再び、 ブラックパール号の船長に返り咲いた スパロウ は、貨物室で死んだと思われていたウィルの父であり、海賊である ビル と出会う。ビルは体にフジツボをまとった変わり果てた姿でスパロウに自身が海賊に 悪霊 として伝わる デイヴィ・ジョーンズ の使いできたことを伝え、過去にジョーンズと交わした 契約 に従わなければ、彼の操る クラーケン に襲われると警告する。
そして、スパロウの左手に 黒丸の印 を付けると、忽然と姿を消した。焦ったスパロウは乗組員を叩き起こし、クラーケンの襲撃を避けるため、 陸地を目指して船を出向させる。その頃、 ウィル は前回スパロウを逃がした罪で恋人の エリザベス と共に捕まっていた。
ある日、ウィルは 東インド貿易会社の ベケット卿 に一時解放され、死刑を免れることを条件にスパロウの持っているコンパスを回収してくるように依頼された後、スパロウの行方を探して各地を転々とするが、彼に関して得られる情報は貸しがあることだけだった。
しかし、ブラックパール号の居場所を知っている人物に会い、ある 島へと上陸したウィルは、そこで錨をおろしたブラックパール号を発見すると島の奥地へと進むが、島の 部族 に捕えられてしまい、族長の元へと運ばれる。そこで目にしたのは、族長の椅子に座るスパロウだった・・・。
新たに、デイヴィ・ジョーンズという頭部は タコ で腕に カニ のハサミを持ち、伝説の怪物クラーケンを操るとても凶悪な悪霊が登場します。さらに、彼の乗る幽霊船 フライングダッチマン号は潜水し、海中を航行することができるんです。スパロウはクラーケンから逃れるため、ジョーンズの 大切なモノ を自身が持つ コンパス で探していきます。