2010年08月の記事
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【ラノベ】ヴィークルエンド うえお久光【読書】
本日の読書 ヴィークルエンド 電撃文庫 うえお久光著 「悪魔のミカタ」シリーズの3分の2まで読破しつつも最後までついていけなかった、うえお久光氏のラノベ、「紫色のクオリア」などシリーズでない作品に佳品もないわけではない。というわけで、ひさしぶりにうえお作品が読みたくなったので買ってみたのが、これ。内容はまあはっきりいって、ヤバい。近未来、先天的な障害によってほとんどの子供が内分泌異常で生まれてくる社会、という設定で、「サプリ」と呼ばれる医薬品もとい栄養助剤を子供たちだけが常用しているという設定で展開される、特殊な危険なスポーツに興じる主人公たちの物語である。ストーリーとしては「ボーイミーツアガール」系、新進アイドルが歌を忘れて、その子に歌を作ってもらうために、熱血主人公が一肌脱いじゃうよ、というのはある意味王道である。新進アイドルというかロックスターの彼女の音楽は、サプリを服用しない大人には理解されない、というあたり、アシッド系と呼ばれる現在すでにある非合法音楽文化を真っ向から肯定しているので、それってよくない。主人公達が愛用しているヴィークルという「サプリ」は、身体の反応速度をあげつつ、身体を第三者的に見ることができるようにするサプリという設定になっている。反応速度の向上、感覚の鋭敏化、希薄になる現実感、しかし感情はむしろ抑制される・・・これは「理想的な覚醒剤」であるなあ、とひとりごと。つまりこの小説、どこかでヒステリックな誰かの俎上にあがったら叩かれる要素満載であるといえる。わかっていて書いたのならば確信犯でチャレンジャーだが、そうでなくて書いたのならば、うえお氏はこの先どうなってしまうのであろう？さて、小説の出来としては、うえお氏ならではの視点と語り口で、まあまあ楽しめる。「自分の将来のために、なにかやりたい、なにかやらねばという焦燥感、でもなにをしてよいのかわからない」というエネルギーを持て余した青少年の心理を、よく描いているような。少なくともPiyotaには、そういう焦燥感に身を焦がした時期がありました、はい。でも、「ゆとり世代」のいまどきの若者には、そういう焦燥感なんてあるのかなあ、とも。そんな基本的な疑問は、この小説についてのネットでの反響を探してみたらわかるのかもしれない。なお、2010年8月16日のニュースで、須磨海水浴場の海の家で麻薬所持使用などで若者が集団検挙された。薬物の使用に対して危機意識、罪の意識が希薄な若者が増えていて、それを文化的に肯定するような背景があって、このような薬物汚染が連鎖するのだとしたら、困ったことである。ブログ村でうえお久光氏の小説に関する反響をもっと探してみる
2010.08.28
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ケアンズから日本へ：仕事に追いかけられてサイアクの気分
おみやげを買いましょう本日12:40の毛杏空港発のフライト。朝は8:00に起床して、荷物のパッキングと撤収準備。大体うまく収まって、よかったよかった。ホテルのフロントのおねえさんに、昨日のうちに、シャトルバスの予約をお願いしておいた。そんなわけで、10:30に空港行きのシャトルバスが迎えにきてくれることになった。バスは予約手数料が$5AUD、運賃別途$5AUD。まだ40分くらいあるので、もう一度だけcity center/Transit mall付近にでかける。目的は、ひとつは$250AUDもあまってしまった現金を日本円に戻すためで、もうひとつはおみやげである。Transit mallの中心を駅方面に少し行ったところにある、手数料無料の外貨両替所、1AUD=72yenでやってくれる。この旅行中に大幅に円高が進んで、いったいいくら差損をだしたんだか。それでも関空でかえると65yenなので、現地で替えるほうがまだrateがいい、というのは真実であった。さて、Transit mallの中心付近、Woolworthの二軒か三軒となりに、野太い男の人の声のカセットテープがエンドレスでながれている店があります。英語で何をいっているかというと「○○70% off !、やすいよやすいよ」と言っているのである。百均的なのりである。で、その中に、毛杏みやげも結構売っている。よし、ラボのみなへの手土産はここでかうことにしよう。最後に本屋さんで自分おみやげ。海外の写真のきれいなカレンダーが好きである。というわけで一冊$10AUDのカレンダーを三冊。美しい風景写真はなごみます。毛杏から日本へケアンズ空港は大混雑でした。東京直行便と大阪直行便がほぼ同時に離陸するのです。でも関空に帰る便は、学会関係者の顔見知りばかり・・・金曜日ということもあって、気楽な旅でした。待ち受けていたのは今日中にかたづけないとやばい仕事ところが・・・・出張前に、大学のエラい人から頼まれていた企画書作成仕事、海外出張中ということで忙しくて放置していたら、督促のメール！なんてこったい。楽しい気分が一気に冷却。気分は最悪です。帰宅してから、作文を初めてドラフトを送るまでに2時間。くたくたになって就寝でした。やれやれ。ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.08.27
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ICMRBS 最終日 カンファレンスディナーと全体の雑感
ICMRBS 最終日っ！カンファレンスディナーで飲み過ぎて、ちょっとはやめに戻ってきて、ものすごいしんどい気分でベッドに倒れこむ。6時間眠って、目が覚めた。ともあれ、ワインは美味しかったし、地ビールはうまかったし、熱帯雨林は素敵だったし、食べ物はまあまあなんとかなった、ということ。海だけが堪能できなかった。残念だったのは、咳が徐々にひどくなりつつある4日間であったこと。で、感じたのは、日本のNMRは、またもや海外に遅れ始めている、という明らかな実感である。結果的にタンパク３０００が批判されてこけたせいで、日本のNMRの各ラボに元気がない。それまでに出来上がったラオは、良いバイオロジーをしているせいで、top journal論文は安定して出せているが、それはどうやら守りに入っているようにも見える。その結果日本のNMRはまたもや世界から遅れ始めつつある、のだ。ところが、ならばその危機感をばねに、「海外の最新技術をキャッチアップする」という勢力が一定数あってもよいはずである。これまでは日本の科学はそうして進んできた。「キャッチアップ」「あたらしものずき」というスタンス、実は重要なのだ。だが、もともと日本では、キャッチアップをしていると、偏狭な価値観でオリジナリティーがないと馬鹿にする傾向がある。先端に追い付いていない状態でオリジナリティーなんて言い出しても意味ないのに・・・・。自分らが技術的に国際的に、遅れているという実感がなければ、モチベーションもわかないし、その価値もわからない。その意味で、現在走っているターゲットタンパクプログラム予算は、日本のNMR界・構造生物学界にとってはあまり恩恵がないように思う。よく知らないのだが、X線は、ハードウェア開発競争ではまだ海外と互角に戦えているのだろうか？マイクロビームとか、超高速高感度デテクターとか？もしそうならそれは救いである。すくなくともタンパク３０００時に、それらが、大いに進んだのは知っている。一方、ソフトウェア開発はX線もNMRも、日本は弱い。 というわけで、Piyotaラボの今年後半期の目標というか立ち位置は、初心に帰って、【海外の先進技術を愚直にキャッチアップ】。オリジナルなことを気合いいれてやるんだ！！、みたいな自身の思い入れや、外部からの誘惑や不当な圧力には耳と目をつぶる。唐手の修行でいうと、「基本の型の練習を延々と練る」かんじである。オリジナルなことを始めるのは、それからである。じゃないと同じ土俵に立てないし、相手にしてもらえない。それにしてもeNMRといいNESG/JCSGといい、コミュニティーをつくって一気に進む、というのから、日本はおいてきぼりにされたなあ、と感じる。いずれも欧州・米国の構造ゲノミクスが核となったコミュニティーベースの知識集積法である。 唯一、NMRメタボロミクスだけは、世界をぶっちぎっていた。キクリン天才！ 確かに、タンパク３０００の予算執行方法や予算獲得方法に問題があった、かもしれない。でも予算・プロジェクトがどうこうということと、「構造ゲノミクスという学問は無意味だ・日本には不要だ」という議論は、まったく分けて考えなければならないはずなのだが。 坊主憎ければ袈裟まで憎し、横山(先生)憎ければ構造ゲノミクスまで憎し、というのは、科学技術政策を考える上では、あまりに大人げない。日本の構造ゲノミクス（とくにNMR構造ゲノミクス）は、その大人げない予算がらみの批判の巻き添えを受けて、壊滅した。そのマイナス効果が日本のNMR構造生物学の、世界レベル研究との乖離を広げはじめた。そういう危機感であるたとえば、ゲノミクスやトランスクリプトミクスが分子生物学のツールボックス的効果により技術革新をもたらしたのと同様、ハイスループット構造決定プロジェクトのもたらした方法論の革新の通常の構造生物学ラボへの恩恵は、実は考えられないほど大きい。その意味で、技術革新は常にキャッチアップしなければならないはずなのだ。だが、その最新技術をフォローできていない人たちに（※フォローしていた人たちは横山シンパとして巧妙に予算の枠組みからはじかれたキラいがある）、「これからは生物学的に重要で難しい対象をやれ」と強要したのが、今のターゲットタンパクの枠組みである。