かつて怪獣: クラーケンを倒し、人間を救った神の子: ペルセウス は人間として平穏に暮らしていたが、妻を亡くしてしまう。それでも 神 にすがることなく、息子: ヘレイオス と漁師生活の日々を送っていた。ある夜、ペルセウスは風が吹きすさぶ海岸で神であり父である ゼウス の気配を感じる。
自宅に戻ったペルセウスは、へレイオスを見つめているゼウスと久々に再会。ゼウスは神々の力が衰え、神: クロノス による大きな災いが神々や人間に近づいていることをペルセウスに話し、協力を求めた。その時、微振動が起きる。ペルセウスは冥界の門: タルタロスが崩れかけているのを感じた。
しかし、ペルセウスは息子を案じてゼウスを帰した。翌朝、大地を揺るがす 獄炎をまとった大きな手 に人間や家族が襲われる夢でペルセウスはうなされ目覚める。その頃、ゼウスは兄: ポセイドン や息子: アレス と合流し、冥界を支配する ハデス に協力を求めに行っていた。
だが、ハデスはゼウスに追放された過去を根に持ち、 魔物 にゼウスとポセイドンを襲わせた。その際、ポセイドンは致命傷を、ゼウスもアレスの裏切に遭って捕えられてしまう。地上では、解き放たれた複数の魔物が隕石の様に降り注いでいた・・・。
映画『タイタンの戦い』の続編で前作同様、ペルセウスを主人公に 神々 と 人間 の危機を描いた映画。今作も キマイラや サイクロプスなど ギリシャ神話 に登場する魔物が登場。ペルセウスは強引に豪快に戦います。(ド迫力!!)神の子: アゲノール 、女王: アンドロメダ を連れてペルセウスは 巨大で強大な神 に挑む!!