青年時代のインディ は、 ボーイスカウト として活動していた。 1912年、アメリカ・ユタ州で休憩中に興味本位で洞穴に入ったインディは 盗掘者たち を目撃する。そして、彼らは コロナドの十字架 を発見していた。インディは歴史的工芸品である十字架を博物館に収めるべきだと考える。
すると、インディは彼らの目を盗み十字架を取ることに成功するが、彼らに気付かれてしまい、追われることになってしまう。その後、自宅まで戻ったインディは、仲間が呼んだ 保安官 に十字架を渡すと保安官は盗掘者たちに十字架を渡した。盗掘者のリーダーはインディの根性を買い、自分の カウボーイハット を彼に被せるのだった・・・。
それから時が過ぎて・・・。 1938年、インディはコロナドの十字架を追って ポルトガル沖の船で捕まっていた。嵐が酷く、船は波に煽られるその期に乗じて、インディは十字架を自分の手に収めると嵐の海へと飛び込み、流れてきた救命浮き輪に捕まり海を彷徨った。
それから 、大学に戻ったインディは、 考古学の教授 として抗議を行っていた。講義が終わると友人であり、博物館の館長である マーカス に十字架を渡す。その後、インディは ドノバン という実業家から、キリストが最後の晩餐に用いた 聖杯 のヒントとなる 石板 を探索中に父 ヘンリー が行方不明になったこと聞かされるとヒントとなる石板と父を探しに イタリア・ヴェネツィアへと向かった・・・。
映画『インディ・ジョーンズ』の3作目。インディの父ヘンリー役には、 ショーン・コネリー! ヘンリーは考古学者として優秀ですが、どこか抜けた人物で、その行動が良い方にも悪い方にも働きますw また、今作には ナチス・ドイツ が描かれているので ヒトラー も登場します。