だが、今までも容易ではなかった困難なサンプルに、一世代・二世代前のテクニックや考え方、戦略で、世界レベルのスピードで立ち向かうのはきついだろう。今回特筆すべき技術の一つは、adenovirus発現系で1L培養から数10mgの蛋白精製→二重標識でNMR、という発表。あと140aaくらいのタンパク質を測定→構造決定→PDB登録まで二週間、というJCSGの発表(Wuethrich)。ノーベル賞学者が所属できるグラントがそれしかなかった、と揶揄する先生もおられるようだ。だが、Piyotaはあえて逆の見方をする。構造ゲノミクスは、ノーベル賞学者が、古巣を捨てた後に骨をうずめるために選んだプロジェクト、という言い方もできる、それくらい重要な学問なのだ。少なくともWuethrich先生の構造ゲノミクスに対するこれからのNMRの貢献に対するイントロの説明には、一点の迷いもない。高速構造決定の内訳はデータ測定は帰属用がAPSYの圧縮次元技術を使って、1-2日、NOE収集が5日、これはおそらくNUSを使わない普通の測定。残りの8日間は自動帰属と自動リファインメントとvalidation こんなスケジュールであった。使用ソフトパッケージはsoftware UNIOというらしい。結晶化しなくていいので、そのサイズの試料ならば、速度的にもX線を上回っているかもしれない。ただし、自動化で高速化できているのは、いまのところぎりぎり分子量2万。圧縮次元NMRの原理による限界で、帰属が簡単だと測定の数も減らせる、スペクトルが複雑化するとお手上げ、ということのよう。そのため、現状では150-160aaよりも上は、一気に自動化の恩恵がうすれてしまい、旧態依然の解析にもどってしまうような印象を受けた。本当のところはどうだかわからない。これは自分でやったことがないからだ。とりあえず自分でやってみる、ということが重要なのであろう。 ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.08.26
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ケアンズ日記5日目、ICMRBS3日目、地ビール
夜遅くまでネットで巡回していたので、はい、寝不足です～・・・あ、あとそれと、せっかく日本から大量に文庫本をもってきたのに、思いのほか読み進めません。なんだかなあ。読んだら廃棄して身軽になるという予定が思いのほか狂ってしまった、関空で文庫本とか買わなければよかったと後悔。ICMRBS DAY3 本日の主なspeakerと内容雑記これまであまりまじめに書いてこなかったが、いろいろと思うところは、あった。あったのだが、なんというか、テンションはあまり高くない。アデノウイルス発現系を利用した培養試料への二重標識、あたりが迫力があった。あと、理化学研究所の菊池先生のNMRメタボロミクスは、開発されている技術が世界標準を完全に突っ切った独走態勢となっており、これについては当面は他の追随を許さないであろうという境地。これは、すばらしい。signaling関連タンパク質の構造生物学に関して、Ming-Zhie Zhangの研究は素晴らしい。うちラボの個人的なライバルなのだが、どういうことなのだか。あと、個人的にはいろいろとamyloid関連のNMR解析の発表がおもしろかった。ケアンズで地ビールを堪能Cairns Bluesky Blewery Restaurant & Bar$12で6種類、$6で3種類のビールを小さいグラスで試飲させてくれる、地ビール工房。パーティスペースでは、DJの人が歌なども披露している。気楽に飲めて料理が楽しめる店であった。Piyotaのおすすめはwheat beerかFNQ Lagerである。ただし、それ以外にはかなり個性的な味のビールもあるみたいで、全てが全ておいしいわけではないようだ。面白い。料理は、リブステーキやシチューやfish & chipsが絶品であった。支払いは、頼むときに毎回カウンターで。この日、太鼓の達人とかの話で大いにもりあがったのだが、まあ、それはそれ。A社に社名変更になったV社が、Piyotaたちのこの究極の新規プロジェクトに出資してくれることを祈りつつ。ブログ村でICMRBS関連のブログを探してみる
2010.08.25
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ケアンズ日記3日目 ICMRBS DAY1 日本のNMR学者の自縄自縛
ICMRBS DAY1 本日の主なspeakerと内容雑記ICMRBSでは、中国・韓国の研究者たち、若手大学院生たちの構造生物学への応用研究に関する、活発な発表が目立った。また、海外のestablishされたラボの諸先生方が、それぞれのお家芸にさらに磨きをかけたマニアックな研究（とくに技術開発）を発表されており、非常に参考になった。特にPiyotaたちの研究に直結して生かせそうな新規方法論はなかったが、いままで既に聴いていた技術で、欧米ではそれを更に先鋭化して進めているのに、日本ではキャッチアップすらしていない、というものがなかなか多いと感じた。日本のNMR学者の自縄自縛そんなわけで、日本のNMR構造生物学に現在蔓延しているこの沈滞ムードはどこから来るのであろうか、という問題点について、S先生と昼をご一緒しながら考えたのであった。で、結論。やはりタンパク３０００批判や、事業仕訳批判による、「NMR構造生物学が処処のコストを食いすぎる」という批判を、メンタルに気にしすぎていて、研究そのものの方向性に切れ味がかけている、ということが大きいような気がするのだ。いいかえれば「他の方法にはできない、NMRにしかできない」ということを前面にだすべく、それに縛られすぎて、自縄自縛に陥っているのではないか、ということである。「全体として非常にレベルの高い研究」で、かつ「NMRがそこに上手に生かされている」という研究の在り方があるのだとしたら、ある意味その対極として「NMRを使うことを自己目的化しつつ、他の方法を使わないことの言い訳をする」みたいな自縄自縛である。ICMRBSならば、これでいいのかもしれない。しかし、それだけに安住してはいけない、はずだ。少なくとも、もっと自信をもってもっと楽しみながら研究をしていたアジアの若者とは、大分温度差があった。Cairns国際会議場周辺の風景ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる
2010.08.23
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ケアンズ日記二日目 【indigenous art fair/ICMRBS-Day0】
植物園と湖とrain forest boardwalk植物園の行き方・ケアンズ市内中心部のtransit mallから北部方面行のバスにのる。Piyotaがのったのは2Aという路線。・ケアンズのバスは停留所の案内放送がない。どきどき、である。でもまあ、停留所の間隔はすごくせまい。150mに一つあるくらいの感じである。・というわけで、Sheridan streetを北に走るバスならどれにのってもオーケーで、道の右側にトブルックメモリアル公園のプールの屋根が見えたら、停車ボタンを押す、というのでよいようだ。値段は$2.50。乗るときに払う、お札でもお釣りをくれる。・それからGreenslopes streetに入って、道なりに200mくらい歩くと、Lakesという巨大なリゾートホテル・別荘群があって、その先に道の右側に大きな公園。センテナリーレイクス公園である。・ここには海水湖と淡水湖がある。湖のまわりに遊歩道。レクリエーション保護区となっていて、熱帯雨林の林がそのまま残っている。そこに、熱帯雨林観察ボードウォーク（歩道）が整備されていて、印象的な風景が見れる。・ただし、自然のままなので、虫さされに注意、である。Piyotaは2mmくらいの羽アリ？にちくちくと６～７か所噛まれた。吸血しているようではないのだが、噛まれたところはあとで6mm直径くらいの赤い腫脹になった。そのあと、きつい痛がゆいような感じになり、中心がつぶれてかさぶたになった。全治5日くらい。・もちろん何も治療しなかったわけではない。日本からはオロナイン軟膏の小さいものを。しかし虫さされかゆみ止めはもっていかなかった。失敗である。Tank Art Centre公園を南から北に横断して、Collins streetまででて、その道をはさんだところに植物園入場無料、がある。そこを歩いていると、その先に、かつては巨大なサイロだったような、大きな円形のタンクの建物がみっつある。いまはそこは、美術イベント会場になっているらしい。Tank art centreである。帰りはそのCollins st.にあるバス停からケアンズ市内に戻る。植物園正面を通るバスは一時間に一本しかないのだ。Indigenous Art Fairまったく予期していなかったのであるが、今日はここでイベントがあるらしい。入場無料の、QLD先住民族文化美術フェア、である。クイーンズランド州政府が主催して、島も含めて近隣の先住民族文化センターの人々の日頃の芸術活動作品が、一斉に集合して展覧会になるようだ。原色色彩、点描、単純化された線で描かれたへび、かんがるー、魚。オーストラリア先住民族の文化は、いまや、現代美術と融合して、生活支援と外貨獲得の両輪としてはたらいているようだ。確かに、先住民族芸術の作品（リトグラフとか絵とか）、高いっす。ICMRBS Day 0, opening lectureGerhald Wagnerのオープニングと、Varian賞受賞のKarplus先生のビデオ講義、で5日間にわたる世界最大のNMR会議が幕をあけた。会場、寒い。半袖で過ごしたらすっかり体が冷えて、ひょっとしたら風邪をもらったかも・・・・サイアク。インド料理というわけで、何人かの先生とインド料理をたべにいきました。腹いっぱいで一人2000円くらい、安いですね～～。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.08.22
