1957年、 アメリカ・ネバダ州にある 立ち入り禁止区域エリア に ソ連の女性大佐 スパルコ は部隊を引き連れ、あるものを探しにやって来る。見張りを片付け、検問所を突破すると 51 と記された大規模な倉庫の前でメキシコで発掘中に捕えられた考古学者の ジョーンズ 博士と博士の旧友である ジョージ が降ろされる。
倉庫に入るとそこには、膨大な数の 木箱 が積み上げられていた。スパルコ大佐は、ジョーンズに ロズウェル事件で収容された 宇宙人のミイラ化した遺体 が入った木箱を探させる。その箱は、 強力な磁気 を放っているということを知っていたジョーンズは、ソ連軍に火薬と銃弾を貰い、それを宙に撒く。
すると、それらは宙を舞いながら、その箱の強い磁気に引き寄せられた。その痕跡をたどり、目的の箱を見つけたソ連軍は箱を解体し、スパルコ大佐は厳重に包まれたカバーを破り、 宇宙人のミイラ を確認する。その隙にジョーンズは、兵士から鞭と銃を奪い、ジョージと共に脱出を試みる。
しかし、ジョージに銃を向けられてしまう。追い込まれたジョーンズは積み上げられた木箱の山に登り、敵の車両を奪って逃走を図るが、1人のソ連兵に追いつかれてしまう。そして、戦いの中で 地下研究所に落下したジョーンズはソ連兵を連れまま、 ロケットエンジンの実験装置 に乗って、その場から脱出することに成功するのだった・・・。
ハリソン・フォード も年を取りましたね〜。しかし、そのカッコよさは健在しています。今作は第1作目『レイダース/失われたアーク《聖櫃》』と深い結びつきがあり、エリア51でのシーンで、その時に回収された パンドラの箱 が写ります。それから、その時の恋人だった マリオン が再び登場します。