店がなかったので、マクドナルドまで歩いてみてまたショック。マクドナルドJR茨木駅前店、閉店！。このままでは本格的に昼食難民になってしまう！結局イズミヤ地下のアサヒビアレストラン スーパードライ茨木におせわになることに。カツカレーうまかった。NMRPipe2010年リリースのNMRPipeの新機能の主なものは次の通り。１．2D-MEM サポート。ランダムスパースサンプリングによる高速測定可能。２．talosが機能強化、talosplusに。３．NMRWishなどの機能に関する非常に詳細なマニュアルページ。４．PCA-HSQC（これはただし別料金）やNMR-titration、relaxationなど、スペクトル処理の自動化・バッチ処理化が機能強化。５．複数スペクトルの重ね書きなどの機能。その他プレゼント質疑応答でのメモ。・iPadへの移植はしばらく見合わせ。iPhone OS 4以降で初めてpipeが使えるようになるのだそうな。・化学シフト予測ソフトSPARTA。そこそこ強力とのこと。・Baker Lab (WU)とのコラボでRosetta-NMR、デノボ構造予測が正確精密に。・-fn FTに関する覚書・-fn REVを使ってFT後にスペクトルの上下軸を反転させると、1/2t-pointだけ0点がずれるせいで化学シフトがずれる、とのこと。それを回避するためにも-fn REVは使わないで-fn FT -negを使うといい、とのことであった。というわけで、実に有意義な一日だったのだが、明日の準備がまだなので余韻にひたれず。集中講義のため東京に向かうというわけで6時過ぎまで続いたセミナー終了後、バスと御堂筋線で新大阪、そこから東京へ。千里半急で、晩飯用の寿司盛り合わせと、缶ビールと、ブリックパックワイン白。このワインはあたりです。アウトドアにも最適かも！！ストローで飲む新感覚ワイン！手軽に手間なくエコ♪業界初250MLのセンソリ-ストロー付きテトラパックワインです。【業界初!!ブリックパックワイン】楽天市場初登場！！トゥリーユ シャルドネ・ミュスカ 250ml新幹線の中で、集中講義のパワーポイントの準備をしました。ブログ村でFFTとMEMに関する情報を探してみる
2010.07.01
コメント(1)
全29件 (29件中 1-29件目)
1