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ケアンズ日記初日！ 【クランダ観光鉄道・スカイレール】
朝５時朝５時すぎに空港に到着する。ホテルの早期チェックインなんて対策はしていない。しかし空港にいてもしょうがないので、ホテルに移動することにする。海外旅行で一番緊張するのが、空港で乗るタクシーである・・・おおっオージーなまりの英語だ。確かにTodayがトゥダァイに聞こえる。ともあれ、なんだかよくわからないが10分ちょっとくらい、20ドルAUくらい（詳しく覚えていない）でホテルまで連れていってくれた。どうもありがとう。朝６時ホテルフロントで立ち尽くすPiyota。土曜日はフロントが開くのは朝8：00からだよ～ん、と英語で書いてある。はぁ。英語が読めてよかったなあ。しかたなしに明け方の毛杏（誤変換されたのだが、気に入ったのでこのまま使いつづける。ケアンズと読む）海岸を散歩する。がらがらがら、12kgの荷物をひきずって。朝７時散歩終了、さて、観光に出かけよう。市内を一通り歩いてケアンズ中央駅に到着。Central Shoppingが閉店している時間は、反対側から回り込まないといけないので非常に損な大回りである。しかし、駅舎に入ってみると、電車の時刻は8:30/10:00の二本だけ、切符売り場も8:00からじゃなければ開かない、とのこと。なんてこったぃなんてこったぃ。クランダ歴史観光鉄道の旅round trip ticketを97AUDでゲットする。Cairns Central -> (railway) -> Kuranda -> 現地で観光 -> Skyrail -> Caravonica Terminal -> shuttle bus -> Cairns city (hotel)原理的には逆回りのルートもあるはずなのだが、どこでどうチケットを手配すればよいのかわからない。先に列車に乗るほうのチケットは駅で入手できる。客車は全車指定。あと、駅にコインロッカーなどがないので大荷物のまま観光に。こればかりは困るなあ。・列車・車窓は絶景・コアラとカンガルーを見る・クランダ楽しい。ビールとかお土産とか。・Skyrail は熱帯雨林の上空を。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.08.21
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出発！ 意外な人との出会い、VB
関空より海外出張に出ます！20:20のフライトなのだが、旅行会社のパンフによると集合が15:15とか書いてあるんですけど。うそでしょう！？というわけで、気温35度の猛暑のなか、京都駅からはるかにのってでかける。意外な人との出会いさて、出発ゲート付近で、意外なかたとお会いした。阪大のH先生一家である。なんと、ケアンズで家族で夏休みなんだそうだ。わーい。わーい、なんだけど、NMR学会があって、微妙に関係者が何人かケアンズにいるということで、憂鬱そう。ごめんなさい、せっかくの海外旅行に水を差しました！VB（有料！？）JetStar直行便で関空→ケアンズに行く。このJetStarというQuantas空港の子会社であるが・・・いかにも安上がりな航空会社で、格安航空的なサービス体制であるようだ。そのわりに、十分値段が高いんですけれど。エコノミーで10万円以上払っていて、これかよ！？って感じである。噂によるとJetStarには同じエコノミーにも料金のグレードが細かくあって、ものによると食事も飲み物もでないチケットもあるらしい。チェックイン時に晩御飯がでるのかどうか確認する。今回のJetStarはJALとの共同運航だった。というわけで、始めは自分のチケットに食事がついているかどうかも不安だったのだが、とりあえず、食事（夕食１、早朝軽食１）は値段に含まれていたようだ。夕食時にビールを頼んだら、こちらは有料だった。でもまあ何事も経験、まずはオーストラリアのビールを味見！というわけで、ケアンズで最もポピュラーといわれている、Victorian Bitter （VB)を試した。あっさりしていて、苦いけれども飲みやすい。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.08.20
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偏狭な価値観について
偏狭なオリジナリティーｖｓ器用貧乏愚痴！ である。今日は、明日からの海外出張のために一所懸命ポスターつくりをしつつ、NMR室におりて、測定が終わった3Dのデータ処理を終わらせたり、新しい測定を仕掛けたり、と大忙しであった、のだが。（帰りしなに、Best-HNCACBの測定までセットアップしたりして、自分ながら大活躍の一日だったのだが。）途中で、大学院の断れないエラいひとに呼び出されて、現在のうちのラボの研究スタイルにいちゃもん（？）をつけられて、大いに凹んだ。そもそも雑音が多すぎるんだよなあ。研究で一流を目指す、とかいいながら、その評価基準が旧態依然としているんだったら、一流になんかなれないじゃん、と思うんだが。そのエラいひとの言い分では、「何でもいいから○○の分野では世界一位、世界一位は無理なら、世界一桁位くらいで、日本では一位」みたいな、そういう研究成果をめざすように、というお達しであった。それって、確かに評価の基準としては明確でわかりやすい。どれくらいわかりやすいかというと、素人集団に対する説得力としてわかりやすい。わかりやすいのはいいことだ、きっと。でも、Piyotaにとって、それってimpact係数と同じくらい、薄っぺらい評価なんだとおもう。確かに、「○○だったら××先生」と、異名ないし二つ名がつくようになれば、それは認知度が上がるし、素晴らしいことだ。でも、あえて言う。それ、大きなお世話ですぜ、センセイ。「自分に二つ名をつけていい気になるなんて、そんな恥ずかしい中二病厨房みたいなこと、Piyotaにはできません。」うちの偉い人たちも、この中二病から脱却しない限り、永遠に研究で一流と認められる大学（学部）にはなれずに、地方大学のまま終わるであろう。一流の研究機関を目指すのならば、そこにまず必要なのは、多分構成員のheterogenityである。異なった価値観、異なった概念の出会いからのみ、新しいものは生まれる。新しいものを生み出せない限り、いくら○○の第一人者的な看板をそろえても、しょうがないとはおもうんだが。もちろんPiyotaたちは、「いまできることを精一杯やる」「他のラボでできることがうちのラボでも普通にできる」がもっとも基本の行動原理なのである。何か一つに特化してそれを掘り下げる、という戦略ではなく、横に横にスライドしていくような流れこそがNMR構造生物学の特徴だと、信じているので。ま、いいや。人を活かすのも組織、スポイルするのも組織。そんなこと、Piyotaみたいな下っ端に言われんでも、エラいひとは十分ご存知だろう。ブログ村でNMR構造生物学のブログを探してみる
2010.08.19
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【ラノベ】なれる！SE ２週間でわかる？SE入門【本日の読書】＋ポスター制作日記
本日の読書 なれる！SE ２週間でわかる？SE入門 電撃文庫 夏海公司著 先月まで週刊アスキーにて番外編が連載されていた、ブラック企業（ブラック職業）ナンバーワンのSEの裏話を、体を壊して転業してラノベ作家になった著者が赤裸々に暴露する痛快な業界内部事情小説の登場である・・・のだが。すくなくともこの小説を読む限りは、SEがきつい職業だというのがよくわかり、それでも耐えて働こうという主人公の前向きさが、読者の心を打つので、決して悪い小説ではない。まず、文系でコンピュータについてかなり素人にもかかわらず、SE業に入ってしまったシュガー新入社員桜坂工兵が、社員も認めるブラック企業、スルガシステムに入社するや、超高スキルを有するもどうみても外見JCの美少女上司室見立華のもとでOJTをうける、という話である。某掲示板では、「葉桜のひと」夏海公司は勝負時を捨てたのか？とか、このラノベは業界内部の人にしか需要はないんじゃないか？とか、さんざんな反響であった。だが、内容的に、泣ける２chの名板http://www30.atwiki.jp/blackmatome/pages/32.html「ブラック会社に勤めてるんだが、もう俺は限界かもしれない」とのネタかぶりを指摘する批判はあまりなかった。ただ、Piyotaはこの小説、別の意味で笑えなかった（苦笑）。なぜならば、この7月からPiyotaラボに新しい技術補佐員として、まったくの分野外から現在NMRのアサインメントを、画像データ処理の観点から解析してくれている○○君というのが着任してくれたのであるが・・・彼にとってうちのラボの職務内容はブラック企業なのではないだろうか？ということである。う～ん、笑えない。そんなわけでシリーズ第二巻がでているようなのだが、買おうかなどうしようかな・・というかんじである。ポスター制作日記海外出張のポスター発表では、ポスターの枚数やサイズに困る。今回、いつもとは趣向をかえて、B4縦x3x3(9枚)というシンプルな構成にしてみた。それなりにうまくできたようだ。ポスター発表はやはりオーラルにして10-12分ぶんくらいの発表内容と考えてよい。縦書きのポスター9枚分というのは、妥当かもしれない。ブログ村で「なれる！SE ２週間でわかる？SE入門」に関する反響をもっと探してみる
2010.08.18
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【link】PhDを取るとはどういうことか？【cool】
Twitterで流れていたクールなマンガ（英語）PhDを取るとは具体的にどういうことなのか、というすばらしくcoolな考え方である。http://matt.might.net/articles/phd-school-in-pictures/日本では「飯粒扱い」ちなみに日本ではPhDをとることを「足の裏のごはん粒」という。その心は「取っても喰えないけれども、取らないと気持ち悪い」だそうだ。この、「取らないと気持ち悪い」ことのほうを、ここ最近、つねづね実感する。夏なので我が家では当然スリッパもなしの裸足生活、我が家には離乳食も卒業して一般食に移行しつつある（しかし豆腐とかﾖｰｸﾞﾙﾄとかうどんとかねこまんまとかしか食べないが）１歳児、Nがいる。でもって、Nがごはんどきに気ままにごはん粒をぽろぽろと落として、Piyotaは毎日のように足の裏にくっつくごはん粒に悩まされているのである。現実問題として足の裏のごはん粒を取らないで一日過ごす、という選択肢はありえない。足の裏にくっついたご飯粒を一週間とらなかったら、カビが生えたり水虫がひどくなったり、なにかもっと痒い病気になるかもしれない。想像するだに恐ろしい。同じように、研究者または科学者または理系人として、学位(PhD)を取らずに一生を終えるという選択肢もまた、相当にありえないと思うのだが。少なくとも、いろいろ理系の素養があり、科学的な考え方ができるだけの思考力（決して特殊なものではない）を持っていて、かつ、他人とは違う何か新しいものを見つける・生み出す才能に、ほんのちょっとだけでも恵まれた人ならば、どこかで「もっと深く学んでつきつめたい」「学位をとりたい」と思うはずなのである。そういえば、二週間くらい前の朝日新聞土曜日版Beの記事で、「生まれ変わったら就きたいあこがれの職業アンケート」の第一位（２５％）が「大学教授・研究者」だという記事もあったしなあ（原本がないので、その記事を紹介しているブログにリンク）。＃＃＃ みなさ～ん、大学教授や研究者になるにはPhDがいるんですよ～。ただし、大学院に進学して修士博士と5年間も無給でいることは、相当な経済的負担を強いる。そこで行った投資は、当然、経済的に目に見える形では、バックされないことのほうが多い。「取っても喰えない」といわれる所以である。ブログ村で博士課程大学院についてのブログを探してみる
2010.08.17
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【ラノベ】ウェスタディアの双星７【本日の読書】＋カブトムシ日記
本日の読書ウェスタディアの双星 ７ 英雄激突の章 小河正岳 電撃文庫 快調に巻を重ねている「宇宙艦隊戦」もののやや本格スペースオペラである。本格と断言できない理由については、以下にだらだらと述べる。Piyotaの私見だし、必ずしもこの作品をくさすことが目的でもないので、適当に読み飛ばして欲しい。筋立てと天才リーダビリティーの高さでは、かの名作「銀英伝」を彷彿させかつ上回るのではないかとすら思われたのだが、まあ、アレと比較するのは酷というものだ。なぜなら銀英伝は、ラインハルトvsヤン・ウェンリーという二大が二つの勢力に別れて銀河を二分するという対決の構図で描かれていたのに対し、「双星」では二人の主人公パドウェルとアルは、「二人一組」なのだから。しかしそれでも、残念ながら、小河が銀英伝の呪縛から完全には逃れ得ていないのは、あちこちから汲み取れる。例えば戦闘シーン。数千から一万数千隻の「宇宙戦艦」の艦隊戦のみが、延々描かれるこのシリーズでは、艦載機戦も白兵戦もモビルスーツ戦も描かれない。銀英伝の随所に観られた、衛星兵器や無人自動砲台のようなギミックすら出てこない。愚直なまでの艦隊戦へのこだわり。そして艦隊は、射程に入るなりレーザービームとミサイルの応酬をはじめるものの、装甲が厚いんだか強いんだか、シールドやバリアがあるんだかないんだか、それぞれの艦は一撃では沈まず、包囲されて集中砲火を浴びて初めて轟沈するという設定のようだ。愚直なまでの艦隊戦描写、である。おそらく、そこに無理して凝らなかったのはラノベという媒体のせいであり、小河氏の自制に違いない。しかしそのせいで、いまいち人気爆発とも至っていないようである。ややもったいない。そういう意味で、「ウェスタディア」は楽しいシリーズだし毎回かならず買うのだが、でも毎回なんとなく喰い足りなさが残るのである。かくなる上は、ヒロインたちの描写をせめてせっせと磨いて、萌え要素を満載にするしかないのではないか、とも思うが・・・それもそう簡単にはいくまい。ともあれ、このあと辺境１３星団がどうなっていくのかとか、ウェスタディア星系に真の平和は訪れるのかとか、展開がまだまだ楽しみである。現在７巻。９ないし１０巻で完結というところであろう。もうじきクライマックス、かな。アカヒレ日記玄関先の水槽で飼育していたアカヒレ、あまり手をかけていないせいで環境悪化のため死滅が続く。ついに残り４尾になってしまっていた。こんど玄関先を改装するので水槽を撤去することになり、アカヒレも庭の池にメダカらといっしょに住ませることになった。ので、午前中はJがにわか自宅金魚すくいの日となる。楽しいかも。カブトムシ日記旅行中に、カブトムシが蟻にたかられるという事件が起きたので、アリごと、カブトムシ飼育箱の中の土を総入れ替えすることになる。その際に、卵、幼虫をつぶさないように確保するというミッションをおおせつかる。というわけで、数えながら入れ替え。総数、幼虫２尾、卵３８個。成虫オス１、メス３。土に潜っていたメスをたたき起したところ、二匹ぐらいが卵をほじくり返して困る困る。ブログ村で小河正岳に関するブログを探してみる
2010.08.16
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福知山合宿３日目・カールじいさん
川遊びというわけで、午前中は犬とか子供たちと一緒に、もう一度あらためて牧川で川遊び。昨日堪能したので今日は釣りはなし、というわけ。えさが切れたのも一つの要因ね。川に笹がつかっているところに網をいれると、たくさん小エビがとれて、おもしろい。今日はNが川に入りに来た。Nは水遊びが大好き。石さえ食べないでいてくれたら。つうか、食うなそれ。流しそうめん恒例の流しそうめん、goodでした。Nは基本、麺類だいすきです、ちゅるちゅる。午後、和知経由美山経由周山街道・というわけで帰路です。地道で来た道を帰ることに。・途中、道の駅「和（なごみ）」で買った牛肉コロッケがすごくおいしかった件について。Nが半分くらい、たべた。へぇ、この子コロッケたべるの。・帰りの車のなかのお楽しみDVDは、「カールじいさんの空飛ぶ家」。これはおもしろいのかもしれないがいろいろ問題作である。ともかく、カール爺さんと冒険をともにする、ボーイスカウトおたくの少年ラッセルが、被害妄想なのかもしれないが日本人のオタク少年をカリカチュアしたようで、見ていてなんとなく不快なのである。彼は善意の押し売りでカール爺さんの家にやってきて、風船による南米旅行につきあう羽目にあって、命を落としそうになるし、友達を救いに一人で特攻する正義感でもあるのだが・・・全編を通じて基本的には役に立っていない、いわゆる「狂言回し」に相当する。そこでひがんでしまうのである。PIXARないしディズニーにとって日本人とは狂言回しの民族なのか？それは民族差別であり日本のサブカルチャーに対する侮辱なのではないか？もちろん、全年齢向け（というか子供向け）グローバライズされたアニメ作品ではディズニーが世界の唯一トップを走っていて、でも、アニメーション文化の総体の質・量ともに、日本のオタクが支持してきたアニメにはまったくかなわないことを、きっとディズニーもしっているんだろう。だが、日本のアニメは、アメリカ人やアメリカ文化を、そういうカリカチュアした形で馬鹿にしたりはしない。作り手に良識があるからだ。Piyotaはディズニーのアニメの作り手の一部には、その手の良識がまったく欠如しているように思われる。だから、今回PIXARがそれに肩入れしたので、かなり悲しい。帰り道、広沢池夕焼けに灼ける池がともかく美しかった。天山の湯一日くらい大きいお風呂に入ろう、ということで、天山の湯＠さがのに。混んでいた。晩御飯まで食べてうまかった。というわけで皆様お疲れさまでした～。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.08.15
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福知山合宿２日目 牧川で釣り
丹後釣具店車で４ｋｍほどの９号沿いの丹後釣り具店で以下のものを仕入れる。１．自分用の日券＠由良川水系、ハエ釣り５００円＠日・２．ヒロト（中３）用の入漁券。５００円で年券が買えてしまうのでそちらに。３．サシ虫３袋４．さなぎ粉１袋。５。ハリ ハエスレ3-3.5号とか。牧川でハエ釣りを堪能というわけで９時過ぎ入川で、中学生のヒロトと二人で午後３時過ぎまで、ひたすらハエ釣りを堪能した。仕掛けは、・3.3-3.6m、振り出しの万能竿。・道糸1号を竿一杯。・ハリス直結で、ハリス0.4号を25cmほどとって、針はハエスレ3.5号。・小形玉ウキ。・割シズで浮力調整。昨日の雨で、水は増水気味。コンスタントに水深40-60cmくらいのところ、ヒザまで立ちこんでひたすら竿を降る。何度かやっているうちに、だんだん感覚を思い出してくるが、それでも釣果はそんなにのびない。一つにはとりこみのさいのばらしが半分くらい。これは返しなしの針なのでコツが必要なのである。結局、ときどき聞き合わせをしながら、ひたすら無心に竿を降り続ければ、あたりは結構ある、ということである。ただし午後二時を過ぎたらぱったりと食いがとまった。やはり早朝が有利かもしれない。来年は総長を狙う、絶対。ともあれ、ときどきJや女の子たち三人組にも交代しながら、一日、ハエ釣りを堪能した。楽しかった。BBQそして晩は恒例のBBQ。藤原山荘名物のマキで炊くご飯に、今年はヒロトが挑戦して大成功をおさめた。中学生ってすごいなあ。Jは、いちばんのみそっかすなので女の子たち三人組の「奴隷」あつかいで遊んでもらっていて、それなりに楽しいらしい。ずっとカントリーロードを熱唱していた。おもしろすぎる。あと、ホストのSK氏のヤバい話題、「ポッキー」「イナリ」。これ以上はかけませんが、はい、下ネタです。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.08.14
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福知山合宿、初日
福知山合宿初日恒例のお盆福知山合宿＠藤原山荘。今年度は、二泊三日で参加することにする。で、前日遅くまで仕事していせいで、案の定、朝、寝坊する。前回の「恐怖の京見峠」は避ける。結局、少々交通量が多くても、馬鹿正直に周山街道を行くに越したことはない、というかんじで。すると、11時ちょい前に出発して、１時前には道の駅美山ふれあい広場、に到着する。その間、車内エンタテイメントはDVD「ヤッターマン ed 2008 vol8」。ヤッターマンすばらしい。うん。さて、お昼を食べようということになり、美山道の駅の向かい側にあるレストラン「芹生」に入ると・・・ここがみかけによらず、実にあたりのレストランであった。海老フライとか唐揚げ弁当とか、おいしくてボリュームもたぷりで、安くて大満足なのである。場所柄から誤解してしまうが、観光客向けではない、しっかりした地元の味。次回も機会があったら利用したい、おすすめの定食屋さんであった。さて、その後、大野ダムの脇をぬけて、国道27号から福知山入りをする。その間、車内エンタテイメントはジブリアニメ「耳をすませば」。見れば見るほど不思議な作品なのです。はい。カントリーロード～♪三段池公園途中でBBQの食材の買い出しなどもしながらなので、結局福知山着は４時ころとなった。道は基本的にどこも渋滞なしで流れていたが、所詮地道、最高速度は比べるべくもない。そんなこんなで福知山入り直前に、三段池公園を散策、閉店間際の動物園に入場する。三段池公園の動物園のコンセプトはふれあい。ほんとうにいろんなものとふれあえるし、入り口で餌をかったらいごはんもあげられる（らしい）。それなりに楽しかった。よかた。そして福知山の夜暑い！ビールとかハイボールなど適当にいっぱい飲みました。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.08.13
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【ラノベ】ほうかご百物語 ８ 電撃文庫 峰守ひろかず著【読書】
本日の読書 ほうかご百物語 ８ 電撃文庫 峰守ひろかず著 「ピュアかわいい」と尊称されるイタチさんと、脳内だだ漏れオクテ系女たらし主人公白塚の活躍を描く、ほのぼの怪異騨シリーズも、順調に巻をすすめて第８巻である。今回、物語はついにクライマックスを迎える。イタチさんを含めて多くの怪異・妖怪たちを一斉に無に帰してしまうという、この世界の自浄作用「大祓え」を発動する条件が整い、ついに大祓えの神が「まさかのあの人」に降臨してしまう！のである。しかし美術部＆新生ブラスバンド部＆多々良兄妹その他「ほうかご百物語」のオールスターズが、知恵と英知を結集して、総力戦に当たる！！え？あの人が？あの子が？あのカップルが？うわぁ～。というわけでいままで出てきた登場人物満載なので、そろそろまとめサイトを参照しなければ、もうわからないかもしれない。ああ。いままでちりばめられてきた細々とした伏線も、地味だが着実に丁寧丁寧に回収され、そして物語は大団円に進む。「神様だっていうんなら、人の恋路を邪魔するなっつーの！！」うんうん、恋する乙女は強いね！というわけで作者さま、これからもがんばってどうかこのシリーズを終わらせないでくださいませ／／ 本日の備忘録今週は頑張った。明日から盆休みである。NMRのパルスの改良に成功。技術補佐員を指導してNMRの主鎖帰属に大幅進展。そしてカバーレターを書いて、ついに本日、論文をJBCに投稿。科学者たるもの、論文を投稿してなんぼ、である。内容のある論文を自在にもっと速く書けるようになりたい、というのが、毎回論文を投稿して思うことである。ちなみに、今回の論文投稿御守りは、比叡山延暦寺の学業増進お守り。通るといいな！ブログ村で峰守ひろかず氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.08.12
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大学生就職：新卒一括採用＝制度疲労、悲喜こもごも
大学生就職：新卒一括採用＝制度疲労、悲喜こもごもtwitterで流れていたニュースなどより、雑感。大卒２割 就職せず…今春１０万６０００人 読売新聞ニュースより日本の大学教育が崩壊している 大学生の2割が就職も進学もできない 2010.08.11（Wed） 池田 信夫この池田氏の意見であるが、Piyotaは大学を専門学校なみの実学を教える場とすることに基本的に反対である。少なくとも学部→大学院（修士）（博士）と、さらに高度な教育をステップアップして行おうという最高学府としての教育ポリシーをもっているところには、実学偏重はそぐわない。大体、多くの親は、大学で実学を教えれ、という主張にどこまで賛同するのであろうか？ たとえば英会話とか簿記とか、エクセルの使いかたとかPostScriptファイルの直接編集法とか、Makefileの書き方とか、営業トークとか、そういうことは大学で教えるべきこと、大学で学ぶべきことなのであろうか？？？ それと、それでは池田氏が主張している専門学校生とは、本当に満足する意味での就職は良いのであろうか？そもそも大学とは、「これまでに遭遇したことのない問題」に対する問題解決能力を養うための修錬の場であってほしい、と切に願う。なぜならば実学は、すぐに古びるからである。例えばエクセルの使いかたは某MS社の気まぐれでエクセルのバージョンがかわれば古びてしまう。学ばなければならないことは、表層の変化ではゆるがない本質であり、本質を見極める能力であり、基礎であり足腰であるような気がするのだが。ともあれ、就職氷河期の再来で、大学生新卒にまたもや皺寄せが気手織り、第二弾ロストジェネレーションが生産されようとしている。ブログ村で新卒一括採用のブログを探してみる
2010.08.11
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【NMR】BMRBデータベースを使いこなす (1)
BMRB data baseを使いこなす編（１）１。背景PDB登録とともに、BMRBへの化学シフト登録も義務化されることが秒読み体制にはいった。NMR-Starのファイルフォーマットが、糞ったれなことはさておいて、それでもこれまではBMRBに登録されているデータを利用しないでスルーするばかりだったのだが、そうもいっていられない。そこで、これらを利用するためにいろいろと準備をはじめることにする。２。まずは第一歩、検索の準備そこで、BMRBに登録されているタンパク質のエントリーを検索するために、BMRBに対するblast serachがlocal blastで配列検索が出きるようにしたのでその手順を記述する。３．用意するものlinuxマシン一台 *検索窓などをブラウザ経由で表示すべくhttpdを稼働させておくこと。 *httpd.conf内のしかるべき場所でExecCGIのオプションを有効にしておくこと。 *さもないとcs_psiblast.cgiなどが動かない。localでclustalxを動かす環境一式 [構築法参考サイト１]BMRBに登録されている蛋白質のfasta配列ファイル [protein.lib] [入手先]４．下準備BMRBに登録されている全蛋白質のfasta形式ファイルには表示支援のためにあらかじめhtmlタグが埋め込まれている。これをそのまま使うとblastが動かない。それをsed commandでがっさりとりのぞく。[linux]> sed 's///g' protein.lib | sed 's///g' > bmrbbmrbというファイル名で保存する。５．４．のファイルbmrbをblastのdbを保管するディレクトリへの移動。[linux]> mv bmrb.fasta ~/public_html/cgi-bin/blast/db[linux]> cd ~/public_html/cgi-bin/blast/db以下、作業は~/public_html/cgi-bin/blast/dbディレクトリで行う。６．formatdbblast local環境構築の際にダウンロードしたコマンド群の中にある、flat fasta fileからblast用検索インデックスヘッダを生成するプログラム。[linux]> formatdb -i bmrb -p T** -p T option は[protein = True]ということのようで、配列がタンパク質のときにつけないとだめである。これで、/public_html/cgi-bin/blast/dbディレクトリ内にbmrb.phrなどのファイルが複数個生成されていれば、formatdb完了である。７．検索窓のプルダウンメニューにbmrbの選択肢を追加[linux]> cd ~/public_html/cgi-bin/blast/[linux]> vi blast_cs.html##＜select name="DATALIB">## ＜option VALUE="bmrb"> bmrb vi blast.rc## blastp test_aa_db pdbaa nr bmrb
2010.08.10
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Vine Linux 苦闘録 解決篇 鍵はGPTだった
Vine Linux 苦闘録 つづき：Vine Linux 5.1はGPT形式のHDDに未対応解決篇500GBのSATA-HDDに問題あり！ そこでいろいろ検索をかけて情報収集してみる。そもそもVine 5.0 installerでgrubが書き込めないところから、HDDのマスターブートレコードMBRに問題があるのではないか、との予測。500GBという大容量が問題なのではないかと、bigDriveなどのキーワードをヒントに検索をすすめると、「HDDの2TB問題」というものにつきあたる。なるほど、大型HDDの登場に備えて、従来のMBRではなくMacなどでは一般的なGUID Partition Table (GPT)というものがある、とな？Grub2はGPT対応、grubは未対応、ついでにVine 5.1もいくつかのコードで非対応、ということがわかった。（このblog entryを書いているときに思いついた、、ならばこの際だからVirtual Boxなどの新技術もためせばよかったかも、、まあいいや）しかしまあ、これまでの経緯で、xubuntuのinstaller CD-ROM (Live CDとして使用可能）が作成できたのは、まあ、よかった。これを使えば、どうやら問題を解決で奇想である。つまり解決策とはGPT形式のHDDをMBR形式のHDDに再フォーマットするである。それをやる方法が [gptフォーマットされていたHDDをmbrフォーマットに直す方法 - 日々の報告書]にあった。参考にさせてもらう。ただしxubuntuのlive CDを使う。手順1. xubuntu CD-ROMからLinuxを起動 installせずテストと言う選択肢を選ぶ2. 右上のアイコン、システムからGpartedを起動する3. 右上のHDDタブ/dev/sdbを選ぶ4. メニューより新しいpartition table 作成を選び、詳細をクリックしてMS-DOS形式を選ぶ5. 操作パネル上のVマークをクリックして、操作実行を行う6. できあがりこれで無事 Vine 5.1がインストールできた。しかしなぜかネットワークがつながらない！？ 一難さってまた一難！？ （インストール時の再起動などのしすぎからか、オンボードLANが逝ったらしい ＞＿＜）ブログ村でGPT partition HDDに関するブログをこっそり探してみる
2010.08.09
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【LOHAS】美山にて川遊び
美山にて川遊び今年の夏は、鮪まつりにいったり、ジブリ美術館にいったり、夏後半は自宅の改修工事が入ったり、Piyotaが海外出張にと、恒例の川遊びがあまりできないことに気づいた。というわけで、無理をいって、一家で美山に川遊びにでかけることにする。京見峠通行はサイアクせっかくいくのだから、新しい走行ルートを開拓しよう、とナビさまで検索すると、金閣寺の北東あたりから北上する市道?府道?があることがわかる。京見峠というらしい。というわけでYokota運転で行ってみる・・・と、途中から、離合困難なほど、狭い！しかも、細い道なのに、見通しを無視して突っ込んで立往生するばかな先行者デリカ（急にバックし初めてびびった）とか、同じく無視して突っ込んでくる対抗の軽自動車（いつか事故るに違いない）とかが何台かあって、まったく心がやすまらない、狭い狭いワインディング道であることがわかった。結論、京見峠は抜け道としては使えないので要注意。美山道の駅美山道の駅に、美山牛乳を使ったジェラートの専門店がオープンして、にぎわっている。あいかわらずおいしいソフトクリームの他に、アイスクリーム、シューアイスなど、いずれもおいしい。ただし、美山道の駅は、バイクを停車するスペースが厳密に決められていないせいで、一番人通りが多いところに大型バイクがたくさん溜まる構造になってしまっていて、ちいさな子供づれの家族にとってはちょっと恐いかも。川遊び美山町自然文化村 河鹿荘のオートキャンプサイトの川沿いの部分、小さな橋がかかっている。そこのあたりがちょうどよい川遊び場となっている。ライフジャケット着用後、Jが飛び込んだり泳いだり、と楽しそう。ちょっと大きな魚もいる。川に足までつかっていると、とても涼しい。Nは河原の浅いところにぺったりすわって、水をばしゃばしゃおおはしゃぎ。穴場発見？要確認周山街道京北町 栗尾トンネルの北側の桂川左岸と、京北第一章学校裏。川遊び場として穴場なのかしら？泊まっている車をときどき見ます。ブログ村で田舎暮らし・自然満喫のブログを探してみる
2010.08.08
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【読書】図書館迷宮と断章の姫君 ２ ＭＦ文庫Ｊ おかざき登著【ラノベ】
本日の読書 図書館迷宮と断章の姫君 ２ ＭＦ文庫Ｊ おかざき登著 「ふたりではじめる世界征服」でPiyotaの熱狂的な支持を受けた、おかざき登の二番目のシリーズの第二巻。第一巻では、スロースターター気味に登場人物と世界設定を作り終えてようやく物語本格始動の第二巻というところ。図書館迷宮とか謎の企業の研究機関とか主人公たちの暗い過去とかも徐々に明らかとなってきて、徐々に物語の疾走感も出てきた。だが、おかざき登の真骨頂は、じつは舞台設定でも世界観でも戦闘シーン描写でもない。天然、あるいは朴念仁、な主人公男子のまわりに、どんどん美少女が集まってくる、という、いわゆる「全年齢対象版美少女ゲーム」のノリを地でいく展開、それも一方的にもてまくるといういわゆる「ハーレムエンド」まっしぐらの展開にこそ、おかざきの良さはあるのだ。だとしたら、この二巻は買い、である。期待は裏切られない。今回、主人公たちの敵性勢力とおぼしき集団のキングが登場する。しかし、対決を始めてすぐさま、二人は必ずしも戦う必要はない、ということに気づき、主人公は説得を開始する。こういう展開は、いい。なぜならぼくらは戦いに飽いているのだから。もうひとつ、この小説のよい？とこと。おかざきのデフォルトが、「全年齢対象版」であって、ストーリー展開もそこから決してゆるがない、というところ。主人公のまわりに美少女がたくさん集まってきても、まったくといっていいほど主人公のほうは相手を異性として意識しないのである。今回は、イクミの魔力を発動するための刻印が太股にある、という設定だけが、唯一それを逸脱する。これはひょっとしたら、おかざき氏の発案というよりも担当編集からの圧力かもしれない。今後が楽しみだ。にやり。備忘録・手分けして二人の子供を耳鼻科（中耳炎）と皮膚科（とびひ）に連れにいく。自動車整備工場にてVOXYの整備。待ち時間に近所のサイゼリアで一家4人で昼食。カボチャの冷製スープとトマトのパスタでN大満足。修理完了後、YokotaとJが出かけたのでNとお留守番。ブログ村でおかざき登氏を応援するブログをもっともっと探してみる
2010.08.07
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タンパク質発現戦略は、やはり奥が深いのであった。
タグあれこれ・・・・夏休みにウェットラボスキルをステップアップするためのネタですTwitterでとある人(poppeethecrown氏)がつぶやいた、タンパク質発現タグにかんする総説2本(3,4)に、Piyotaがさらに2本(1,2)付け加えたリスト。夏休みの宿題や帰省のお供にぜひご一読を。1: Esposito D, Chatterjee DK. Enhancement of soluble protein expression throughthe use of fusion tags. Curr Opin Biotechnol. 2006 Aug;17(4):353-8. Epub 2006 Jun 15. Review. PubMed PMID: 16781139.2: Arnau J, Lauritzen C, Petersen GE, Pedersen J. Current strategies for the use of affinity tags and tag removal for the purification of recombinant proteins.Protein Expr Purif. 2006 Jul;48(1):1-13. Epub 2005 Dec 28. Review. PubMed PMID: 16427311.3: Waugh DS. Making the most of affinity tags. Trends Biotechnol. 2005 Jun;23(6):316-20. Review. PubMed PMID: 15922084.4: Terpe K. Overview of tag protein fusions: from molecular and biochemical fundamentals to commercial systems. Appl Microbiol Biotechnol. 2003 Jan;60(5):523-33. Epub 2002 Nov 7. Review. PubMed PMID: 12536251.タンパク質発現戦略は、やはり奥が深いのであった。精進なされよ！！ブログ村で蛋白質大量調製関連のブログを探してみる
2010.08.06
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共同研究会議の日だよ
共同研究会議某社との創薬共同研究に関する会議。今回は、こちらは、新人のOJT状況の報告と、今後の段取りに付いてのみ報告する。なにかいろいろばたばたしていて進まないのである、やれやれである。NMR 「タンパク質・低分子複合体構造決定パイプライン」構想さて、某社との共同研究についてもそうであるが、ターゲットタンパクプログラムについてもケミカルバイオロジー研究に大きく舵をきり、また他の蛋白質についても単体での帰属・構造決定が順調に進行しつつある現在、次なる問題解決の糸口は、「タンパク質、低分子リガンド複合体」の構造決定をいかに効率化するか、である。これに関して、Piyotaが知らないだけなのかもしれないが、「パイプライン」というものをあまり聞かないので、この際、ちゃんと使えるものを開発しようという欲求がもりあがってきた。・どんな測定が必要か・どんな測定による情報収集が効率がよいか・どんな測定が不可能か ＜＝＝＝ここは結構大事・どんな安定同位体標識が必要か・試料は何種類必要か・どの構造計算ソフトをどの順序で使うか（例、CYANA -> CNS）・低分子化合物の取扱いはどうするか？これらの問題をひとつひとつ整理すればよい13C constant time HSQCが軽水中で測定可能か？上記の問題解決に挑むときに、途中の理路は省略するが、ともかく薬物によるタンパク質の滴定実験の比重が高まることはまちがいない。13C HSQCをきれいに測定するためにはC-C decouplingの問題と、adiabatic pulseの問題の両者を解決する必要がある。試料の数を増やさないためには軽水中の測定がよい。B社Topspinには標準で水消しができる13C-CT-HSQCが入っていない。しかたないので作ることにするのだが、、、、はまった。原因不明のエラーでとらぶること３時間。ようやく出口が見えた。やれやれ。sofast HMQC９月には講師も頼まれているし、ついでだし、というわけで、sofast HMQCについても設定する。こちらは測定はできたものの、IPAPタイプにしていないのでduty cycleは低めで設定せざるをえない。つまり感度的には御利益はない。ブログ村で13C constant time HSQC/sofast-HMQCの最新情報を探してみる
2010.08.05
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【生命科学】天然変性タンパク質の機能解析研究はなぜ難しいか？【天然変性】
共同研究会議名古屋で共同研究会議があった。暑いので体力消耗を避けつつ、名古屋で。それなりにいろいろ役に立つ会合であった。O先生、F先生がGordon Conferenceに行かれたとのこと。米国での天然変性タンパク質をめぐる「派閥争い」（海外にもあるんだ、それ）の内容が垣間見えて、非常に面白い。IDP研究の大御所の一人、Uversky氏が、もともとはmolten globule(MG)の研究者であったこともあり、MGは天然変性に入るのか入らないのか入れないのか、について、相当な綱引きが続いている、らしい。気を付けなければ。おそらくそれに類する話は日本にもある。foldingや過渡的中間体とIDPの関係であるとか、アミロイドやmisfoldとIDPの関係であるとか。天然変性タンパク質の機能解析研究はなぜ難しいか？天然変性タンパク質が持つと考えられているそれ独特の機能に関して、キーワードのみ羅列してみる。多くはTompa教科書から抜書したものである。(Tompa教科書、網羅的でcomprehensiveで、よいのだが、申請書を書いたりするときにはいろいろ目移りしてしまって読みにくい。)entropic chain functionsdisplay site functions : post-translational modificationeffector functions and liniear motivescoupled folding and bindingfly-casting and encounter complexspecificity (week affinity and higher specificity)promiscuity and fuzinessこうした天然変性タンパク質の持つ多様な機能は、それ自体がその領域を含むタンパク質の分子機能の本質的な部分となっていることもあれば、タンパク質の基本機能を制御するアクセサリーとして働くこともある。しかし、これらの機能は、概して研究しにくい。研究しにくい理由はなぜなのだろうか？それは、こうした機能が「暗号化されている」「隠されている」からであることに他ならない。進化的に保存されていて、構造も既知で、ドメインとして配列情報学的に見付けやすくて、それが分子機能と直結しているような場合、その重要性は認識されやすい。結果、研究計画も立てやすく、多くの人々の興味を引きやすく、競争も激しいが予算もとりやすい*。天然変性タンパク質は、配列的には保存されていないことが多い。また、それ自身が、上記の7種類ぐらい（たぶんもっとそれ以上）の機能を持っているのだが、統一的に系統的に調べにくい。そのため、天然変性領域の重要性は明示的ではなく、多くの研究者(分野外の研究者)から見えにくい。そのため、重要性は認識されず、人々の興味は引きにくく、研究する方法論も模索状態で開発が遅れ、予算にも結び付きにくい**。(*, ** : あくまでPiyotaの私見であって、単なるやっかみの域を出ない）従って、こうした研究を効率よく進めることを可能にするには、暗号解読(decypering)を行わなければならない。decypering (bioinformatics)clasification (team of biochemists and structural biologists)define research strategies optimized to each categories (team of biochemists, mol-biologist, cell biologists and so on) このようなプロセスを経て一旦方法論の基盤が確立され、広く認知されれば、一気にこの分野の研究者の人口爆発が起こるであろう。我々「天然変性」のO班の班員たちは、このミッションの先陣を切るべく、いま、未踏の地平の入口に立ったところなのだ！ブログ村でintrinsically disordered proteinの研究成果の情報を探してみる
2010.08.04
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【NMR】NMR構造のPDB登録とBMRB登録手順まとめ
【NMR】NMR構造のPDB登録とBMRB登録手順まとめ先日の蛋白研セミナーでも話題になっていたことであるが、NMR立体構造を決定しPDBに登録する際にPDBとBMRBの同時登録が必要条件となる旨のアナウンスがあった。これまでもPiyota labではBMRB登録を推奨してすすめてきたわけであるが、今度こそ、これらが必須になるのである。今までこのことがなかったため、BMRBが陽の目をみなかったことを考えれば、これはすばらしいことではある。ただし、あえていうが、陽の目を見なかった理由は明白である。BMRBのDB構築運用体制の根幹ともなるべき、ファイルフォーマット、NMR-Star形式がクソだからである。これに対しては言ってもしかたがあるまい。BMRBの本家の若手研究者諸氏に頼ることにしたい。ともあれ、来る日にそなえて、もっとも簡単な手順を覚書として記しておく。国内NMRラボ諸氏の一助となれば幸いである。必要なソフトウェア* CYANA version 2.1以上。* BESS (BMRB Entry Support System) bess-client.sh [入手先]用意するもの1. PDB data [mydata.pdb]*注意点 CYANA / CNSで計算した時にアミノ酸種類にLYS+/HIS+など電荷を含んだアミノ酸が入っていた場合、それを電荷のないアミノ酸名にもどしておく必要がある。*コマンド例 linux commandで sed 's/LYS+/LYS /g' hoge.pdb > hoge_new.pdb2. NMR-STAR形式 帰属データ [mydata.bmrb]*NMR-STAR形式の化学シフトデータファイルは、そう簡単に準備できない。もっとも簡便にこのデータを用意する方法は、[1]ラボでのスペクトル管理はSparky3で行う[2]ラボでの構造計算は少なくも初期構造発生はCYANA2.1で行う ことを前提に準備しておけば問題ない。[3]SparkyのコマンドでXEASY/DYANA format 化学シフトファイルを吐く(.prot file **DYANAはCYANAの前身のソフト名）[4]あらかじめ未帰属化学シフト(*.prot fileでありがちな999.000を含む行）を削除しておく*コマンド例 linux commandで grep -v "999.000" hoge.prot > hoge_new.prot[5]CYANA2.1を立ち上げてCYANA> read prot hoge_new.prot CYANA> write bmrb mydata.bmrb3. 構造計算用restraint file 各種 [final.upl, my-hbond.upl my-talos.aco]*CYANAの最終ラウンドの計算に使われたファイルをそのまま用いる*今回はupl file, 水素結合, TALOSによる角度制限情報BESSを使った登録手順0. getting started[linux]$ mkdir ~/test/files_to_send[linux]$ cd ~/test/files_to_send[linux]$ mv hoge/mydata.pdb ~/test/files_to_send （他のアップロード予定のファイルもこのディレクトリにあつめておく）1. まず入力のための空ファイルを取得する [default_bmrb_entries.pre][linux]$ bess_client.sh getd .カレントディレクトリにdefault_bmrb_entries.preというファイルが出現。これを編集することになる。2. なにも見ないままでは上記default fileに入力するのは至難の技。なので、カンニングするためのファイルを作成。[linux]$ bess_client.sh getp HOGE .HOGEはNMR決定された適当なPDBコードである。BESS開発者小林先生は理研小柴先生、木川先生と綿密に打ち合わせののちBESSを開発されたようなので、理研（木川・小柴組）が登録しているPDBコードを打ち込んでみるのが順当と考えられる。ただし今回PiyotaはPiyota lab発のコードを使った。カレントディレクトリにカンニング用の.preファイルが出現する。これを参考にさせてもらう。3. 情報をひたすら入力する わからないところは他の.pre fileをカンニング これで大体なんとかなる[linux]$ gedit default_bmrb_entries.pre化学シフトカリブレーションの方法については、測定中心を水にしてその化学シフトを利用することとして、地味にスルーする。（スルーしてはいけないのだけれども、まあそのことについては今回は不問にしてください）。4. 登録[linux]$ bess_client.sh depj default_bmrb_entries.pre ~/test/files_to_send (***)*** ここは /からはじまるフルパスでディレクトリ指定これでADIT-NMRのセッションが始まる。セッションのウェブブラウザの左側カラムがすべてチェックマークがつくように、順にうえから各ページを確認するが、所要時間30分ないし1時間程度かかる。なにも入っていないように見える必須入力項目の入力窓も、クリックするとプルダウンのなかに、基本情報の選択肢が表示されるので、それをクリックして確定、という作業をえんえんと繰り返す。実際、かなり楽である。本当に手打ちが必要だったのはreference欄に入れる著者人名の項目のところだけであった。ADIT-NMRセッションの注意点。ADIT-NMRセッションは、ウェブページ上部に切り替えトグルスイッチのようなリンクがついておりPDB画面とBMRB画面、よく似た二つの画面がきりかわる。いずれの画面もコンプリートしなければならないので要注意。入力必須項目に空欄があるうちは、「登録」するための投稿ボタンが有効にならない。BMRB/PDB双方の画面で「投稿」してできあがり。投稿すると、メールが届いて、PDB code / BMRB-ID code (5桁の数字)が告知される。修正に関するやりとり。その後の最終登録までは、PDBスタッフとメールでやりとりして登録を完了させる。 できあがり！あとは論文を書くだけだな。ブログ村でPDBとBMRB登録手順の情報を探してみる
2010.08.03
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【読書】籘真千歳を読む 2 スワロウテイル人工少女販売処
本日の読書 籘真千歳を読む２スワロウテイル人工少女販売処 ハヤカワ文庫 籘真千歳 これは凄い、と、籘真千歳の作品を読んで、もう一度うなってしまったのが、本書である。籘真千歳がどんな書き手か知りたいがために、デビュー作「θ」を予習しておいてよかった、と、心から思えたのも本書の濃密さがあってこそ。この小説は、原因不明の不治の病に感染した人々（と二世）を、男女別々に隔離しておく実験施設である巨大な人工島を舞台にした、壮大なハードSFでありハードボイルドである。男性エリアと女性エリアは相互に行き来ができない。そこで、不在となってしまった性を「補完」するために、人間そっくりの精巧な人工生命が開発され大量に投入される、という設定である。ただしこの人工生命、ただのロボットやアンドロイドではない。1mmに満たない自己増殖型ナノマシン（どうやら古細菌をベースに合成生物学により人工的に創出されたらしい）が寄り集まって自在に変態する「群体」として、人型を保っているという、オーバーテクノロジーの代物である。ナノマシンは、特定の自我を形成しないうちは、蝶の姿をとって人工島の至る所を飛び回り、環境を浄化し、資源をリサイクルしている、という設定。主人公は、黒ずくめの「できそこない」人工少女（フィギュア）、アゲハ、である。ここまで紹介して、この小説がさまざまな日本や海外のSFアニメの影響を受けていることがわかるであろう。一例をあげると、・人工少女（ファティマ） → 永野護「ファイブスター物語」・細胞型ナノマシン → 劇場版カウボーイビバップ「天国の門」あたりか？・多足型自律歩行兵器 → 攻殻機動隊「タチコマ」あたり？主人公が美少女ということもあり、アニメ化されたときの作品を想像することの誘惑を禁じ得ない。きっと楽しい世界になるにちがいない。しかし、この物語は、ただの舞台設定だけでは終わらない。あくまで「人工生命（＝ロボット）は人を傷つけてはならない」という、かのアイザック・アシモフの定義した偉大なるロボット三原則は、この世界でも生きているのである。その一方で、人工生命を殺す人工生命というのは、あたかも人工生命全体にとっての免疫機構のように、存在するのだ。そして圧巻は、主人公アゲハと、武装制圧を目指して介入してきた「赤色組織」の兵士や、暴走した人工生命「置名草」との壮絶なる格闘シーン。実に読み答えのあるクライマックスが用意されており、組立てのたくみさに舌を巻く。いろいろ他にも書きたいことがあるが、ともかく一言。21世紀のSFを、籘真千歳抜きにして語ることなかれ、である。次の作品が待ち遠しい。ブログ村で2009-2010年の本格SF小説新人作家に関するブログを探してみる
2010.08.02
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【読書】 籘真千歳をよむ １ θー11番ホームの妖精 【ラノベ】
本日の読書 籘真千歳を読む１θ 11番ホームの妖精 籘真千歳 電撃文庫 新聞の新刊案内でハヤカワ文庫の新刊に籘真千歳「人工少女販売処」の案内が出ていた。ハヤカワ文庫からSF書き下ろしで新刊？籘真千歳って、誰！？というわけで、早速BK1で検索して入手したのが上記の籘真千歳のデビュー作、θー11番ホームの妖精、である。で、結論から言おう。超オススメである。何という豊穣な世界と確固たる世界観、ぶれのない緻密な設定、そして、けなげな主人公！実にすばらしいSFである。籘真千歳はとんでもない弩級の新人SF作家である。そして、おそらく、不幸なことに。近未来ハードSFとして、設定が緻密すぎたがために、ライトノベルレーベルから奇しくもキラワレてしまった、そんな小説なのである。内容を紹介する前に、書いておこう。描かれている世界のカラーが全然違うが、実はこのθの世界と、後述する「スワロウテイル人工少女販売処」は、同じ技術的な世界観のもと描かれているのだ。どちらから読んでも構わないが、両方読むべし、と。それから、作者の籘真様と電撃文庫編集部様。ぜひ、θは続編を刊行していただきたい。さて、本編は未来のJR東京駅が舞台である。東京駅上空2000mに、文字通り浮いている、永久欠番であるはずの11番ホームをひとりと一匹で守る、３級駅員TBと動物型アンドロイド義経が主人公である。そして、TBこと防崎躑躅子（ぼうさきつつじこ）もまた、一見20台前の少女駅員の恰好をしているものの、実は150年も生き（生かされ)続けているサイボーグなのであった。このとんでもな設定の薄幸の主人公、舞台が駅なもんで、彼女が列車や貨物や乗客を守るために戦う相手はテロだったり軍だったりするわけだが。けなげにも、毎回毎回、ぼろぼろになりながら、そして自分の生きる意味を自問しつづけながら、がんばるのだ。あまりに情報量が多すぎて、また設定が濃すぎて、読みづらい部分がなかったとは言えない。だがそれも含めて、極めて豊穣な新世界と言いたい。がんばれ、籘真さん。21世紀の日本のSFは、籘真さんが開くんだ！これぐらい設定がしっかりして深い世界観のSFならば、アニメ化してもいいかも、と真剣に思う。OVAでやるならばθ、劇場版を出すならばスワロウテイルのほうで。ブログ村で2009-2010年の本格SF小説新人作家に関するブログを探してみる
2010.08.01
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